Repositório RCAAP

New antiretroviral drugs are needed to treat HIV-2 infected patients failing therapy. Herein, we evaluate the activity of novel reverse transcriptase inhibitors tenofovir alafenamide (TAF) and OBP-601(2,3-didehydro-3-deoxy-4-ethynylthymidine) against primary isolates from HIV-2 infected patients experiencing virologic failure. TAF and OBP-601 were tested against twelve primary isolates obtained from nine drug-experienced patients failing therapy and three drug naïve patients using a single-round infectivity assay in TZM-bl cells. The RT-coding region of pol was sequenced and the GRADE algorithm was used to identify resistance profiles and mutations. TAF and OBP-601 inhibited the replication of almost all isolates at a median EC50 of 0.27 nM and 6.83 nM, respectively. Two isolates showed moderate-level resistance to OBP-601 or TAF and two other isolates showed high-level resistance to OBP-601 or to both drugs. With one exception, all resistant viruses had canonical nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NRTIs)-associated resistance mutations (K65R, N69S, V111I, Y115F, Q151M and M184V). Our results show that TAF has potent activity against most multi-drug resistant HIV-2 isolates and should be considered for the treatment of HIV-2 infected patients failing therapy.

Nesta dissertação procurou-se fazer uma comparação do sistema de hidrogénio (como um todo, desde a produção até ao consumo final) usando células bivalentes de membrana eletrolítica alcalina com os sistemas de maior desenvolvimento atualmente. Alguns exemplos de comparação foram as emissões de GHG, o tamanho e peso destes sistemas para veículos pessoais e de mercadorias, etc. Trabalhou-se para obter uma explicação detalhada dos mecanismos que dão origem à eletrólise e ao funcionamento de uma célula de combustível (HER, OER) e como os podemos melhorar, melhorando os seus constituintes assim como a sua manipulação, tendo como exemplos de manipulação a aproximação da d-band ao nível de Fermi ou a criação de elétrodos aerofóbicos, para facilitar a evolução dos gases. Recorreu-se à ferramenta digital AutoCAD para desenhar uma célula bivalente de membrana alcalina e estudou-se as vantagens e desvantagens deste sistema implementado em larga escala (segurança dos sistemas, interação com outros sectores da economia, etc.) Analisou-se também do ponto de vista global, de forma crítica, o estado atual desta tecnologia (comparando a mesma com outros sistemas que usam o hidrogénio como vetor energético), possíveis desenvolvimentos futuros e caminhos a seguir para esses desenvolvimentos.

A 4-year-old child born to an HIV-1 seronegative mother was diagnosed with HIV-1, the main risk factor being transmission from the child's father who was seroconverting at the time of the child's birth. In the context of a forensic investigation, we aimed to identify the source of infection of the child and date of the transmission event. Samples were collected from the father and child at two time points about 4 years after the child's birth. Partial segments of three HIV-1 genes (gag, pol, and env) were sequenced and maximum likelihood (ML) and Bayesian methods were used to determine direction and estimate date of transmission. Neutralizing antibodies were determined using a single cycle assay. Bayesian trees displayed a paraphyletic–monophyletic topology in all three genomic regions, with the father's host label at the root, which is consistent with father-to-son transmission. ML trees found similar topologies in gag and pol and a monophyletic–monophyletic topology in env. Analysis of the time of the most recent common ancestor of each HIV-1 gene population indicated that the child was infected shortly after the father. Consistent with the infection history, both father and son developed broad and potent HIV-specific neutralizing antibody responses. In conclusion, the direction of transmission implicated the father as the source of transmission. Transmission occurred during the seroconversion period when the father was unaware of the infection and was likely accidental. This case shows how genetic, phylogenetic, and serological data can contribute for the forensic investigation of HIV transmission.

