RCAAP Repository

Estudo da radiossensibilização de células tumorais do pâncreas com nanopartículas

Introduction: Pancreatic cancer is the seventh leading cause of death by cancer in developed countries. Its high mortality rate is related to the difficulty of a diagnosis in its initial stages and also because these tumors are very resistant to conventional treatments. Thus, it is of extreme importance to find new treatment strategies for this disease. The main objective of this study was to assess the effect of the presence of gold nanoparticles (GNPs) on pancreatic cancer cells when irradiated with photons through Monte Carlo simulations. Materials and methods: All simulations were done using TOPAS-nBio code. Three different types of human pancreatic cancer cell lines were selected: BxPC-3, PANC-1 and Mia PaCa-2. Additionally, 104 spheric gold nanoparticles with 100 nm of diameter were randomly distributed through the cytoplasm of each cell. A monolayer of cells was simulated and irradiated with a monochromatic beam of 50 keV, a Cobalt-60 source, and one beam of 6 MV X-Rays from a clinic linear accelerator with three different setups: 1) Irradiation perpendicular to the layer of cells with a narrow beam with the width of the central cell; 2) Irradiation perpendicular to the layer of cells with a wide beam with the width of the culture of cells; and 3) Irradiation parallel to the cell culture with a narrow beam with the width of a single cell. For the central cell and the groups composed by the first, second and third neighboring cells of the central cell, the values of normalized dose to the central cell and the Dose Enhancement Factor (DEF) values, given by the ratio between the delivered dose with and without GNPs in a radiotherapy treatment, were calculated. Results: For the BxPC-3 cells, DEF values in the range of 0.63 to 4.34 were obtained. For the perpendicular irradiation with the narrow beam, irradiating only the central cell, the DEF values in this cell were 1.05 for 50 keV and Co-60, and 1.27 for 6 MV. Independently of the irradiation source, there was a larger radiosensitizing effect in the neighboring cells, that weren’t irradiated with the primary beam, when compared to the central cell. A maximum DEF value of 1.39 for the first neighbors with the 50 keV beam, 1.60 for the second neighbors with a Co-60 source and 1.36 for the third neighbors with 6 MV were obtained. Similarly, for the paralel irradiation with a narrow beam, a maximum DEF of 2.11 for the second neighbors with a Co-60 source and 2.29 for the third neighbors with 6 MV was obtained. For the perpendicular irradiation with a wide beam, the maximum DEF values were obtained in the central cell having a value of 4.34 and 2.84 for 50 keV and 6 MV, respectively. For the PANC-1, irradiated with a narrow beam, the DEF values ranged between 0.98 and 1.58. Conclusion: The presence of GNPs in a cell irradiated with photon beams also radiosensitizes neighboring cells. In the presence of GNPs the delivered dose on a cell of a specific culture is also due to the deposition of energy by action of secondary particles created by the nanoparticles in its neighboring cells. The 50 keV source produced the largest DEF values when compared to the other sources: Co-60 and 6 MV. Although the radiosensitizing effect was also produced when using these energies in the presence of GNPs.

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2025-10-28T12:24:46Z

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Fernandes, Nísia Santos

O luto e os cuidadores formais : as vivências dos profissionais de saúde numa unidade de cuidados paliativos

Introdução: A morte, com a evolução sociocultural do último século e o aumento da longevidade dos indivíduos, tornou-se cada vez mais institucionalizada/hospitalizada e escondida da sociedade. Os Profissionais de Saúde (PDS) de Cuidados Paliativos (CP), não só estabelecem uma relação terapêutica estreita para responder às necessidades da díade doente-família, como também experienciam um número anual acrescido de mortes dos seus doentes. Como tal, estão expostos a vários fatores de stress físico, emocional, psicológico e socio-cultural que os faz desenvolver processos de luto adaptados à realidade e que lhes permite lidar com o seu próprio sofrimento. Objetivos: Avaliar as características do luto profissional dos PDS não médicos, enfermeiros e assistentes operacionais (AOP), identificando os factores que o influenciam. Perceber qual a profissão mais predisposta a desenvolver um luto complicado e quais as atitudes dos PDS perante a morte. Métodos: O presente estudo, trata-se de uma investigação do tipo quantitativo, exploratório, descritivo-correlacional, tendo sido estudada uma amostra de conveniência, numa instituição de internamento com uma unidade de CP. Foi usado um Questionário Sócio-Demográfico, profissional e pessoal construído para o estudo e três escalas validadas em português: Escala de Sobrecarga de Luto Profissional (ESLP), Escala de Avaliação do Perfil de Atitudes acerca da Morte (EAPAM) e Escala de Coping com a Morte (ECM). Resultados: Em 173 questionários distribuídos, obteve-se uma taxa de resposta de 57,8%. A amostra final do estudo foi constituída por 83 PDS (42 enfermeiros e 41 AOP), 75,9% dos quais mulheres jovens, 49,4% com formação superior, 56,6% com formação prévia em CP/Luto e com média de experiência em CP de 4,8 anos. Com base nas respostas à ESLP, não se observa sobrecarga de luto profissional nos PDS estudados. Manifestam que esta é uma área emocionalmente exigente, mas que estão “bem resolvidos”. São os AOP que manifestam maior “esforço emocional ao cuidar” e maior “perda nostálgica”, embora não de forma significativa. Das variáveis estudadas, o estado civil, as habilitações académicas e a experiência em CP influenciam o luto profissional dos Enfermeiros e AOP. Já o género, a idade, o número de mortes experienciadas anualmente e o facto de trabalharem “há menos ou há mais de 1 ano” em contacto com a morte, mostraram não ter impacto. Estes PDS apresentam um perfil de aceitação para com a morte (EAPAM) com a maioria a concordar com a afirmação “a morte é um aspecto natural da vida” (6,51). A dimensão “aceitação como escape” foi a que apresentou média mais baixa (3,05), o que demonstra que uma baixa minoria entende a morte como a única saída para o fim do sofrimento. Com base na ECM os PDS estudados apresentam boa capacidade de coping, com a correlação mais elevada na dimensão “Coping com a própria Morte”, demonstram boa capacidade de compreensão, conhecimento e expressividade de emoções. A formação prévia na área do luto não apresentou impacto o luto profissional e/ou as atitudes perante a morte, não alterando o coping com a morte, tanto para os enfermeiros como os AOP. Já a experiência em CP influencia o luto profissional para ambas as profissões. Conclusões: Os enfermeiros e AOP que exercem funções na unidade de CP, do Hospital do Mar – Cuidados Especializados de Lisboa apresentam processos de luto saudáveis, não apresentando sobrecarga de luto profissional. Assumem que esta é uma área de cuidados emocionalmente exigente, por vezes capaz de fazer sentir falta de tempo para si próprio, mas no final o sentimento de “dever cumprindo”, apazigua- os. Apresentam um perfil neutro e de aceitação, entendendo a morte como um processo natural, procurando nas mortes dos seus doentes significado para a sua própria vida e morte. O reconhecimento da finitude humana é essencial ao saber de todos os PDS, pois a morte fará parte, mais cedo ou mais tarde do seu quotidiano.

