Repositório RCAAP

Le thème choisi pour ces Journées 2 est un vrai défi pour les chercheurs en histoire moderne, notamment pour les chercheurs portugais. Ceux qui font des recherches sur les débuts de l'époque moderne, c'est-à-dire, les XVème, XVIème, XVIIème et XVIIIème siècles, s'aperçoivent des transformations fondamentales par lesquelles sont passées les sociétés de divers continents jusqu'à leur configuration structurelle selon les paradigmes contemporains. Je fais référence aux grandes transformations en Europe et dans des zones du continent africain et asiatique, mais surtout du continent américain, qui ont développé de fortes relations de communication et de perméabilité avec les Européens. Dues en grande partie à la recherche de solutions et au développement de techniques pour répondre à l'augmentation démographique, à des migrations, à des équilibres politiques, au dynamisme de groupes sociaux, à la conquête de la mer océanique, à l'exploration de voies de longue distance et au développement de relations diversifiées avec des peuples jusque là isolés ou même inconnus, des modifications se font sentir en Europe avec différents degrés d'intensité (en vertu des écarts économiques, de la distance de la mer, de l'organisation sociopolitique, de paramètres culturels...) et, naturellement, elles conditionnent des circuits et des domaines d'intervention qui lui sont liés.

Diversity of the founding population of Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV-1) transmissions raises many important biological, clinical, and epidemiological issues. In up to 40% of sexual infections, there is clear evidence for multiple founding variants, which can influence the efficacy of putative prevention methods, and the reconstruction of epidemiologic histories. To infer who-infected-whom, and to compute the probability of alternative transmission scenarios while explicitly taking phylogenetic uncertainty into account, we created an approximate Bayesian computation (ABC) method based on a set of statistics measuring phylogenetic topology, branch lengths, and genetic diversity. We applied our method to a suspected heterosexual transmission case involving three individuals, showing a complex monophyletic-paraphyletic-polyphyletic phylogenetic topology. We detected that seven phylogenetic lineages had been transmitted between two of the individuals based on the available samples, implying that many more unsampled lineages had also been transmitted. Testing whether the lineages had been transmitted at one time or over some length of time suggested that an ongoing superinfection process over several years was most likely. While one individual was found unlinked to the other two, surprisingly, when evaluating two competing epidemiological priors, the donor of the two that did infect each other was not identified by the host root-label, and was also not the primary suspect in that transmission. This highlights that it is important to take epidemiological information into account when analyzing support for one transmission hypothesis over another, as results may be nonintuitive and sensitive to details about sampling dates relative to possible infection dates. Our study provides a formal inference framework to include information on infection and sampling times, and to investigate ancestral node-label states, transmission direction, transmitted genetic diversity, and frequency of transmission.

Angola borders and has long-term links with Democratic Republic of Congo (DRC) as well as high levels of Human Immunodeficiency Virus (HIV) genetic diversity, indicating a potential role in the initial spread of the HIV-1 pandemic. Herein, we analyze 564 C2V3 and 354 pol publicly available sequences from DRC, Republic of Congo (RC) and Angola to better understand the initial spread of the virus in this region. Phylogeographic analyses were performed with the BEAST software. While our results pinpoint the origin of the pandemic to Kinshasa (DRC) around 1906, the introduction of HIV-1 to Angola could have occurred early between the 1910s and 1940s. Furthermore, most of the HIV-1 migrations out of Kinshasa were directed not only to Lubumbashi and Mbuji-Mayi (DRC), but also to Luanda and Brazzaville. Kinshasa census records corroborate these findings, indicating that the early exportation of the virus to Angola might be related to the high number of Angolans in Kinshasa at that time, originated mostly from the North of Angola. In summary, our results place Angola at the epicenter of the early HIV dissemination, together with DRC and RC.