Angola has an extremely diverse HIV-1 epidemic fueled in part by the frequent interchange of people with the Democratic Republic of Congo (DRC) and Republic of Congo (RC). Characterization of HIV-1 strains circulating in Angola should help to better understand the origin of HIV-1 subtypes and recombinant forms and their transmission dynamics. In this study we characterize the first near full-length HIV-1 genomic sequences from HIV-1 infected individuals from Angola. Samples were obtained in 1993 from three HIV-1 infected patients living in Cabinda, Angola. Near full-length genomic sequences were obtained from virus isolates. Maximum likelihood phylogenetic tree inference and analyses of potential recombination patterns were performed to evaluate the sequence classifications and origins. Phylogenetic and recombination analyses revealed that one virus was a pure subtype J, another mostly subtype J with a small uncertain region, and the final virus was classified as a H/U/CRF02_AG recombinant. Consistent with their epidemiological data, the subtype J sequences were more closely related to each other than to other J sequences previously published. Based on the env gene, taxa from Angola occur throughout the global subtype J phylogeny. HIV-1 subtypes J and H are present in Angola at low levels since at least 1993. Low transmission efficiency and/or high recombination potential may explain their limited epidemic success in Angola and worldwide. The high diversity of rare subtypes in Angola suggests that Angola was part of the early establishment of the HIV-1 pandemic.

Microbicides are an important strategy for preventing the sexual transmission of HIV but, so far, the most advanced tenofovir-based microbicides have had modest efficacy. This has been related to adherence problems and high prevalence of tenofovir-resistant HIV-1 strains. P3 is a new peptide with potent activity against HIV that may be a good microbicide candidate. In this work P3 was formulated in a gel of hydroxyethyl cellulose and its activity, stability and safety profile in Balb/c mice were evaluated. HIV infection was fully blocked by a 1.5% gel containing P3 at the IC90 (366.4 nM) concentration. The antiviral activity did not change at 4°C during 4 months and at 25, 37 and 65°C for 1 week. P3 was stable and fully functional at acidic pH up to 24h, under different concentrations of hydrogen peroxide and in the presence of genital fluids up to 48h. P3 had no antibacterial activity and did not affect sperm motility and vitality. Finally, P3 didn’t cause significant alterations in the vaginal epithelium of Balb/c mice at 0.06 (456.8 μM) and 0.2 mg/day (1522.7 μM) doses. These findings indicate that P3 is an excellent candidate for further development as a microbicide gel for the prevention of HIV transmission in women.

Antiretroviral drug nanocarriers hold great promise for developing anti-human immunodeficiency virus (HIV) rectal microbicides. However, challenges remain, namely, concerning which properties are more suited for enhancing colorectal distribution and retention of microbicide compounds. In this work, we developed and assessed the in vitro and in vivo performance of poly(lactic-co-glycolic acid) (PLGA)-based nanoparticles (NPs) as carriers for the model drug efavirenz (EFV). We particularly focused on the effect of noncovalent poly(ethylene glycol) coating of PLGA NPs (PEG–PLGA NPs) conferring a mucus-diffusive behavior on the pharmacokinetics (PK) of EFV following rectal administration to mice. Drug-loaded PLGA NPs and PEG–PLGA NPs (200–225 nm) were obtained by nanoprecipitation. Both types of systems were able to retain native antiretroviral activity of EFV in vitro, while featuring lower cytotoxicity against different epithelial cell lines and HIV target cells. Also, PLGA NPs and PEG–PLGA NPs were readily taken up by colorectal cell lines and mildly reduced EFV permeation while increasing membrane retention in Caco-2 and Caco-2/HT29-MTX cell monolayer models. When administered intrarectally to CD-1 mice in phosphate-buffered saline (pH 7.4), EFV-loaded PEG–PLGA NPs consistently provided higher drug levels in colorectal tissues and lavages, as compared to free EFV or drug-loaded PLGA NPs. Mean values for the area-under-the-curve between 15 min and 12 h following administration were particularly higher for PEG–PLGA NPs in distal and middle colorectal tissues, with relative bioavailability values of 3.7 and 29, respectively, as compared to free EFV (2.2 and 6.0 over PLGA NPs, respectively). Systemic exposure to EFV was reduced for all treatments. NPs were further shown safe after once-daily administration for 14 days, as assessed by histological analysis of colorectal tissues and chemokine/cytokine assay of rectal lavages. Overall, PEG–PLGA NPs demonstrated to be safe carriers for rectal microbicide drug delivery and able to provide enhanced local PK that could be valuable in preventing rectal HIV transmission.

