Repositório RCAAP

Neutrophil extracellular traps (NETs) are involved in the pathogenesis of many infectious diseases, yet their dynamics and impact on HIV/SIV infection have not yet been assessed. We hypothesized that SIV infection and the related microbial translocation trigger NET activation and release (NETosis), and we investigated the interactions between NETs and immune cell populations and platelets. We compared and contrasted the levels of NETs between SIV-uninfected, SIV-infected, and SIV-infected antiretroviral-treated nonhuman primates. We also cocultured neutrophils from these animals with either peripheral blood mononuclear cells or platelets. Increased NET production was observed throughout SIV infection. In chronically infected animals, NETs were found in the gut, lung, and liver, and in the blood vessels of kidney and heart. Antiretroviral therapy (ART) decreased NETosis, albeit above preinfection levels. NETs captured CD4+ and CD8+ T cells, B cells, and monocytes, irrespective of their infection status, potentially contributing to the indiscriminate generalized immune cell loss characteristic to HIV/SIV infection, and limiting the CD4+ T cell recovery under ART. By capturing and facilitating aggregation of platelets, and through expression of increased tissue factor levels, NETs may also enhance HIV/SIV-related coagulopathy and promote cardiovascular comorbidities.

The interplay between immune response and HIV is intensely studied via mathematical modeling, with significant insights but few direct answers. In this short review, we highlight advances and knowledge gaps across different aspects of immunity. In particular, we identify the innate immune response and its role in priming the adaptive response as ripe for modeling. The latter have been the focus of most modeling studies, but we also synthesize key outstanding questions regarding effector mechanisms of cellular immunity and development of broadly neutralizing antibodies. Thus far, most modeling studies aimed to infer general immune mechanisms; we foresee that significant progress will be made next by detailed quantitative fitting of models to data, and prediction of immune responses.

Objectives: To assess the efficacy of golimumab in combination with methotrexate (MTX) versus MTX monotherapy in psoriatic arthritis (PsA) dactylitis. Methods: Multicentre, investigator-initiated, randomised, double-blind, placebo-controlled, parallel-design phase 3b trial in 11 Portuguese rheumatology centres. Patients with PsA along with active dactylitis and naive to MTX and biologic disease-modifying antirheumatic drugs (bDMARDs) were randomly assigned to golimumab or placebo, both in combination with MTX. The primary endpoint was Dactylitis Severity Score (DSS) change from baseline to week 24. Key secondary endpoints included DSS and Leeds Dactylitis Index (LDI) response, and changes from baseline in the LDI and MRI dactylitis score. Analysis was by intention-to-treat for the primary endpoint. Results: Twenty-one patients received golimumab plus MTX and 23 MTX monotherapy for 24 weeks. One patient from each arm discontinued. Patient inclusion was halted at 50% planned recruitment due to a favourable interim analysis. Median baseline DSS was 6 in both arms. By week 24, patients treated with golimumab plus MTX exhibited significantly greater improvements in DSS relative to MTX monotherapy (median change of 5 vs 2 points, respectively; p=0.026). In the golimumab plus MTX arm, significantly higher proportions of patients achieved at least 50% or 70% improvement in DSS and 20%, 50% or 70% improvement in LDI in comparison to MTX monotherapy. Conclusions: The combination of golimumab and MTX as first-line bDMARD therapy is superior to MTX monotherapy for the treatment of PsA dactylitis.

The success of allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (allo-HSCT) in the treatment of hematological malignancies remains hampered by life-threatening chronic graft vs. host disease (cGVHD). Although multifactorial in nature, cGVHD has been associated with imbalances between effector and regulatory T cells (Treg). To further elucidate this issue, we performed a prospective analysis of patients undergoing unrelated donor allo-HSCT after a reduced intensity conditioning (RIC) regimen containing anti-thymocyte globulin (ATG) and the same GVHD prophylaxis, at a single institution. We studied T cell subset homeostasis over a 24-month follow-up after HSCT in a comparative analysis of patients with and without cGVHD. We also quantified naive and memory T cell subsets, proliferation and expression of the apoptosis-related proteins Bcl-2 and CD95. Finally, we assessed thymic function by T cell receptor excision circle (TREC) quantification and T cell receptor (TCR) diversity by TCRVβ spectratyping. While the total number of conventional CD4 (Tcon) and CD8 T cells was similar between patient groups, Treg were decreased in cGVHD patients. Interestingly, we also observed divergent patterns of Naive and Stem Cell Memory (SCM) subset recovery in Treg and Tcon compared to CD8. Patients with cGVHD showed impaired recovery of Naive and SCM Tcon and Treg, but significantly increased frequencies and absolute numbers of Naive and SCM were observed in the CD8 pool. Markedly increased EMRA CD8 T cells were also noted in cGVHD. Taken together, these results suggest that Naive, SCM and EMRA CD8 play a role in the emergence of cGHVD. Reduced Naive and recent thymic emigrant Tcon and Treg in cGVHD was likely due to impaired thymic output, as it was accompanied by decreased CD4 TREC and TCR diversity. On the other hand, CD8 TCR diversity was similar between patient groups. Furthermore, no correlation was observed between CD8 TREC content and Naive CD8 numbers, suggesting limited thymic production of Naive CD8 T cells in patients after transplant, especially in those developing cGVHD. The mechanisms behind the opposing patterns of CD4 and CD8 subset cell recovery in cGVHD remain elusive, but may be linked to thymic damage associated with the conditioning regimen and/or acute GVHD.

