Repositório RCAAP

MicroRNAs (miRNAs) are small RNAs (length, 19-24 nucleotides) that regulate gene expression by either mRNA degradation or translational inhibition of proteins. Circulating miRNAs, which are extremely stable and protected from RNAse-mediated degradation in body fluids, have appeared as candidate biomarkers for numerous diseases. However, little is known about circulating miRNAs in fungal infections. Paracoccidioidomycosis (PCM) is caused by the Paracoccidioides species, and is endemic in Central and South America, with predominance in adult male workers from rural areas. The current study aimed to identify a serum miRNA expression profile that could serve as a novel diagnostic biomarker for PCM. Total RNA was isolated and the levels of circulating miRNAs were compared between patients with PCM and healthy control subjects using reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction. Bioinformatic analysis was used to evaluate the potential roles of these miRNAs in PCM. Eight miRNAs were differentially expressed in serum samples from patients with PCM. These miRNAs are associated with apoptosis and immune response. The identified miRNAs facilitate with understanding the regulatory mechanisms involved in the host-parasite interaction of PCM. Furthermore, considering that the diagnosis of PCM presents difficulties, these miRNAs may serve as novel biomarkers for this disease.

We investigated the mutation spectrum of the TANK-Binding Kinase 1 (TBK1) gene and its associated phenotypic spectrum by exonic resequencing of TBK1 in a cohort of 2,538 patients with frontotemporal dementia (FTD), amyotrophic lateral sclerosis (ALS), or FTD plus ALS, ascertained within the European Early-Onset Dementia Consortium. We assessed pathogenicity of predicted protein-truncating mutations by measuring loss of RNA expression. Functional effect of in-frame amino acid deletions and missense mutations was further explored in vivo on protein level and in vitro by an NFκB-induced luciferase reporter assay and measuring phosphorylated TBK1. The protein-truncating mutations led to the loss of transcript through nonsense-mediated mRNA decay. For the in-frame amino acid deletions, we demonstrated loss of TBK1 or phosphorylated TBK1 protein. An important fraction of the missense mutations compromised NFκB activation indicating that at least some functions of TBK1 are lost. Although missense mutations were also present in controls, over three times more mutations affecting TBK1 functioning were found in the mutation fraction observed in patients only, suggesting high-risk alleles (P = 0.03). Total mutation frequency for confirmed TBK1 LoF mutations in the European cohort was 0.7%, with frequencies in the clinical subgroups of 0.4% in FTD, 1.3% in ALS, and 3.6% in FTD-ALS.