A vida em sociedade acarreta um conjunto de benefícios mas também de custos, nomeadamente pela forma como facilita a transmissão de doenças, o que justifica a necessidade de analisar esta problemática. As espécies sociais são aquelas que formam associações frequentes com outros indivíduos, equilibrando as pressões do ambiente que atuam a nível cognitivo e influenciam o seu comportamento. Quanto às diferentes formas de interação social, estas podem ser classificadas como comensalismo, amensalismo, parasitismo e mutualismo, sendo que esta última interação se reveste de uma relevância social significativa pela forma como beneficia ambos os intervenientes, tal como acontece no mutualismo de limpeza em que o bodião limpador obtém alimento ao remover ectoparasitas e outros elementos prejudiciais ao cliente. Sendo a condição dos indivíduos influenciada pela vida em sociedade, será a complexidade deste modo de vida a poder contribuir para uma mais elevada capacidade cognitiva. No entanto, e dado que no decorrer das interações sociais que são criadas oportunidades para a transmissão de doenças, torna-se fundamental reconhecer os indivíduos que se encontram doentes, permitindo a adoção de estratégias que controlem a transmissão de doenças. O comportamento de doença inclui diversas alterações em relação ao comportamento habitual dos indivíduos, como a letargia, sonolência e anorexia, e é esse conjunto de alterações comportamentais que poderá tornar possível o reconhecimento dos indivíduos que se encontram doentes. De entre as medidas que permitem controlar a transmissão de doenças, e como a recente pandemia veio demonstrar, o distanciamento social é uma estratégia simples e com elevada eficácia para controlar a disseminação de doenças, existindo inúmeros registos de como o distanciamento social é aplicado em outras espécies que não a dos seres humanos. O bodião limpador Labroides dimidiatus incorre num elevado número de interações diárias e, apesar da preferência por muco, opta por remover e se alimentar de ectoparasitas e tecidos não viáveis dos clientes, revelando uma capacidade cognitiva e complexidade comportamental que o tornaram numa espécie amplamente utilizada em estudos ecológicos e comportamentais. Surgiu também recentemente a perspetiva de os peixes limpadores poderem constituir vetores para a transmissão de doenças, em resultado do elevado número de interações diárias que efetuam. Através da sintomatologia que induz, o LPS permite o estudo do comportamento de doença. Deste modo e por intermédio da estimulação imunitária induzida em peixes limpadores, o objetivo desta dissertação foi avaliar se os peixes limpadores e seus clientes manifestavam estratégias de distanciamento social, com recurso a três teste comportamentais: o teste de preferência social, o teste de interação social e o teste de cooperação com audiência. A nível experimental, foram utilizados como modelos biológicos os peixes limpadores da espécie Labroides dimidiatus (n=23) e peixes clientes da espécie Acanthurus leucosternon (n=3), sendo que os limpadores foram mantidos em tanques individuais, e foram divididos em 2 grupos experimentais de 11 indivíduos, o de teste e o controlo (o restante limpador foi utilizado em testes intraespecíficos). A imunoestimulação foi realizada através da injeção intraperitoneal de LPS, com os elementos do grupo de controlo a serem injetados com PBS (Phosphate-buffered saline), e após a realização de todos os procedimentos experimentais, os indivíduos foram sacrificados com MS (Morphine sulfate) e foi removido o baço para calcular o SSI (spleen somatic-index) e validar a ativação do sistema imunitário. Para o teste de preferência social, os indivíduos foram colocados na zona central de um tanque com 3 divisórias, sendo que nas câmaras laterais eram colocados os estímulos (cliente versus NO (Novel non-social object) e limpador versus NO). Após o período de aclimatação foram efetuadas as gravações de vídeo, sendo posteriormente analisadas com recurso ao software ANY-Maze (Stoelting Europe, Ireland). No teste de interação social os limpadores foram colocados num tanque com um cliente, e após o período de aclimatação foi permitida a interação. As gravações de vídeo das interações foram posteriormente analisadas com recurso ao software Boris. Para determinar o possível ajuste do comportamento alimentar os limpadores foram submetidos ao teste do efeito do observador, em que após a fase de aprendizagem lhe eram apresentadas 2 placas (uma delas a representar o observador) e onde deveriam maximizar os seus ganhos alimentando-se contra a sua preferência, para posterior cálculo do bystander score. Todos os dados obtidos foram posteriormente utilizados para análise estatística em R. Em termos de SSI, os limpadores injetados com LPS apresentaram valores mais elevados que os do grupo de controlo. Relativamente ao teste de preferência social, os limpadores imunoestimulados apresentaram níveis reduzidos de atividade, quer para a distância total percorrida quer para a velocidade média, em ambas as situações (cliente versus NO e limpador versus NO). No entanto não houve diferenças significativas no tempo passado na proximidade de qualquer dos estímulos. Quanto às interações, e ainda que os clientes continuassem com comportamentos que demonstram a sua disponibilidade para interagir, os limpadores injetados com LPS tiveram significativamente menos interações que os do grupo de controlo. Através da análise do bystander score foi possível depreender que, enquanto os indivíduos do grupo de controlo mostraram ser capazes de ajustar o seu comportamento alimentar na presença de audiência, aqueles que tinham sido estimulados imunitariamente não ajustaram o seu comportamento. A ativação do sistema imunitário através a injeção com LPS foi validada com base no cálculo do SSI. No entanto, a forma como tal ativação se traduz em alterações comportamentais não é completamente conhecida, tendo sido demonstrado anteriormente que existem diversos fatores, como o género e estatuto social, que influenciam os ajustes comportamentais e que ocorrem em contexto de doença. Os resultados do teste de preferência social permitiram inferir que não ocorreu preferência social, mas que também não ocorreu distanciamento social em relação a qualquer dos estímulos. Considerando a importância do contexto social no comportamento, assim como do tipo de relações estabelecidas, surge a possibilidade de os comportamentos de doença terem sido suprimidos no sentido de evitar a perda dos benefícios da vida social. Dadas as diferenças nos níveis de atividade, que foram inferiores nos indivíduos injetados com LPS, é possível assumir que a letargia manifestada, que se inclui no comportamento de doença, conduz a um auto isolamento passivo, o qual funciona no sentido de diminuir a transmissão de doenças. Quanto às interações entre limpadores e clientes, observou-se uma diferença significativa no seu número, com os limpadores injetados com LPS a interagirem menos, ainda que os clientes continuassem a mostrar disponibilidade para interagir. Torna-se necessário considerar a capacidade que os limpadores têm de considerar interações prévias para decidir como ajustar o seu comportamento e as contingências associadas ao contexto, sendo lícito considerar a capacidade de aprendizagem desta espécie para justificar o número reduzido de interações. Em termos da capacidade de ajustar o seu comportamento na presença de uma audiência, os limpadores injetados com LPS, contrariamente aos do grupo de controlo, não foram capazes de ajustar o seu comportamento alimentar. Até que ponto estes resultados resultam do comportamento de doença induzido ou resultam de outros fatores previamente identificados e passíveis de influenciar o seu comportamento, como as características específicas do seu habitat, é de alguma forma incerto. Em resumo, e ainda que não tenham havido indícios efetivos de que quer os limpadores quer os clientes manifestem distanciamento social, e tendo sido validada a ativação do sistema imunitário, a letargia e o número reduzido de interações poderão ser considerados como mecanismos que indiretamente promovem o distanciamento social dos limpadores em contexto de doença.

