Repositório RCAAP

Estas páginas estudian el sentido y contexto de la inscripción en letra humanística del sepulcro de Luís da Silveira (1483-1534), en la capilla familiar de la Iglesia Matriz de Góis (Coimbra), inscripción presente en un libro esculpido abierto frente a la efigie del difunto en posición orante de rodillas y que aquí se edita. Se observa la relación, iconográfica y gráfica, del libro-escultura con los Libros de Horas, aun cuando esta inscripción se presenta con grafía a la antica. Por otro lado, se señalan ciertas afinidades con los sepulcros renacentistas italianos y peninsulares, en particular el sepulcro del llamado Doncel de Sigüenza. Además, se explica en qué medida la grafía a la antica responde a la educación humanística de Silveira en la corte de D. Manuel, y cómo la localización en Góis se ajusta al alejamiento de la corte al final de su vida.

Este estudo analisa a «Laudatio Turiae», usando-a como fonte para o estudo da criação de um modelo feminino na Roma do fim da República e início do Principado.

Information analysis is an essential process for all researchers and physicians. However, the amount of biomedical literature that we currently have available and the format in which it is found make this process difficult. Therefore, it is essential to apply text mining tools to automatically obtain information from these documents. The problem is that most of these tools are not designed to deal with non-English languages, which is critical in the biomedical literature, since many of these documents are written in the authors’ native language. Although there have been organized several shared tasks where text mining tools were developed for the Spanish language, the same does not happen for the Portuguese language. However, due to the lexical similarity between the two languages, it is possible to hypothesize that the tools for the two languages may be similar and that there is an annotation transfer between Portuguese and Spanish. To contribute to the development of text mining tools for Portuguese and Spanish, this dissertation presents the ICERL (Iberian Cancer-related Entity Recognition and Linking) system, a NERL (Named Entity Recognition and Linking) system that uses deep learning and it is composed of two similar pipelines for each language, and the parallel corpus ICR (Iberian Cancer-related) corpus. Both these tools are focused on the oncology domain. The application of the ICERL system on the ICR corpus resulted in 3,999 annotations in Spanish and 3,287 in Portuguese. The similarities between the annotations of the two languages and the F1-score of 0.858 that resulted from the comparison of the Portuguese annotations with the Spanish ones confirm the hypothesis initially presented.

Computer virtualization has become prevalent throughout the years for both business and personal use. It allows for hosting new machines, on computational resources that are left unused, running as independent computers. Apart from the traditional virtual machines, a more recent form of virtualization was introduced and will be explored in this project, containers, more specifically Linux Containers. While multiple virtualization tools are available, some of them require a premium payment, while others do not support container virtualization. For this project, LXD, an open source virtual instance manager, will be used to manage both virtual machines and containers. For added service availability, clustering support will also be developed. Clustering will enable multiple physical computers to host virtual instances as if they were a single machine. Coupled with the Ceph storage back end it allows for data to be replicated across all computers in the same cluster, enabling instance recovery when a computer from the cluster is faulty. The infrastructure deployment tool Puppet will be used to automate the installation and configuration of an LXD virtualization system for both a clustered and non clustered environment. This allows for simple and automatic physical host configuration limiting the required user input and thus decreasing the possibilities of system misconfiguration. LXD was tested for both environments and ultimately considered an effective virtualization tool, which when configured accordingly can be productized for a production environment.

Safety¬critical systems have been a constant and increased presence in industrial production, such as railways and vehicles. These systems are highly configurable and must be intensively tested by system engineers before being deliverable to customers. This process is highly time¬consuming and might require associations between the product features and requirements demanded by customers. Requirement prioritization looks to recognize the most relevant requirements of a system, aiming to reduce the costs and time of the testing process. Machine Learning has been shown useful in helping engineers in this task, automating associations between features and requirements. However, its application can be more difficult when requirements are written in natural language and if a ground truth dataset does not exist with them. In our work, we present ARRINA, a Natural Language Processing¬based recommendation system able to extract and associate components from safety¬critical systems with their specifications written in natural language and process customer requirements and map them to components. The system integrates a Weight Association Rule Mining framework to extract the components and their associations and generates visualizations that can help engineers understand which components are generally introduced in project requirements. The system also includes a recommendation framework that can associate in put requirements to existing subsystems, reducing engineers’ effort in terms of requirement analysis and prioritization. We performed several experiments to evaluate the different components of ARRINA over four railway’s subsystems and input requirements. As a result, the system achieved 90% of accuracy, which denotes its importance in reducing the time¬consuming of engineers in discovering the correct subsystem links and prioritizing requirements for the testing process.