Configurações são um conceito bastante simples, afinal de contas podem ser apenas pares de chave-valor. Mas se pensarmos bem são elas que moldam quase tudo o que nos rodeia, pelo menos no que é manufaturado, como uma caneta, por exemplo, que pode possuir diferentes cores, pois a cor da qual uma caneta escreve é uma das suas configurações, sendo um simples par de chave-valor, onde uma caneta azul possui a chave cor correspondente ao valor azul nas suas configurações. Contudo nem sempre é assim tão simples, aliás em sistemas informáticos as configurações podem ficar bastante complexas e confusas, sendo que quanto maior o sistema maior o número de configurações que este necessita. Nos últimos anos bastantes empresas que desenvolvem sistemas informáticos, por diversos motivos, têm decidido mudar a arquitectura dos seus sistemas para Micro-Serviços. No entanto, com esta mudança também surgiram novos problemas. Será que devemos colocar todas as configurações de um serviço centralizado ou distribuído pelos vários serviços? Será que devemos manter os ficheiros de configurações locais a cada serviço ou externas? Estas foram algumas das perguntas mais frequentes nestas transições. A resposta na maioria dos casos é a utilização uniforme de configurações externas de forma a não fragmentar as configurações pelos vários serviços. Utilizar configurações externas permite assim uma melhor gestão das mesmas, no entanto ainda existem pontos que podem ser melhorados. Um desses pontos é o número de configurações necessárias e como estas interagem umas com as outras. Ao utilizar uma arquitetura de Micro-Servic¸os estas configurações são ainda em maior quantidade, do que num sistema monolítico por exemplo, pois cada serviço necessita não só das suas próprias configurações, mas também de configurações mais gerais do sistema. Isto pode levar a configurações duplicadas, sendo assim difíceis de corrigir ou alterar caso necessário visto que uma configuração pode ter de ser modificada em diferentes locais. A solução aqui apresentada tenta minimizar estes problemas, adicionando um serviço de gestão de configurações independente do produto. Esta proposta irá possuir um sistema hierárquico de configurações, para assim diminuir o número de configurações duplicadas. Também estará provida de um sistema de versões, possibilitando assim uma fácil detecção de mudanças, um mecanismo para voltar a um estado anterior e uma forma de rever alterações antes destas serem aplicadas.

As cianobactérias são um dos grupos de organismos mais amplamente distribuídos nos corpos de água doce continentais, apresentando uma distribuição global. O processo evolutivo a que este grupo esteve sujeito conferiu-lhes uma grande diversidade de cores, formas e estruturas organizacionais de comunidade, fazendo com que os organismos deste filo possam ser bastante diferentes entre si, tanto a nível fenotípico como genotípico. Os géneros Planktothrix, Microcystis, Anabaena e Aphanizomenon são dos grupos de cianobactérias mais presentes nos corpos de água doce portugueses. Apesar de frequentemente estudadas devido ao seu potencial farmacêutico e biotecnológico e à sua capacidade de formar blooms nocivos, as cianobactérias (principalmente de água doce) foram até agora pouco estudadas no que diz respeito à sua contribuição para o resistoma aquático. A resistência a antibióticos em organismos patogénicos é um problema cada vez mais prevalecente e que coloca em risco não só a saúde humana, como animal. No entanto, não são apenas os microrganismos com relevância clínica que apresentam mecanismos de RA. Os microrganismos ambientais, como as cianobactérias, podem ter também um papel importante na emergência e disseminação dos genes de resistência, pelo que a análise exploratória dos seus genomas se revela de grande importância. Este trabalho teve como principais objetivos, i) a classificação taxonómica e assemblagem de reads provenientes de culturas não-axénicas de cianobactérias, ii) a deteção da presença de genes capazes de conferir resistência a antibióticos nos genomas cianobacterianos e finalmente iii) o desenvolvimento de uma pipeline escalável e reprodutível que permita aplicar de forma simples o workflow desenvolvido. Foram utilizadas tecnologias de sequenciação de segunda geração (Illumina) para sequenciar 43 estirpes de cianobactérias não-axénicas, provenientes de amostras recolhidas em reservatórios de água e numa estação de tratamento de águas residuais, distribuídas ao longo de Portugal continental. Todas estas amostras pertencem à Coleção de Culturas de Algas Estela Sousa e Silva (ESSACC) ou à Blue Biotechnology and Ecotoxicology Culture Collection (LEGE-CC). As estirpes analisadas foram previamente classificadas taxonomicamente com base em observações de microscopia, sendo 8 delas classificadas como Planktothrix agardhii, 8 como Planktothrix mougeotii, 9 como Microcystis aeruginosa, 9 como Anabaena spp. e 9 como Aphanizomenon spp. Os dados resultantes da sequenciação das culturas foram tratados de modo a garantir a sua qualidade e eliminar as sequências adaptadoras resultantes do processo de sequenciação. Foram observadas as curvas de conteúdo GC de cada uma das amostras de modo a descriminar as cianobactérias das restantes bactérias da comunidade. Devido ao elevado conteúdo de organismos não cianobacterianos foi seguida uma abordagem de binning metagenómico de modo a obter genomas isolados das cianobactérias de interesse. Numa primeira etapa os metagenomas foram classificados taxonomicamente com recurso ao software Kraken2, o que nos permitiu corroborar ou corrigir a classificação taxonómica prévia das amostras das coleções quanto à espécie de cianobactéria predominante em cada uma das culturas. Esta classificação permitiu-nos também identificar os restantes organismos presentes no meio, que consistem maioritariamente em bactérias pertencentes aos filos Firmicutes, Proteobacteria, Bacteroidetes e Phragmoplastophyta. Conhecendo a taxonomia das amostras foi efetuada a assemblagem do metagenoma com recurso ao software SPAdes. Os metagenomas assemblados foram posteriormente ‘binned’ em diversos ficheiros fasta de acordo com a sua cobertura genómica e percentagem de conteúdo GC, cada um teoricamente correspondente a uma espécie de bactéria. Os bins pertencentes a espécies de cianobactérias foram selecionados automaticamente por um script em Python desenvolvido para o propósito, com base nas informações de percentagem de bases GC e dimensões genómicas de amostras de referência do NCBI, de géneros correspondentes aos identificados pelo Kraken2. Os genomas (bins) cianobacterianos foram então analisados relativamente à presença de potenciais genes de resistência a antibióticos (RA), através da comparação das suas sequências com as sequências de referência de genes de RA presentes na base de dados CARD, utilizando a ferramenta online associada à mesma, o Resistance Gene Identifier (RGI). Os restantes bins, pertencentes outros grupos de bactérias, foram também pesquisados para genes de RA de modo a tentar caracterizar os resistomas aquáticos e identificar indícios de transferência horizontal de genes. Deste modo, foi detetada a presença do gene adeF em 25 amostras pertencentes a diferentes géneros e recolhidas em pontos de amostragem diferentes. Dez das 25 ocorrências deste gene foram detetadas em genomas cianobacterianos. Este gene é conhecido por contribuir para o fénotipo de resistências a fluoroquinolonas e tetraciclinas. A deteção conjunta dos genes mphG e mefC também foi interessante, uma vez que já existia uma descrição da transmissão conjunta destes genes em bactérias de água salgada, mas nunca em cianobactérias de água doce. Ambos os genes conferem resistência a antibióticos da classe dos macrolidos, e os seus efeitos foram descritos como mutuamente potenciadores, dando origem a um fenótipo de elevada resistência. A descoberta de múltiplas cópias de genes de resistência semelhantes, presentes em vários organismos de espécies diferentes recolhidos do mesmo local, indicia para a possibilidade da transferência horizontal de genes ser um dos mecanismos importantes na rápida adaptação das comunidades microbianas de água doce. Foram também detetadas quantidades elevadas de hits parciais de genes de resistência em todas as amostras. As informações quanto às classes de antibióticos sobre as quais atuam estes genes parciais podem servir de base para próximos estudos de concentração inibitória mínima realizados em laboratório. Com estes resultados obtêm-se então novos indícios de que, devido à sua capacidade de transferência de genes e à presença de genes de RA nos seus genomas, as cianobactérias podem ser consideradas prováveis reservatórios de genes de resistência nas comunidades dulceaquicolas em que se inserem. No decorrer deste trabalho foi também desenvolvida uma pipeline em GNU Make e Shell Script, denominada CyanoPipeline (https://github.com/Duartb/cyano_pipeline), que facilitou a aplicação de uma elevada quantidade de passos repetitivos a um grande número de amostras e ajudou a aumentar a reprodutibilidade do trabalho realizado.

