Repositório RCAAP

A determinação da idade à morte é um dos principais desafios que se apresentam numa identificação individual a partir de restos humanos ósseos. Obter a idade que o indivíduo tinha aquando da morte é uma tarefa complicada e que vai aumentando de grau de dificuldade à medida que a idade do indivíduo aumenta. Até ao final da sua formação e erupção, os dentes representam indicadores muito precisos da idade (Hillson, 1996). Durante a infância e adolescência, o comprimento dos ossos longos e a fusão epifisária aparecem como as formas mais fiáveis da determinação da idade. A partir dos 18 anos, o terceiro molar está muitas vezes já erupcionado, e muitas das principais epifises começam a estar fundidas à medida que o corpo deixa de crescer (Cardoso, 2008). A partir desta altura a precisão dos métodos começa a decaír drasticamente e após os 30 anos os indicadores usados para determinar a idade em indivíduos adultos prendem-se com degeneração dos ossos, degeneração esta que está muito menos dependente de factores genéticos e muito mais dependente de factores ambientais, como a nutrição, o clima e principalmente a actividade física (Scheuer e Black, 2000). Existem vários estudos que estabelecem um padrão de fusão para a epífise esternal da clavícula para indivíduos adolescentes e jovens adultos, através da análise de restos ósseos (e.g. Stevenson, 1924; Todd e D’Errico, 1928; MacLaughlin, 1990; Black e Scheuer, 1996; Veschi e Facchini, 2002; Coqueugniot e Weaver, 2007; Shirley e Jantz, 2010), Com este trabalho pretendeu-se desenvolver uma métodologia que permita de uma forma tão precisa quanto possivel, determinar a idade a morte de esqueletos (provenientes de contexto arqueológico ou forense) através da análise da clavícula, nomeadamente do processo de fusão da epífise esternal. Foram estudados esqueletos de tres colecções osteologicas distintas. A colecção de esqueletos identificados do Museu Bocage em Lisboa, que contém indivíduos nascidos em meados do século 20, e representa uma população eminentemente urbana (Cardoso, 2006); a colecção do Museu Antropológico da Universidade de Coimbra, com indivíduos nascidos no inicio do século 20 provenientes de uma população rural (Fernandes, 1985); foi ainda estudada uma colecção de esqueletos conservada no Museu de História Natural de Londres, a colecção de Spitalfields, mais antiga que as anteriores, pois contém esqueletos que viveram em meados do século 18, numa zona muito industrializada de Londres (Molleson et al., 1993). No total foram estudados 246 esqueletos (125 do sexo masculino e 121 do sexo feminino), divididos da seguinte forma pelas 3 colecções: 138 de Coimbra (74 do sexo masculino e 64 do sexo feminino), 87 de Lisboa (40 do sexo masculino e 47 do sexo feminino) e 21 da colecção inglesa (11 do sexo masculino e 10 do sexo feminino). A comparação de idade entre as colecções revelou diferenças significativas entre Lisboa e as restantes duas, sendo os indivíduos de Lisboa mais jovens. Não se encontraram diferenças entre Coimbra e Spitalfields. Uma análise analoga para a robustez, apenas revelou diferenças entre Lisboa e Coimbra, com os indivíduos de Lisboa a serem em media menos robustos. Os dados recolhidos, foram o comprimento máximo da diafise e o perímetro ao meio de modo a obter o índice de robustez. As clavículas foram classificadas quanto ao seu grau de fusão da epífise com 3 escalas diferentes: a) 3 Fases, que e a divisão mais frequentemente usada, e o mais simples de aplicar, pois apenas diferencia o desenvolvimento da epífise em : não fundido (Fase 1), ou seja sem floco epifisario; em fusão (Fase 2), isto e com floco visível e