Vários estudos em cosmologia e astrofísica dependem da geração de simulações de alta performance para explorar o espaço de parâmetros que rege as teorias físicas subjacentes. Historicamente, o estudo da gravidade e efeitos gravitacionais representa um dos mais importantes exemplos dessa dependência, sendo que os recursos computacionais requeridos para simular a dinâmica gravitacional têm contribuído para a necessidade de construção das maiores infraestruturas computacionais modernas. Esta tese tem como tema a construção de métodos para aliviar esses recursos, diminuindo o tempo necessário para a exploração e inferência no espaço de parâmetros. Para o efeito, adotámos quatro algoritmos supervisionados de Aprendizagem Automática (Machine Learning), Redes Neuronais (Neural Networks), Floresta Aleatória (Random Forest), Árvores Extremamente Aleatórias (Extremelly Randomized Trees) e Máquinas de Vectores de Suporte (Support Vector Machines), em conjunto com um método de transformação de base (Análise de Componentes Principais), aplicando os a dois cenários astrofísicos e cosmológicos onde a gravidade é dominante, a escalas e magnitudes opostas. No primeiro cenário, estudamos a emulação de campos de densidade de matéria escura com base em simulações de Ncorpos. Neste caso, o nosso método usa os diferentes algoritmos de Machine Learning supervisionado e adopta ”Análise de Componentes Principais” para permitir a realização de emulações rápidas, e estudamos a sua aplicação em dois casos. No primeiro, realizamos emulações considerando apenas um parâmetro livre, Ω, a densidade de matéria escura. No segundo caso, de forma a testar os nossos algoritmos em contextos de maior dimensionalidade, consideramos dois parâmetros livres, Ω e o redshift (z). Partindo de um conjunto de simulações de Ncorpos, que serve como ”exemplo de treino” os algoritmos conseguem aprender a relação entre os dados das simulações e um dado conjunto de parâmetros livres de interesse. De forma a tornar o problema o mais computacionalmente tratável possível, aplicamos Análise de Componentes Principais ao conjunto de dados, previamente à aprendizagem. Este método toma partido da redundância intrínseca aos dados, projetando os numa base que preserva o máximo da sua variância num conjunto mínimo de coeficientes, chamados ”Componentes Principais”. Posteriormente à projeção, segue-se a aprendizagem. Em vez de fornecer os dados das simulações diretamente aos algoritmos de Machine Learning, são os Componentes Principais dos dados projetados que são fornecidos, permitindo uma redução nos recursos computacionais necessários. Neste cenário em particular, usamos os Componentes Principais como variáveis dependentes e os parâmetros cosmológicos como variáveis independentes. Posteriormente à aprendizagem, com base num novo conjunto de parâmetros cosmológicos de teste, é possível estimar os Componentes Principais relativos à simulação correspondente. Estes novos Componente Principais podem então ser projetados na base original, o campo de densidades, que corresponderá à emulação final. Como medidas de comparação das nossas emulações com as simulações reais, usamos uma medida de comparação de magnitudes de densidade célula a célula, a que chamamos de Mean Overdensity Distance, e duas medidas de comparação de propriedades estatísticas, o Power Spectrum e o Bispectrum, sendo as duas últimas as nossas métricas principais. O Power Spectrum corresponde à transformada de Fourier da função de correlação a dois pontos, e fornece uma descrição completa de um campo aleatório Gaussiano, enquanto que o Bispectrum corresponde à transformada de Fourier da função de correlação a três pontos e analisa desvios à Gaussianidade da distribuição. Consequentemente, juntas, estas quantidades fornecem uma descrição consideravelmente alargada das propriedades estatísticas dos nossos campos de densidade. Adicionalmente, realizamos uma demonstração da aplicação de ”Análise de Componentes Principais Funcional” no caso de um parâmetro livre, sendo esta provavelmente a primeira aplicação do método mencionado num contexto cosmológico. Este método transforma os nossos dados de treino em formato funcional (continuo), providenciando um conjunto de funções continuas que relacionam cada Componente Principal com o parâmetro cosmológico de interesse, permitindo assim a realização das emulações dos campos de densidade sem ser necessária a introdução de algoritmos de aprendizagem supervisionada, e consequentemente, a elaboração de uma metodologia igualmente útil, mas mais compacta. Adicionalmente, quando comparada com a metodologia anterior, no mesmo conjunto de dados, este método permite a obtenção de erros inferiores e resultados mais robustos. Um aspeto importante de se sublinhar consiste no facto de apesar destas aplicações serem especificas a campos de densidade de matéria escura, o nosso método é genérico o suficiente para permitir a emulação de qualquer campo escalar em 3D, como por exemplo o campo de densidades de matéria bariónica. Num segundo cenário, estudamos a aplicação da metodologia proposta para realizar inferência de parâmetros relativos aos progenitores de ondas gravitacionais. Os nossos métodos são adaptados de forma a aprender a relação entre os vetores de amplitudes de simulações aproximadas de ondas gravitacionais emitidas por sistemas binários de Buracos Negros e o Chirp Mass (ℎ ) do sistema que emite a onda, que corresponde a uma quantidade que contém o valor das massas de ambos os corpos. Demonstramos a aplicação deste método em dois casos: domínio temporal e de frequências, e em ambos os casos, consideramos distribuições de ruído realísticas, esperadas em detetores terrestres de ondas gravitacionais. Relativamente a este cenário, aplicamos o mesmo método de decomposição do conjunto de dados de ondas gravitacionais em Componentes Principais, seguindo-se a aplicação dos algoritmos de aprendizagem supervisionada. No entanto, uma vez que o objetivo neste caso consiste em prever o parâmetro livre e não a onda em si, os Componentes Principais terão o papel de variáveis independentes. Posteriormente à aprendizagem, partindo de um dado conjunto de ondas de teste não incluído no conjunto de treino, é possível projetá-lo na base de Componentes Principais do conjunto de treino. Estes novos componentes principais, podem então ser fornecidos aos algoritmos treinados para inferência do Chirp Mass da onda correspondente. De forma a testar os nossos métodos em diferentes regimes de razão sinal-ruído calculamos o ruído esperado no detetor terrestre Advanced LIGO e adicionamo-lo a conjuntos de ondas gravitacionais emitidas por sistemas binários a distâncias gradualmente superiores. Desta forma cada conjunto de ondas terá uma razão sinal-ruído gradualmente inferior. Neste caso, uma vez que as nossas grandezas estimadas (Chirp Masses) correspondem a grandezas de natureza contínua, decidimos aplicar como estatística o Desvio Quadrático Medio (Root Mean Squared Error) para comparar as nossas estimações com os parâmetros reais. Mostramos que a nossa abordagem proposta permite um ganho de três ordens de magnitude na obtenção dos campos de densidade, comparativamente ao tempo de execução de uma simulação de Ncorpos da mesma escala e no mesmo sistema. Adicionalmente, conseguimos reproduzir o Power Spectrum e Bispectrum com erros abaixo de ~ 1% e ~ 3% para o caso de emulação a partir de um parâmetro livre (Ω) e abaixo de ~ 5% e ~ 15% para o caso de emulação a partir de dois parâmetros livres (Ω, z). Sendo que os algoritmos com maior prestação foram as Neural Networks no caso de emulação a partir de um parâmetro livre e as Support Vector Machines no caso de emulação a partir de dois parâmetros livres. No segundo cenário, mostramos que numa fração de segundo, o nosso método permite a inferência de 255 Chirp Masses a partir de dados de ondas gravitacionais com erros abaixo dos ~ 2% em regimes de elevada razão sinal-ruído e usando o algoritmo Extremelly Randomized Trees, e abaixo dos ~ 5% em regimes de baixa razão sinal-ruído e usando o algoritmo Support Vector Machines. Estes resultados indicam que as metodologias propostas consistem em alternativas promissoras para a análise de grandes conjuntos de dados provenientes de observações cosmológicas e astrofísicas que serão brevemente realizadas por missões como Euclid, LSST, e LISA. Ajudando assim a constranger os modelos que descrevem o comportamento da interação mais importante que molda a nossa visão do Universo: A Gravidade.

Background/aims: The global perception of the health status (HS) of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) patients before the initial diagnosis has not been addressed previously. Methods: We recorded the following at the first visit, before diagnostic information: (1) visual analog scale (VAS) of the EQ-5D; (2) the revised ALS functional rating scale (ALSFRS- R), bulbar (ALSFRSb), upper limb (ALSFRSul), lower limb (ALSFRSll), and respiratory (RofALSFRS-R) subscores; and (3) forced and slow vital capacities. Correlations were tested by the Pearson correlation test. Variables were compared between groups defined by the VAS median value. p < 0.05 was considered significant. Results: Of the 156 patients included in the study (91 spinal-onset, 49 bulbar-onset, 16 axial/respiratory-onset; 95 men; mean onset age 63.9 ± 13 years; mean disease duration 18.4 ± 26.5 months), HS VAS was significantly lower in spinal-onset patients (p = 0.047), and particularly in spinal-onset women (p = 0.027). Disease duration had no influence. HS VAS was moderately correlated with ALSFRS, ALSFRSul and ALSFRSll (0.4 < r < 0.5, p < 0.01), weakly correlated with RofALSFRS-R in the whole population (r = 0.171, p < 0.05), and not correlated with ALSFRSb or the respiratory tests. ALSFRSb was similar between groups defined by the HS VAS median value, but the other scores were significantly lower for poorer HS values. Conclusion: HS before diagnosis is mostly dependent on the perception of upper and lower limb function. A tool tailored to evaluate HS in bulbar-onset patients should be developed.