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2025-10-28T12:11:58Z

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Cabral, Catarina Martins

Proof-of-Attention: uma implementação em blockchain segura e confiável?

Em 2018, a Aptoide lançou a AppCoins, uma criptomoeda baseada em Ethereum. Esta tem por base um protocolo aberto e distribuído para todos os marketplaces de aplicações Android. Com esta divisa em mente, as AppCoins foram criadas para colmatar as duas principais falhas no modelo de negócio em aplicações Android, nomeadamente a falta de transparência nas transações, e consequente falta de confiança por todas as partes envolvidas, e a falta de reaproveitamento de valor no sistema [8]. Para resolver o segundo ponto, este protocolo implementa um conceito de “prémios” (rewards) chamado Proof-of-Attention (PoA) [8], que permite a qualquer utilizador receber AppCoins Tokens após utilizar qualquer aplicação durante 2 minutos. Em suma, um desenvolvedor ao criar uma campanha de PoA para a sua aplicação, estará a criar uma pool de AppCoins Tokens que depois serão distribuídas pelos seus utilizadores. Mais tarde, estes poderão utilizar os Tokens em compras dentro de qualquer aplicação (In-App Purchases), implementando assim o conceito de economia circular. No primeiro trimestre de 2020, a Aptoide detetou que uma grande percentagem de PoA realizados eram provenientes de utilizadores fraudulentos, revelando assim falhas a nível de confiabilidade. Utilizadores maliciosos podem utilizar inúmeras técnicas para ultrapassar a segurança existente ao tentar converter um PoA, como ataques Man-in-the-Middle ou de scripting. Como tal, o objetivo deste projeto é investigar o estado da arte e avanços nas técnicas associadas ao Proof-of-Attention em duas partes: (1) garantir que este serviço está disponível para todos os utilizadores da Aptoide, através da migração da lógica de negócio relativa ao Proof-of-Attention do AppCoins Advertisement SDK para a AppCoins Wallet; (2) prevenir ataques de Man-in-the-Middle e/ou scripting, através da implementação de técnicas que garantam a confiabilidade deste serviço. No final desta investigação, espera-se poder responder à questão: “É possível desenvolver um sistema de “proof-of-attention” que seja fiável e seguro?”

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2025-10-28T12:27:13Z

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Nelas, Nuno Gonçalo Gomes Silva de Loureiro

“An incredible voyage through Portugal” – the promotion of rural provenance foods by urban specialty shops

This article analyzes how rural provenance foods are portrayed by the promotional materials, websites and social media issued by urban specialty stores in Portugal. Even though provenance food may be defined in multiple ways as, among others, local, regional, traditional, and authentic, provenance is mostly about territories of origin: their biophysical characteristics, cultural values and practices of food production and preparation with socioeconomic and historical features. Interest in and consumption of rural provenance foods have increased in the last few decades and more recently have been accompanied by a growth of specialty food stores in urban contexts. To analyze these stores’ role in promoting rural provenance foods, content analysis was conducted on 7489 text and image files, collected from the websites, social media pages and printed materials of 30 stores located in three Portuguese cities (Aveiro, Lisbon and Porto). Data shows that the role of these stores is not limited to the commercialization of food products, but is also key in the promotion and dissemination of their physical, sensorial and symbolic features as well as of the material and immaterial characteristics of their places of origin at local, regional and national scales.

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2025-10-28T12:25:13Z

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Forte, Teresa Figueiredo, Elisabete Silva, Alexandre

Retinopathy of prematurity: contribution of inflammatory and genetic factors

Retinopathy of prematurity (ROP) is a retinal vasoproliferative disorder that represents an important cause of childhood visual impairment and blindness. Although oxidative stress has long been implicated in ROP etiology, other prenatal and perinatal factors are also involved. This review focuses on current research involving inflammation and genetic factors in the pathogenesis of ROP. Increasing evidence suggests that perinatal inflammation or infection contributes to ROP pathogenesis. Cytokines and chemokines with a fundamental role in inflammatory responses and that significantly contributing to angiogenesis are analyzed. Microglia cells, the retinal-resident macrophages, are crucial for retinal homeostasis, however, under sustained pathological stimuli release exaggerated amounts of inflammatory mediators and can promote pathological neovascularization. Current modulation of angiogenic cytokines, such as treatment with antibodies to vascular endothelial growth factor (anti-VEGF), has shown efficacy in the treatment of ocular neovascularization; however, some patients are refractory to anti-VEGF agents, suggesting that other angiogenic or anti-angiogenic cytokines need to be identified. Much evidence suggests that genetic factors contribute to the phenotypic variability of ROP. Several studies have implicated the involvement of candidate genes from different signaling pathways in the development of ROP. However, a genetic component with a major impact on ROP has not yet been discovered. Most studies have limitations and did not replicate results. Future research involving bioinformatics, genomics, and proteomics may contribute to finding more genes associated with ROP and may allow discovering better solutions in the management and treatment of ROP.

