Repositório RCAAP

Escherichia coli cell surface perturbation and disruption induced by antimicrobial peptides BP100 and pepR

The potential of antimicrobial peptides (AMPs) as an alternative to conventional therapies is well recognized. Insights into the biological and biophysical properties of AMPs are thus key to understanding their mode of action. In this study, the mechanisms adopted by two AMPs in disrupting the Gram-negative Escherichia coli bacterial envelope were explored. BP100 is a short cecropin A-melittin hybrid peptide known to inhibit the growth of phytopathogenic Gram-negative bacteria. pepR, on the other hand, is a novel AMP derived from the dengue virus capsid protein. Both BP100 and pepR were found to inhibit the growth of E. coli at micromolar concentrations. Zeta potential measurements of E. coli incubated with increasing peptide concentrations allowed for the establishment of a correlation between the minimal inhibitory concentration (MIC) of each AMP and membrane surface charge neutralization. While a neutralization-mediated killing mechanism adopted by either AMPis not necessarily implied, the hypothesis that surface neutralization occurs close to MIC values was confirmed. Atomic force microscopy (AFM) was then employed to visualize the structural effect of the interaction of each AMP with the E. coli cell envelope. At their MICs, BP100 and pepR progressively destroyed the bacterial envelope, with extensive damage already occurring 2 h after peptide addition to the bacteria. A similar effect was observed for each AMP in the concentration-dependent studies. At peptide concentrations below MIC values, only minor disruptions of the bacterial surface occurred.

Ano

2025-10-28T12:26:46Z

Creators

Alves, Carla S. Melo, Manuel N. Franquelim, Henri G. Ferre, Rafael Planas, Marta Feliu, Feliu Bardají, Eduard Kowalczyk, Wioleta Andreu, David Santos, Nuno C. Fernandes, Miguel X. Castanho, Miguel A. R. B.

RoboCISO2 : uso de tecnologias de RPA e IA para dar diariamente ao CISO a análise situacional do estado da cibersegurança da sua organização

O Chief Information Security Officer (CISO) da Altice Portugal tem o RoboCISO para o auxiliar na governança da cibersegurança da empresa. O RoboCISO é um sistema de Robotic Process Automation (RPA), que alerta e informa o CISO, de uma forma contínua, sobre o estado de um conjunto de vetores de risco por si escolhidos. O objetivo deste projeto centrou-se no desenvolvimento de uma versão complementar do RoboCISO, a que apelidámos de RoboCISO2, que introduziu o conceito do Daily Security Brief (DSB). O DSB é um documento PDF que de uma forma sintética, concisa e global apresenta ao CISO uma análise situacional diária do estado da cibersegurança da Altice Portugal. Este documento é enviado para o CISO via email, uma vez por dia, todos os dias. Este contém um sumário inicial e o corpo do documento encontra-se dividido em diferentes vetores de risco, apresentando gráficos, tabelas e frases curtas para cada um. Os vetores de risco em análise são os incidentes de cibersegurança, em particular os ataques de Denial of Service (DoS)/Distributed Denial of Service (DDoS), os Service Level Agreement (SLA) que foram excedidos na vertente de resolução de incidentes (Exceeded SLAs), a verificação do funcionamento das plataformas críticas da organização (Current Health (Uptime) of DCY Systems), a avaliação dos ratings atribuídos pela Bitsight (External CyberHygiene) e a avaliação de tópicos como o estado da instalação dos patches de segurança (Internal CyberHygiene). O RoboCISO2 é um sistema que permite a geração automática e robotizada do DSB, recorrendo a RPA e a Inteligência artificial (IA) para a escolha da informação que aparece no sumário inicial e para atribuir uma classificação a cada vetor de risco de acordo com o seu estado. O RoboCISO permite manter o CISO da Altice Portugal permanentemente informado, isto é, sempre que ocorre por exemplo um incidente de cibersegurança, este é alertado. Enquanto que o RoboCISO2, permite aglutinar toda a informação crucial num só documento, possibilitando ao CISO observar a informação como um todo e adquirir uma consciência situacional do estado da cibersegurança da sua organização. A observação da informação relevante sintetizada num único documento aumenta a capacidade de compreensão e processamento da mesma e facilita a tomada de decisão.

Ano

2025-10-28T12:24:33Z

Creators

Marques, Rita Alexandra Lino

Caracterização da resistência aos antibióticos em estirpes isoladas de diferentes reservatórios ambientais