Much research effort has been invested in understanding ecological impacts of invasive alien species (IAS) across ecosystems and taxonomic groups, but empirical studies about economic effects lack synthesis. Using a comprehensive global database, we determine patterns and trends in economic costs of aquatic IAS by examining: (i) the distribution of these costs across taxa, geographic regions and cost types; (ii) the temporal dynamics of global costs; and (iii) knowledge gaps, especially compared to terrestrial IAS. Based on the costs recorded from the existing literature, the global cost of aquatic IAS conservatively summed to US$345 billion, with the majority attributed to invertebrates (62%), followed by vertebrates (28%), then plants (6%). The largest costs were reported in North America (48%) and Asia (13%), and were principally a result of resource damages (74%); only 6% of recorded costs were from management. The magnitude and number of reported costs were highest in the United States of America and for semi-aquatic taxa. Many countries and known aquatic alien species had no reported costs, especially in Africa and Asia. Accordingly, a network analysis revealed limited connectivity among countries, indicating disparate cost reporting. Aquatic IAS costs have increased in recent decades by several orders of magnitude, reaching at least US$23 billion in 2020. Costs are likely considerably underrepresented compared to terrestrial IAS; only 5% of reported costs were from aquatic species, despite 26% of known invaders being aquatic. Additionally, only 1% of aquatic invasion costs were from marine species. Costs of aquatic IAS are thus substantial, but likely underreported. Costs have increased over time and are expected to continue rising with future invasions. We urge increased and improved cost reporting by managers, practitioners and researchers to reduce knowledge gaps. Few costs are proactive investments; increased management spending is urgently needed to prevent and limit current and future aquatic IAS damages.

A ideia de que um indivíduo invista o seu tempo e esforço em favor de outra pessoa, particularmente quando essa pessoa é um estranho, tem suscitado o interesse daqueles que se dedicam ao estudo do comportamento humano e motivado os estudos em torno da influência do voluntariado nos que a ele se dedicam. Este é mais um estudo que pretende contribuir para o conhecimento nesta área, investigando a relação da prática de voluntariado com a auto-eficácia geral percebida e a concepção positiva de si, em adolescentes. A hipótese que se coloca é que o voluntariado reforce as expectativas de auto-eficácia e que estas, por sua vez, funcionem como facilitadoras da capacidade de alcançar a concepção positiva de si. A investigação partiu da análise qualitativa de entrevistas realizadas a oito participantes com idades compreendidas entre os 16 e os 18 anos, numa perspectiva exploratória. Os resultados apontam para o potencial benéfico do voluntariado, nomeadamente em termos de satisfação, crescimento pessoal e aumento da compreensão do mundo e de realidades diferentes daquelas em que os participantes vivem. No entanto, o estudo é inconclusivo no que diz respeito à relação da prática de voluntariado com a auto-eficácia geral percebida e com a concepção positiva de si.

As redes IoT (Internet of Things) assumem cada vez mais preponderância na automação de diferentes processos do dia a dia, e o seu impacto a vários níveis na nossa vida é uma realidade. Estas caracterizam-se principalmente pelo uso de dispositivos de hardware, nomeadamente sensores, que podem recolher e transmitir vários tipos de informação, conforme a finalidade desejada pelas organizações. A informação é depois utilizada na automação de processos em diversos setores da nossa sociedade, como transportes, cidades inteligentes, e saúde, por exemplo. Em todos estes exemplos, fatores como a fiabilidade são aspetos fulcrais a garantir nestas redes. De forma a que estas cumpram com a finalidade pretendida, o seu funcionamento recai em conjuntos estruturados de atividades com uma ordem específica de execução, os quais se designam de processos de negócio. Grande parte das redes IoT atuais apresentam ainda hoje uma arquitetura centralizada, onde os sensores enviam a informação recolhida de um dado ambiente para um sistema central. O sistema central realiza, posteriormente, tomadas de decisão com base na informação recolhida, tais como enviar uma ordem de realização de uma tarefa a um atuador. No entanto, vários custos resultam deste tipo de arquitetura. Um dos mais dispendiosos deve-se ao consumo de energia por parte dos sensores, resultante da comunicação a que são sujeitos com o sistema central. A descentralização dos processos toma partido das capacidades de processamento dos dispositivos IoT, com o intuito de se reduzir a comunicação efetuada por estes. Essa medida resulta em alternativas com um menor custo derivado da comunicação, pois haverá um menor número de mensagens transmitidas em todo o sistema. Em contrapartida, a fiabilidade do processo poderá ser afetada, para melhor ou para pior. É, por isso, necessário estabelecer um equilíbrio entre uma fiabilidade elevada e um custo reduzido da comunicação do processo. Neste trabalho é definido um problema de otimização que pretende encontrar as alternativas que melhor cumprem esse equilíbrio. Para tal são implementados dois tipos de métodos para resolver o problema em questão: um de busca exaustiva e dois métodos da classe de algoritmo meta-heurísticos.