Objectives To assess HIV-1 diversity, transmission dynamics and prevalence of transmitted drug resistance (TDR) in Angola, five years after ART scale-up. Methods Population sequencing of the pol gene was performed on 139 plasma samples collected in 2009 from drug-naive HIV-1 infected individuals living in Luanda. HIV-1 subtypes were determined using phylogenetic analysis. Drug resistance mutations were identified using the Calibrated Population Resistance Tool (CPR). Transmission networks were determined using phylogenetic analysis of all Angolan sequences present in the databases. Evolutionary trends were determined by comparison with a similar survey performed in 2001. Results 47.1% of the viruses were pure subtypes (all except B), 47.1% were recombinants and 5.8% were untypable. The prevalence of subtype A decreased significantly from 2001 to 2009 (40.0% to 10.8%, P = 0.0019) while the prevalence of unique recombinant forms (URFs) increased>2-fold (40.0% to 83.1%, P<0.0001). The most frequent URFs comprised untypable sequences with subtypes H (U/H, n = 7, 10.8%), A (U/A, n = 6, 9.2%) and G (G/U, n = 4, 6.2%). Newly identified U/H recombinants formed a highly supported monophyletic cluster suggesting a local and common origin. TDR mutation K103N was found in one (0.7%) patient (1.6% in 2001). Out of the 364 sequences sampled for transmission network analysis, 130 (35.7%) were part of a transmission network. Forty eight transmission clusters were identified; the majority (56.3%) comprised sequences sampled in 2008–2010 in Luanda which is consistent with a locally fuelled epidemic. Very low genetic distance was found in 27 transmission pairs sampled in the same year, suggesting recent transmission events. Conclusions Transmission of drug resistant strains was still negligible in Luanda in 2009, five years after the scale-up of ART. The dominance of small and recent transmission clusters and the emergence of new URFs are consistent with a rising HIV-1 epidemics mainly driven by heterosexual transmission.