fundido (Fase 3) quando este está completamente fundido e não se vislumbra qualquer linha de fusão; b) 4 Fases, que e mais complexo que o anterior: não fundido (Fase 1); se o floco cobre menos de 50% da superfície de epífise (Fase 2), se cobre 50% ou mais da epífise (Fase 3) (Figura 4) e fase 4 se a fusão é completa. c) O método de 5 Fases divide a fase Não fundido das outras escalas em duas fases: não fundido com billowing marcado (Fase 1) e não fundido com billowing pouco profundo (Fase 2); as restantes fases (3,4 e 5) sao iguais ao método de 4 estádios. Várias técnicas estatísticas foram utilizadas, para comparar as colecções (ANOVA, Kruskal- Wallis e Mann-Withney-Wilcoxon), e para caracterizar as passagens de grau e comparar os graus entre si (análise de transição e análise de sobrevivência por Kaplan-Meier), e por último usada a regressão Ordinal Logistica para modelar os dados e obter as probabilidades de estimação da idade. Todo o trabalho estatístico foi efectuado com recurso a softwares especificos, nomeadamente STATA e R. De referir que todos os pressupostos dos testes foram estudados e respeitados, embora não se mostrem detalhes neste trabalho. A análise de transição revelou que como se esperava os indivíduos do sexo feminino passam para um grau de fusão superior numa idade, em média, inferior aos do sexo masculino. Ou seja, a fusão ocorre mais cedo. A mesma análise mostra que os indivíduos de Lisboa maturam mais rapidamente que os das outras duas colecções. A utilização das técnicas de análise de sobrevivência de Kaplan-Meier, revelaram diferenças significativas entre todos os graus dos métodos de 3 e 4 etapas. No método de 5 etapas não foi possivel separar os graus mais baixos, sendo pois aconselhável a sua junção. A modelação por regressão ordinal logística forneceu vários modelos significativos, com uma boa capacidade explicativa, usando a idade categorizada em 7 classes (15-17; 18-20; 21-23; 24- 26;27-29; 30-32; 33-35), e a variável grau de fusão (Stage) do método em 3 e 4 estados. Estes modelos procuraram aumentar a flexibilidade de aplicação do método. Como exemplo mostra-se em detalhe o modelo com o grau em 3 estados e as outras variáveis no modelo (sexo e robustez). Antes de proceder à obtenção de probabilidade de estimação da idade, introduziu-se a variável colecção para tentar confirmar a tendência de maturação mais cedo dos indivíduos da colecção de Lisboa (de referir que esta variável não pode fazer parte do modelo final sob pena de o modelo apenas poder predizer idades dentro destas três colecções). A variável colecção mostrou-se significativa, e mostrou que um indivíduo com o mesmo grau de fusão, mesma robustez e mesmo sexo, tem uma possibilidade maior de ser mais velho se pertencer a uma colecção que não a de Lisboa. Ficamos então com um modelo que se traduz em 6 equações: G(y ≤ 1) = 1.8001 – (1.5599 ∗ Stage 2 + 3.4719 ∗ Stage 3 + 0.0911 ∗ Robusticity − 0.1701 ∗ Sex) G(y ≤ 2_ = 2.9810 – (1.5599 ∗Stage 2 + 3.4719 ∗ Stage 3 + 0.0911 ∗ Robusticity − 0.1701 ∗ Sex) G(y ≤ 3_ = 4.0323 – (1.5599 ∗Stage 2 + 3.4719 ∗ Stage 3 + 0.0911 ∗ Robusticity − 0.1701 ∗ Sex) G(y ≤ 4_ = 4.9407 – (1.5599 ∗Stage 2 + 3.4719 ∗ Stage 3 + 0.0911 ∗ Robusticity − 0.1701 ∗ Sex) G(y ≤ 5_ = 5.6435 – (1.5599 ∗Stage 2 + 3.4719 ∗ Stage 3 + 0.0911 ∗ Robusticity − 0.1701 ∗ Sex) G(y ≤ 6_ = 6.4021 – (1.5599 ∗Stage 2 + 3.4719 ∗ Stage 3 + 0.0911 ∗ Robusticity − 0.1701 ∗ Sex) As variáveis Stage2, Stage3, robustez e sexo, devem ser substituidas pelos valores do indivíduo. Por exemplo se tivermos um indivíduo do sexo masculino (0), com grau de fusão 2, e robustez 22, devemos substituir estes valores nas equações (e