O cancro da próstata é a segunda doença oncológica mais frequente nos homens, sendo frequentemente tratado com remoção cirúrgica total do órgão, denominada prostatectomia radical. Apesar dos avanços no diagnóstico e da evolução das terapias cirúrgicas, 20–35% dos candidatos a prostatectomia radical com intuito curativo sofrem de recidiva bioquímica, uma condição que representa o insucesso do tratamento inicial e também o primeiro sinal de progressão da doença. Em particular, dois terços dos casos de recidiva bioquímica ocorrem dentro de um período de dois anos. Ocorrendo cedo, este estado implica uma maior agressividade biológica da doença e um pior prognóstico, uma vez que pode dever-se `a presença de doença oculta, localmente avançada ou metastática. Apesar de o prognóstico devido ao desenvolvimento de recidiva bioquímica variar, em geral está associado a um risco acrescido de desenvolvimento de doença metastática e de mortalidade específica por cancro da próstata, representando assim uma importante preocupação clínica após terapia definitiva. Contudo, os modelos preditivos de recidiva bioquímica actuais não só falham na explicação da variabilidade dos resultados pós-cirúrgicos, como não têm habilidade para intervir cedo no processo de decisão de tratamento, uma vez que dependem de informação provinda da avaliação histopatológica da peça cirúrgica da prostatectomia ou da biópsia. Actualmente, o exame padrão para diagnóstico e para estadiamento do cancro da próstata é a ressonância magnética multiparamétrica, e as características provindas da avaliação dessas imagens têm mostrado potencial na caracterização do(s) tumor(es) e para predição de recidiva bioquímica. “Radiomics”, a recente metodologia aplicada à análise quantitativa de imagens médicas tem mostrado ter capacidade de quantificar objectivamente a heterogeneidade macroscópica de tecidos biológicos como tumores. Esta heterogeneidade detectada tem vindo a sugerir associação a heterogeneidade genómica que, por sua vez, tem demonstrado correlação com resistência a tratamento e propensão metastática. Porém, o potencial da análise radiómica das imagens de ressonância magnética (MRI) multiparamétrica da próstata para previsão de recidiva bioquímica pós-prostatectomia radical ainda não foi totalmente aprofundado. Esta dissertação propôs explorar o potencial da análise radiómica aplicada a imagens pré-cirúrgicas de ressonância magnética biparamétrica da próstata para previsão de recidiva bioquímica, no período de dois anos após prostatectomia radical. Este potencial foi avaliado através de modelos predictivos com base em dados radiómicos e parâmetros clínico-histopatológicos comummente adquiridos em três fases clínicas: pré-biópsia, pré- e pós-cirúrgica. 93 pacientes, de um total de 250, foram eleitos para este estudo retrospectivo, dos quais 20 verificaram recidiva bioquímica. 33 parâmetros clínico-histopatológicos foram recolhidos e 2715 variáveis radiómicas baseadas em intensidade, forma e textura, foram extraídas de todo o volume da próstata caracterizado em imagens originais e filtradas de ressonância magnética biparamétrica, nomeadamente, ponderadas em T2, ponderadas em Difusão, e mapas de coeficiente de difusão aparente (ADC). Embora os pacientes elegíveis tenham sido examinados na mesma instituição, as características do conjunto de imagens eram heterogéneas, sendo necessário aplicar vários passos de processamento para possibilitar uma comparação mais justa. Foi feita correção do campo tendencial (do inglês, “bias”) e segmentação manual das imagens T2, registo tanto para transposição das delineações do volume de interesse entre as várias modalidades imagiológicas como para correção de movimento, cálculo de mapas ADC, regularização do campo de visão, quantização personalizada em tons cinza e reamostragem. Tendo os dados recolhidos uma alta dimensionalidade (número de variáveis maior que o número de observações), foi escolhida a regressão logística com penalização L1 (LASSO) para resolver o problema de classificação. O uso da penalização aliada à regressão logística, um método simples e commumente usado em estudos de classificação, permite impedir o sobreajuste provável neste cenário de alta dimensionalidade. Além do popular LASSO, recorremos também ao algoritmo Priority-LASSO, um método recente para lidar com dados “ómicos” e desenvolvido com base no LASSO. O Priority-LASSO tem como princípio a definição da hierarquia ou prioridade das variáveis de estudo, através do agrupamento dessas mesmas variáveis em blocos sequenciais. Neste trabalho explorámos duas maneiras de agrupar as variáveis (Clínico-histopatológicas vs. Radiómicas e Clínico-histopatológicas vs. T2 vs. Difusão vs. ADC). Além disso, quisemos perceber qual o impacto da ordem destes mesmos blocos no desempenho do modelo. Para tal, testámos todas as permutações de blocos possíveis (2 e 24, respectivamente) em cada um dos casos. Assim, uma estrutura de aprendizagem automática, composta por métodos de classificação, validação-cruzada k-fold estratificada e repetida, e análises estatísticas, foi desenvolvida para identificar os melhores classificadores, dentro um conjunto de configura¸c˜oes testado para cada um dos três cenários clínicos simulados. Os algoritmos de regressão logística penalizada com LASSO e o Priority-LASSO efectuaram conjuntamente a seleção de características e o ajuste de modelos. Os modelos foram desenvolvidos de forma a optimizar o n´umero de casos positivos de recidiva bioquímica através da maximização das métricas área sob a curva (AUC) e medida-F (Fmax), derivadas da análise de curva característica de operação do receptor (ROC). Além da comparação das implementações Priority-LASSO com o caso em que não houve agrupamento de variáveis (isto é, LASSO), foram também comparados dois métodos de normalização de imagens com base no desempenho dos modelos (avaliado por Fmax). Um dos métodos tinha em conta o sinal de intensidade proveniente da próstata e de tecidos imediatamente circundantes, e outro apenas da próstata. Paralelamente, também o efeito do método de amostragem SMOTE, que permite equilibrar o número de casos positivos e negativos durante o processo de aprendizagem do algoritmo, foi avaliado no desempenho dos modelos. Com este método, gerámos casos sintéticos para a classe positiva (classe minoritária) para recidiva bioquímica, a partir dos casos já existentes. O modelo de regressão logística com Priority-LASSO com a sequência de blocos de variáveis Clínico-histopatológicas, T2, Difusão, ADC e com restrição de esparsidade de cada bloco com o parâmetro pmax = (1,7,0,1), foi seleccionada como a melhor configuração em cada um dos cenários clínicos testados, superando os modelos de regressão logística LASSO. Durante o desenvolvimento dos modelos, e em todos os cenários clínicos, os modelos com melhor desempenho obtiveram bons valor médios de Fmax (mínimo–máximo: 0.702–0.754 e 0.910–0.925 para classe positiva e negativa de recidiva bioquímica, respectivamente). Contudo, na validação final com um conjunto de dados independentes, os modelos obtiveram valores Fmax muito baixos para a classe positiva (0.297–0.400), revelando um sobreajuste, apesar do uso de métodos de penalização. Também se verificou grande instabilidade nos atributos seleccionados. Contudo, os modelos obtiveram razoáveis valores de medida-F (0.779–0.833) e de Precisão (0.821–0.873) para a classe de recidiva bioquímica negativa durante as fases de treino e de validação, pelo que estes modelos poderão ter valor a ser explorado. Os modelos pré-biópsia tiveram desempenho inferior no treino, mas sofreram menos de sobreajuste. Os classificadores pré-operatórios foram excessivamente optimistas, e os modelos pós-operatórios foram os melhores a detectar correctamente casos negativos de recidiva bioquímica. Outros resultados observados incluem a superioridade no desempenho dos modelos baseados em imagens que usaram o método de normalização realizado apenas com o volume da próstata, e o inesperado resultado de que o uso método de amostragem SMOTE não ter trazido melhoria na classificação de casos positivos de recorrência bioquímica, nem nos casos negativos, durante a validação dos modelos. Tendo em contas às variáveis seleccionadas e a sequência de prioridade dos melhores modelos Priority-LASSO, concluímos que os atributos radiómicos provindos da análise de textura de imagens MRI ponderadas em T2 poderão ter potencial para distinguir pacientes que não irão sofrer recidiva bioquímica inicial, conjuntamente com níveis iniciais de antigénio específico da próstata, num cenário pré-biópsia. A inclusão de parâmetros pré- ou pós-operatórios não adicionou valor substancial para a classificação de casos positivos de recidiva bioquímica em conjunto com variáveis radiómicos de MRI biparamétrica. Estudos com alto poder estatístico serão necessários para elucidar acerca do papel de atributos de radiómica baseados em imagens de bpMRI como predictores de recidiva bioquímica.