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2025-10-28T12:21:27Z

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Fevereiro-Martins, Mariza Guimarães, Hercília Marques Neves, Carlos Bicho, Manuel

Desenvolvimento de um sistema de analíticas e monitorização para uma aplicação multi-tenant SaaS

As aplicações web fornecidas a clientes como um Software as a Service (software como serviço), devem garantir aos clientes algo mais que o funcionamento da aplicação, tal como uma equipa de suporte pronta a responder e constante inovação com novas funcionalidades. Como ferramenta de auxílio para uma equipa de suporte de qualquer produto, é essencial uma plataforma de monitorização que permita a coleta e análise de informação de forma automatizada para aumentar a rapidez e proatividade em processos de despistes e resolução de problemas. A vantagem e ponto de venda para produtos oferecidos no formato Software as a Service é a constante evolução com novas funcionalidades que fornecem mais valor aos mesmos; em aplicações web as analíticas sobre a utilização da plataforma proporcionam aos administradores conhecimento sobre o uso diário da plataforma, que permite a tomada de decisões sobre processos internos baseada em informação atual e real. Neste projeto foi desenvolvida uma plataforma de monitorização e uma funcionalidade de analíticas para suprir as necessidades do produto Diggspace. A plataforma de monitorização desenvolvida utiliza o serviço Azure Application Insights, para recolher e armazenar informação, e a ferramenta Grafana para visualização. Em conjunto estas ferramentas permitem à equipa do produto realizar uma monitorização proativa com visualização interativa das métricas, alertas sobre possíveis problemas na plataforma, análise dos logs emitidos pela aplicação do produto e, aproveitando a infraestrutura atual, evitou-se custos adicionais para o produto. Para funcionalidade de analíticas foi possível reutilizar o serviço Application Insights para armazenamento e, com o desenvolvimento desta, providenciou-se aos administradores das plataformas analíticas baseadas em visualizações de página que permitem a análise sobre diversos aspetos da utilização da plataforma. De forma a permitir aferição sobre os desenvolvimentos deste projeto, foram realizados questionários que resultaram numa apreciação bastante positiva, bem como sugestões para desenvolvimentos futuros.

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2025-10-28T12:25:13Z

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Henriques, Paulo Sérgio Rodrigues

Perceived urban environment attributes and device-measured physical activity in Latin America: an 8-nation study

Introduction: Attributes of the neighborhood-built environment are associated with self-reported physical activity, but only a few studies have concentrated on device-measured physical activity in Latin America. This study examines the associations of perceived neighborhood-built environment attributes, device-measured sedentary time, and light-intensity and moderate-to-vigorous physical activity in adults from 8 Latin American countries. Methods: Data from Estudio Latinoamericano de Nutrición y Salud adult study, an observational multicountry study (N=2,478), were analyzed in 2020. Data were collected between 2014 and 2015. Perceived neighborhood-built environment attributes were measured using the Neighbourhood Environment Walkability Survey. Sedentary time, light-intensity physical activity, and moderate-to-vigorous physical activity data were collected using accelerometers. Results: No associations between perceived neighborhood-built environment attributes and sedentary time were found. Positive perceptions of walking/cycling facilities (β=6.50, 95% CI=2.12, 10.39) were associated with more light-intensity physical activity. Perceptions of better aesthetics (Argentina) and better walking/cycling facilities (Brazil and Ecuador) were positively associated with light-intensity physical activity. Land use mix-diversity (β=0.14, 95% CI=0.03, 0.25), walking/cycling facilities (β=0.16, 95% CI=0.05, 0.27), aesthetics (β=0.16, 95% CI=0.02, 0.30), and safety from traffic (β=0.18, 95% CI=0.05, 0.24) were positively associated with moderate-to-vigorous physical activity. Land use mix-diversity, street connectivity, and safety from traffic were positively associated with moderate-to-vigorous physical activity in Venezuela. Conclusions: These findings have implications for policy recommendations, which can guide policies to promote physical activity in the region. Land use mix-diversity, walking/cycling facilities, aesthetics, and safety from traffic can maintain or increase the levels of light-intensity and moderate-to-vigorous physical activity among Latin American adults.

Year

2025-10-28T12:13:47Z

Creators

Ferrari, Gerson Werneck, André O. Silva, Danilo R. Kovalskys, Irina Gómez, Georgina Rigotti, Attilio Cortés, Lilia Y. García, Martha Cecilia Yépez Liria-Domínguez, Maria R. Herrera-Cuenca, Marianella Pratt, Michael Marques, Adilson Van Dyck, Delfien Leme, Ana Carolina B. Fisberg, Mauro

High sensitivity troponins: from the acute setting to the general population

Troponins are proteins essential for the contraction of the myocardium and currently cardiac troponin I and cardiac troponin T are used as blood biomarkers to assess myocardial injury. Since 2000, with the Joint European Society of Cardiology/American College of Cardiology Committee for the redefinition of myocardial infarction (MI) consensus document, troponins are formally used as biomarkers for MI diagnosis. The diagnostic advantages of troponins in terms of sensitivity and specificity over other biomarkers, such as creatine kinase (CK), including the MB isoform measurement, led to the adoption of troponins as preferred biomarkers over time. The current universal definition of MI (fourth version) focuses on high sensitivity troponins as the gold standard for the biomarker criterion for myocardial infarction and as a central criterion, in addition to clinical, ECG, cardiac imaging, coronary angiography or autopsy findings suggestive of MI.

Year

2025-10-28T12:18:28Z

Creators

Caldeira, Daniel

A test for sentence development in european portuguese (STSD-PT)

No summary/description provided

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2025-10-28T12:08:55Z

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Vieira, Sónia

Local bone metabolism balance regulation via double-adhesive hydrogel for fixing orthopedic implants

The effective osteointegration of orthopedic implants is a key factor for the success of orthopedic surgery. However, local metabolic imbalance around implants under osteoporosis condition could jeopardize the fixation effect. Inspired by the bone structure and the composition around implants under osteoporosis condition, alendronate (A) was grafted onto methacryloyl hyaluronic acid (H) by activating the carboxyl group of methacryloyl hyaluronic acid to be bonded to inorganic calcium phosphate on trabecular bone, which is then integrated with aminated bioactive glass (AB) modified by oxidized dextran (O) for further adhesion to organic collagen on the trabecular bone. The hybrid hydrogel could be solidified on cancellous bone in situ under UV irradiation and exhibits dual adhesion to organic collagen and inorganic apatite, promoting osteointegration of orthopedic implants, resulting in firm stabilization of the implants in cancellous bone areas. In vitro, the hydrogel was evidenced to promote osteogenic differentiation of embryonic mouse osteoblast precursor cells (MC3T3-E1) as well as inhibit the receptor activator of nuclear factor-κ B ligand (RANKL)-induced osteoclast differentiation of macrophages, leading to the upregulation of osteogenic-related gene and protein expression. In a rat osteoporosis model, the bone-implant contact (BIC) of the hybrid hydrogel group increased by 2.77, which is directly linked to improved mechanical stability of the orthopedic implants. Overall, this organic-inorganic, dual-adhesive hydrogel could be a promising candidate for enhancing the stability of orthopedic implants under osteoporotic conditions.