Os polímeros estão presentes na grande maioria dos artigos1 do quotidiano, porém para serem os materiais de reconhecido sucesso é necessário misturá-los com aditivos para lhes conferir parte relevante das propriedades necessárias para poderem ser aplicados. Um dos tipos de aditivos mais utilizados na formulação de polímeros são os retardadores de chamas. Estes aumentam a resistência do polímero à chama, retardando a expansão de fogos e limitando a propagação de fumos, protegendo vidas humanas e bens materiais em caso de incêndio, sendo por isso muito utilizados na indústria. Os retardadores de chama halogenados, embora muito eficazes, estão a ser alvo de opções de gestão de risco que visam banir a sua produção e utilização devido a serem potencialmente perigosos para a saúde humana e/ou ambiente. Como tal, estão a ser desenvolvidos estudos com o intuito de encontrar novos retardadores de chama que possam substituir os halogenados com performance semelhante. Neste trabalho foi avaliada a necessidade de substituição de retardadores de chama halogenados, onde com base na informação disponível e em consultas às empresas conclui-se que estes não seriam utilizados na indústria portuguesa, porém dada a limitada amostra das respostas o estudo para substituição foi realizado. Foi realizada uma análise de alternativas e compilados os resultados num guia de substituição para dois retardadores de chama muito utilizados pela indústria, o decaBDE e para o Dechlorane plus, que culminou numa lista final de substâncias alternativas cujo fabrico e utilização resultam num menor risco para o ambiente e saúde humana.

A norma Kerberos v5 especifica como é que clientes e serviços de um sistema distribuído podem autenticar-se mutuamente usando um serviço de autenticação centralizado. Se este serviço falhar, por paragem ou de forma arbitrária (e.g., bug de software, problema de hardware, intrusão), os clientes e serviços que dependem dele deixam de poder autenticar-se. Este trabalho apresenta um serviço de autenticação e autorização que respeita a especificação do Kerberos v5 tal como é descrita no RFC 4120, fazendo uso da técnica da replicação da máquina de estados e de componentes seguros para tornar o serviço mais resiliente. A técnica da replicação da máquina de estados utilizada oferece tolerância a faltas arbitrárias, enquanto os componentes seguros garantem que as chaves dos clientes e dos serviços são mantidas secretas mesmo na presença de intrusões. Neste trabalho foi usada a biblioteca BFT-SMaRt, para concretizar a técnica de replicação da máquina de estados. Este trabalho também foi dedicado a acrescentar uma nova funcionalidade na biblioteca, que consiste de um protocolo de transferência de estado. Os resultados de avaliação mostram que a latência e débito do serviço proposto são similares aos de uma concretização Kerberos bem conhecida, e os resultados da avaliação do protocolo de transferência de estado revelam valores esperados para estados de diferentes tamanhos. Finalmente, tanto quanto é do nosso conhecimento, este trabalho é o primeiro a apresentar um serviço de autenticação e autorização tolerante a intrusões que cumpre a norma Kerberos v5.

Background Differently from HIV-1, HIV-2 disease progression usually takes decades without antiretroviral therapy and the majority of HIV-2 infected individuals survive as elite controllers with normal CD4+ T cell counts and low or undetectable plasma viral load. Neutralizing antibodies (Nabs) are thought to play a central role in HIV-2 evolution and pathogenesis. However, the dynamic of the Nab response and resulting HIV-2 escape during acute infection and their impact in HIV-2 evolution and disease progression remain largely unknown. Our objective was to characterize the Nab response and the molecular and phenotypic evolution of HIV-2 in association with Nab escape in the first years of infection in two children infected at birth. Results CD4+ T cells decreased from about 50% to below 30% in both children in the first five years of infection and the infecting R5 viruses were replaced by X4 viruses within the same period. With antiretroviral therapy, viral load in child 1 decreased to undetectable levels and CD4+ T cells recovered to normal levels, which have been sustained at least until the age of 12. In contrast, viral load increased in child 2 and she progressed to AIDS and death at age 9. Beginning in the first year of life, child 1 raised high titers of antibodies that neutralized primary R5 isolates more effectively than X4 isolates, both autologous and heterologous. Child 2 raised a weak X4-specific Nab response that decreased sharply as disease progressed. Rate of evolution, nucleotide and amino acid diversity, and positive selection, were significantly higher in the envelope of child 1 compared to child 2. Rates of R5-to-X4 tropism switch, of V1 and V3 sequence diversification, and of convergence of V3 to a β-hairpin structure were related with rate of escape from the neutralizing antibodies. Conclusion Our data suggests that the molecular and phenotypic evolution of the human immunodeficiency virus type 2 envelope are related with the dynamics of the neutralizing antibody response providing further support for a model in which Nabs play an important role in HIV-2 pathogenesis.