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Desde o início da civilização, o Oceano tem tido um papel fundamental para o desenvolvimento da mesma. Foi criada a Convenção das Nações Unidas sobre o Direito do Mar (CNUDM), para que todos os países pudessem usufruir do direito de soberania das suas áreas marítimas. A partir daí, surgiu o Crescimento Azul e a Economia Azul, a nível global. No entanto, o aumento exponencial do uso do espaço marítimo, nomeadamente com o advento do designado Crescimento Azul, levou ao surgimento de novos instrumentos de política e governança do espaço marítimo, como planos de ordenamento do espaço marítimo e, sobretudo, as estratégias nacionais para o mar. O presente trabalho tem como objetivo principal comparar as Estratégias Nacionais para o Mar dos Estados-Membros da Comunidade dos Países de Língua Portuguesa: Angola, Brasil, Cabo Verde, Guiné-Bissau, Guiné Equatorial, Moçambique, Portugal, São Tomé e Príncipe e Timor-Leste. Foi realizada a análise das mesmas, sendo verificado o seu alinhamento com os objetivos e diretrizes da “Estratégia da CPLP para os Oceanos” e com as áreas de intervenção das Estratégias de Economia e Crescimento Azuis regionais, assim como o seu enquadramento nos Objetivos para o Desenvolvimento Sustentável (ODS) da Agenda 2030 e nos desafios-chave da Década das Ciências Oceânicas para o Desenvolvimento Sustentável. Foi avaliado também o estado de implementação do Ordenamento do Espaço Marítimo de cada país. Os resultados desta análise identificaram que Portugal é o país com a ENM mais completa, e cujos objetivos vão ao encontro da grande maioria das metas dos ODS e de todos desafios-chave da Década das Oceanos. Enquadrou na sua ENM todas as Áreas de Potencial Cooperação da “Estratégia CPLP para os Oceanos” e todas as Áreas de Intervenção da Estratégia “Crescimento Azul” europeia.

A graph is an abstract structure that is frequently used to model interpersonal relationships and/or social interactions. Since relationships between individuals are frequently represented by graphs, it makes sense to utilise graphs to look for groups of those individuals. These clusters are best modelled as cliques, however when it is necessary to represent the underlying issues when the amount of cohesion required is less than the level imposed by a clique, relaxed versions of those clusters may be taken into consideration. The k-plex relaxation is the one being examined in this project. Most of the formulations proposed in the literature aim to solve the Maximum Clique Problem or the Graph Partitioning Problem. The Cluster Partitioning Problem is known as the problem of partitioning a graph’s nodes into distinct clusters. This problem can be viewed as a specific case of the general Graph Partitioning Problem, where each set within the partition must respect certain requirements depending on the type of cluster being considered. In the present project, three formulations were proposed to solve the Cluster Partitioning Problem when the clusters being considered are k-plexes. These formulations were based on formulations proposed for the Maximum K-plex Problem and for the K-Plex Partitioning Problem taking into consideration different objective functions. Furthermore, improvements and extended formulations were presented for these models. Three sets of instances were considered to evaluate the performance of each model. Computational results show that when comparing the three base formulations, the Coneighbourhood Model presents the best results for the first objective function studied and the Complementary Edge Model and the Cluster Representative Model present the best solutions for the second objective function studied. However, when enhancements and extended formulations are introduced, it can be concluded that for both objective functions the Linearised Extended Cluster Representative Model is the one that produces the overall best results for the instances studied.