Year

2025-10-28T12:12:26Z

Creators

Jiang, Wei Hou, Fushan Gu, Yong Saiding, Qimanguli Bao, Pingping Tang, Jincheng Wu, Liang Chen, Chunmao Shen, Cailiang Pereira, Catarina Leite Sarmento, Marco Sarmento, Bruno Cui, Wenguo Chen, Liang

Genome analysis of Legionella pneumophila ST23 from various countries reveals highly similar strains

Legionella pneumophila serogroup 1 (Lp1) sequence type (ST) 23 is one of the most commonly detected STs in Italy where it currently causes all investigated outbreaks. ST23 has caused both epidemic and sporadic cases between 1995 and 2018 and was analysed at genomic level and compared with ST23 isolated in other countries to determine possible similarities and differences. A core genome multi-locus sequence typing (cgMLST), based on a previously described set of 1,521 core genes, and single-nucleotide polymorphisms (SNPs) approaches were applied to an ST23 collection including genomes from Italy, France, Denmark and Scotland. DNAs were automatically extracted, libraries prepared using NextEra library kit and MiSeq sequencing performed. Overall, 63 among clinical and environmental Italian Lp1 isolates and a further seven and 11 ST23 from Denmark and Scotland, respectively, were sequenced, and pangenome analysed. Both cgMLST and SNPs analyses showed very few loci and SNP variations in ST23 genomes. All the ST23 causing outbreaks and sporadic cases in Italy and elsewhere, were phylogenetically related independent of year, town or country of isolation. Distances among the ST23s were further shortened when SNPs due to horizontal gene transfers were removed. The Lp1 ST23 isolated in Italy have kept their monophyletic origin, but they are phylogenetically close also to ST23 from other countries. The ST23 are quite widespread in Italy, and a thorough epidemiological investigation is compelled to determine sources of infection when this ST is identified in both LD sporadic cases and outbreaks.

Year

2025-10-28T12:23:53Z

Creators

Ricci, Maria Luisa Fillo, Silvia Ciammaruconi, Andrea Lista, Florigio Ginevra, Christophe Jarraud, Sophie Girolamo, Antonietta Barbanti, Fabrizio Rota, Maria Cristina Lindsay, Diane Gorzynski, Jamie Uldum, Søren A Baig, Sharmin Foti, Marina Petralito, Giancarlo Torri, Stefania Faccini, Marino Bonini, Maira Gentili, Gabriella Senatore, Sabrina Lamberti, Anna Carrico, Joao Andre Scaturro, Maria

Realidade Aumentada Móvel: avaliação da distância em visualização Off-Screen

A Realidade Aumentada (RA) é uma tecnologia relativamente recente e o número de aplicações desenvolvidas nos últimos anos tem crescido de forma exponencial, abrangendo diversas áreas da indústria nomeadamente na publicidade, marketing e em especial na navegação de mapas. Porém com o desenvolvimento destas aplicações destinadas a vários dispositivos alvo, continua-se a deparar com várias limitações, nomeadamente o ecrã reduzido, e à falta de informação nos objetos de RA fora do ecrã (off-screen), como é o caso da distância desses elementos em relação ao utilizador (um dos aspetos que irá ser focado nesta tese e fundamental para a navegação e orientação do utilizador). Em trabalhos de mestrado anteriores foram desenvolvidos protótipos em dispositivos móveis com a concretização de técnicas de representação de objetos off-screen em RA, servindo estes de base para o trabalho a realizar no âmbito desta proposta. Este trabalho teve como objetivo continuar o projeto previamente desenvolvido, denominado ARWithMaps, que concretiza técnicas de visualização de pontos de interesse em Realidade Aumentada, mas incluindo pistas para pontos de interesse fora do campo de visão recorrendo ao uso da simbologia com ou sem indicação explicita de distância. Por um lado, pretende-se realizar uma comparação entre as diversas técnicas baseadas em setas e arcos, de modo a identificar as vantagens e desvantagens de cada uma delas. Por forma a concretizar este objetivo acrescentou-se à anterior aplicação a indicação de distância na técnica baseada em setas e mais três técnicas de visualização baseadas em arcos (sem indicação explicita de distância). Por fim realizaram-se testes com utilizadores para perceber quais as suas preferências e qual o seu desempenho durante os mesmos. Os testes revelaram preferência pelas técnicas de visualização off-screen, que incluem 3 arcos, por um lado e por outro, setas com indicação de distância (que revelaram melhores resultados no tempo de execução da tarefa) em detrimento da técnica que inclui 1 só arco para representar POIs off-screen.

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2025-10-28T12:21:27Z

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Costa, Pedro Vieira da

Fluoroquinolones are associated with increased risk of aortic aneurysm or dissection: systematic review and meta-analysis

Fluoroquinolone use has been associated with collagen disease events, raising safety concerns. We hypothesized that the use of fluoroquinolones is associated with aortic aneurysm (AA) and aortic dissection or aortic rupture (AD/AR). We performed a systematic review with meta-analysis on studies published until March 2019. Seven observational studies were included, comprising 2,851,646 participants. The studies were evaluated regarding their risk of bias. Results on fluoroquinolone use risk comparing with nontreatment and with beta-lactam antibiotic use were extracted. The estimates were pooled through a random-effects model meta-analysis and heterogeneity assessed through the I2 statistic. Sensitivity analysis were performed, grouping studies per design and with exclusion of studies with critical risk of bias. Fluoroquinolone use was associated with a higher risk of AA/AD/AR, comparing with a nontreatment intervention (odds ratio = 2.26; 95%CI 1.93-2.65; I2 = 30%) and comparing with a beta-lactam intervention (odds ratio = 1.56; 95%CI 1.37-1.79; I2 = 0%). This harm effect remained significant when pooling the results for the AD/AR outcome only and across various study designs. Studies comparing with beta-lactam intervention were considered to have a moderate risk of bias, while the remaining ones were classified as having at least a serious risk of bias. All evaluated outcomes had very low Grading of Recommendation, Assessment, Development and Evaluation evidence. Fluoroquinolone use was associated with a significant risk of AA/AD/AR.