O ensino de arte e do design, em especial desenhar/esboçar, implica capacitar os alunos a desenhar a partir da observação, seja de temas vivos ou a partir de representações, em última análise, expressando representações pessoais. Inerentemente, ao longo dos séculos, várias metodologias de ensino foram adotadas e testadas pela academia. Este artigo tem como objetivo analisar o desenho e o esboço contemporâneo, da observação até as metodologias de representação. É o ato espontâneo de esboçar que fomenta o impulso criativo tão procurado por designers e artistas, que a academia exerce e dá palestras em escolas de arte e design de última geração

Como criar novas imagens a partir do conteúdo dos textos bíblicos? Neste artigo parte-se do famoso episódio narrado no evangelho de Mateus sobre o leproso que pede para ser purificado, extraindo o seu conteúdo e levando-o para o processo de criação artística. Compreender o contexto social da época sobre a lepra assim como o significado da sua impureza e respetivas consequências, conduziu a criação de desenhos que procuraram tocar o belo e o impuro, numa primeira fase, assim como de registos em busca de uma estética do feio, num segundo momento.

The accumulation of the amyloid-β peptide and its subsequent aggregation is followed by an initial neuroinflammatory response, thought as one of the driving processes leading to neurodegeneration in AD. Rising evidence describe this disease as an evolving two-stage inflammatory process, where early stages involve glial ability to regulate AD related mechanisms, maintaining an homeostatic environment prior to plaque formation, whilst late stages are characterized by an amyloid plaque-associated exacerbated neuroinflammation and consequent neurodegeneration. The proinflammatory protein S100B is one of the glial response alarmins upregulated in AD, thought to play an important, although unclear role during the early stages of the disease. S100B has been known for its role as an inflammatory inducer in other neurodegenerative disorders, yet recent in vitro approaches established a new chaperone-like function for this protein, as a suppressor of Aβ aggregation. Therefore, we here investigated whether S100B plays a neuroprotective or disease-aggravating role against Aβ induced toxicity in a hippocampal organotypic slice culture model. First, S100B and Aβ42 were recombinantly purified in E. coli. Then, tissue slices were incubated with the recombinant proteins to mimic the AD environment and explore the dual role of S100B. In these conditions, our results suggest that in the dentate gyrus region, S100B is able to partially prevent microglia reactivity induced by Aβ42. Also, it seems to regulate the Aβ42 induced expression of inflammatory genes, such as IL-1β, without affecting neuronal death. Although these initial studies suggest that S100B might play a neuroprotective role against Aβ-induced neuroinflammation, further studies are needed to better ascertain whether the interplay between these two biomolecules can be used as potential therapeutic approach to ameliorate AD pathology.