Le thème choisi pour ces Journées 2 est un vrai défi pour les chercheurs en histoire moderne, notamment pour les chercheurs portugais. Ceux qui font des recherches sur les débuts de l'époque moderne, c'est-à-dire, les XVème, XVIème, XVIIème et XVIIIème siècles, s'aperçoivent des transformations fondamentales par lesquelles sont passées les sociétés de divers continents jusqu'à leur configuration structurelle selon les paradigmes contemporains. Je fais référence aux grandes transformations en Europe et dans des zones du continent africain et asiatique, mais surtout du continent américain, qui ont développé de fortes relations de communication et de perméabilité avec les Européens. Dues en grande partie à la recherche de solutions et au développement de techniques pour répondre à l'augmentation démographique, à des migrations, à des équilibres politiques, au dynamisme de groupes sociaux, à la conquête de la mer océanique, à l'exploration de voies de longue distance et au développement de relations diversifiées avec des peuples jusque là isolés ou même inconnus, des modifications se font sentir en Europe avec différents degrés d'intensité (en vertu des écarts économiques, de la distance de la mer, de l'organisation sociopolitique, de paramètres culturels...) et, naturellement, elles conditionnent des circuits et des domaines d'intervention qui lui sont liés.

Diversity of the founding population of Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV-1) transmissions raises many important biological, clinical, and epidemiological issues. In up to 40% of sexual infections, there is clear evidence for multiple founding variants, which can influence the efficacy of putative prevention methods, and the reconstruction of epidemiologic histories. To infer who-infected-whom, and to compute the probability of alternative transmission scenarios while explicitly taking phylogenetic uncertainty into account, we created an approximate Bayesian computation (ABC) method based on a set of statistics measuring phylogenetic topology, branch lengths, and genetic diversity. We applied our method to a suspected heterosexual transmission case involving three individuals, showing a complex monophyletic-paraphyletic-polyphyletic phylogenetic topology. We detected that seven phylogenetic lineages had been transmitted between two of the individuals based on the available samples, implying that many more unsampled lineages had also been transmitted. Testing whether the lineages had been transmitted at one time or over some length of time suggested that an ongoing superinfection process over several years was most likely. While one individual was found unlinked to the other two, surprisingly, when evaluating two competing epidemiological priors, the donor of the two that did infect each other was not identified by the host root-label, and was also not the primary suspect in that transmission. This highlights that it is important to take epidemiological information into account when analyzing support for one transmission hypothesis over another, as results may be nonintuitive and sensitive to details about sampling dates relative to possible infection dates. Our study provides a formal inference framework to include information on infection and sampling times, and to investigate ancestral node-label states, transmission direction, transmitted genetic diversity, and frequency of transmission.

Angola borders and has long-term links with Democratic Republic of Congo (DRC) as well as high levels of Human Immunodeficiency Virus (HIV) genetic diversity, indicating a potential role in the initial spread of the HIV-1 pandemic. Herein, we analyze 564 C2V3 and 354 pol publicly available sequences from DRC, Republic of Congo (RC) and Angola to better understand the initial spread of the virus in this region. Phylogeographic analyses were performed with the BEAST software. While our results pinpoint the origin of the pandemic to Kinshasa (DRC) around 1906, the introduction of HIV-1 to Angola could have occurred early between the 1910s and 1940s. Furthermore, most of the HIV-1 migrations out of Kinshasa were directed not only to Lubumbashi and Mbuji-Mayi (DRC), but also to Luanda and Brazzaville. Kinshasa census records corroborate these findings, indicating that the early exportation of the virus to Angola might be related to the high number of Angolans in Kinshasa at that time, originated mostly from the North of Angola. In summary, our results place Angola at the epicenter of the early HIV dissemination, together with DRC and RC.