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2025-10-28T12:25:26Z

Creators

Vouga Ribeiro, Nuno Melo, Ryan Guerra, Nuno C. Nobre, Ângelo Fernandes, Ricardo M. Pedro, Luís M Costa, João Pinto, Fausto J. Caldeira, Daniel

Population genomics of the endangered Bermuda petrel

A freira da Bermuda (Pterodroma cahow) é uma espécie endémica das Ilhas das Bermudas e pertence à Ordem dos Procelariiformes, um dos grupos de aves marinhas mais ameaçadas do planeta. Demonstra características e comportamentos comuns desta Ordem de espécies, tal como a postura de um único ovo por época reprodutora, o alto investimento parental por parte dos dois membros do casal e filopatria, característica que designa a tendência de retorno dos indivíduos ao local onde foram criados, para se reproduzirem. Esta espécie passa a maior parte do seu tempo de vida em alto mar no norte do Oceano Atlântico e apenas regressa a terra na época reprodutora, onde ocorre a escolha de parceiro, que se mantém normalmente para a vida, assim como a escolha do ninho, geralmente construídos através de escavações no solo. Registos históricos indicam que a freira da Bermuda terá sofrido um enorme decréscimo populacional aquando da chegada dos humanos às ilhas, no século XVII. A desflorestação e a introdução de espécies predadoras invasoras terão causado esse decréscimo, levando ao desaparecimento de avistamentos da espécie em apenas 12 anos. Assim, a crença de que a espécie se tivera extinguido permaneceu durante 300 anos, cerca de 15 gerações. Surpreendentemente, em 1951, novos avistamentos terão levado à descoberta de cerca de 14 casais num ilhéu de difícil acesso. Consequentemente, foi implantado um extenso plano de conservação que dura até aos dias de hoje e que tem resultado numa extraordinária recuperação, existindo cerca de 150 casais a nidificar nas Bermudas, atualmente. No entanto, esta espécie ainda enfrenta várias ameaças, nomeadamente ambientais. Além disso, teme-se que o decréscimo populacional que a freira da Bermuda sofreu tenha causado um efeito de gargalo que tem consequências genéticas negativas, resultando numa forte deriva genética e consanguinidade, que são as principais preocupações em espécies endémicas insulares, principalmente aquelas que passaram por um decréscimo populacional relativamente recente. Assim, este trabalho tem como objetivo aferir certas características genéticas da freira da Bermuda para estudar as consequências da sua história demográfica na sua variabilidade genética. Este trabalho utiliza dados genéticos diversos: ddRAD-seq, uma tecnologia de sequenciação de 3ª geração capaz de caracterizar milhares de polimorfismos de nucleótido único (SNPs) do genoma nuclear neutral da espécie; fragmento do gene COI do genoma mitocondrial; e dois genes do sistema imunitário, pertencentes à família dos recetores do tipo Toll (TLRs), descritos como estando sob seleção em algumas espécies de aves nas quais foram caracterizados. Utilizando estes dados, os principais objetivos deste trabalho são: a) inferir o impacto relativo da deriva genética e da seleção em genes com impacto potencial na fitness individual; b) caracterizar a diversidade genética neutral da espécie; c) inferir os níveis de consanguinidade da população, assim como as suas consequências na escolha de parceiro (acasalamento preferencial) e no sucesso de eclosão do casal; d) inferir a história demográfica e confirmar a presença de um efeito de gargalo genético. Dois genes do tipo Toll foram sequenciados com sucesso, no entanto o TLR5 mostrou resultados inconsistentes da clonagem, que podem ser devidos à duplicação do gene, comum nesta família de genes, ou com erros de sequenciação ou clonagem. Já o TLR4 revelou baixa diversidade na região que codifica o péptido de ligação que reconhecem o patogénio, a zona que se esperaria estar sob seleção balanceadora, sugerindo assim que a deriva genética poderá ter afetado este gene apesar da pressão seletiva. Esta espécie de freiras nidifica em cinco ilhéus diferentes, próximos um dos outros se considerarmos a sua capacidade dispersiva. Os dados genómicos revelaram não haver estrutura populacional e como tal, pode ser considerada uma espécie panmítica. Este resultado era esperado, já que a população atual derivou de poucos casais e também porque a filopatria encontrada nesta espécie não é ilhéu-específica. A diversidade genética neutral nuclear é já há muito considerada no campo da genómica populacional, pela sua importância na compreensão da história demográfica das populações, assim como na área da genética da conservação para a inferência do risco de extinção das espécies, ainda que a sua importância seja alvo de controvérsia. A diversidade genómica nuclear neutral de Pterodroma cahow é semelhante à de outras espécies do género Pterodroma. No entanto, o ADN mitocondrial indicou um resultado diferente, tendo a freira da Bermuda a diversidade mais baixa entre sete espécies de freiras, algumas das quais igualmente ameaçadas. Visto que o ADN mitocondrial é haploide e herdado por via materna, tem apenas ¼ do efetivo populacional em relação ao ADN nuclear. Por essa razão, reflete a história demográfica da população mais recente, enquanto o ADN nuclear reflete diversidade genética mais ancestral. Resultados díspares entre a diversidade dos genomas mitocondrial e nuclear podem assim indicar um decréscimo populacional recente. A consanguinidade é um dos principais problemas de populações pequenas porque podem causar efeitos na fitness dos indivíduos, efeito esse a que usualmente se chama depressão de consanguinidade. Dadas as características demográficas da freira da Bermuda e a sua história demográfica, esta temática é altamente pertinente. O cálculo do nível de consanguinidade individual foi feito através de uma matriz de afinidade genómica (FGRM). Os resultados revelaram que a média da consanguinidade da população é baixa. No entanto, alguns indivíduos revelaram valores preocupantes, equivalentes ao nível de consanguinidade de filhos de irmãos e de filhos de primos. A taxa de sucesso de eclosão dos ovos está descrita nesta espécie de freira como uma das mais baixas de entre os Procellariiformes. Visto que a fertilidade está diretamente relacionada com a fitness dos indivíduos, testou-se se a taxa de eclosão, medida de fertilidade, é influenciada pela consanguinidade. Para isto, usámos duas medidas em dois modelos lineares generalizados mistos (GLMM) diferentes. Primeiro, usámos a heterozigotia multi-locus individual (MLH), uma medida inversamente correlacionada com o FGRM, que revelou não existir uma correlação heterozigotia-fitness (HFC), sugerindo que uma possível diminuição da heterozigotia devido à consanguinidade não aparece afetar a taxa de eclosão. Por outro lado, testou-se se o grau de parentesco entre os dois membros do casal influencia o sucesso de eclosão. O grau de parentesco entre indivíduos obteve-se através de um estimador genómico de parentesco, que se revelou fiável e consistente com os dados da genealogia existentes para esta população obtidos com os dados de campo. Os resultados sugerem que o grau de parentesco partilhado pelo casal não influencia a taxa de eclosão da sua descendência. Como a maioria dos Procellariiformes, a Freira da Bermuda é socialmente monogâmica e a escolha do parceiro é, geralmente, para a vida. Uma situação de stress, como é a de depressão de consanguinidade, pode levar à mudança de comportamento reprodutor, como por exemplo a prevenção de reprodução entre indivíduos aparentados. Os dados genómicos usados neste trabalho revelaram, através de um bootstrap não paramétrico, que os indivíduos estão a escolher o seu parceiro ao acaso relativamente ao grau de parentesco. Este resultado pode demonstrar a falta de oportunidade de escolha, ou, por outro lado, a incapacidade dos indivíduos de reconhecerem os seus familiares. Ainda assim, a existência de paternidades fora do casal (EPPs) deve ser estudada nesta espécie, para melhor compreensão do impacto da consanguinidade no seu comportamento reprodutor. A inferência demográfica foi realizada por dois métodos distintos, ambos baseados no espectro de frequência dos nucleótidos (SFS) dos dados genómicos, através dos programas informáticos Fastsimcoal e Stairwayplot. Este último sugere dois eventos demográficos mais evidentes. O mais antigo evidencia um decréscimo ligeiro e prolongado a começar há cerca de 100 mil anos, coincidente com os períodos glaciares e interglaciares do Pleistoceno, conhecidos por provocar decréscimos populacionais noutras espécies costeiras devido às oscilações do nível da água do mar. Além disso, esta análise demográfica sugere um decréscimo acentuado no efetivo populacional num período mais recente da história da espécie, há 2 mil anos. Embora não coincida com a chegada dos humanos às Bermudas, pode ainda estar relacionado, visto que os dados baseados no SFS podem não ser suficientemente precisos para eventos demográficos recentes. Já a análise do Fastsimcoal revelou que o modelo com efeito de gargalo mais recente é o que mais se adequa aos dados, corroborando assim a hipótese da Freira da Bermuda ter sofrido um decréscimo populacional severo num passado evolutivo recente. Em resumo, tanto as análises de inferência demográfica, como a diversidade genética nuclear e mitocondrial sugerem a ocorrência de um efeito de gargalo genético e consequente perda de diversidade genética. No entanto, o pequeno tamanho populacional não parece estar a causar depressão de consanguinidade relativamente à taxa de eclosão. Além disso, não foi encontrado um comportamento de prevenção de consanguinidade através da escolha de parceiro. Por outro lado, foi encontrada baixa diversidade num gene candidato a estar sob seleção, o que pode sugerir um efeito poderoso da deriva genética relativo à pressão seletiva a que estes genes podem estar sujeitos.