O campo de ação da Literacia da Informação é vasto e transversal, quer na aprendizagem formal e informal, quer ao longo da vida. No ensino superior, a Literacia da Informação assume um padrão de competências integradas que contempla a descoberta reflexiva da informação, a compreensão de como a informação é produzida e valorizada e a utilização da informação na criação ética e legal de novos conhecimentos, abrindo espaço para mudanças pedagógicas na educação e na formação. O pensamento crítico envolve um conjunto de processos: análise, avaliação, pesquisa de informação para resolver problemas; ou seja, propõe-se julgar algo a partir de um padrão de referência, raciocínio lógico, inferência, observação, interpretação, criatividade, mente aberta, autorregulação, comunicação, colaboração e até mesmo outros atributos relacionados à motivação e às emoções para enfrentar uma tarefa complexa e resolvê-la. Este artigo explora a articulação do conceito de pensamento crítico com o de literacia da informação. É apresentada uma reflexão teórica que destaca o contributo desses constructos no contexto académico e na dinâmica do ensino superior. O diálogo entre o pensamento crítico e a literacia da informação potencia uma cadeia de eventos que emancipam e autonomizam os alunos, desenvolvendo competências que podem ser utilizadas em qualquer contexto – uma relação fecunda e fundamental a desenvolver no ensino superior, nomeadamente na formação em literacia da informação. Conclui-se que o pensamento crítico é um elemento essencial da literacia da informação e sugere-se que ambos devem ser ensinados em conjunto nas estruturas dos cursos.

Some of the current strategies for the development of scaffolding materials capable of inducing tissue regeneration have been based on the use of polymeric biomaterials. Chitosan, in particular, due to its recognized biological activity has been used in a number of biomedical applications. Aiming the development of chitosan-based membranes with improved cell adhesion and growth properties to be used as skin scaffolds allowing functional tissue replacement, different formulations with chitosan of different molecular weight, poly (vinyl alcohol) and gelatin, were evaluated. To meet the goal of getting ready-to-use scaffolds assuring membranes’ required properties and sterilization, preparation methodology included a lyophilization procedure followed by a final gamma irradiation step. Two radiation dose values were tested. Samples were characterized by TGA, FTIR, and SEM techniques. Their hydrophilic properties, in vitro stability, and biocompatibility were also evaluated. Results show that all membranes present a sponge-type inner structure. Chitosan of low molecular weight and the introduction of gelatin are more favorable to cellular growth leading to an improvement on cells’ morphology and cytoskeletal organization, giving a good perspective to the use of these membranes as potential skin scaffolds.

Introduction: The access of information to new learning devices, the ability to interconnect with libraries and repositories without barriers of time or space, and the way in which information is processed and made available highlight the urgency of reflection and access to the production and dissemination of scientific production by its stakeholders. To address these issues, academic institutions, together with their libraries, can devise and develop strategies that enable them to make fuller use of these resources, assisting them to interact with the Open Science movement with greater autonomy and effectiveness. Aim of the study: A curricular proposal for a postgraduate course targeted at researchers, science managers, and information professionals is presented, given the gap in higher education offer in this area in Portugal. Methods: A literature review was performed and a proposal for a postgraduate course was developed, based on the international FOSTER project. Results: The course has been structured in contents that aim to fulfill the objective of disseminating Open Science best practices in the context of higher education, articulated with information literacy. The subjects, distributed by semester, workload. and ECTS, are adaptable to the needs of teaching and dissemination, ensuring the training of researchers, science managers, and information professionals in skills appropriate for navigating this movement. Conclusions: The proposed postgraduate course aims to reinforce the importance of building the capacity and best practices’ training of stakeholders within Open Science.