A resistência aos antibióticos é um problema emergente de Saúde Pública, que tem causado uma elevada mortalidade devido ao aparecimento de clones multirresistentes para os quais não existe um tratamento eficaz. Apesar deste problema estar principalmente associado aos cuidados de saúde outros reservatórios de genes de resistência aos antibióticos, tais como os animais, as águas e os solos, têm vindo a ganhar alguma relevância, numa perspetiva Uma Só Saúde. Neste âmbito, este trabalho teve como principal objetivo a caracterização da resistência aos antibióticos em estirpes isoladas de diferentes reservatórios ambientais aquáticos. Foram isoladas 143 estirpes bacterianas pertencentes a 45 espécies diferentes. Dada a importância em termos de saúde pública das espécies pertencentes ao Enterobacter cloacae complex e sendo uma das espécies mais representadas nos reservatórios analisados (n=29, em 5 reservatórios: água do rio e afluente, água de superfície, lamas e efluente de uma lagoa de estabilização), procedeu-se à respetiva caracterização da suscetibilidade aos antibióticos. A realização de testes fenotípicos (por difusão em disco e determinação da concentração inibitória mínima) foi efetuada para 7 classes de antibióticos, permitindo direcionar a pesquisa de genes de resistência por PCR (Polymerase Chain Reaction). A determinação da diversidade genética foi realizada recorrendo ao MLST (Multilocus Sequence Typing). A sequenciação total do genoma foi realizada para as estirpes que apresentavam um fenótipo mais relevante com o objetivo de identificar genes de resistência a antibióticos, fatores de virulência, plasmídeos, e respetivo pMLST, e outros elementos genéticos móveis (MGE), MLST, profagos e foi determinada a patogenicidade para os humanos utilizando ferramentas online. A análise filogenética foi efetuada com recurso ao CSI Phylogeny v1.4. A maioria das estirpes de E. cloacae complex estudadas possuía um fenótipo de suscetibilidade a todos os antibióticos testados, com exceção das resistências naturais. No entanto, destaca-se a resistência a pelo menos um dos carbapenemes estudados e à colistina em 86% e 93% das estirpes, respetivamente. Globalmente, foram identificados genes relacionados com uma diminuição da suscetibilidade aos antibióticos β-lactâmicos (blaFRI-8, blaIMI-6 e blaACT-tipo), quinolonas (oqxAB-tipo), fosfomicina (fosA2- tipo), macrólidos (mdfA-tipo) e ainda uma grande variedade de bombas de efluxo. Foram também detetados: um fator de virulência (iroN), plasmídeos [IncFII(Yp), Col(MG828), Col(pHAD28)], e diferentes elementos genéticos móveis (MGE). O estudo da diversidade genética permitiu identificar 5 STs diferentes, sendo o ST1688 o predominante, estando presente em 83% das estirpes, em 4 dos 5 reservatórios ambientais estudados. A análise filogenética agrupou as estirpes em três clades principais, contendo estirpes de diferentes reservatórios e estações do ano, variando entre si entre 6 e 49517 SNPs. Em conclusão, este estudo demonstrou uma grande diversidade de genes de resistência e MGE em estirpes de E. cloacae complex isoladas de ambientes aquáticos, confirmando que estes podem funcionar como um reservatório de bactérias resistentes, e de genes de resistência a antibióticos, que podem ser patogénicas para o Homem. Assim, será necessária a implementação de uma rede de monitorização e vigilância não só nas águas, mas também em outros reservatórios ambientais por forma evitar a sua disseminação.

Ano

2025-10-28T12:27:54Z

Creators

Coelho, Rodrigo Guerreiro

El desarrollo de la creatividad y la oralidad en ELE. Ventajas y desventajas del uso de vídeos y cortometrajes en el aula (nível A2)

El objetivo de este trabajo es dar a conocer los resultados obtenidos en la Práctica Docente Supervisada realizada el en Máster en Enseñanza de Inglés y Lengua Extranjera - español en el 3er ciclo de Educación Básica y en Educación Secundaria. A través de este proyecto, se pretende verificar hasta qué punto, los recursos fílmicos contribuyen a la adquisición del léxico y mejora lingüística de los estudiantes de ELE. Además, se considera que los recursos audiovisuales transmiten conocimientos culturales de la lengua extranjera en estudio, ya que es muy importante que comprendan que existen otras formas de actuar y hablar. Al ver los videos, los estudiantes perciben cómo gesticulan y qué entonación usan los hablantes del idioma de destino. De esta forma, aprenden más y se sienten más seguros al hablar. Este informe también refleja la experiencia como docente de español en prácticas en la Escuela Básica de 2 ° y 3 ° Ciclo de D. Luís Mendonça Furtado y presenta todo el trabajo desarrollado con una clase de español de 8 ° año, nivel iniciación (A2) durante el 1er semestre del año académico de 2020/2021. En la implementación de la unidad didáctica: ¿Cómo te mueves? ¿Dónde estás? Durante las 5 clases de 90 minutos, enfocadas al desarrollo de la expresión oral, se incluyeron actividades diversificadas con el objetivo de desarrollar la competencia comunicativa de los estudiantes y buscar abarcar todos los estilos de aprendizaje y niveles educativos. Como modelo para la presentación final se utilizó un video breve y sencillo, en el que el autor aplica un vocabulario comprensible y fácil para describir sus viajes. Con base en el ejemplo dado, se pretendía que los estudiantes recopilaran un video describiendo el viaje más memorable que hicieron, mencionando los lugares que visitaron, los alimentos que probaron y otros aspectos que considerasen importantes. Para eso, tuvieron que ser creativos utilizando la aplicación Wondershare u otra de su elección, para grabar un audio e insertar algunas fotos del lugar visitado.