Year

2025-10-28T12:09:50Z

Creators

Afonso, Rita Oliveira

Apreensões de espécimes CITES em Portugal : análise tendencial dos últimos 20 Anos

Neste estudo faz-se uma análise dos dados das apreensões de espécimes CITES ocorridas em Portugal nos últimos 20 anos (2000-2019). Os dados das apreensões, fornecidos pelo Instituto de Conservação da Natureza e das Florestas (ICNF), contemplam várias informações acerca de cada incidente de apreensão. O principal objetivo do trabalho é identificar concentrações nos dados das apreensões de produtos de vida selvagem apreendidos em Portugal, de forma a orientar os esforços de fiscalização no combate e na prevenção de comércio ilegal de produtos de vida selvagem que ocorra ou transite por Portugal. Os resultados evidenciaram que 100% das apreensões pertenciam a sete grupos principais: aves, mamíferos, répteis, peixes, corais, flora e invertebrados. Foi percebido um aumento significativo do número global de apreensões de espécimes CITES em Portugal durante o período analisado, sendo que os grupos das aves e dos peixes foram os únicos que evidenciaram aumentos significativos de apreensões na análise temporal. Animais vivos foram os espécimes mais apreendido entre 2000 e 2019. Além disto, foi percebido que a maioria das apreensões ocorridas em Portugal se realizam para os mesmos géneros- cerca de 30% dos incidentes de apreensão ocorreram para apenas três géneros: Loxodonta, Anguilla e Python- e que três países respondem por mais de metade dos incidentes de apreensão dos produtos importados para Portugal: Angola, Moçambique e Brasil. Por outro lado, foi também percebido que uma grande parte das apreensões de espécimes CITES no território nacional não ocorreu em contexto de comércio ilegal. Com base nas evidências detetadas, são propostas várias recomendações e sugestões de iniciativas políticas, principalmente baseadas em estratégias que recorrem à prevenção de crime situacional, de forma a reduzir as oportunidades de cometer tipos específicos de crimes contra a vida selvagem e auxiliem no combate à comercialização/posse ilegal de espécimes CITES que ocorra ou transite por Portugal.