Nos últimos anos o risco operacional tem vindo a tornar-se um tema cada vez mais relevante no âmbito das instituições financeiras. A sua inerência a este tipo de instituições e o aumento do impacto gerado nas mesmas, ganha notoriedade dia após dia, especialmente quando esta vertente de risco é a principal razão pelo fecho de certos Bancos, um fenómeno que se tem vindo a verificar. As perdas resultantes de eventos de risco operacional podem ser catastróficas não só em termos monetários, mas também a nível do negócio ou até mesmo em termos reputacionais. Seguindo este ângulo, o presente trabalho tem como objetivo fornecer uma noção mais específica relativamente ao risco operacional por forma a consciencializar a importância por detrás do desenvolvimento de um modelo de estimação de perdas no âmbito do risco operacional para um Banco. Para além da transmissão desta noção, ao longo do trabalho é também possível verificar no que consiste um modelo de estimação de perdas nesta área, nomeadamente como se procedeu o seu desenvolvimento, os tratamentos efetuados e as ferramentas imprescindíveis para a elaboração do mesmo. De forma a que fosse exequível a estimação das perdas por categoria de risco operacional e de modo a correr as simulações de Monte Carlo tendo por base os dados disponibilizados, foi necessária a modelação destes dados, de maneira a adequar distribuições, com o melhor método possível. Esta modelação ditou o curso do modelo, fazendo com que a estimação das perdas fosse efetuada no âmbito de 4 unidades de medida, sendo que 1 representa um grupo de 4 categorias, enquanto as restantes constituem unidades de medida independentes.

This paper focuses on humanitarian-architecture practices in hazard-prone environments. It highlights women’s role in slum-upgrading, aided-self-help, incremental-housing and disaster-risk-reduction processes. We present the experiences of the seven shortlisted nominees to the first edition of the Marielle Franco Community-Design Award, which sought to acknowledge the long-lasting activities of professionals working within vulnerable communities. Although the award did not have a gender focus, all the shortlisted nominees were eventually either women architects or women-led architecture offices, mostly engaged with local NGOs assisting dwellers of fragile settlements while building their capacities. We sought to explore the distinctive features of their practices and how these contribute to improve communities’ living conditions. Our research relied on a literature review and the comparative analysis of the profile, practice and achievements of the shortlisted nominees. Our study shows that the processes set forth by these professionals are as important as their architectural results. Furthermore, the outcomes of their work extrapolate the physical dimension to embrace long-term social impacts. By following an empathic and immersive approach in their relationship with the concerned people (in particular women), these female architects could plan, design and build in a truly collaborative mode.

O presente estudo tem como objetivo traçar um perfil dos municípios portugueses, de forma a elaborar cenários prospetivos e identificar as áreas que, em cada município, poderão vir a configurar uma situação de risco e a necessitar de intervenção. Para tal, primeiramente foi necessário estruturar, sistematizar e selecionar diversos indicadores referentes aos 308 municípios, para que, desta forma fosse possível analisar o município num contexto financeiro, demográfico, económico e social avaliando ainda as mudanças que ocorreram em alguns dos indicadores entre 2013 e 2018. Sendo que, os dados utilizados nesta análise foram recolhidos da base de dados estatísticos disponibilizada pela PORDATA. Após recolha da respetiva informação, foi traçado o perfil dos municípios através da utilização de duas metodologias de análise estatística multivariada, a Análise Fatorial e Análise de Clusters, mais especificamente, através da implementação do método Two Step Cluster. Numa fase inicial, a Análise Fatorial permitiu condensar a informação contida nas várias variáveis originais com uma perda mínima de informação, dando origem a novas variáveis, os factor loadings, que foram as variáveis utilizadas no método Two Step Cluster. O Two Step Sluster, por sua vez, permitiu traçar o perfil dos municípios, através da organização dos municípios em grupos “homogéneos”. Por fim, foram obtidos 6 clusters, estes clusters permitiram avaliar o desempenho dos diversos municípios, permitindo perceber quais as características que apresentam uma maior capacidade de influenciar a competitividade de um município. Foi ainda possível, analisar possíveis situações de risco inerentes aos mesmos.

The temporomandibular joint (TMJ) is an important structure for the masticatory system and the pathologies associated with it affect a large part of the population and impair people’s lifestyle. It comprises an articular disc, that presents low regeneration capacities and the existing clinical options for repairing it are not effective. This way, it is imperative to achieve a permanent solution to guarantee a good quality of life for people who suffer from these pathologies. Complete knowledge of the unique characteristics of the disc will make it easier to achieve a successful tissue engineering (TE) construct. Thus, the search for an effective, safe and lasting solution has already started, including materials that replace the disc, is currently growing. The search for a solution based on TE approaches, which involve regenerating the disc. The present work revises the TMJ disc characteristics and its associated diseases. The different materials used for a total disc replacement are presented, highlighting the TE area. A special focus on future trends in the field and part of the solution for the TMJ problems described in this review will involve the development of a promising engineered disc approach through the use of decellularized extracellular matrices.

Complications of alloplastic temporomandibular joint (TMJ) prostheses can lead to stress and anxiety for the patient and the surgical team, and prosthesis substitution is sometimes required. The aim of this case report is to describe the surgical finding of synovial entrapment with interposed fibrosis in a postoperative alloplastic TMJ revision, managed effectively with adequate surgical debridement. The authors believe that synovial entrapment needs to be considered as a possible postoperative complication of total joint replacement when no clear symptoms of infection, metal hypersensitivity, osteolysis, or heterotopic bone formation are present. The implications of synovial entrapment in TMJ alloplastic replacement remains relatively unpredictable and poorly understood.