Institutional repositories of universities are initiatives that integrate the concept of Open Science, enhancing the free circulation of academic and scientific production. The current University of Lisbon (ULisboa) results from the fusion of the former University of Lisbon and Technical University of Lisbon, in 2013. Currently, ULisboa comprises 18 schools. Since the fusion, University of Lisbon still has two independent institutional repositories based on DSpace – the Repositório.UL and the UTL Repository. Focused on the collection of theses and dissertations, the aim of the following study is to look at the scientific production of ULisboa and analyse the international visibility between 2010 and 2019. The final goal is to demonstrate how the use of institutional repositories contributes to enhancing science dissemination, research, and researchers’ visibility and promotes access to knowledge, improving the quality of the information available on the web. The self-archive policies of the University of Lisbon express as the major goals, to gather and organize systematically the set of intellectual, academic and scientific production; to disseminate, provide access and more visibility to research developed; to improve monitoring, evaluation and management of research and teaching activities and to promote the enhancement and preservation of the intellectual and cultural heritage of this University.

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Tomando em consideração a investigação que tem sido realizada no âmbito da Religiosidade e Saúde Mental, este trabalho pretende investigar o impacto das diferentes dimensões da experiência religiosa no bem-estar subjectivo de adultos de meia-idade, entre os 35 e os 65 anos de idade. No estudo participaram 133 indivíduos, 54 do sexo masculino e 79 do sexo feminino. Utilizou-se a Escala de Orientação Religiosa – R (Gorsuch & McPherson, 1989), a Escala de Satisfação com a Vida (Diener, Emmons, Larsen, & Griffin, 1985) e a Escala de Depressão do Centro de Estudos Epidemiológicos (Radloff, 1977), para avaliar, respectivamente, as dimensões da experiência religiosa e o bem-estar subjectivo. Foi ainda construída uma Ficha Sociodemográfica e um Questionário da Experiência Religioso, referente à experiência religiosa dos indivíduos. Os resultados não evidenciaram correlações significativas entre a religiosidade e o bem-estar subjectivo, contudo a orientação religiosa extrínseca surge associada a maiores índices de depressão, tal como referido na literatura. Verificou-se que a experiência religiosa varia consoante o género e a idade. As mulheres apresentam maior desenvolvimento da orientação religiosa extrínseca e intrínseca que os homens, tendendo a conferir maior importância ao papel da religião nas suas vidas. Adultos de idade avançada possuem maior desenvolvimento da orientação religiosa intrínseca e extrínseca que os adultos de meia-idade. A existência de maior nível sócio-económico (rendimentos e habilitações literárias) surge significativamente correlacionada com uma maior satisfação com a vida. Concluiu-se que quanto mais o indivíduo participa em cultos religiosos, menor é a sintomatologia depressiva apresentada e que quanto maiores os hábitos de oração dos indivíduos, maior é a sintomatologia depressiva que apresentam. São apontadas as limitações do presente estudo e suas implicações em estudos futuros.

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The emergence of e-books as resources of scientific information in university libraries has been imposing at the pace of technology, with advantages such as portability, cost or accessibility, assuming that e-reading is being well received and appropriated by library users, who can access scientific information from anywhere. However, recent studies from prior to the COVID-19 pandemic, pointed to the resurgence of paper reading preferences. This study analyses the behavioural trends in the use of scientific information from these two media: printed books and e-books and the way university libraries users choose to use it, particularly in the pandemic context. To this end, a survey is conducted on a sample of users from various Portuguese higher education schools. The first part focuses on the characterization of respondents, which includes data on gender, area of knowledge, academic level they attend. In the second part we seek the opinion about advantages and disadvantages of each medium, frequency of use, choice of medium according to the purpose of reading, devices used, acquisition suggestions for the library. The results allow us to observe the factors that influence and affect the behaviours of users regarding this choice. Studies such as these are important to support the decision in choosing the information resources to be purchased, taking into account user preferences, but also to outline strategies for promoting the use of various media.