A vida em sociedade acarreta um conjunto de benefícios mas também de custos, nomeadamente pela forma como facilita a transmissão de doenças, o que justifica a necessidade de analisar esta problemática. As espécies sociais são aquelas que formam associações frequentes com outros indivíduos, equilibrando as pressões do ambiente que atuam a nível cognitivo e influenciam o seu comportamento. Quanto às diferentes formas de interação social, estas podem ser classificadas como comensalismo, amensalismo, parasitismo e mutualismo, sendo que esta última interação se reveste de uma relevância social significativa pela forma como beneficia ambos os intervenientes, tal como acontece no mutualismo de limpeza em que o bodião limpador obtém alimento ao remover ectoparasitas e outros elementos prejudiciais ao cliente. Sendo a condição dos indivíduos influenciada pela vida em sociedade, será a complexidade deste modo de vida a poder contribuir para uma mais elevada capacidade cognitiva. No entanto, e dado que no decorrer das interações sociais que são criadas oportunidades para a transmissão de doenças, torna-se fundamental reconhecer os indivíduos que se encontram doentes, permitindo a adoção de estratégias que controlem a transmissão de doenças. O comportamento de doença inclui diversas alterações em relação ao comportamento habitual dos indivíduos, como a letargia, sonolência e anorexia, e é esse conjunto de alterações comportamentais que poderá tornar possível o reconhecimento dos indivíduos que se encontram doentes. De entre as medidas que permitem controlar a transmissão de doenças, e como a recente pandemia veio demonstrar, o distanciamento social é uma estratégia simples e com elevada eficácia para controlar a disseminação de doenças, existindo inúmeros registos de como o distanciamento social é aplicado em outras espécies que não a dos seres humanos. O bodião limpador Labroides dimidiatus incorre num elevado número de interações diárias e, apesar da preferência por muco, opta por remover e se alimentar de ectoparasitas e tecidos não viáveis dos clientes, revelando uma capacidade cognitiva e complexidade comportamental que o tornaram numa espécie amplamente utilizada em estudos ecológicos e comportamentais. Surgiu também recentemente a perspetiva de os peixes limpadores poderem constituir vetores para a transmissão de doenças, em resultado do elevado número de interações diárias que efetuam. Através da sintomatologia que induz, o LPS permite o estudo do comportamento de doença. Deste modo e por intermédio da estimulação imunitária induzida em peixes limpadores, o objetivo desta dissertação foi avaliar se os peixes limpadores e seus clientes manifestavam estratégias de distanciamento social, com recurso a três teste comportamentais: o teste de preferência social, o teste de interação social e o teste de cooperação com audiência. A nível experimental, foram utilizados como modelos biológicos os peixes limpadores da espécie Labroides dimidiatus (n=23) e peixes clientes da espécie Acanthurus leucosternon (n=3), sendo que os limpadores foram mantidos em tanques individuais, e foram divididos em 2 grupos experimentais de 11 indivíduos, o de teste e o controlo (o restante limpador foi utilizado em testes intraespecíficos). A imunoestimulação foi realizada através da injeção intraperitoneal de LPS, com os elementos do grupo de controlo a serem injetados com PBS (Phosphate-buffered saline), e após a realização de todos os procedimentos experimentais, os indivíduos foram sacrificados com MS (Morphine sulfate) e foi removido o baço para calcular o SSI (spleen somatic-index) e validar a ativação do sistema imunitário. Para o teste de preferência social, os indivíduos foram colocados na zona central de um tanque com 3 divisórias, sendo que nas câmaras laterais eram colocados os estímulos (cliente versus NO (Novel non-social object) e limpador versus NO). Após o período de aclimatação foram efetuadas as gravações de vídeo, sendo posteriormente analisadas com recurso ao software ANY-Maze (Stoelting Europe, Ireland). No teste de interação social os limpadores foram colocados num tanque com um cliente, e após o período de aclimatação foi permitida a interação. As gravações de vídeo das interações foram posteriormente analisadas com recurso ao software Boris. Para determinar o possível ajuste do comportamento alimentar os limpadores foram submetidos ao teste do efeito do observador, em que após a fase de aprendizagem lhe eram apresentadas 2 placas (uma delas a representar o observador) e onde deveriam maximizar os seus ganhos alimentando-se contra a sua preferência, para posterior cálculo do bystander score. Todos os dados obtidos foram posteriormente utilizados para análise estatística em R. Em termos de SSI, os limpadores injetados com LPS apresentaram valores mais elevados que os do grupo de controlo. Relativamente ao teste de preferência social, os limpadores imunoestimulados apresentaram níveis reduzidos de atividade, quer para a distância total percorrida quer para a velocidade média, em ambas as situações (cliente versus NO e limpador versus NO). No entanto não houve diferenças significativas no tempo passado na proximidade de qualquer dos estímulos. Quanto às interações, e ainda que os clientes continuassem com comportamentos que demonstram a sua disponibilidade para interagir, os limpadores injetados com LPS tiveram significativamente menos interações que os do grupo de controlo. Através da análise do bystander score foi possível depreender que, enquanto os indivíduos do grupo de controlo mostraram ser capazes de ajustar o seu comportamento alimentar na presença de audiência, aqueles que tinham sido estimulados imunitariamente não ajustaram o seu comportamento. A ativação do sistema imunitário através a injeção com LPS foi validada com base no cálculo do SSI. No entanto, a forma como tal ativação se traduz em alterações comportamentais não é completamente conhecida, tendo sido demonstrado anteriormente que existem diversos fatores, como o género e estatuto social, que influenciam os ajustes comportamentais e que ocorrem em contexto de doença. Os resultados do teste de preferência social permitiram inferir que não ocorreu preferência social, mas que também não ocorreu distanciamento social em relação a qualquer dos estímulos. Considerando a importância do contexto social no comportamento, assim como do tipo de relações estabelecidas, surge a possibilidade de os comportamentos de doença terem sido suprimidos no sentido de evitar a perda dos benefícios da vida social. Dadas as diferenças nos níveis de atividade, que foram inferiores nos indivíduos injetados com LPS, é possível assumir que a letargia manifestada, que se inclui no comportamento de doença, conduz a um auto isolamento passivo, o qual funciona no sentido de diminuir a transmissão de doenças. Quanto às interações entre limpadores e clientes, observou-se uma diferença significativa no seu número, com os limpadores injetados com LPS a interagirem menos, ainda que os clientes continuassem a mostrar disponibilidade para interagir. Torna-se necessário considerar a capacidade que os limpadores têm de considerar interações prévias para decidir como ajustar o seu comportamento e as contingências associadas ao contexto, sendo lícito considerar a capacidade de aprendizagem desta espécie para justificar o número reduzido de interações. Em termos da capacidade de ajustar o seu comportamento na presença de uma audiência, os limpadores injetados com LPS, contrariamente aos do grupo de controlo, não foram capazes de ajustar o seu comportamento alimentar. Até que ponto estes resultados resultam do comportamento de doença induzido ou resultam de outros fatores previamente identificados e passíveis de influenciar o seu comportamento, como as características específicas do seu habitat, é de alguma forma incerto. Em resumo, e ainda que não tenham havido indícios efetivos de que quer os limpadores quer os clientes manifestem distanciamento social, e tendo sido validada a ativação do sistema imunitário, a letargia e o número reduzido de interações poderão ser considerados como mecanismos que indiretamente promovem o distanciamento social dos limpadores em contexto de doença.