The increasing reliance on the web for various applications has led to an increase in the number of web-based attacks and vulnerabilities. When exploited, such vulnerabilities as Cross-site Scripting (XSS) and SQL injection (SQLi) can cause severe damage to companies, such as theft of vast amounts of user credentials and access to undue data. One of the most used methods to detect web vulnerabilities is static analysis, which analyzes all application code without running it, which is beneficial so the code can be corrected prior to execution, but at the same time a complex task. This dissertation presents a novel approach for detecting vulnerabilities in PHP web applications by developing a knowledge-based agent-system vulnerability detector (KAVe). The system aims to improve upon existing vulnerability detection tools by incorporating knowledge graphs generated by combining the most important part of multiple code property graphs to be then navigated by a multi-agent system that will perform taint analysis to efficiently identify potential security weaknesses. The study objectives include code parsing and analysis, graph construction, knowledge graph creation, graph pruning, multi-agent navigation, vulnerability detection, validation, and comparison with existing tools. The results demonstrate that KAVe provides a more effective and efficient method for detecting vulnerabilities in PHP web applications, contributing to the web security field and offering a valuable tool for developers and security professionals. The tool found 169 vulnerabilities over 12 open-source web applications, with a precision of 98.81%.

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In Mozambique, the evaluation of retention in HIV care and ART programmes is limited. To assess rate and predictors of attrition (no retention in care) and HAART effectiveness in HIV-1 infected patients who pay for medication and laboratory testing in Mozambique, we conducted a multicenter survey of HIV-1-infected patients who started HAART during 2002–2006. Cox proportional hazard models were used to assess risk of attrition and of therapy failure. Overall, 142 patients from 16 healthcare centers located in the capital city Maputo were followed-up for 22.2 months (12.1–46.7). The retention rate was 75%, 48% and 37% after one, two and three years, respectively. Risk of attrition was lower in patients with higher baseline CD4 count (P = 0.022) and attending healthcare center 1 (HCC1) (P = 0.013). The proportion of individuals with CD4 count ≤200 cells/µL was 55% (78/142) at baseline and decreased to 6% (3/52) at 36 months. Among the patients with available VL, 86% (64/74) achieved undetectable VL levels. The rate of immunologic failure was 17.2% (95% CI: 12.6–22.9) per 100 person-years. Risk of failure was associated to higher baseline CD4 count (P = 0.002), likely reflecting low adherence levels, and decreased with baseline VL ≥10,000 copies/mL (P = 0.033). These results suggest that HAART can be effective in HIV-1 infected patients from Mozambique that pay for their medication and laboratory testing. Further studies are required to identify the causes for low retention rates in patients with low CD4 counts and to better understand the association between healthcare setting and attrition rate.

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Nos últimos 20 anos, a Convenção de Aarhus tem sido fundamental na apropriação da democracia ambiental e da sustentabilidade dentro da Região da Comissão Económica para a Europa das Nações Unidas (CEE-ONU) e além. O acesso efetivo à informação, a participação pública e o acesso à justiça são guias essenciais para promover um processo inclusivo e participativo para projetos ambientais e de planeamento espacial e devem ser resguardados pelos Estados Membros a fim de garantir que estes serviços sejam entregues para benefício geral dos cidadãos. O objetivo geral deste Relatório de Estágio foi avaliar a eficácia da aplicação da Convenção de Aarhus em Portugal e identificar os principais constrangimentos, desafios e oportunidades para melhoria da implementação da Convenção no país. Este trabalho fora elaborado através de pesquisa bibliográfica e documental e atividades desenvolvidas junto ao Conselho Nacional do Ambiente e do Desenvolvimento Sustentável. Em análise aos dois últimos Relatórios de Implementação Nacional enviados por Portugal e aos procedimentos e resultados de consulta pública de alguns instrumentos de políticas de ambiente e do ordenamento do território, verificou-se que a legislação nacional correspondente está pavimentada nos três pilares de Aarhus, porém a realidade é ainda de baixos níveis de participação em consultas públicas, de acesso inócuo à informação e infrutífero à justiça. Ainda, através de um inquérito conduzido pela Agência Portuguesa do Ambiente aos 308 municípios portugueses, constatou-se que cerca de metade dos (poucos) respondentes declaram conhecer a Convenção, revelando que este instrumento ainda não tem raízes profundas na “consciência” dos municípios portugueses e, por conseguinte, da sua população. É necessário encarar os cidadãos como agentes dos pleitos ambientais e abrir espaço à uma era de participação pública mais expressiva, através da simplificação da informação e da sondagem de novas técnicas e métodos de consulta popular, de forma a instaurar uma cultura global colaborativa em matéria ambiental, amparada pelas diretrizes de Aarhus.