A adolescência é caraterizada por uma multiplicidade de alterações físicas, afetivo-emocionais e relacionais que abalam as estruturas do self existentes e obrigam à (re)definição da identidade. Nesta fase de vida, a perceção do adolescente sobre si próprio – representada pelo Conceito de Si (CS) – vai sofrendo alterações progressivas. Este processo de maturação e desenvolvimento acarreta dificuldades e desafios particulares que podem gerar alterações emocionais, configurando em alguns casos perturbações de ansiedade e depressão. Neste estudo exploraram-se as relações entre o conceito de si e os indicadores de alterações emocionais, especificamente de ansiedade e depressão. Para tal utilizaram-se a Tennessee Self-Concept Scale (TSCS:2) e o Cuestionario Educativo-Clínico: Ansiedad y Depresión (CECAD). A amostra estudada (N = 570) compreendeu rapazes e raparigas, organizados em dois grupos etários: pré-adolescentes (10 – 12 anos); e adolescentes (13 – 15 anos). Todos os participantes frequentavam escolas públicas do distrito de Lisboa, onde decorreram as aplicações, em contexto colectivo. Encontraram-se diferenças relevantes em diferentes domínios do conceito de si e das alterações emocionais em função do sexo e da idade dos jovens. As raparigas apresentam maior relevância do CS Moral e expressam níveis mais elevados de Ansiedade e de Depressão, enquanto que os rapazes apresentam maior relevância do CS Físico. Considerando a idade, os pré-adolescentes apresentaram níveis mais elevados no CS Familiar e na Ansiedade, enquanto os adolescentes apresentaram níveis mais elevados no CS Social e na Autocrítica. Os dados globais indicam que o CS Social e o CS Académico constituem, respetivamente, os domínios de maior robustez e de maior fragilidade da perceção pessoal em ambos os sexos e grupos de idade. Estes resultados permitiram identificar áreas do conceito de si que são alvo de preocupação e de vulnerabilidades nos jovens, o que poderá ser útil para a sinalização de casos a carecer de avaliação e intervenção psicológica.

A large GGGGCC-repeat expansion mutation (HREM) in C9orf72 is the most common known cause of ALS and FTD in European populations. Sequence variations immediately downstream of the HREM region have previously been observed and have been suggested to be one reason for difficulties in interpreting RP-PCR data. Our objective was to determine the properties of these sequence variations with regard to prevalence, the range of variation, and effect on disease prognosis. We screened a multi-national cohort (n = 6981) for the HREM and samples with deviant RP-PCR curves were identified. The deviant samples were subsequently sequenced to determine sequence alteration. Our results show that in the USA and European cohorts (n = 6508) 10.7% carried the HREM and 3% had a sequence variant, while no HREM or sequence variants were observed in the Japanese cohort (n = 473). Sequence variations were more common on HREM alleles; however, certain population specific variants were associated with a non-expanded allele.In conclusion, we identified 38 different sequence variants, most located within the first 50 bp downstream of the HREM region. Furthermore, the presence of an HREM was found to be coupled to a lower age of onset and a shorter disease survival, while sequence variation did not have any correlation with these parameters.

4T1 metastatic breast cancer model have been widely used to study stage IV human breast cancer. However, the frequent inoculation of a large number of cells, gives rise to fast growing tumors, as well as to a surprisingly low metastatic take rate. The present work aimed at establishing the conditions enabling high metastatic take rate of the triple-negative murine 4T1 syngeneic breast cancer model. An 87% 4T1 tumor incidence was observed when as few as 500 cancer cells were implanted. 4T1 cancer cells colonized primarily the lungs with 100% efficiency, and distant lesions were also commonly identified in the mesentery and pancreas. The drastic reduction of the number of inoculated cells resulted in increased tumor doubling times and decreased specific growth rates, following a Gompertzian tumor expansion. The established conditions for the 4T1 mouse model were further validated in a therapeutic study with peguilated liposomal doxorubicin, in clinical used in the setting of metastatic breast cancer. Inoculated cell density was proven to be a key methodological aspect towards the reproducible development of macrometastases in the 4T1 mouse model and a more reliable pre-clinical assessment of antimetastatic therapies.