Year

2025-10-28T12:24:46Z

Creators

Arêde, Rui Filipe Fernandes

Update schemes and other extensions to support logical modelling of multicellular systems

O estado de uma célula é controlado por vários componentes biológicos, como genes, proteínas, metabólitos, que interagem entre si, criando grandes redes regulatórias. Os componentes dessas redes não só regulam os outros componentes, como também a si próprios, fazendo-o através de fatores de transcrição, fosforilação, entre outros. Vários formalismos foram usados para modelar este tipo de redes, entre eles está o formalismo lógico, que representa uma rede regulatória como um grafo, onde os vértices correspondem a componentes biológicos e as arestas às interações entre estes. Este formalismo é especialmente bem sucedido no estudo deste tipo de redes devido à abstração do componente num vértice que permite que este represente qualquer tipo de componente biológico, refletindo assim a complexidade biológica inerente a estas redes. Também o tipo de interação é abstraído, considerando apenas o impacto da interação, se é positiva ou negativa. O modelo lógico é caracterizado por tradicionalmente considerar apenas dois valores para os seus componentes, a sua ausência (0) ou a sua presença (1). O valor de cada componente é regulado por uma função lógica dependente dos componentes que o regulam, esta função lógica representa as interações antagônicas, acumulativas, entre outras, no componente regulado. O estudo dos sistemas biológicos estende-se também à consideração de sistemas multicelulares. A dinâmica destes sistemas leva à formação de padrões devido à interação (sinalização) entre células. Estes padrões resumem-se a organizações espaciais de células que atingem estados estáveis (estados de onde qualquer célula não consegue sair). O EpiLog (Epithelium Logical modelling) é uma ferramenta informática desenvolvida em Java, com interface gráfica, utilizada para estudar a formação de padrões sobre um epitélio. Este epitélio é modelado por um autómato celular, composto por uma matriz de células hexagonais, onde o estado de cada célula é controlado por um modelo lógico. A implementação e simulação dos modelos lógicos é feita pela biblioteca bioLQM, utilizado pelo EpiLog. O autómato celular, framework usada pelo EpiLog, é um formalismo discreto usado para estudar propriedades de auto-organização emergentes das interações entre os autómatos. Consiste numa matriz de autómatos onde o valor zero ou um associado a cada célula (ou autómato) é regulado pelas interações com os seus vizinhos próximos. O EpiLog estende esta definição ao associar modelos lógicos a cada célula, o que permite uma representação mais complexa do estado da célula. Também a definição de vizinhança é alterada para permitir a modelação de sinalização entre células não adjacentes, representando a sinalização parácrina. A dinâmica de um modelo lógico é influenciada pela escolha do esquema de atualização. O esquema de atualização determina a ordem pela qual os valores dos componentes dos modelos são atualizados, isto é, a ordem pela qual a função de regulação é aplicada. O EpiLog faz a atualização das suas células do epitélio considerando “classes de prioridade”. Este esquema define que os componentes dos modelos se dividam em classes com ranks associados, de tal modo que os componentes pertencentes a classes com ranks mais baixos não são atualizados enquanto existirem componentes de classes com ranks mais elevados que sejam atualizáveis. As classes em si são atualizadas de forma síncrona, isto é, os componentes pertencentes à mesma classe são atualizados simultaneamente, gerando um único sucessor. Do ponto de vista biolófico, o esquema de atualização síncrono não faz sentido, visto implicar que todos os vários processos biológicos aconteçam com a mesma taxa de velocidade. Este pressuposto leva a artefatos de modelação que não correspondem ao observado in vivo. Por oposição ao esquema de atualização síncrono, o assíncrono atualiza cada componente individualmente, criando tantos sucessores quanto o número de componentes que possam ser atualizados. O foco principal desta tese é a implementação de novos esquemas de atualização que introduzem alguma assincronicidade dentro das classes de prioridades, com o objetivo de mitigar e explorar as fragilidades do esquema de atualização síncrona. A implementação é feita no bioLQM, onde as classes são compostas por grupos, sendo que estes têm um esquema de atualização associado, os sucessores da classe são a união dos sucessores dos grupos da classe. O EpiLog limita uma classe a apenas um grupo, tornando os dois essencialmente sinónimos. Os novos esquemas de atualização dividem-se em sucessores múltiplos e sucessores únicos, EpiLog usa apenas os segundos, sendo estes o uniformemente aleatório e não uniformemente aleatório. O esquema uniforme aleatório corresponde à escolha aleatória de um sucessor entre os sucessores resultantes de um esquema assíncrono, enquanto o esquema não uniforme aleatório implica que seja atribuído a cada componente uma probabilidade de ser atualizado, e o sucessor final é escolhido dos sucessores assíncronos com base nessa probabilidade. Ambos os esquemas permitem que um maior número de trajetórias seja explorado, as resultantes do esquema assíncrono, o esquema de atualização não uniforme aleatório permite também integrar conhecimento cinético sobre as interações do sistema, levando à exploração de trajetórias em teoria com maior significado biológico. A utilidade dos novos esquemas foi testada através de um caso de estudo, um modelo lógico já publicado do módulo de genes segment polarity, que consolida os segmentos do embrião da Drosophila. É mostrado que os novos esquemas de atualização permitem obter a maioria dos padrões estáveis obtidos na publicação original ao contrário do esquema síncrono inicial. São testadas várias mutações além do caso wild-type, e são considerados dois epitélios: um único segmento de seis células, e um epitélio de 12 por 12 células. O primeiro epitélio corresponde à situação modelada na publicação original, e a replicação dos resultados foi conseguida com ambos os esquemas de atualização “duas classes com uniforme aleatório” e apenas “não uniforme aleatório” (ou seja uma classe). Este resultado demonstra a necessidade da introdução da assincronicidade nos esquemas de atualização. No epitélio de 12 por 12 células devido ao grande número de células (12×12) e consequentemente ao número elevado de estados possíveis, foi necessário definir um esquema de atualização mais restrito, o “duas classes com não uniforme aleatório” para obter os mesmos resultados. Este último resultado mostra a utilidade da combinação dos novos esquemas de atualização com as classes de prioridade, que oferecem ao modelador maior flexibilidade e controlo sobre que trajetórias explorar. Também é mostrado que com a implementação dos novos esquemas, o EpiLog está mais apto para modelar grandes epitélios, sendo assim uma melhor ferramenta no estudo de formação de padrões em sistemas multicelulares. Uma vez que os novos esquemas de atualização foram implementados no bioLQM, favorecem não só o EpiLog, como também todas as ferramentas dependentes do bioLQM. Estas ferramentas ganham agora classes de prioridades que permitem a definição de vários grupos numa classe, e esquemas de atualização de grupos que aceitam esquemas de atualização com sucessores múltiplos além de únicos. Além da implementação dos novos esquemas de atualização, foram adicionadas duas outras funções ao EpiLog, com o objetivo de tornar mais completa e fácil a experiência de modelação do utilizador. A primeira, chamada “phenotype tracking”, foi motivada pela necessidade de uma visão alternativa e complementar ao output do EpiLog, que se foca ao nível do epitélio, dando uma representação gráfica do estado do mesmo (onde o estado das interno células pode ser consultado ao ser clicado). Esta nova ferramenta gera uma série temporal dos estados internos das células ao longo de uma simulação, o que melhora o entendimento do utilizador sobre os resultados de uma simulação. É também possível definir sobre que estados a informação será gerada, isto é, a definição de fenótipos que consistem em conjuntos de estados da célula (do modelo lógico) que caracterizam uma célula. Os fenótipos são definidos pelo utilizador dependente do interesse biológico que lhe atribui. Foi também implementada uma maneira alternativa de editar as definições de um epitélio, que permite ao utilizador fazê-lo de forma textual, evitando o uso da interface gráfica. Esta adição é indicada para utilizadores mais experientes, permitindo assim uma edição mais rápida e eficiente.