As bactérias do género Geobacter têm um importante impacto no meio ambiente e potencial para aplicações biotecnológicas (biorremediação de contaminantes orgânicos e inorgânicos, produção de bioenergia e bioeletrónica). Estas bactérias conseguem transferir eletrões para aceitadores finais ou aceitá-los de elétrodos, um processo atualmente explorado na área da produção de bioenergia e eletrossíntese microbiana, respetivamente. Estas aplicações baseiam-se na troca eficiente de eletrões entre a célula e o exterior, processo designado por transferência extracelular de eletrões (TEE). No entanto, os mecanismos subjacentes à TEE ainda estão por compreender totalmente. O principal objetivo desta Dissertação foi contribuir para a compreensão das vias TEE nas bactérias do género Geobacter. O trabalho focou-se na caracterização do citocromo GSU1740 recentemente identificado em G. sulfurreducens. Este citocromo é sobre-expresso durante a redução de fumarato em comparação com a redução de nitrato de Fe(III) apresentando também níveis significativos de expressão quando as células são crescidas na presença do aceitador final de eletrões de óxido de Fe(III) (insolúvel em água) comparativamente ao seu crescimento na presença de citrato de Fe(III) (solúvel em água) . Neste trabalho foram optimizados os protocolos de expressão e de purificação do citocromo GSU140 o qual foi caracterizado através da utilização de técnicas biofísicas complementares, incluindo dicroísmo circular (DC), UV-visível, voltametria cíclica e ressonância magnética nuclear (RMN). A análise dos dados obtidos permitiu concluir acerca do tipo de estrutura secundária (dominada por hélices alfa), do número de grupos hemo (um), do seu estado de spin (baixo e alto no estado reduxido e oxidado, respectivamente) e respectiva coordenação axial (His-Met). Para além disso, foi também determinado o valor do potencial redox da proteína, na gama de pH 6 a 8, o qual cobre a franja - 66.8 a - 14.3 mV, relativamente ao electrodo padrão de hidrogénio.

A infeção por citomegalovírus (CMV) é a principal causa de surdez neurossensorial congénita, afetando 22% dos recém-nascidos infetados. A infeção congénita por citomegalovírus (cCMV) tem uma prevalência mundial de 0.64%, apresentando maior risco de se desenvolver após infeção materna primária (32.3%) comparativamente à infeção materna recorrente (1.4%). Assim, torna-se importante determinar a data da infeção materna. Esta revisão da narrativa revelou que idade materna jovem (<20 anos), baixo nível socio-económico e a população melanodérmica não-hispânica constituem fatores de risco para infeção cCMV. A presença de achados ecográficos cerebrais graves, virémia fetal elevada (≥4.93 log10 UI/mL) e trombocitopénia fetal (≤114 000/mm3) constituem fatores de mau prognóstico fetal. É recomendada a realização de ressonância magnética (RM) fetal, pelo maior valor preditivo negativo (VPN) para surdez neurossensorial e défices neurológicos comparativamente à ecografia. A recomendação de medidas de higiene é a intervenção mais eficaz para prevenção da infeção materna primária por CMV. As vacinas gB/MF59, com 50% de eficácia, e V160, com estimulação de anticorpos neutralizantes, apresentam resultados promissores. Estabelecida a seroconversão materna, a terapêutica com 200 UI/kg de hiperimunoglobulina (HIG) bissemanal ou com 8 g diárias de valaciclovir oral diminui a taxa de transmissão vertical e melhora o prognóstico fetal. A administração de valganciclovir oral (16 mg/kg, 2 vezes/dia) ao recém-nascido revelou melhoria da audição em crianças com cCMV. O único estudo epidemiológico da infeção por CMV e cCMV em Portugal revelou uma taxa de prevalência cumulativa à nascença de 6.6/105 nascimentos, bastante inferior à taxa mundial, sugerindo um sub-diagnóstico da infeção. Destaca-se a importância de realizar um estudo epidemiológico otimizado em Portugal para determinação da custo-efetividade do programa e reavaliar a implementação do rastreio serológico universal a CMV no primeiro trimestre da gestação.