Os efeitos da influência antropogénica no meio ambiente têm-se manifestado, cada vez mais, como uma das principais razões que contribui para a alteração e redução da biodiversidade local e global. Face ao constante aumento populacional, é expectável que, se não forem adotadas medidas de cariz urgente, muitas espécies fiquem em risco ou em última instância, tais processos nefastos poderão conduzir à sua extinção. Com vista a reverter este processo, ecologistas de todo o Mundo têm vindo a trabalhar continuamente no sentido de desenvolver mecanismos para deteção de riscos variados. Apoios institucionais têm-se revelado fulcrais no decorrer da implementação destes planos, providenciados tanto por autoridades de mitigação, como por entidades de proteção ambiental. No entanto, é importante salientar o papel fulcral da intervenção das comunidades locais. Uma das principais causas da destruição maciça de habitats a nível global tem por base a emissão de substâncias de caráter poluente no meio ambiente. Dentro dos diferentes tipos de substâncias prejudiciais, a matéria orgânica proveniente de descargas de efluentes não tratados em áreas urbanas assume um papel importante na perturbação do equilíbrio e da estabilidade dos ecossistemas circundantes. Por forma a reduzir este tipo de contaminação nos sistemas aquáticos, induzida pela influência antropogénica, mecanismos de tratamento de águas urbanas e industriais têm vindo a ser desenvolvidos e aperfeiçoados, bem como as infraestruturas responsáveis por estes mesmos tratamentos, conhecidas como Estações de Tratamento de Águas Residuais (ETAR). De forma a proceder à monitorização da atividade destas estações especializadas, diferentes planos foram desenhados, implementados e melhorados para avaliar se ao longo do tempo se verifica um efeito prejudicial da construção e funcionamento das infraestruturas supracitadas no meio ambiente. Várias colaborações entre instituições governamentais e especialistas ambientais têm vindo a ser feitas de forma a dar resposta a este tipo de problemas. Mais concretamente, em 2001 deu-se início a uma parceria entre a Câmara Municipal de Almada e o Centro de Ciências do Mar e do Ambiente (MARE), com o principal objetivo de avaliar o impacto ambiental da construção de ETARs municipais drenantes no estuário do Tejo nas comunidades ribeirinhas do concelho de Almada. Em 2003, foi construída uma ETAR no Portinho da Costa, com o propósito de desativar um emissário de efluentes não tratados localizado no Porto do Buxo. Tendo sido obtidos dados relativos a este sistema, o seu tratamento e análise revelou-se necessário. Contudo, os métodos utilizados até então apenas descreviam as principais conclusões possíveis de deduzir, bem como a determinação da qualidade ecológica das águas numa janela temporal restrita através da utilização de um índice de qualidade ecológica. Um índice usado com bastante frequência na Europa é o Índice Biótico Marinho (AMBI - AZTI’s Marine Biotic Index), que se baseia em dois conceitos principais para caracterizar os locais de amostragem, Coeficiente Biótico e Índice Biótico. Com a acumulação de dados ao longo dos anos, para os diferentes locais de amostragem definidos previamente, tornou-se possível uma análise longitudinal dos dados, que permite a descrever tendências e a quantificar alterações nas comunidades biológicas existentes. Neste trabalho serão utilizados estes dados recolhidos entre 2004 e 2011 (completando 8 anos de dados) para a descrição de três importantes variáveis biológicas (Abundância Total de organismos, Riqueza Taxonómica e Coeficiente Biótico). Os Modelos Latentes de Curvas de Crescimento são uma ferramenta estatística frequentemente utilizada na análise de dados longitudinais, uma vez que permitem descrever e quantificar as alterações de uma determinada variável ao longo do tempo. Apesar destes modelos serem maioritariamente usados em Estatística Clássica, têm vindo a ser desenvolvidas abordagens do ponto de vista bayesiano. À luz desta forma de pensamento estatístico, os dados observados são considerados como entidades fixas e os parâmetros são variáveis aleatórias, que possuem a sua própria distribuição de probabilidade. Para a aplicação do método bayesiano, é necessário atribuir uma distribuição inicial aos parâmetros, distribuição a priori, através da informação que se tem até ao momento. A partir desta, e em conjugação com a função de verosimilhança dos dados, uma outra distribuição, denominada distribuição a posteriori, pode ser obtida por meio do Teorema de Bayes. Esta última, fornece a informação renovada acerca dos parâmetros do modelo, após se terem observado os dados. Habitualmente a distribuição a posteriori dos parâmetros é bastante complexa, tendo, por isso, que se recorrer a metodologias de simulação estocástica, tais como o método de Metropolis-Hastings e o método de amostragem de Gibbs, ambos baseados no conceito de cadeias de Markov. Para a aplicação dos Modelos Latentes de Curvas de Crescimento, é necessário ter a medição repetida de uma variável de interesse ao longo do tempo para a mesma unidade experimental. Com estas medições podem ser estimados o nível inicial (L) e o declive inicial (S) para cada unidade experimental. O caráter diferencial desta metodologia quando comparada com os Modelos Lineares Generalizados é a inclusão de um parâmetro extra denominado parâmetro de forma (a). A simplicidade destes modelos permite uma descrição detalhada da variável de interesse utilizando os parâmetros latentes (não observados) acima mencionados. Para a realização deste trabalho foram selecionados os dados referentes a dois locais, Porto do Buxo e Portinho da Costa. Nestes locais, foram definidos radiais e transetos de forma a cobrir uma maior área. Como consequência desta decisão obtiveram-se 9 estações de amostragem no Porto do Buxo (3 transetos e 3 radiais) e 15 no Portinho da Costa (5 transetos e 3 radiais), perfazendo um total de 24 estações de amostragem. Após uma análise detalhada dos dados, algumas decisões foram tomadas com o intuíto de obter resultados mais adequados. Resumidamente, de forma a eliminar o enviesamento provocado por um evento externo (alteração não explicada que ocorreu de igual forma para todas as estações de amostragem) identificado em 2007, for feito um corte aos dados iniciais ficando apenas com os últimos quatro anos (2008 a 2011). Além disso, foram separadas as estações do ano de forma a eliminar o efeito da sazonalidade presente nos dados, ou seja, para cada uma das variáveis de interesse, foram ajustados quatro modelos diferentes, um para cada estação do ano. Para o ajustamento dos modelos, foram geradas 5 cadeias de Markov para cada parâmetro. De forma a não influenciar muito o resultado das simulações, foram utilizadas distribuições a priori vagas para que se pudesse deixar que "os dados falem". Relativamente aos resultados obtidos, de uma forma geral pode-se dizer que, ao longo dos quatro anos em estudo e para todas as estações do ano, os modelos propostos ajustaram-se bem em relação às tendências observadas. Resumidamente, para a abundância total de organismos e a riqueza taxonómica em cada estação do ano e em todas as estações de amostragem, é possível encontrar uma tendência crescente bem definida, com alguma variação em termos do declive. Embora isto pudesse significar que as comunidades biológicas estariam a caminhar para uma melhor saúde no geral, tal não se verifica, uma vez que foi possível encontrar uma tendência crescente no coeficiente biótico, ainda que com um declive reduzido. Por fim, com este trabalho foi possível avaliar a capacidade de ajustamento destes modelos a dados ecológicos. De um modo geral, estes modelos são úteis para a descrição e previsão de tendências em variáveis biológicas. No entanto, é necessário ter em atenção que, para que os resultados sejam o mais corretos possível, efeitos externos ao objeto principal da investigação devem ser atenuados ou eliminados, como foi o caso da sazonalidade. A possibilidade de inclusão de uma componente de sazonalidade no modelo não foi contemplada, ficando essa questão em aberto.