Produzir software com qualidade que satisfaça os requisitos funcionais é o objectivo principal da Engenharia de Software . Para fazer face a este desafio concorrem diversos fatores, entre os quais, o teste das aplicações. É, portanto, primordial dominar as técnicas adequadas de teste de software . O PESTT Educational Software Testing Tool (PESTT) é uma ferramenta que auxilia as actividades de desenho e de análise de cobertura de testes unitários baseados em grafos de controlo de fluxo (CFG). Esta ferramenta foi pensada para ser usada como apoio ao ensino dos conceitos e técnicas introdutórias de teste de software . O PESTT foi inicialmente desenvolvido em 2012 para integrar o Eclipse IDE 3.x, no âmbito da tese de mestrado do Rui Manuel da Silva Gameiro, orientado pelo Prof. Doutor Francisco Cipriano da Cunha Martins. Desde 2012, novas versões do Eclipse foram lançadas, estando atualmente na versão 4.11.2. Após o lançamento da 4ª versão do Eclipse, o funcionamento do PESTT foi comprometido. O principal objetivo desta tese é o de adaptar o PESTT para ficar em conformidade com as mudanças efetuadas do Eclipse 3.x para o Eclipse 4.x. Para tal, alterou-se significativamente o desenho do pacote da User Interface para tirar partido do novo MVC disponibilizado pelo Eclipse 4. O trabalho realizado no âmbito desta tese resultou naquilo que era desde cedo o nosso objetivo: voltar a disponibilizar o PESTT para as versões atuais do Eclipse, embora para um subconjunto das funcionalidades. As funcionalidades disponibilizadas nesta versão do plug-in cobrem a maioria dos aspetos que tornaram o PESTT uma ferramenta com valor suficiente para que este projeto tenha sido criado e desenvolvido. Neste documento são descritos os objetivos do projeto, a motivação e importância da sua concretização, o trabalho anteriormente feito e relacionado, as metodologias utilizadas, os resultados alcançados e possível trabalho futuro.

O sucesso de plataformas como a Uber ou o Airbnb na última década veio desencadear uma grande alteração no comportamento dos consumidores no que diz respeito à compra de produtos, aquisição de serviços e, por conseguinte, à contratação de profissionais. O contínuo aparecimento de modelos baseados em “partilha”, “colaboração”, “aluguer” e “confiança” introduziram o consumidor a uma nova realidade onde a experiência que é desejada não é necessariamente garantida pela compra de um produto, mas antes pelo acesso ao mesmo. Tal veio possibilitar a optimização e rentabilização de bens que, de outra forma, teriam um excesso de capacidade que nunca seria aproveitado. Este novo tipo de consumo colaborativo, tipicamente designado como “Economia de Partilha”, pressupõe uma participação activa dos indivíduos particulares, que não agem apenas como meros “compradores”, tal como o fazem em sistemas mais tradicionais. Dada a contínua procura de conveniência, conforto e melhor qualidade de vida, este movimento tem já um forte impacto em vários sectores, pelo que o seu crescimento tenderá a continuar. O presente trabalho tem como intuito compreender a emergência deste fenómeno e, nesse âmbito, estudar a possibilidade de desenvolvimento de um modelo de partilha em Portugal. Para tal, foi efectuada uma revisão de literatura, onde se aborda a forma como os modelos de negócio desta economia são concebidos, os sectores onde actualmente estão presentes, os seus impactos e o que justifica a sua recente actuação. Com o surgimento de modelos baseados tanto na oferta de produtos como de serviços, a indústria alimentar destaca-se pelo facto de os modelos mais predominantes oferecerem uma combinação dos dois, ao providenciarem a refeição (produto) e a respectiva entrega (serviço). Assim, foi escolhido o sector alimentar para uma análise mais profunda e como enquadramento de um potencial projecto a desenvolver: uma plataforma que permite a troca de refeições entre indivíduos particulares. Deste modo, partiu-se também para uma análise do contexto português, mais precisamente em Lisboa, a nível de concorrência, regulação e receptividade para o projecto hipotético em estudo. Finalmente, foi efectuada a análise de um caso prático de uma startup a actuar em Lisboa neste contexto. Tal consistiu numa análise exploratória de dados reais, suportada pela aplicação do modelo multi-estado de Markov.