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Introdução: A Drosophila melanogaster é amplamente utilizada em diversas áreas de investigação por ser um organismo pequeno, com ciclo de vida curto, muita descendência, de fácil manutenção dispondo de diversas ferramentas genéticas bem estabelecidas. Em particular, o desenvolvimento do oócito de Drosophila constitui um sistema clássico de estudo da gametogénese feminina. Atualmente, a evolução da tecnologia permite revisitar conceitos base com novas perspectivas. A mosca do vinagre fêmea tem dois grandes ovários interligados por um oviduto. Cada ovário é composto por vários ovaríolos, que são fileiras de câmaras ovarianas (egg chambers) em diferentes estádios de desenvolvimento. Enquanto na extremidade posterior do ovaríolo encontramos o ovo maduro, na ponta oposta do ovaríolo encontramos o germário, que contém células estaminais que se dividem para formar quistos de 16 células. Dessas células, apenas uma se diferencia em oócito, enquanto as 15 células restantes se diferenciam em células nutritivas (nurse cells) que suportam o desenvolvimento do oócito, fornecendo nutrientes e RNAs maternos através dos ring canals. Cada egg chamber é constituída por essas 16 células circundadas por uma única camada de células foliculares somáticas, que contribuem para formar a membrana vitelina e, posteriormente, o córion. A polaridade celular é uma característica importante para o desenvolvimento do oócito e é definida por uma assimetria estrutural e funcional da célula. No caso do oócito de Drosophila, a quebra da simetria inicial e o estabelecimento da polaridade dependem do transporte de mRNAs maternos das nurse cells para o oócito e sua subsequente localização assimétrica no oócito. A regulação da localização do mRNA dentro do oócito é crucial para a padronização embrionária. Os eixos embrionários de Drosophila são determinados pela localização de mRNAs específicos do oócito, como oskar (osk), bicoid (bcd), nanos (nos) e gurken (grk). Durante a oogénese e o desenvolvimento embrionário inicial, diferentes proteínas formam gradientes a partir de diferentes regiões do oócito e/ou embrião onde os mRNAs são traduzidos. A assimetria na localização de proteínas pode ser alcançada por mecanismos distintos, incluindo a eficiente localização subcelular de mRNAs seguida de tradução local, ou, se os mRNAs são pouco localizados, pela repressão traducional eficiente de mRNAs não localizados, o que restringe a tradução a um pequeno subconjunto de mRNAs localizados em regiões estritas do oócito. A localização subcelular de mRNAs depende de sequências “zipcode", tipicamente localizadas nas regiões 3' ou 5'UTR desses transcritos. Essas sequências são reconhecidas por proteínas específicas de ligação ao RNA que medeiam a interação com complexos de proteínas motoras para o transporte citoplasmático direto. Além disso, a proteção local da degradação do mRNA e/ou movimentos "aleatórios" do mRNA, que são ligeiramente enviesadas para determinada região do oócito, em conjunto com mecanismos de ancoragem, também garantem o enriquecimento do mRNA em regiões subcelulares específicas. Ainda assim, quando os mecanismos de transporte de RNA são ineficientes, a localização assimétrica de proteínas depende da regulação local da tradução. Por exemplo, ao contrário do mRNA bcd, que é eficientemente localizado no pólo anterior do oócito e cuja tradução resulta num gradiente anterior da proteína Bcd, os mRNAs osk e nos são apenas ligeiramente localizados no pólo posterior, exigindo repressão traducional eficiente de mRNAs não localizados para garantir um gradiente posterior destas duas proteínas. O enriquecimento de Osk no pólo posterior é necessário e suficiente para a tradução local de mRNAs do plasma germinal (pole plasm), o que é crítico não só para a padronização posterior, mas também para a segregação das células germinais (pole cells). A tradução local dos mRNAs de nos é assegurada pela repressão, dependente de Bcd, da tradução anterior, enquanto a regulação traducional dos mRNAs grk e osk envolve o complexo eIF4E-Cup-Bru. Durante a oogénese inicial, o mRNA grk está localizado no pólo posterior do oócito em desenvolvimento, contribuindo para a determinação do eixo antero-posterior, conferindo identidade posterior às células foliculares somáticas. Subsequentemente, e à medida que o núcleo do oócito migra para a região anterior, a localização perinuclear do mRNA grk e a sua tradução local, forma um gradiente dorsal cuja função é crítica para a identidade dorsal das células foliculares e para padronização dorsoventral do embrião. Questão biológica e objetivos: A nossa questão biológica é como os mRNAs se localizam dentro de uma célula, mais especificamente, dentro do oócito de Drosophila. Durante décadas, a localização geral do mRNA tem sido estudada principalmente recorrendo a hibridações in situ não-quantitativas. Embora essa abordagem tenha levado a importantes contributos para o nosso conhecimento científico, esta pode, no entanto, levar a interpretações incorretas. Por exemplo, hibridações in situ para bcd revelam um enriquecimento cortical anterior e hibridações in situ para de osk e nos revelam um enriquecimento cortical posterior no oócito. No entanto, abordagens por northern blot mostraram claramente que, enquanto o mRNA bcd é eficientemente localizado na região anterior do oócito, a maioria dos mRNAs nos e osk não está localizada posteriormente sendo que apenas uma pequena fração destes é enriquecida na região posterior. Para ultrapassar estas limitações, recentemente têm sido desenvolvidas novas metodologias de hibridação in situ com fluorescência quantitativa. No entanto, estas metodologias, embora excelentes na descrição da localização e cinética de mRNAs únicos dentro da célula, não fornecem uma perspectiva genome-wide do transcriptoma subcelular durante o desenvolvimento. Este projeto visa desenvolver uma nova abordagem de transcriptómica subcelular capaz de fazer uma análise genome-wide, quantitativa e imparcial da localização de mRNA. O nosso objetivo é usar esta metodologia para estudar a dinâmica subcelular do oócito de Drosophila em desenvolvimento. Abordagem Experimental: Utilizámos um conjunto de equipamento experimental desenvolvido pelo laboratório de Ivo Telley que permite uma colheita precisa de citoplasma de regiões distintas (anterior e posterior) de oócitos de Drosophila nos estádios 10 e 12. O oócito de D. melanogaster é um sistema ideal para este estudo, uma vez que é passível de micromanipulação, live-cell imaging e da adoção de diversas abordagens genéticas. A montagem experimental de micromanipulação é constituída por dois (ou mais) suportes de micropipetas que são controlados por controladores de precisão de coordenadas x, y, z e uma bomba de seringas de dois sentidos que é conectada a um dos suportes de micropipetas por um tubo de teflon. As micropipetas são produzidas no nosso laboratório, a partir de capilares de borossilicato estirado de modo a obter pontas com comprimento e largura ideais, evitando o dano das extremidades frequentemente observado em micropipetas pré-fabricadas. Resultados: A nossa abordagem de transcriptómica subcelular suporta estudos prévios mostrando que, apesar de bcd apresentar assimetrias significativas na localização subcelular de mRNAs, a abundancia dos mRNAs osk e nos não apresentam diferenças significativas entre as regiões anterior e posterior do oócito. Adicionalmente, esta análise transcriptómica detetou vários genes maternais localizados e mostrou que a região dorso-anterior do oócito possui um conjunto único de mRNAs localizados. Identificámos centenas de mRNAs localizados assimetricamente ao longo do eixo antero-posterior que, aparentemente, não apresentam enriquecimento cortical no oócito, o que explica o facto destes serem tipicamente classificados como mRNAs maternais não localizados por estudos prévios baseados em hibridação in situ não-quantitativa. Em conjunto, e pese embora a necessidade de mais estudos nesta temática, estes resultados sugerem fortemente que a nossa abordagem de transcriptómica subcelular é viável e pode fornecer dados confiáveis e reprodutíveis para estudar a localização de mRNA e a sua dinâmica. Conclusão: Este trabalho validou o uso de uma abordagem de transcriptómica subcelular para estudar a localização de RNAs e distinguiu uma nova classe potencial de mRNAs localizados, não identificada por trabalhos prévios de hibridação in situ não-quantitativa, e cuja localização provavelmente será importante para a gametogénese feminina de Drosophila.