Ano

2025-10-28T12:14:55Z

Creators

Guerreiro, Márcia Bernadete Neisnek

Segmentação de discos intervertebrais lombares para modelação e simulação computacional

A lombalgia é a principal causa de incapacidade a nível mundial. A degeneração do disco intervertebral é uma das causas da lombalgia, podendo em casos avançados necessitar da remoção do disco intervertebral e substituição deste por um implante. Este implante pode consistir num dispositivo contendo enxerto ósseo (fusão espinhal) ou num disco intervertebral artificial (artroplastia discal). Ambos os métodos apresentam vantagens e desvantagens, pelo que é importante estudar, através de modelação e simulação em elementos finitos, a forma como implantes específicos afetam a biomecânica da coluna lombar antes de os inserir. Esta modelação personalizada requer a capacidade de segmentar as estruturas anatómicas relevantes a partir de imagens médicas. O presente trabalho teve como principal objetivo a implementação/desenvolvimento de um método para localizar e segmentar automaticamente discos intervertebrais lombares em 3D a partir de imagens de ressonância magnética em ponderação T2, com o intuito de auxiliar a construção de modelos de elementos finitos da coluna lombar a partir de casos reais, fornecendo informação precisa e personalizada sobre a forma dos discos intervertebrais do paciente. O desenvolvimento do método para permitir adicionalmente segmentar separadamente as duas principais estruturas do disco – anel fibroso e núcleo pulposo – e detetar automaticamente casos em que a degeneração não permite fazer esta distinção foi posteriormente seguido como objetivo secundário. O método de segmentação foi desenvolvido a partir de um método pré-existente na literatura para realização de segmentações 2D no perfil sagital, tendo este sido parcialmente implementado, modificado e adaptado para uso em 3D. O método permitiu realizar segmentações com uma exatidão média de 87.0 ± 3.7% medida pelo coeficiente de Dice em relação a segmentações manuais de referência. Esta eficácia é comparável com outros métodos de segmentação 3D na literatura. Este método apresenta a vantagem de ser significativamente mais rápido que a maioria dos métodos existentes, demorando apenas alguns segundos para completar uma segmentação dos discos lombares. O método para detetar degeneração discal identificou corretamente o estado de 96% dos discos (saudáveis e degenerados) com que foi testado.

Ano

2025-10-28T12:24:20Z

Creators

Matos, Rodrigo Miguel Cerqueira de

Novel applications of vaporized hydrogen peroxide on contaminated materials and surfaces

In the first stages of the ongoing severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic, the global demand for personal protective equipment (PPE) could not be met solely by the limited capacities of expanding PPE production and therefore several coordinated efforts were focused on the re-use of various items. While prior decontamination was paramount to the re-use of surgical masks or respirators, little information existed on effective decontamination of these typically single-use-only products. The main goals of this project are the optimization of the decontamination process of FFP3 (filtering facepiece 3) masks using vaporized hydrogen peroxide (VHP) and the evaluation of this technology as a suitable decontamination method for materials, surfaces and laboratory equipment. For a better understanding of the decontamination properties of the VHP releaser equipment, Geobacillus stearothermophilus spore-discs were used as biological indicators (BI) and submitted to Most Probable Number tests. Decontamination conditions were optimized to achieved the minimum spore-log reduction for a successful decontamination. Among other conditions, it was found that the temperature inside the decontamination chamber should rise above 38ºC.To accomplish the first goal, experiments regarding exposure to VHP were first performed on the chamber materials used to build the decontamination chamber (rubber, PVC – polyvinyl chloride – and PVC with fire retardant) in order to assess their compatibility with HP (hydrogen peroxide) and ensure that they would not compromise VHP decontamination tests. Subsequently, multiple decontamination experiments were executed in the presence of FFP3 masks until bio-decontamination was achieved. The results obtained showed that the masks presence compromised the diffusion of HP and therefore an extra source of ventilation and heat needed to be added to the experiments in order to obtain successful bio-decontaminations. To achieve the final goal, different materials and surfaces were artificially contaminated with bacterial DNA and then subjected to VHP decontamination experiments. After interpretation of real-time PCR data, it was concluded that the tests attained satisfactory results. All materials reached decontamination rates above 98%, however, some surfaces struggled to surpass the 85% threshold. It was hypothesized that the HP was reacting with the materials of those surfaces and compromising decontamination. Overall, the satisfactory results obtained throughout this thesis experiments suggests that DNA decontamination resorting to VHP technology is not only possible but indeed effective.