Nos dias de hoje a microbiologia tem uma grande diversidade de áreas de aplicação na indústria farmacêutica estando presente em diversos setores, onde a sua principal função incide numa condução mais precisa no controlo de qualidade, uma vez que a pesquisa de microrganismos é uma das ferramentas mais importantes no que diz respeito à verificação na qualidade de um produto. O presente trabalho de dissertação foi desenvolvido no Laboratório de Microbiologia da empresa Iberfar S.A. direcionada para o ramo de indústria farmacêutica de produtos não estéreis, tendo incidido o presente estudo nas atividades laborais desenvolvidas em duas salas de enchimento de líquidos. Neste sentido, procedeu-se a identificação e qualificação de superfícies críticas, no que diz respeito à contaminação microbiana, nas duas linhas de enchimento de líquidos em estudo, a fim de se proceder à deteção e identificação dos microrganismos mais frequentes, bem como a sua fonte. Através de uma avaliação microbiológica dos processos envolvidos, nas superfícies de contato existentes na área de enchimento de líquidos, não só foram definidos pontos de amostragem através de uma análise de risco, Modelo de Whyte e Eaton, bem como se procedeu à sua confirmação com o auxílio de uma ferramenta Modos de Falha e Efeitos e Análise de Criticidade (FMECA). Sendo desta forma possível definir os pontos críticos de ação. A identificação dos microrganismos provenientes das amostragens realizadas nas superfícies em estudo foi realizada através de testes bioquímicos, pelo software VITEK. A avaliação ao nível de estirpe consistiu na análise do perfil molecular dos microrganismos provenientes das amostragens usando o primer M13. Com a avaliação de risco realizada neste estudo, foi possível desenvolver um Índice de Classificação de Risco microbiano e uma Prioridade de Risco. Dos resultados obtidos, concluise que as possíveis fontes de contaminação nas salas em estudo podem ter origem na água purificada, utilizada na lavagem dos equipamentos em questão, nos microrganismos presentes no ambiente de laboração das salas ou nos operadores. Da abordagem bioquímica constatou-se que o microrganismo mais frequente no total de todas amostragens realizadas é Micrococcus luteus. A análise molecular realizada a nível de estirpes permitiu verificar que a mesma estirpe foi isolada em superfícies diferentes não só em amostragens realizadas no mesmo dia como em dias diferentes, tornando-se possível desta forma concluir que existiram diferentes casos durante o estudo em que as mesmas fontes de contaminação circularam entre as salas. Estes resultados permitem que a empresa ajuste as suas práticas laborais a fim de se evitar as fontes de contaminação cruzada e definir quais as ações de mitigação a serem implementadas.

Experiência de utilização tem vindo a tornar-se cada vez mais relevante para os designers de interação, onde o foco é colocado não só na funcionalidade da interface, mas também na acessibilidade da informação disponibilizada, na estética e na satisfação do utilizador. Com o novo conceito de “OneNovartis”, criado pelo cliente Novartis, iniciou-se um projecto de desenvolvimento de um novo portal interno de serviços para os colaboradores. A renovação do portal de acordo com a nova imagem da Novartis foi feita com base na plataforma “ServiceNow” que, embora seja bastante personalizável, apresenta algumas restrições devido às regras e campos específicos da própria plataforma. Isto em conjunto com a lista de funcionalidades necessárias ao portal de utilizador, assim como a visão do cliente em unir todos os departamentos e serviços num único portal, exige um design de interface meticuloso com o foco na experiência de utilização. Neste trabalho desenvolvemos um novo e melhorado portal para a “OneNovartis” e realizamos um estudo comparativo entre o portal resultante deste projecto e o portal existente. O novo portal foi feito de acordo com novos requisitos e objectivos, mas mantendo as funcionalidades que já existiam, de modo a ser possível fazer uma comparação justa. No estudo, avaliamos a usabilidade dos dois portais de modo a verificar qual deles tem mais qualidade, seja de acordo com os serviços que são disponibilizados por parte da Novartis, seja pela experiência de utilização dos portais. Através da análise dos resultados dos testes verificamos que o novo portal aparenta ter sido uma melhoria em termos de usabilidade e experiência de utilização, embora ainda haja alguns factores que podem ser melhorados. Actualmente, o novo portal já se encontra em utilização e estamos a fornecer suporte a pedidos de ajuda que facilitem a transição dos trabalhadores da Novartis para este

The decay rate of hepatitis C virus (HCV)-infected cells during therapy has been used to determine the duration of treatment needed to attain a sustained virologic response, but with direct-acting anti-virals (DAA), this rate has been difficult to estimate. Here, we show that it is possible to estimate it, by simultaneously analysing the viral load and alanine aminotransferase (ALT) kinetics during combination DAA therapy. We modelled the HCV RNA and ALT serum kinetics in 26 patients with chronic HCV genotype 1b infection, under four different sofosbuvir-based combination treatments. In all patients, ALT decayed exponentially to a set point in the normal range by 1-3 weeks after initiation of therapy. The model indicates that the ALT decay rate during the first few weeks after initiation of therapy reflects the death rate of infected cells, with an estimated median half-life of 2.5 days in this patient population. This information allows independent estimation of the rate of loss of intracellular replication complexes during therapy. Our model also predicts that the final ALT set point is not related to the release of ALT by dying HCV-infected cells. Using ALT data, one can separately obtain information about the rate of 'cure' of HCV-infected cells versus their rate of death, something not possible when analysing only HCV RNA data. This information can be used to compare the effects of different DAA combinations and to rationally evaluate their anti-viral effects.

Two SIVmac251-infected rhesus macaques received tenofovir/emtricitabine with raltegravir intensification. Viral rebound occurred during treatment and sequencing of reverse transcriptase and integrase genes identified multiple resistance mutations. Similar to HIV infection, antiretroviral-resistance mutations may occur in SIV-infected nonhuman primates receiving nonsuppressive ART. As ART administration to nonhuman primates is currently dramatically expanding, fueled by both cure research and the study of HIV-related comorbidities, viral resistance should be factored in the study design and data interpretation.