Objectives To assess HIV-1 diversity, transmission dynamics and prevalence of transmitted drug resistance (TDR) in Angola, five years after ART scale-up. Methods Population sequencing of the pol gene was performed on 139 plasma samples collected in 2009 from drug-naive HIV-1 infected individuals living in Luanda. HIV-1 subtypes were determined using phylogenetic analysis. Drug resistance mutations were identified using the Calibrated Population Resistance Tool (CPR). Transmission networks were determined using phylogenetic analysis of all Angolan sequences present in the databases. Evolutionary trends were determined by comparison with a similar survey performed in 2001. Results 47.1% of the viruses were pure subtypes (all except B), 47.1% were recombinants and 5.8% were untypable. The prevalence of subtype A decreased significantly from 2001 to 2009 (40.0% to 10.8%, P = 0.0019) while the prevalence of unique recombinant forms (URFs) increased>2-fold (40.0% to 83.1%, P<0.0001). The most frequent URFs comprised untypable sequences with subtypes H (U/H, n = 7, 10.8%), A (U/A, n = 6, 9.2%) and G (G/U, n = 4, 6.2%). Newly identified U/H recombinants formed a highly supported monophyletic cluster suggesting a local and common origin. TDR mutation K103N was found in one (0.7%) patient (1.6% in 2001). Out of the 364 sequences sampled for transmission network analysis, 130 (35.7%) were part of a transmission network. Forty eight transmission clusters were identified; the majority (56.3%) comprised sequences sampled in 2008–2010 in Luanda which is consistent with a locally fuelled epidemic. Very low genetic distance was found in 27 transmission pairs sampled in the same year, suggesting recent transmission events. Conclusions Transmission of drug resistant strains was still negligible in Luanda in 2009, five years after the scale-up of ART. The dominance of small and recent transmission clusters and the emergence of new URFs are consistent with a rising HIV-1 epidemics mainly driven by heterosexual transmission.