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O nosso estudo centrou-se, sobretudo, na documentação existente nos arquivos daRegião Autónoma da Madeira, dos quais destaco o Arquivo Regional da Madeira e oArquivo da Diocese do Funchal, bem como nos arquivos nacionais da Torre do Tombo,Histórico Ultramarino e Biblioteca Nacional. Procuramos, a partir dos dados recolhidos,fundamentar a nossa investigação; aqueles documentos que nos pareceram de maior interesseforam transcritos e aparecem anexados no final do trabalho. Além disso, não ignoramos avasta bibliografia sobre a matéria.O século XVIII transformou o conceito de Estado. Foi, de facto, a partir desta data quese começou a formar a estrutura estadual que moldou e definiu o Estado que hoje todosconhecemos.A renovação das estruturas políticas e económicas, urgentes no país, levaram àascensão política de um homem, responsável pela condução de diversos cargos: o Marquêsde Pombal.Este foi, na realidade, um período importante e decisivo para a nossa história porque,além das obras que ainda perduram, enraizou conceitos, valores e perspectivas pelos quais ohomem actual se orienta.O tema escolhido suscitou o nosso interesse por haver um certo vazio de conhecimentodo alcance das suas medidas, durante esse lapso de tempo, na Região Autónoma da Madeira.Para finalizar, porque o conhecimento do passado é imprescindível para acompreensão do presente, pretendemos com o nosso trabalho mostrar um pouco da luz' doperíodo de Setecentos que, não obstante os séculos entretanto passados, continua ainda hojea revelar-se de profícuo interesse por nos consciencializar da pessoa/cidadão que somos.