Anemia is a global public health problem affecting 24.8 % of the world population and is mostly caused by nutritional iron deficiencies. Additionally, molecular mechanism´s disturbances associated with the iron homeostasis may cause hereditary anemias of challenging diagnosis, such as Iron-Refractory Iron Deficiency anemia (IRIDA). Alternatively, globin chains structure or synthesis changes may lead to hemoglobinopathies, another type of hereditary anemia. Firstly, in order to explain atypical hemoglobinopathies’ phenotypes and understand underlying pathophysiological mechanisms, 15 hemoglobinopathies clinical cases were studied by PCR, gapPCR, Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA) and automated Sanger sequencing of the various globin genes. These techniques made it possible to clarify the molecular causes behind these complex phenotypes, with molecular lesions being responsible for rare hemoglobin structural variants, β- and α-thalassemias, and the presence of polymorphisms that modulate the expression of globin genes. Secondly, we focused on ten IRIDA suspects, by amplifying their TMPRSS6 gene by long-PCR followed by Next-generation Sequencing and in silico analysis for predicting the possible pathogenic effect of the detected genetic variants. Through this analysis, only the phenotype of one patient could be justified by the presence of digenic inheritance of the novel damaging mutation (TMPRSS6: c.871G>A; G291S) and 3 common modulating SNPs in the same gene (K253E, S361S and Y739Y), in addition to the co-inheritance of the –α 3.7kb -thalassemia allele, which may add up to an IRIDA-like phenotype. Thirdly, to detect the presence and understand the roles and of common SNPs in genes related to iron metabolism, a case-control study was performed to investigate the influence of TMPRSS6 (V736A and K253E) and HFE (H63D and C282Y) on the hematological and iron parameters of 317 Portuguese subjects divided into 3 groups: β-thalassemia trait (BTT), iron deficiency anemia (IDA) and controls. Subjects were genotyped using PCR-(RFLP) Restriction fragment length polymorphism and Amplification-Refractory Mutation System (ARMS)-PCR techniques. Results suggests that both heterozygous (TC) and homozygous (CC) genotypes of V736A act as a protective factor against IDA, and that in the female control group, the CC genotype had significantly increased MCV, MCH and TSAT parameters when compared to the wild type (TT). Logistic regression results detected a positive association between H63D variant and RDW in control subjects, and an association between this variant and the iron parameters of BTT subjects. Finally, we evaluated the diagnostic performance of 13 mathematical indices for differentiating microcytic anemia in BTT and or IDA subjects, to find which ones would better apply to the Portuguese population. When accessing the performance of the indices we found that for a female adult Portuguese population the best performing ones where RBC, G&K and RDWI, similarly to other Mediterranean countries, and also France and Brazil, the latter probably resulting from migratory movements and Portuguese ancestry, respectively. Results imply that these indices can aid diagnosing the condition underlying microcytic anemia, recognizing individuals suspected of BTT and forwarding them to additional biochemical and molecular tests. The study of hereditary anemia made it possible for us to assign a correct diagnostic to the studied patients, allowing for correct clinical management and genetical counselling, that in turn, improves their quality of life. Additionally, this work has reinforced the importance of the study of molecular markers and use of non-molecular tools complementary to the already implemented diagnostic techniques.

The GO-DACT is an investigator-initiated, national, multicentric randomized placebo-controlled double-blinded trial, that assesses dactylitis as primary endpoint. Psoriatic arthritis patients naïve to methotrexate and biologic disease modifying anti-rheumatic drugs, with at least one active dactylitis, were assigned to golimumab in combination with methotrexate or placebo in combination with methotrexate, for 24 weeks. Both clinical (dactylitis severity score and the Leeds dactylitis index) and imaging (high resolution magnetic resonance imaging), among others, were assessed as outcomes. The main objective of GO-DACT is to provide evidence to improve the treatment algorithm and care of psoriatic arthritis patients with active dactylitis. In this manuscript we describe the GO-DACT protocol and general concepts of the methodology of this trial.