Os polímeros estão presentes na grande maioria dos artigos1 do quotidiano, porém para serem os materiais de reconhecido sucesso é necessário misturá-los com aditivos para lhes conferir parte relevante das propriedades necessárias para poderem ser aplicados. Um dos tipos de aditivos mais utilizados na formulação de polímeros são os retardadores de chamas. Estes aumentam a resistência do polímero à chama, retardando a expansão de fogos e limitando a propagação de fumos, protegendo vidas humanas e bens materiais em caso de incêndio, sendo por isso muito utilizados na indústria. Os retardadores de chama halogenados, embora muito eficazes, estão a ser alvo de opções de gestão de risco que visam banir a sua produção e utilização devido a serem potencialmente perigosos para a saúde humana e/ou ambiente. Como tal, estão a ser desenvolvidos estudos com o intuito de encontrar novos retardadores de chama que possam substituir os halogenados com performance semelhante. Neste trabalho foi avaliada a necessidade de substituição de retardadores de chama halogenados, onde com base na informação disponível e em consultas às empresas conclui-se que estes não seriam utilizados na indústria portuguesa, porém dada a limitada amostra das respostas o estudo para substituição foi realizado. Foi realizada uma análise de alternativas e compilados os resultados num guia de substituição para dois retardadores de chama muito utilizados pela indústria, o decaBDE e para o Dechlorane plus, que culminou numa lista final de substâncias alternativas cujo fabrico e utilização resultam num menor risco para o ambiente e saúde humana.

A norma Kerberos v5 especifica como é que clientes e serviços de um sistema distribuído podem autenticar-se mutuamente usando um serviço de autenticação centralizado. Se este serviço falhar, por paragem ou de forma arbitrária (e.g., bug de software, problema de hardware, intrusão), os clientes e serviços que dependem dele deixam de poder autenticar-se. Este trabalho apresenta um serviço de autenticação e autorização que respeita a especificação do Kerberos v5 tal como é descrita no RFC 4120, fazendo uso da técnica da replicação da máquina de estados e de componentes seguros para tornar o serviço mais resiliente. A técnica da replicação da máquina de estados utilizada oferece tolerância a faltas arbitrárias, enquanto os componentes seguros garantem que as chaves dos clientes e dos serviços são mantidas secretas mesmo na presença de intrusões. Neste trabalho foi usada a biblioteca BFT-SMaRt, para concretizar a técnica de replicação da máquina de estados. Este trabalho também foi dedicado a acrescentar uma nova funcionalidade na biblioteca, que consiste de um protocolo de transferência de estado. Os resultados de avaliação mostram que a latência e débito do serviço proposto são similares aos de uma concretização Kerberos bem conhecida, e os resultados da avaliação do protocolo de transferência de estado revelam valores esperados para estados de diferentes tamanhos. Finalmente, tanto quanto é do nosso conhecimento, este trabalho é o primeiro a apresentar um serviço de autenticação e autorização tolerante a intrusões que cumpre a norma Kerberos v5.