Year

2025-10-28T12:16:21Z

Creators

Torres, Sofia de Sousa

Constructions with SE in African varieties of Portuguese

Portuguese is the official language of five African countries, Angola, Cape Verde, Guinea-Bissau, Mozambique and S. Tome and Principe. In the case of Cape Verde, Guinea-Bissau and S. Tome and Principe, Creole languages have emerged and are widely used, resulting in Portuguese being spoken by a minority, while in Angola and Mozambique the number of Portuguese speakers has increased since independence from Portugal (in 1975) and Portuguese has established itself as a factor of national unity, in the face of a large diversity of languages spoken by the population. Five corpora of these African varieties of Portuguese (AVP) have recently been compiled (Bacelar do Nascimento et al. 2006) and have enabled initial contrastive studies on the lexicon and on the syntax, pointing to specific linguistic aspects where AVP differ from the European Portuguese (EP) norm. This paper will focus on the specific case of constructions with SE, ranging from reflexive and reciprocal, intrinsically pronominal, passive, impersonal or anticausative, under a contrastive perspective with EP, and will be based on data collected from the spoken subpart of the Corpus Africa.

Year

2025-10-28T12:21:54Z

Creators

Mendes, Amália Estrela, Antónia

O concheiro do Lisandro (Mafra, Lisboa, Portugal): novos dados sobre a exploração de recursos aquáticos no Neolítico da Península de Lisboa

O presente artigo efectua uma primeira apresentação do concheiro neolítico do Lisandro (Mafra, Lisboa, Portugal), numa abordagem interdisciplinar. Identificado em 2017 e objecto de uma escavação de emergência em 2018, Lisandro apresenta um depósito conquífero entre dunas, evidenciando uma ocupação exclusivamente relacionada com o consumo de fauna malacológica (bivalves e gastrópodes) datada do 3º quartel do 5º milénio a.n.e. Trata-se de um sítio temporário, sendo muito escassos os materiais recolhidos, destacando-se dois fragmentos de cerâmica decorada de tradição do Neolítico antigo. Numa leitura comparativa com outros contextos regionais do Mesolítico e Neolítico antigo, regista-se em geral uma grande continuidade nos padrões de mobilidade nos concheiros desta região, do Mesolítico antigo até ao Calcolítico. Os indicadores paleoambientais, em particular os dados malacológicos e antracológicos, parecem indicar mudanças ambientais, o impacto de actividade agro-pastoril e uma menor importância dos recursos aquáticos no 5º milénio.

Year

2025-10-28T12:21:27Z

Creators

Sousa, Ana Catarina Miranda, Marta Costa, Ana Maria Tereso, João Valério, Pedro Soares, António Monge

Felicitas Iulia Olisipo: uma cidade produtora (e consumidora)

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Year

2025-10-28T12:18:41Z

Creators

Fabião, Carlos

A figura da prostituta em Henry Miller e Brassai

A minha tese centra-se na figura da prostituta em Tropic of Cancer e Quiet Days in Clichy, de Henry Miller, e Le Paris Secret des années 30, de Brassaï. Esta personagem é central na modernidade estética, sendo uma das metáforas desse período, da cidade e do próprio artista. Os espaços urbanos têm um lugar basilar nos seus trabalhos, sendo vistos como um organismo vivo, especialmente em Miller. Nos seus romances a prostituta é uma das melhores formas de entrar em contacto com a cidade e de a possuir. Mas é também uma metáfora para a crescente comodificação das sociedades e do homem, em que a alienação se tornou o resultado último de tal processo. É desta realidade que ele consegue escapar quando deixa Nova Iorque, encontrando em Paris uma sociedade mais humana, onde o homem ainda vale pelo que é e não pelo seu valor como mercadoria e força de trabalho. Em Brassaï, pelo contrário, este sentimento de alienação na figura da prostituta como um bem de mercado não é tão evidente, uma vez que a maioria das imagens onde esta aparece são dotadas de uma atmosfera poética, onde a sua alienação não é tão óbvia. No entanto, o facto de escolher as classes trabalhadoras e os excluídos da sociedade como temas principais das suas fotografias revela que há uma grande empatia e preocupação com estas pessoas. Contudo, nunca abandona uma perspectiva burguesa (apesar de poder ter a ilusão de que o faz) e dá sempre às cenas uma aura poética de uma vida romantizada, como por exemplo quando, em Le Paris Secret des années 30, lamenta o facto de os vagabundos estarem a desaparecer da cidade, sugerindo que sejam tomadas medidas para que eles continuem a existir. Ambos os autores mostram uma maior liberdade em relação à sexualidade, mas nunca se abandona uma perspectiva masculina e as mulheres são quase sempre apenas os objectos do seu desejo sexual, bem como o outro no qual inscrevem a sua identidade.

Year

2025-10-28T12:25:40Z

Creators

Dias, Inês Cordeiro Silva