Ano

2025-10-28T12:28:20Z

Creators

Ibrahim, Sara Nassrim Vilas

Tipping the scales : bats' response to artificial light on a local and national scale

Com o crescimento da população humana, aumenta também o uso da luz artificial à noite que se torna uma ameaça emergente à biodiversidade noturna. Os morcegos são particularmente vulneráveis a esta ameaça e podem ser afetados de maneira distinta em diferentes escalas. Numa escala local, espécies de voo rápido alimentam-se de insetos atraídos pela luz, enquanto espécies de voo lento evitam áreas iluminadas. Numa escala mais abrangente, demonstrou-se que ambos os grupos tendencialmente evitam áreas iluminadas. Assim, procurámos perceber como a atividade, a ocorrência e a composição das comunidades de morcegos se alteram num gradiente de luz artificial em diferentes escalas, tendo em conta variáveis ambientais e de vegetação. A amostragem local realizou-se em três áreas florestadas no centro de Portugal. Para a análise nacional usámos dados do Atlas dos Morcegos de Portugal Continental. Localmente, a atividade total dos morcegos e do grupo de voo rápido diminuiu com a distância à luz. Plecotus sp. foi o único do grupo de voo lento a ser afetado pela distância à luz, com uma diminuição da atividade. No estudo local, a atração parece ocorrer em maior escala que a repulsão. Evidenciando a escala do efeito de repulsão, a preferência do grupo Plecotus sp. por zonas próximas da luz está condicionada pela preferência por zonas com menos luminância, revelando um trade-off entre o risco de predação e a abundância de presas. No estudo nacional, espécies de ambos os grupos preferiram zonas menos iluminadas, demonstrando a importância da escala em estudos de luz artificial. Espécies que beneficiam da presença de luz artificial a uma pequena escala mostram um padrão contrastante em escalas maiores. Com o aumento global de luz artificial à noite, este estudo salientou que a investigação dos impactos da luz artificial a várias escalas é crucial para a conservação da biodiversidade noturna.

Ano

2025-10-28T12:10:34Z

Creators

Silva, Sara Luzio da

A propaganda como forma de manipulação social

O presente trabalho tem como objetivo central mostrar como foi desenvolvido o trabalho em contexto de Prática de Ensino Supervisionada, realizada na Escola Básica Alto dos Moinhos e na Escola Secundária Maria Amália Vaz de Carvalho, no âmbito do Mestrado em Ensino de História 3º. Ciclo do Ensino Básico e Ensino Secundário. O tema central da PES foi a Propaganda, no contexto dos regimes totalitários do século XX europeu, e entendida como forma de manipulação social. A importância da abordagem deste tema é, penso, hoje mais importante que nunca. A distância temporal que hoje vivemos destes regimes totalitários da primeira metade do século XX causa, junto dos mais jovens, algum desconhecimento e indiferença perante as consequências que um uso abusivo da propaganda pode trazer. Ao mesmo tempo, a ligação às redes sociais e a forma como a informação circula por elas sem controlo, num tempo de ressurgimento de teorias de exclusão, de não aceitação e de inferiorização e culpabilização do outro, faz-me acreditar que seria essencial o aprofundamento desta temática com utilização de exemplos por forma a alertar os futuros decisores para a necessidade de não esquecer os ensinamentos do passado. Durante os períodos de Prática de Ensino Supervisionada, foram vários os recursos utilizados, PowerPoint, vídeos, imagens e, sempre, o máximo diálogo possível com os/as alunos(as), ouvir e valorizar as suas opiniões, perceber as suas ideias e promover a sua autoestima.

Ano

2025-10-28T12:18:14Z

Creators

Nunes, Cristina Maria Duarte da Silva

O ensino profissional de design gráfico : projeto de criação de imagem para meio escolar

No âmbito do Mestrado em Ensino das Artes Visuais, este relatório refere-se à prática de ensino supervisionada que decorreu na Escola Secundária Cacilhas-Tejo de Almada, com os alunos do 11.º ano, do Curso Profissional Técnico de Design Gráfico, no 2.º período no ano letivo de 2018/2019. Respondendo a uma proposta do Agrupamento de Centros de Saúde (ACES) Almada Seixal, para a criação de uma imagem gráfica, para a “Promoção de competências socioemocionais” em meio escolar, foi idealizada na disciplina de Design Gráfico, no módulo de Suportes Publicitários, um projeto de dimensão real, na medida que fosse permitido aos alunos o envolvimento com a comunidade, ao colaborar com uma entidade local. Por ter sido promovido o contacto dos alunos com uma situação real de trabalho, este projeto tornou possível, não só a aplicação dos conteúdos da disciplina, indo ao encontro das orientações metodológicas do Programa Oficial de Design Gráfico, como também a aquisição de competências a nível profissional. Ao concluir este relatório, ressaltamos que o facto dos alunos terem participado num trabalho para uma entidade local, exterior à escola, contribuiu para incrementar a sua motivação e empenho, que se revelaram essenciais para o alcance do propósito inicial: prepará-los para os desafios inerentes à sua prática futura no contexto mutante da sociedade contemporânea.