Background Differently from HIV-1, HIV-2 disease progression usually takes decades without antiretroviral therapy and the majority of HIV-2 infected individuals survive as elite controllers with normal CD4+ T cell counts and low or undetectable plasma viral load. Neutralizing antibodies (Nabs) are thought to play a central role in HIV-2 evolution and pathogenesis. However, the dynamic of the Nab response and resulting HIV-2 escape during acute infection and their impact in HIV-2 evolution and disease progression remain largely unknown. Our objective was to characterize the Nab response and the molecular and phenotypic evolution of HIV-2 in association with Nab escape in the first years of infection in two children infected at birth. Results CD4+ T cells decreased from about 50% to below 30% in both children in the first five years of infection and the infecting R5 viruses were replaced by X4 viruses within the same period. With antiretroviral therapy, viral load in child 1 decreased to undetectable levels and CD4+ T cells recovered to normal levels, which have been sustained at least until the age of 12. In contrast, viral load increased in child 2 and she progressed to AIDS and death at age 9. Beginning in the first year of life, child 1 raised high titers of antibodies that neutralized primary R5 isolates more effectively than X4 isolates, both autologous and heterologous. Child 2 raised a weak X4-specific Nab response that decreased sharply as disease progressed. Rate of evolution, nucleotide and amino acid diversity, and positive selection, were significantly higher in the envelope of child 1 compared to child 2. Rates of R5-to-X4 tropism switch, of V1 and V3 sequence diversification, and of convergence of V3 to a β-hairpin structure were related with rate of escape from the neutralizing antibodies. Conclusion Our data suggests that the molecular and phenotypic evolution of the human immunodeficiency virus type 2 envelope are related with the dynamics of the neutralizing antibody response providing further support for a model in which Nabs play an important role in HIV-2 pathogenesis.

The increasing reliance on the web for various applications has led to an increase in the number of web-based attacks and vulnerabilities. When exploited, such vulnerabilities as Cross-site Scripting (XSS) and SQL injection (SQLi) can cause severe damage to companies, such as theft of vast amounts of user credentials and access to undue data. One of the most used methods to detect web vulnerabilities is static analysis, which analyzes all application code without running it, which is beneficial so the code can be corrected prior to execution, but at the same time a complex task. This dissertation presents a novel approach for detecting vulnerabilities in PHP web applications by developing a knowledge-based agent-system vulnerability detector (KAVe). The system aims to improve upon existing vulnerability detection tools by incorporating knowledge graphs generated by combining the most important part of multiple code property graphs to be then navigated by a multi-agent system that will perform taint analysis to efficiently identify potential security weaknesses. The study objectives include code parsing and analysis, graph construction, knowledge graph creation, graph pruning, multi-agent navigation, vulnerability detection, validation, and comparison with existing tools. The results demonstrate that KAVe provides a more effective and efficient method for detecting vulnerabilities in PHP web applications, contributing to the web security field and offering a valuable tool for developers and security professionals. The tool found 169 vulnerabilities over 12 open-source web applications, with a precision of 98.81%.

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In Mozambique, the evaluation of retention in HIV care and ART programmes is limited. To assess rate and predictors of attrition (no retention in care) and HAART effectiveness in HIV-1 infected patients who pay for medication and laboratory testing in Mozambique, we conducted a multicenter survey of HIV-1-infected patients who started HAART during 2002–2006. Cox proportional hazard models were used to assess risk of attrition and of therapy failure. Overall, 142 patients from 16 healthcare centers located in the capital city Maputo were followed-up for 22.2 months (12.1–46.7). The retention rate was 75%, 48% and 37% after one, two and three years, respectively. Risk of attrition was lower in patients with higher baseline CD4 count (P = 0.022) and attending healthcare center 1 (HCC1) (P = 0.013). The proportion of individuals with CD4 count ≤200 cells/µL was 55% (78/142) at baseline and decreased to 6% (3/52) at 36 months. Among the patients with available VL, 86% (64/74) achieved undetectable VL levels. The rate of immunologic failure was 17.2% (95% CI: 12.6–22.9) per 100 person-years. Risk of failure was associated to higher baseline CD4 count (P = 0.002), likely reflecting low adherence levels, and decreased with baseline VL ≥10,000 copies/mL (P = 0.033). These results suggest that HAART can be effective in HIV-1 infected patients from Mozambique that pay for their medication and laboratory testing. Further studies are required to identify the causes for low retention rates in patients with low CD4 counts and to better understand the association between healthcare setting and attrition rate.