A Lesão Renal Aguda (LRA) é comum em pediatria, particularmente em crianças gravemente doentes internadas em unidades de cuidados intensivos pediátricos. Independentemente da etiologia subjacente, a LRA tem sido associada a progressão para Doença Renal Crónica. As definições atuais têm como base o aumento da creatinina sérica e a diminuição do débito urinário que, sendo marcadores tardios e pouco fiáveis, impedem o rápido reconhecimento desta doença e, subsequentemente, o início precoce de tratamentos apropriados. Esta tese analisa a evidência científica sobre o papel do NGAL (Neutrophil-Gelatinase Associated Lipocalin) na LRA pediátrica. O NGAL foi primeiramente descrito em murinos, identificando-se a sua participação no sistema imunitário inato, na nefrogénese e na regeneração/reparação do tecido renal lesado. Os estudos animais identificaram a sua sobre-expressão no rim após um dano isquémico ou nefrotóxico. Posteriormente, foram elaborados estudos em crianças com diferentes idades e patologias, para determinar o valor clínico do NGAL urinário (uNGAL) para a deteção precoce de LRA. Foi possível identificar uma elevação do uNGAL significativamente antes da elevação da creatinina, o que encoraja a sua utilização como um biomarcador para a deteção precoce de LRA. Atualmente, o uNGAL é já utilizado na prática clínica diária nalguns centros como marcador de LRA. Este biomarcador é uma ferramenta muito útil para a decisão de iniciar uma técnica de substituição da função renal. No futuro, a utilização do uNGAL em combinação com outros biomarcadores permitirá não só o reconhecimento precoce da LRA, mas também a possibilidade de distinguir quais os tipos de células lesadas, os mecanismos subjacentes e, consequentemente, a melhor forma de tratamento. Esta análise permitirá revolucionar a forma como tratamos a LRA e melhorará o prognóstico a longo prazo destes doentes. Esta tese tem como objetivo rever a utilidade clínica do NGAL como marcador de LRA em idade pediátrica.

A atrésia do esófago é a malformação congénita do trato digestivo superior mais comum. Atualmente, apresenta uma sobrevivência de 95% devido aos avanços nos cuidados anestésicos e perinatais, deslocando a preocupação para a morbilidade destes doentes. Este trabalho tem como objetivo rever o plano de investigação, o diagnóstico, a terapêutica e as complicações precoces e tardias da atrésia do esófago. Para fundamentar o trabalho realizou-se pesquisa no PubMed e Google Scholar, utilizando as palavras-chave: atrésia esofágica, fístula traqueoesofágica, complicações, deiscência anastomótica, considerando revisões sistemáticas e bibliográficas e casos clínicos. É descrito um caso clínico de um recém-nascido de 32 semanas e 4 dias, com 1260g e restrição do crescimento, com diagnóstico de atrésia do esófago tipo IIIb Vogt, que apresenta múltiplas complicações médico-cirúrgicas. Com este é reforçada a importância do trabalho conjunto entre pediatras e cirurgiões pediátricos, no tratamento da atrésia esofágica e enaltecida a terapêutica conservadora enquanto abordagem alternativa à cirurgia nas deiscências da anastomose. As recomendações na atrésia esofágica baseiam-se principalmente na opinião de peritos e em estudos retrospetivos. Assim, tendo presente a multidisciplinaridade enfatiza-se a abordagem individualizada destes doentes.

O Lúpus eritematoso sistémico juvenil é uma patologia autoimune, rara na idade pediátrica, que pode afetar vários órgãos e que se associa a importante morbilidade e mortalidade. O diagnóstico precoce contribui para um melhor prognóstico. Neste trabalho é descrita a evolução clínica de uma adolescente que, aos 12 anos, iniciou angioedema diário das pálpebras, lábios, face e membros, sem prurido, e sem urticária. Foram identificados anticorpos antinucleares e hipocomplementémia, sem deficiência ou disfunção do C1 inibidor. Foi medicada com hidroxicloroquina e prednisolona, com boa resposta. Por cefaleia intensa diária realizou exames imagiológicos cranioencefálicos e estudo da pressão do líquido cefalo-­‐raquidiano, que foram normais. Os anticorpos anti-­‐NMDA, anti-­‐AQ4 e anti-­‐MOG não foram detectados. Identificaram-­‐se anticorpos anti-­‐dsDNA e anti-­‐C1q. Iniciou micofenolato de mofetil, com franca melhoria da cefaleia e do angioedema. Mais de um ano e meio depois do início do angioedema, surgiu eritema malar, poliartrite, fenómeno de Raynaud, linfopenia, hematúria microscópica e proteinuria não nefrótica, sem retenção azotada ou hipertensão arterial. Foi feito o diagnóstico de lúpus eritematoso sistémico juvenil. Com a apresentação deste caso clinico pretende-­‐se realçar a importância de um diagnóstico diferencial cuidadoso e seguimento regular de doentes com angioedema de novo. Nesta tese reúne-­‐se informação relevante sobre angioedema adquirido relacionado com Lúpus Eritematoso Sistémico.