Ano

2025-10-28T12:24:07Z

Creators

Oliveira, Carla Sofia Camalhão Lopes de

Cinema na quarentena : processos participativos de criação com crianças em contexto de pandemia

A presente investigação tem o objetivo de criar e analisar estratégias pedagógicas participativas geradoras de gestos criativos com o cinema, em ambiente virtual. Optamos pela realização de um estudo de caso, com uma abordagem de investigação-ação, a partir da criação da oficina remota Cinema na Quarentena, voltada para crianças de 10 a 12 anos. A oficina foi criada no contexto da pandemia de COVID-19 com o objetivo de aproximar as crianças e ressignificar o espaço da casa, o outro e a si a partir de práticas criativas e participativas com o cinema. Apoiamo-nos na pedagogia da criação, de Alain Bergala, e na pedagogia da desobediência, de Dennis Atkinson, para discutir o papel do professor no processo de ensino-aprendizagem do cinema. Visando refletir sobre as questões de educação e o melhoramento da prática da professora investigadora, escolhemos a investigação-ação como caminho para pensar, transformar e sistematizar os processos. A recolha de dados consistiu na realização de entrevistas semiestruturadas com quatro crianças participantes na oficina e suas responsáveis, e com a professora Tatiana Gouveia, também criadora da oficina e colaboradora na investigação. Anotações em diários de campo, planeamentos das aulas, bem como os exercícios realizados pelos alunos também foram utilizados na recolha. Verificou-se que a criação de estratégias participativas aliadas ao ensino do cinema como gesto criativo contribuem para o engajamento das crianças nas discussões e realização dos exercícios propostos; para a construção conjunta de conhecimento; para a criação de novas relações interpessoais e com o mundo. Como professora investigadora compreendi limites e potências no exercício de uma pedagogia da desobediência. Os maiores desafios foram compreender e se adaptar às limitações técnicas, pedagógicas e relacionais impostas pelo ambiente virtual. Por outro lado, foi surpreendente constatar o potencial de aproximação entre as crianças e o cinema através de estratégias participativas em ambiente virtual.

Ano

2025-10-28T12:23:01Z

Creators

Bento, Maria de Paula

Statistical Analysis of Prostate Functional Magnetic Resonance Imaging Data

Prostate cancer is the most commonly diagnosed cancer in males, being one of the main causes of cancer related death in men. Management decisions for patients with prostate cancer are complicated and present a dilemma for both patients and their clinicians as prostate cancers demonstrate a wide range of biologic activity with the majority of cases not leading to a prostate cancer-specific death. Furthermore, the current treatment options for men with localized prostate cancer are aggressive and have significant side effects, such as incontinence, rectal injury and impotence. Thus it is clear that the challenges to the medical research community are to accurately predict a given prostate cancer’s behavior to, select those patients who require therapy and to treat the cancer with the appropriate level of intensity while preserving the patient’s quality of life. The treatment for this type of cancer that is considered the most effective is radical prostatectomy, which consists of surgical removal of the prostate and seminal vesicles. The enormous technological development in the area of magnetic resonance imaging (MRI) with the arising of new equipment and methods of image acquisition and processing more and more sophisticated, has led to an increasing use of this technique in areas such as diagnosis support, tumour staging and therapeutic decision. The excellent spatial resolution and the diversity of contrasts used in MRI (for example, anatomical image and diffusion) give this technique a high sensitivity and specificity in the detection of prostate tumours, being fundamental for the planning of minimally invasive robotic surgical interventions. The interest in mapping non-invasive histological/functional/anatomical features using MRI as a possible alternative to the pathological anatomy and predictive biomarker in prostate surgeries has recently increased. However, such methodologies need clinical validation. In this study, we will be questioning whether the MRI is an effective method for studying prostate cancer before operating, thus staging the prostate tumour through biomarkers, and then comparing the tumour stage attribution before the operation with the actual tumour stage found after operating the patient. The predictive factor for the presence of extracapsular disease in patients with prostatic neoplasia will also be studied. A logistic regression will be performed to identify which factors are significantly associated with the probability of occurrence of extracapsular disease, that is, a logistic regression model will be used to predict the staging of the tumour, based on the observed characteristics of the patient. Data variables included age, prostate-specific antigen (PSA), tumor length contact (TLC), tumor volume, Gleason score.

Ano

2025-10-28T12:10:48Z

Creators

Parreira, Liliana Anacleto

Monitorização do campo de neutrões produzidos por um LINAC

Nas últimas décadas, tem-se observado um aumento da utilização do LINAC como fonte de radiação ionizante em ambiente hospitalar, nomeadamente em aplicações como radioterapia e radio-cirurgia. De uma forma geral, poderemos dizer que os avanços em física e em engenharia têm contribuído significativamente, para o aumento da eficiência destas terapias, permitindo a implementação de esquemas radioterapêuticos mais precisos, de forma a depositar-se a dose pretendida no tecido alvo, com minimização de dose nos tecidos saudáveis. Dada a complexidade dos mecanismos de transporte e deposição de radiação, torna-se necessária uma monitorização eficiente de todas as formas de radiação presentes numa sala de radioterapia, de forma a satisfazer as exigências terapêuticas e os aspectos de radioproteccão. Tendo em consideração que se tem vindo a utilizar, progressivamente feixes de maior energia (permitindo tratamento mais eficiente em tumores de tecidos profundos), tem se assistido à necessidade de monitorizar o campo de neutrões gerados em foto-reaccões nucleares. Assim com este trabalho pretende-se optimizar uma técnica de monitorização de neutrões, tendo como base a espectrometria de Bonner. Para isso e dado os constrangimentos técnicos, associados ao uso de detectores activos, em espaços com LINAC em funcionamento, será feita pesquisa acerca da possibilidade da utilização de elementos alternativos ao 197Au, que quando utilizados como detectores passivos na espectrometria de Bonner, possibilitem uma monitorização de neutrões que se ajuste às necessidades do espaço de radioterapia.