As ameaças cibernéticas atuais utilizam múltiplos meios de propagação, tais como a engenharia social, vulnerabilidades de e-mail e aplicações e, muitas vezes, operam em diferentes fases, tais como o comprometimento de um único dispositivo, o movimento lateral na rede e a exfiltração de dados. Estas ameaças são complexas e dependem de táticas bem avançadas, por forma a passarem despercebidas nas defesas de segurança tradicionais, como por exemplo firewalls. Um tipo de ameaças que tem tido um impacto significativo na ascensão do cibercrime são as ameaças persistentes avançadas (APTs), as quais têm objetivos claros, são altamente organizadas, têm acesso a recursos praticamente ilimitados e tendem a realizar ataques ocultos por longos períodos e com múltiplas tentativas. À medida que as organizações têm tido consciência que os ciberataques estão a aumentar em quantidade e complexidade, a utilização de informação sobre ciberameaças está a ganhar popularidade para combater tais ataques. Esta tendência tem acompanhado a evolução das APTs, uma vez que estas exigem um nível de resposta diferente e mais específico a cada organização. A informação sobre ciberameaças pode ser obtida de diversas fontes e em diferentes formatos, sendo a informação de fonte aberta (OSINT) uma das mais comuns. Também pode ser obtida por plataformas especificas de ameaças (TIPs) que ajudam a consumir, produzir e partilhar informações sobre ciberameaças. As TIPs têm múltiplas vantagens que permitem às organizações explorar facilmente os principais processos de recolha, enriquecimento e partilha de informações relacionadas com ameaças. No entanto, devido ao elevado volume de informação OSINT recebido por dia e às diversas taxonomias existentes para classificação de ciberameaças provenientes do OSINT, as TIPs atuais apresentam limitações de processamento desta, capaz de produzir informação inteligente (threat intelligence, TI) de qualidade que seja útil no combate de ciberataques, impedido assim a sua adoção em massa. Por sua vez, os analistas de segurança desperdiçam um tempo considerável em analisar o OSINT e a classificá-lo com diferentes taxonomias, por vezes, correspondentes a ameaças da mesma categoria. Esta dissertação propõe uma solução, denominada Automated Event Classification and Correlation Platform (AECCP), para algumas das limitações das TIPs mencionadas anteriormente e relacionadas com a gestão do conhecimento de ameaças, a triagem de ameaças, o elevado volume de informação partilhada, a qualidade dos dados, as capacidades de análise avançadas e a automatização de tarefas. Esta solução procura aumentar a qualidade da TI produzidas por TIPs, classificando-a em conformidade com um sistema de classificação comum, removendo a informação irrelevante, ou seja, com baixo valor, enriquecendo-a com dados importantes e relevantes de fontes OSINT, e agregando-a em eventos com informação semelhante. O sistema de classificação comum, denominado de Unified Taxonomy, foi definido no âmbito desta dissertação e teve como base uma análise de outras taxonomias públicas conhecidas e utilizadas na partilha de TI. O AECCP é uma plataforma composta por componentes que podem trabalhar em conjunto ou individualmente. O AECCP compreende um classificador (Classifier), um redutor de informação irrelevante (Trimmer), um enriquecedor de informação baseado em OSINT (Enricher) e um agregador de agregador de eventos sobre a mesma ameaça, ou seja, que contêm informação semelhante (Clusterer). O Classifier analisa eventos e, com base na sua informação, classifica-os na Unified Taxonomy, por forma a catalogar eventos ainda não classificados e a eliminar a duplicação de taxonomias com o mesmo significado de eventos previamente classificados. O Trimmer elimina a informação menos pertinente dos eventos baseando-se na classificação do mesmo. O Enricher enriquece os eventos com dados externos e provenientes de OSINT, os quais poderão conter informação importante e relacionada com a informação já presente no evento, mas não contida no mesmo. Por último, o Clusterer agrega eventos que partilham o mesmo contexto associado à classificação de cada um e à informação que estes contêm, produzindo aglomerados de eventos que serão combinados num único evento. Esta nova informação garantirá aos analistas de segurança o acesso e fácil visibilidade a informação relativa a eventos semelhantes aos que estes analisam. O desenho da arquitetura do AECCP, foi fundamentado numa realizada sobre três fontes públicas de informação que continham mais de 1100 eventos de ameaças de cibersegurança partilhados por 24 entidades externas e colecradas entre os anos de 2016 e 2019. A Unified Taxonomy utilizada pelo Classifier, foi produzida com base na análise detalhada das taxonomias utilizadas por estes eventos e nas taxonomias mais utilizadas na comunidade de partilha de TI sobre ciberameaças. No decorrer desta análise foram também identificados os atributos mais pertinentes e relevantes para cada categoria da Unified Taxonomy, através da agregação da informação em grupos com contexto semelhante e de uma análise minuciosa da informação contida em cada um dos mais de 1100 eventos. A dissertação, também, apresenta os algoritmos utilizados na implementação de cada um dos componentes que compõem o AECCP, bem como a avaliação destes e da plataforma. Na avaliação foram utilizadas as mesmas três fontes de OSINT utilizadas na análise inicial, no entanto, com 64 eventos criados e partilhados mais recentemente que os utilizados nessa análise. Dos resultados, foi possível verificar um aumento de 72% na classificação dos eventos, um aumento médio de 54 atributos por evento, com uma redução nos atributos com pouco valor e aumento superior de atributos com maior valor, após os eventos serem processados pelo AECCP. Foi também possível produzir 24 eventos agregados, enriquecidos e classificados pelos outros componentes do AECCP. Por último, foram processados pelo AECCP 6 eventos com grande volume de informação produzidos por uma plataforma externa, denominada de PURE, onde foi possível verificar que o AECCP é capaz de processar eventos oriundos de outras plataformas e de tamanho elevando. Em suma, a dissertação apresenta quatro contribuições, nomeadamente, um sistema de classificação comum, a Unified Taxonomy, os atributos mais pertinentes para cada uma das categorias da Unified Taxonomy, o desenho da arquitetura do AECCP composto por 4 módulos (Classifier, Trimmer, Enricher e Clusterer) que procura resolver 5 das limitações das atuais TIPs (gestão do conhecimento de ameaças, a triagem de ameaças, o elevado volume de informação partilhada, a qualidade dos dados e as capacidades de análise avançadas e a automatização de tarefas) e a sua implementação e avaliação.

Trypanosoma brucei is an extracellular parasite that causes sleeping sickness. In mammalian hosts, trypanosomes are thought to exist in two major niches: early in infection, they populate the blood; later, they breach the blood-brain barrier. Working with a well-established mouse model, we discovered that adipose tissue constitutes a third major reservoir for T. brucei. Parasites from adipose tissue, here termed adipose tissue forms (ATFs), can replicate and were capable of infecting a naive animal. ATFs were transcriptionally distinct from bloodstream forms, and the genes upregulated included putative fatty acid β-oxidation enzymes. Consistent with this, ATFs were able to utilize exogenous myristate and form β-oxidation intermediates, suggesting that ATF parasites can use fatty acids as an external carbon source. These findings identify the adipose tissue as a niche for T. brucei during its mammalian life cycle and could potentially explain the weight loss associated with sleeping sickness.