Although mainstream object-oriented languages, like Java, are currently able to detect and prevent many programming errors by static type-checking, common usage-related errors are not captured and signaled to programmers. In general, no (formal) support is available in these languages for ensuring that an object is used according to the protocol which the programmer had in mind when describing the behavior of a class. The file reader protocol is a simple but clarifying example: first a file must be opened, then it can be read multiple times (though not beyond the end-of-file), and finally it must be closed. As client code is not checked for protocol conformance, trying to read the file without first opening it, or when it is closed, are simple disregards caught only by runtime exceptions, assuming the language is equipped with built-in support to handle errors and exceptional events. The MOOL programming language presented in this work is an attempt to formalize object usage and access. It consists in a simple class-based object-oriented language that includes standard primitives found in most object-oriented language formalisms. Additionally, the language offers constructs that can be attached at class definitions for specifying (1) the available methods based on an object state, and (2) how methods may be called in that state – by a single client, in which case we say that the object has a linear status, or without restrictions, in which case we say it has a shared one. We refer to this abstract view that defines an object state and status the class usage type. We formalize the language syntax, the operational semantics, and a type system that enforces by static typing that methods are called only when available, and by a single client if so specified in the class usage type. We illustrate the language capabilities by encoding in MOOL the protocols of two well-known examples: the file reader and the auction system. We have built a prototype compiler to implement our ideas, and its architecture is also described. Finally, we anticipate some of the related topics which we are interested in pursuing in future work.

Este trabalho tem como objetivo investigar a representação feminina nos meios de comunicação de massa, entender a verossimilhança desta representação e se a imagem representada corrobora para a construção de estereótipos difundidos principalmente nas produções cinematográficas. Além disso, pretende apresentar um parâmetro sobre as tribos urbanas para compreender especificamente uma delas: os nerds. A pesquisa tenta identificar quem são os nerds, sua relação com o feminino e o impacto da saga Star Wars nesse universo. Para este estudo, utilizaremos como metodologias tanto uma revisão bibliográfica referente aos temas tratados quanto uma análise de conteúdo sobre as protagonistas femininas da franquia de filmes Star Wars. O título desse trabalho faz referência a uma fala da personagem Rey no episódio VII da saga.