Ano

2025-10-28T12:09:08Z

Creators

Reis, Pedro Carlos Brízido

To be or NOT to be: The Impact of Negative Annotation in Biomedical Semantic Similarity

Classical Semantic Similarity Measures did not consider negative annotations in similarity compu tation, and the impact that these annotations can have in this data mining technique is not well studied. As such, this work aims to understand how the addition of negative annotations impacts semantic sim ilarity. To do so, two pairwise similarity measures, Best-Match Average and Resnik, were adapted to create the polar measures PolarBMA and PolarResnik. These were evaluated in two currently relevant scopes: protein-protein interaction prediction and disease prediction against the original measures. Pairs of proteins where the proteins were known to interact or not were taken from STRING and enriched with positive and negative annotations from the Gene Ontology. Synthetic patients were created as sets of annotations taken from the Mendelian diseases they were designed to have, as well as possible noise or imprecise annotations. Then semantic similarity was computed with both polar and non-polar measures between proteins in pairs and between patients and candidate diseases including the Mendelian diseases, as well as random diseases taken from the Human Phenotype Ontology. To evaluate if the polar measures performed well in comparison to the baseline, a ranking according to semantic similarity was made for each measure and scope for evaluation and the rank cumulative frequencies were plotted. ROC AUC and Precision-Recall curves were also determined for the Protein Protein interaction(PPI) prediction, as well as average precision for the disease prediction dataset. In PPI prediction, polar measures had an increased performance in the Molecular Function branch for both experiments where negative annotations were added and also in one of the experiments with the Cellular Component branch. In the disease prediction scope, polar measures had an improved performance of approximately ten percent. This improvement was verified in all disease prediction experiments, even with the addition of noise and imprecision. Considering the results obtained, this work concludes that negative annotations have an impact on semantic similarity, but the amplitude of this impact requires further study.

Ano

2025-10-28T12:17:04Z

Creators

Aveiro, Lina Andreia Gama

RoboPHISH2: RPA e Crowdvoting na Deteção e Mitigação de Ataques de Phishing

O e-mail é um elemento central à experiência online e uma poderosa ferramenta na comunicação das organizações. Na Altice Portugal, todos os dias existem ataques de phishing e spam que tentam invadir a rede interna. Através da implementação de tecnologias de RPA (Robotic Process Automation), SIEM (Security Information and Event Management) e SOAR (Security Orchestration, Automation, and Response), em conjunto tantas outras, estão estabelecidas interações e soluções que permitem proteger os recursos tecnológicos e humanos da empresa, formando a iniciativa PHISHFighting!. Uma das soluções desenvolvidas, o RoboPHISH, apresenta já bons resultados e também uma oportunidade de vir a melhorar todo o sistema de deteção de ataques cibernéticos, tornando-o mais robusto, desde que um e-mail tenta entrar na rede interna da Altice Portugal até ao acesso à Internet. O RoboPHISH recorre a uma abordagem de gaming com um algoritmo de inteligência de Crowdvoting. Neste projeto esse algoritmo foi melhorado de forma a integrar de uma forma dinâmica a importância relativa da votação de cada colaborador, considerando a sua proficiência e o histórico mais recente, resultando num algoritmo adaptativo. O resultado desde projeto permitiu melhorar significativamente todo o sistema de proteção, dado o novo algoritmo dinâmico, e uma interação mais otimizada entre as diferentes ferramentas utilizadas, com a integração de novas plataformas. Ainda, este projeto permitiu projetar uma interação conceptual e adaptação das ferramentas de RPA e SOAR de playbooks que interagem com o sistema RoboPHISH para utilizar as suas funcionalidades. Por fim, todas melhorias do sistema RoboPHISH permitiram melhorar a eficácia e eficiência de toda a iniciativa PHISHFighting!.

Ano

2025-10-28T12:09:36Z

Creators

Correia, Luís Carlos da Silva

Sacsin deletion disrupts the response of C6 rat glioblastoma cells to inflammatory cues