Flutuações no metabolismo celular devido a inúmeras condições de stress, incluindo choque térmico, infeção ou inflamação, podem originar o enrolamento incorreto, a agregação e a disfunção de proteínas. Tais condições desencadeiam uma resposta fisiológica, caracterizada pela estimulação da expressão e consequente sobre-expressão de proteínas de choque térmico e chaperões moleculares. Em tais condições, estas moléculas auxiliam o processo de enrolamento de proteínas que se encontram incorretamente enroladas. Estes mecanismos de controlo de qualidade estão presentes em todas as células; contudo, em organismos superiores estas respostas desencadeiam processos de sinalização, e vários componentes atuam como moléculas sinalizadoras ou padrões moleculares associados a danos que ativam por exemplo a resposta imunitária, promovendo a reparação de tecidos e a resolução da inflamação. Os chaperões moleculares possuem várias propriedades que definem a sua atividade: reconhecem e ligam proteínas desnaturadas; e suprimem a agregação proteica, através da interação com as superfícies expostas nas proteínas desnaturadas. As proteínas S100 constituem uma família de pequenas proteínas ligantes de cálcio que interagem com um elevado número de proteínas. Esta família de proteínas possui três características únicas: (i) ligam cálcio através de dois motivos EF-hand em cada monómero, que diferem na sua sequência e nos modos de coordenação; (ii) são funcionais como dímeros ou oligómeros de maior ordem; (iii) são expressas de acordo com o tipo de célula e de tecido; e (iv) são exclusivas de vertebrados. Durante a inflamação e em resposta ao stress celular, a expressão destas proteínas aumenta consideravelmente, sugerindo que as proteínas S100 atuam em respostas celulares a situações de stress. Comunicações recentes sugerem que as S100 assistem e regulam interações ligando-complexo multichaperão. De facto, várias comunicações suportam a hipótese de que membros desta família possuem funções semelhantes a chaperões, tais como S100A1, S100A10, S100A12, S100A13 e S100B. Especificamente, neste projeto, nós estudamos a atividade como chaperões de quatro proteínas S100 (i.e., S100A6, S100B, S100A9 e S100A12), com elevada expressão no cérebro e associadas a neurodegeneração e neuroinflammação. Em primeiro lugar, foi realizado um estudo comparativo que visava verificar o efeito de temperaturas elevadas (50ºC) na conformação e estrutura secundária das proteínas em análise. Estas proteínas ocorrem em dois estados distintos de metalação: o estado apo (proteína livre de iões metálicos) e o estado holo (em que a proteína se encontra associada a um grupo prostético, neste caso cálcio). Estas propriedades levam-nos a realizar os ensaios tanto na ausência como na presença de iões cálcio. Os resultados obtidos demonstram que as proteínas S100 estudadas exibem estruturas hélice-α típicas em ambos os estados estudados. A elevação da temperatura não induziu alterações significativas na forma global dos espectros, indicando que estas proteínas conservam a sua estrutura secundária quando submetidas a altas temperaturas. No entanto, uma pequena diminuição na elipticidade dos espectros é observada, sugerindo uma perda não significativa do conteúdo em hélices-α. Estes resultados insinuam que a elevação da temperatura expôs resíduos hidrofóbicos anteriormente escondidos, o que resultou numa estrutura secundária menos compacta. Dado que o enrolamento global das proteínas S100 foi semelhante nas diferentes temperaturas estudadas, as alterações na estabilidade destas proteínas devido à ligação de cálcio foram avaliadas. Para isso, a desnaturação térmica das S100 foi monitorizada através do seguimento de alterações na elipticidade em função da temperatura, a um único comprimento de onda (222 nm). No geral, os resultados demonstram uma perda na elipticidade das proteínas em todas a condições estudadas, que corresponde à perda da estrutura secundária (hélices-α). Foram observadas transições bem definidas em todos os espectros. No entanto, a pós-transição não foi observada, sugerindo que estas proteínas possuem uma estabilidade térmica elevada, com uma temperatura de desnaturação térmica acima de 90 C. A ausência da pós-transição não permitiu a determinação do ponto médio da temperatura de desnaturação. Uma característica dos chaperões moleculares é o seu potencial para interagir com proteínas durante o seu processo de desenrolamento e para suprimir a agregação das suas proteínas substrato, em condições de stress. De modo a investigar as possíveis propriedades como chaperões moleculares das proteínas S100, o efeito das proteínas S100A6 e S100B na agregação da enzima citrato sintetase foi analisado in vitro. Como esperado para proteínas termoestáveis, as proteínas S100A6 e S100B, na ausência e na presença de iões de cálcio, não agregaram nas condições testadas, como se verificou pela ausência de alterações óticas relevantes na análise da dispersão de luz. Observou-se que estas proteínas são capazes de ligar estados não-nativos da citrato sintetase, suprimindo e adiando a agregação termicamente induzida (50 ºC) da citrato sintetase, quando adicionadas num excesso de 1.6 vezes, tanto na ausência como na presença de iões cálcio. Estes resultados sugerem que as proteínas diméricas S100A6 e S100B desempenham um papel protetor durante condições de stress térmico in vitro, exibindo propriedades anteriormente descritas para chaperões do tipo holdase, tanto no estado apo como no estado holo. Em todas as condições estudadas, a hidrolisação de ATP não foi necessária, implicando que a sua atividade como chaperão é independente de ATP. Comparando ambas as proteínas, a proteína S100B mostrou um melhor desempenho como holdase do que proteína S100A6, quando analisadas na ausência de iões cálcio. A presença de iões de cálcio, intensificou as propriedades protetoras da S100B, indicando que sua a função como holdase é superior no seu estado holo. A resistência e sobrevivência das células a temperaturas substancialmente fora da gama ótima do organismo resultam da ativação da resposta de choque térmico que, por sua vez, providência um mecanismo de defesa celular através da síntese intensa de proteínas de choque térmico e chaperões moleculares que impedem a acumulação de agregados proteicos e a consequente toxicidade proteica desta acumulação, restaurando a proteostase. A capacidade das proteínas S100 para prevenir agregação proteica em condições de stress in vivo foi estudada através sua transformação e sobre-expressão numa estirpe de Escherichia coli com deleção no gene dnaK (ΔdnaK). A expressão desta proteína de choque térmico (DnaK), é essencial para o crescimento da E. coli a temperaturas superiores a 42ºC, sendo por isso observável uma redução drástica no número de colónias formadas após a submissão da estirpe a condições de stress térmico de curta duração (50ºC, 45 minutos). Os resultados demonstraram que as células que sobre-expressavam S100A6 ou S100A12, conseguiam sobreviver quando expostas a altas temperaturas. No entanto, comparativamente com os controlos negativo (superóxido dismutase 1) e positivo (complexo DnaK-DnaJ-GrpE) realizados, a produção destas proteínas não teve efeitos significantes nas células. Por outro lado, a sobre-expressão da proteína recombinante S100B ou S100A9 em células de E. coli, aumentou a sua resistência ao stress térmico de curta duração. A razão de sobrevivência destas células é superior à obtida pelas células que produzem o controlo positivo. Estas observações sugeriram que as proteínas S100B e S100A9 interagem com certas proteínas da E. coli durante a exposição ao stress térmico, de modo a prevenir a sua agregação e reduzir a precipitação de proteínas parcialmente desnaturadas, que são toxicas para as células, restaurando a proteostase do organismo e providenciando evidencias in vivo da sua potencial atividade como chaperões. No geral, os resultados aqui apresentados, sugerem que as proteínas S100, além de serem moléculas pró-inflamatórias implicadas em diversas doenças neurodegenerativas e no envelhecimento, atuam como chaperões moleculares em situações de stress, estando deste modo envolvidas na manutenção da proteostase do cérebro, sugerindo um elo de ligação entre inflamação e a resposta ao stress celular. Estes dois conceitos estão cada vez mais a ser ligados a diversas doenças neurodegenerativas que são caracterizadas pela acumulação de proteínas desenroladas e pela deposição de agregados proteicos em neurónios. Desta forma, os resultados irão contribuir para o entendimento do papel das proteínas S100 nas vias sinalizadoras neuroinflamatórias durante o envelhecimento e doenças neurodegenerativas.