Objective: To assess the relationship between platelet counts and risk of AIDS and non-AIDS-defining events. Design: Prospective cohort. Methods: EuroSIDA patients with at least one platelet count were followed from baseline (first platelet ≥ 1 January 2005) until last visit or death. Multivariate Poisson regression was used to assess the relationship between current platelet counts and the incidence of non-AIDS-defining (pancreatitis, end-stage liver/renal disease, cancer, cardiovascular disease) and AIDS-defining events. Results: There were 62 898 person-years of follow-up (PYFU) among 12 279 patients, including 1168 non-AIDS-defining events [crude incidence 18.6/1000 PYFU, 95% confidence interval (CI) 17.5-19.6] and 735 AIDS-defining events (crude incidence 11.7/1000 PYFU, 95% CI 10.8-12.5). Patients with thrombocytopenia (platelet count ≤100 × 10/l) had a slightly increased incidence of AIDS-defining events [adjusted incidence rate ratio (aIRR) 1.42, 95% CI 1.07-1.86], when compared to those with platelet counts 101-200 × 10/l, whereas the incidence of non-AIDS-defining events was more than two-fold higher (aIRR 2.66, 95% CI 2.17-3.26). Among non-AIDS-defining events, the adjusted incidence of cancer (aIRR 2.20, 95% CI 1.61-3.01), but not cardiovascular disease (aIRR 0.66, 95% CI 0.32-1.34), was significantly higher in patients with thrombocytopenia. The association between thrombocytopenia and cancer remained unaltered in sensitivity analyses requiring repeated platelet counts to confirm thrombocytopenia and lagging platelets by 1 year prior to clinical events. Conclusion: Patients with thrombocytopenia had increased incidence of AIDS-defining and non-AIDS-defining events, but the association with the latter, in particular cancer, was stronger. Future studies should investigate whether the pathophysiological processes underlying thrombocytopenia are associated with the development of cancer during treated HIV disease.

Aggregation of alpha-synuclein (ASYN) in Lewy bodies and Lewy neurites is the typical pathological hallmark of Parkinson's disease (PD) and other synucleinopathies. Furthermore, mutations in the gene encoding for ASYN are associated with familial and sporadic forms of PD, suggesting this protein plays a central role in the disease. However, the precise contribution of ASYN to neuronal dysfunction and death is unclear. There is intense debate about the nature of the toxic species of ASYN and little is known about the molecular determinants of oligomerization and aggregation of ASYN in the cell. In order to clarify the effects of different mutations on the propensity of ASYN to oligomerize and aggregate, we assembled a panel of 19 ASYN variants and compared their behaviour. We found that familial mutants linked to PD (A30P, E46K, H50Q, G51D and A53T) exhibited identical propensities to oligomerize in living cells, but had distinct abilities to form inclusions. While the A30P mutant reduced the percentage of cells with inclusions, the E46K mutant had the opposite effect. Interestingly, artificial proline mutants designed to interfere with the helical structure of the N-terminal domain, showed increased propensity to form oligomeric species rather than inclusions. Moreover, lysine substitution mutants increased oligomerization and altered the pattern of aggregation. Altogether, our data shed light into the molecular effects of ASYN mutations in a cellular context, and established a common ground for the study of genetic and pharmacological modulators of the aggregation process, opening new perspectives for therapeutic intervention in PD and other synucleinopathies.