Autosomal recessive spastic ataxia of Charlevoix-Saguenay (ARSACS) is a rare ataxia caused by mutations in the SACS gene, which encodes for the sacsin protein. Loss of sacsin modifies the expression and distribution of intermediate filaments in neurons. Autophagy is elevated in ARSACS, but other histopathological features typical of neurodegenerative disorders have been barely studied for this disease. We aimed at analysing the alterations in neuroinflammatory and endoplasmic reticulum (ER) stress pathways upon deletion of sacsin. We deleted sacsin from C6 rat glioblastoma cells by means of a CRISPR/Cas9 approach, isolated sacsin knockout cell lines by Flow Cytometry-assisted Cell Sorting and analysed the effects of sacsin loss in the levels of intermediate filaments by western blotting. Neuroinflammation and ER stress pathways were later analysed upon stimulation by different cytokines for 20 min and 24h. C6 cells expressed high levels of sacsin, as well as the three main glial intermediate filaments: GFAP, vimentin and nestin. Removal of sacsin caused a striking increase in the protein levels of intermediate filament networks. C6 Sacs KO cells showed an impaired inflammatory response to IL-6/IL-6R stimulation, using STAT3 activation as a surrogate. BMP-2 and IL-6/IL-6R induction greatly activated the SMAD pathway in reference and knockout cells. No inflammatory response was registered upon LIF incubation. CHOP expression was highly reduced in C6 Sacs KO cells but there were no differences in the expression of calnexin and PERK between the two cell lines either in the presence or absence of cytokines. In summary, sacsin loss impairs glial intermediate filament assembly and intracellular distribution, response to inflammatory cytokines and specific ER stress pathways. These results point at a potential role for sacsin in glial cells, and could be relevant for the treatment of ARSACS, but also for a wide spectrum of human pathologies caused by disruption of intermediate filament networks.

Ano

2025-10-28T12:09:08Z

Creators

Bragança, Mafalda Maria Migueis

The role of DAND5 in the coordination of hiPSC-derived cardiomyocyte environmental cues: their impact on cardiomyocyte electrophysiology

Cardiovascular diseases are the leading cause of death worldwide. Unfortunately, the main challenge in cardiac muscle repair lies in the human adult heart's limited regenerative capacity. Therefore, interest in regenerative stem cell therapies for heart disease and subsequent generation of human-induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes (hiPSC-CMs) has emerged. Nowadays, the generation of hiPSC-CMs is a highly efficient procedure, however, they do not easily become fully mature compared to human adult cardiomyocytes (CMs). Recent evidences suggested, that for successful transplantation, hiPSC-CMs must mimic the structure and contractile function of CMs at an intermediated maturation stage. Cerl2 knockout mice, also known as DAND5 in humans, have been described to exhibit several heart defects, suggesting that Cerl2/DAND5 plays an essential role in the developing heart. In addition, DAND5 is known to be a multivalent antagonist that inhibits Nodal and Wnt signalling pathways during embryogenesis. According to in vitro functional analysis, a mutation in the DAND5 gene leads to a decrease in the inhibitory function of DAND5 protein, leading to extended exposure to Nodal and Wnt signalling. Since these signalling pathways influence cardiomyogenesis, we hypothesize that through DAND5 modulation, it would be possible to modulate maturity levels of hiPSC-CMs for a better implantation capability. Bearing this in mind, we used the DAND5 KO and WT corrected iPSC lines for this project and characterized their derived CMs to assess the degree of maturation. Our results show that we successfully derived and functionally characterized both hiPSC CMs lines. Overall, immunocytochemistry, RT-PCR and electrophysiology analyses show that the KO line presents a more immature phenotype when compared to the WT counterpart. In conclusion, our findings suggest that the microelectrode array method has proven to hold great promise for functional assays of hiPSC-CMs electrophysiology and could be explored to give more insight into cardiac disease research and drug safety testing.

Ano

2025-10-28T12:13:20Z

Creators

Nunes, Mafalda dos Santos Marques

Establishment of a Glioblastoma Zebrafish Xenograft Model

Glioblastoma multiforme (GBM) is the most common and lethal primary brain tumor. Despite years of research, patients’ prognosis is still very poor. The current therapeutic options are scarce and consist of surgery, radiotherapy and chemotherapy with Temozolomide (TMZ). Immunotherapy holds promise in treating GBM, however the particular immunosuppressive microenvironment of GBM constitutes a major challenge. Not only is it urgent to find new approaches but also to predict which patients will benefit or not from the available therapies. Recently, my host laboratory has shown that zebrafish xenografts can reveal different therapeutic responses and are suited to study cancer hallmarks such as angiogenesis, metastasis and the innate tumor microenvironment (TME). The present project had the major goal of developing a glioblastoma zebrafish xenograft model, as a first step towards a future personalized approach in glioblastoma. Using a human glioblastoma cell line, U87MG, I generated subcutaneous (PVS) and orthotopic (brain) zebrafish xenografts. Tumor hallmarks and treatment response were analyzed by single-cell confocal imaging. We also screened the major therapeutic options present in the guidelines and showed that U87MG-GBM orthotopic xenografts show sensitivity to all therapies. However, the combination of radiotherapy and TMZ was the most efficient. Characterization of the TME revealed a prevalence of a pro-tumoral environment (M2-like macrophages) and reduced infiltration of neutrophils in the brain. Finally, we challenged our model with pembrolizumab immunotherapy and showed a significant induction of cell death and tumor shrinkage in a non-cell autonomous manner. Pembrolizumab treatment led to drastic decrease in macrophage recruitment. Since macrophages have been shown to be crucial for tumor survival and maintenance, we suggest that pembrolizumab mechanism of action can rely on impairment on macrophage infiltration.