The impact of negative lymph nodes (LNs) on survival of pN+ patients has been recognized. The weight of negative LNs in an inverse lymph node ratio (nR) should be related to its prognostic impact. Five hundred and two consecutive gastric cancer patients, who underwent radical gastrectomy, were included. Patients were split into groups according to the number of harvested nodes and a cross-tabulation with pTNM stages was performed to test differences in the tumor burden. pN+ patients (n = 296) were split into groups of negative LNs harvested. We tested an alternative formula for computing a lymph node ratio: nR = total number of harvested nodes/total number of positive nodes. The median number of negative LNs was significantly different (p < 0.01) between dissection groups, but not the median of positive nodes (p > 0.05). No difference in pTNM percentage distribution was found between these groups (p > 0.05). When tested, the overall survival improved significantly for groups with larger numbers of negative LNs (p < 0.001). A cutoff of nR ≥ 6 was an independent prognostic factor for survival (p = 0.001), and the survival of pN+ patients with nR ≥ 6 was not different from pN0 patients. The impact of the number of negative LNs on the survival of the pN+ patients was demonstrated. The higher numbers in the numerator of the nR was due to the disproportion between harvested negative LNs and metastatic LNs. Larger ratios imply more negative lymph nodes in relation to positive lymph nodes, which was significantly associated with survival. We believe that the proposed nR is a friendlier to use format because of its intuitive interpretation.

Introduction: Late preterm birth (defined as birth between 34 and 36 complete weeks' gestation) and early term birth (defined as birth between 37 and 38 complete weeks' gestation) have become a topic of recent discussion as the morbidity associated with delivery at these gestational ages has become increasingly evident. Our objective was to evaluate the characteristics of late preterm and early term birth in Portugal. Material and methods: We developed a survey questionnaire that was sent to the Obstetric Department of all public hospitals in Portugal. The questionnaire consisted on questions on prevalence and mode of delivery of late preterm and early term period and associated neonatal morbidity and mortality. The questions referred solely to single births occurred during 2013. Results: We received completed questionnaires from 14 hospitals, corresponding to nearly one third (33.5%) of total deliveries in Portugal. We report 5.4% of late preterm and 27% of early term deliveries. Approximately two thirds of late preterm and three quarters of early term deliveries were spontaneous. The cesarean section rate was higher in late preterm (39.1%) than in early term (26.4%) births. Neonatal complications were more frequent in late preterm neonates (34.2%) when compared to early term neonates (14.2%). Discussion: The prevalence of late preterm and early term birth in our cohort is comparable, although slightly reduced, to other published series. Conclusion: The obstetric community should raise efforts to limit deliveries below 39 weeks' gestation to the ones with a valid medical indication.

O presente estudo tem como objectivo compreender o papel da resolução de problemas na aprendizagem da Matemática e, em especial, o seu contributo para o desenvolvimento da comunicação matemática. Com este propósito formularam-se as seguintes questões: a) O que é que os alunos aprendem de Matemática quando resolvem problemas?; b) Qual o papel do gmpo nesse processo?; c) Que interacções ocorrem na actividade de resolução de problemas capazes de desenvolver nos alunos a capacidade de comunicar? Dada a natureza do estudo, optei por uma metodologia qualitativa de cunho essencialmente interpretativo. Realizei a recolha de dados numa turma de 4.° ano de escolaridade a partir de entrevistas à Professora e a um grupo de quatro alunos sobre quem esteve focalizada a minha atenção enquanto o trabalho em gmpos decorreu, da observação directa de seis aulas de resolução de problemas e da análise documental constituída pelos registos escritos de todos os alunos. Optei por fazer apenas uma entrevista a cada participante, antes do início das observações. Os dados permitem-me afirmar que, quer os alunos com melhores níveis de desempenho, quer os mais fracos, desenvolveram compreensão e conhecimento, utilizaram conhecimentos adquiridos e testaram a sua eficácia, tanto ao nível dos processos como dos conteúdos matemáticos. Verifiquei que foi durante o trabalho de gmpo que os alunos mais se envolveram, por iniciativa própria, em processos matemáticos como reflectir, avaliar e criticar. A actividade de resolução de problemas proporcionada pelo estudo permitiu que os alunos desenvolvessem a aptidão para explicitar oralmente o raciocínio utilizado na procura de uma solução e para representar por escrito as ideias matemáticas, criando assim oportunidade para os alunos comunicarem entre si e com a professora na aula. Os conflitos existentes entre os elementos do gmpo interferiram na concretização de um trabalho conjunto mais produtivo. Contudo, ultrapassados os conflitos internos, trabalhar em grupo possibilitou momentos de interacção comunicativa entre os alunos, permitindo a partilha de conhecimento matemático entre eles. As interacções ocorridas variaram com a forma como foi feita a abordagem da resolução de problemas na sala de aula. Deste modo, verifiquei que, quer as interacções verticais, quer as horizontais foram decisivas para i) o envolvimento dos alunos na actividade; ii) a criação do espírito investigativo nos alunos; iii) o desenvolvimento da capacidade de comunicar dos alunos. Os resultados deste estudo salientam a importância dos alunos partilharem e negociarem significados entre si e com o professor na resolução de problemas matemáticos. Indicam também que o professor deverá dar especial atenção á orientação da actividade dos alunos durante a resolução de problemas, tomando uma atitude questionadora que os estimule a contribuir com frequência e a construir o seu próprio conhecimento e durante a discussão final, incentivando, conjuntamente, o questionamento do aluno ao aluno e a argumentação dos mesmos na defesa das suas ideias.