Ano

2025-10-28T12:19:40Z

Creators

Fontes, Márcia Catarina Oliveira

Tradução, adaptação e validação para português do Questionário Type 1 Diabetes Nutrition Knowledge Survey

A literacia em saúde é por muitos considerada uma vantagem para melhorar a capacitação das pessoas dentro dos domínios da saúde, prevenção de doenças e promoção da saúde. Em indivíduos com DM tipo 1 está relacionada não só com os conhecimentos sobre a doença como também a autoeficácia, os comportamentos de autocuidado e o controlo metabólico. Com o objetivo de contribuir para melhor entender o nível de literacia em conhecimentos gerais e específicos dos indivíduos com Diabetes Mellitus tipo 1, foi adaptado, traduzido e validado para a língua portuguesa o questionário Nutrition Knowledge Survey (NKS) com a respetiva autorização dos autores originais. De forma a proceder à validação do NKS, este foi traduzido, retraduzido e adaptado culturalmente antes da sua validação. O questionário foi aplicado a uma amostra de conveniência, de 80 indivíduos com Diabetes Mellitus tipo 1, acompanhados na consulta multidisciplinar de Diabetes do Hospital Professor Doutor Fernando Fonseca, E.P.E. O NKS é um instrumento autoaplicável, desenvolvido originalmente na língua inglesa, composto por um total de 23 questões distribuídas por 4 dimensões (Secção I: Alimentação saudável, Secção II: Contagem de Hidratos de Carbono, Secção III: Resposta da glicemia aos alimentos e Secção IV: Leitura de rótulos nutricionais), que avaliam os conhecimentos nutricionais gerais e específicos nos indivíduos com DM tipo 1. A amostra foi constituída por 43 pessoas do sexo feminino (53,8%) e 37 do sexo masculino (46,3%). Todos os participantes são de nacionalidade portuguesa, tendo idades compreendidas entre os 18 e os 45 anos, com uma média de idades de 27,2 anos e desvio-padrão de 7,4 anos. A verificação da consistência interna do NKS – versão portuguesa foi avaliada através da análise do Coeficiente alfa de Cronbach do questionário completo verificando-se que, o questionário traduzido detém uma boa consistência interna (0,84). Efetuou-se também uma análise multivariada que demonstrou uma associação inversa significativa entre os conhecimentos nutricionais dos indivíduos com Diabetes Mellitus tipo 1 e o valor da HbA1c (r= -0,46, ρ<0,01). Em conclusão, os resultados obtidos fornecem fortes evidências de que o instrumento é uma medida a ponderar na avaliação da literacia, quer em âmbito clínico quer em âmbito de investigação.

Ano

2025-10-28T12:12:26Z

Creators

Caldeirita, Cláudia Carmo

Otimização de Técnicas Endovasculares no Tratamento de Aneurismas Aórticos

Aortic aneurysms are permanent and irreversible dilations of the aortic wall and constitute a potenti ally serious health problem. Currently, several treatment options are available, and the most common is the endovascular treatment of aneurysms. The challenging anatomy and inadequate landing zones create limitations to its application. Customized solutions including branched or fenestrated devices are available and represent a primary option in elective operations. However, urgents, life saving situations may require the off-label adaptation of off-the-shelf devices. Due to these, advanced endovascular techniques, as Octopus technique, have been developed. In all of them, a main endograft is used, and inside or outside, it is deployed parallel endografts to perfuse in the visceral branches involved. However, associated with these procedures, there are several postoperative complications with a high incidence rate, such as the migration of the endograft and the formation of endoleaks. This work aims to develop an algorithm using the MATLAB 2020a platform that recommend the optimal size of the endograft to decrease the probability of postoperative problems, as endoleaks. To achieve this, several mathematical and physical concepts were considered, like thin-walled cylinder theory and fluid mechanics. The algorithm workflow is based on the relationship between the deformation that each parallel endograft experiences due to the others inside the main endograft. The developed algorithm has been compared with two methods, the Double Barrel method and the segmentation of computed tomography images, to validate the results. In the first method, the diameter of the main endograft was calculated using the developed algorithm and the Double Barrel method. Then these two values were compared. On the other hand, the second validation method compared the values of the internal endograft area obtained through the developed algorithm and the segmentation of computed tomography images.This validation was performed using images that were given to us, from 4 patients who had already undergone surgery. The results of the first validation method show that the diameters obtained through the algorithm are smaller than those obtained through the Double Barrel method. This may be due to the fact that in the developed algorithm the effect of forces and deformation of the endograft is considered, which in the Double Barrel method does not happen. Regarding the second validation method, the results have shown that when the diameter used in the Octopus procedure and the diameter proposed by the algorithm are equal, the difference between the area values is not higher than 10%. The observed differences were about 30% and 50% when the diameters didn’t match. The difference in the diameters can justify that. In the Octopus procedure, the diameter used is higher than the proposed algorithm. Because of that, the internal endografts have more space to expand and, therefore, the endografts deformation is lower. In conclusion, this algorithm can help vascular surgeons choose the optimal endograft diameter to decrease the probability of having postoperative complications in endovascular procedure, like Octopus procedure. In the future, it will be crucial to include in this model to be blood pressure and temperature dependent and validate them in the laboratory, using a phantom model.

Ano

2025-10-28T12:23:53Z

Creators

Antunes, Maria Beatriz do Carmo de Sequeira