necessário ter em conta que o facto de a variável Stage ser ordinal com 3 categorias, torna necessário a sua transformação em variável dummy, pelo que neste caso teríamos que substituir nas equações por Stage2=1, Stage3=0). Cada uma das equações dá-nos um valor que nos permite obter a probabilidade cumulativa do indivíduo estar nessa classe de idade ou abaixo dela. Por exemplo ao substituir na equação G (y≤3) obtemos o valor de 0.4673, do qual temos que obter a probabilidade. Podemos fazê-lo de duas formas: ou com o comando do R pnorm(valor) ou com a formula do Excel dist.normp (valor). Neste caso pnorm(0.4673)=0.6798 que significa que o nosso desconhecido tem uma probabilidade de 68% de estar incluido ou abaixo da classe 3, ou seja abaixo dos 23 anos. Uma vez que estamos a trabalhar com probabilidades cumulativas, para calcular a probabilidade de estar numa determinada classe temos que subtrair as probabilidades anteriores. Assim, voltando ao nosso exemplo, para obter a P (y=3) temos que subtrair P (y≤2) a ja calculada P (y≤3). Ficamos então com P (y=3) =0.68-0.28=0.40. portanto o nosso desconhecido tem assim cerca de 40% de probabilidades de ter entre 21 e 23 anos. Os resultados apontam para uma tendência secular de aceleração do desenvolvimento, havendo uma diferença significativa entre a maturação dos indivíduos de Lisboa e os das outras duas colecções. Os indivíduos de Lisboa apresentam uma maturação mais cedo e mais rapidamente, podendo esta diferença ser devida às melhores condições de vida da Lisboa de meados do século 20, relativamente a zonas rurais de Coimbra no inicio do século 20, ou mesmo da Londres do século 18. Este tipo de tendências seculares no desenvolvimento tem sido documentado (Lin, et al, 2006; Ahmed and Warner, 2007), e ligado a mudança de condições de vida. De facto, Hawley e colaboradores (2009) estabeleceram uma ligação estatisticamente significativa na maturação, entre criancas da África do Sul num periodo de 40 anos. O estudo atribui a aceleração da maturação às importantes melhorias das condições de vida ocorridas no seio daquela população da cidade de Pretoria, naquele período. Shirley e Jantz (2010) também documentaram esta tendência na maturação esquelética, ao compararem as colecções McCormick (final do século 20) e Hamman-Todd (inicio do século 20), nomeadamente nos indivíduos do sexo masculino. A estratégia de modelação adoptada, permitiu atingir o principal objectivo proposto que foi o de obter um novo método, que fosse estatisticamente robusto para estimar a idade a morte. Este trabalho apresenta resultados que apontam para uma tendência secular de aceleração na maturação esquelética. É demonstrado que indivíduos mais recentes, com melhores condições de vida, têm um desenvolvimento mais cedo e mais acelerado. Os métodos apresentados são estatisticamente significativos, mas acima de tudo são flexíveis e fáceis de utilizar quer sejam em contexto arqueológico ou forense.

Introdução: A incidência de prolapso uterino e a procura de correção cirúrgica tem vindo a aumentar ao longo dos anos. Sem evidência científica que sustente uma opção de primeira linha para a correção cirúrgica do histerocelo, a histerectomia vaginal (HV) continua a mais aceite dentro da Secção Portuguesa de Uroginecologia. No entanto, a sua eficácia é constantemente questionada comparativamente a outros procedimentos inovadores, porém mais invasivos. Existe uma carência de estudos, focados apenas na histerectomia vaginal e nos seus desfechos a longo prazo. Objetivo: Avaliar a eficácia da HV e suas complicações a curto e longo prazo. Métodos: Realizou-se um estudo retrospetivo de 2008 a 2020, incluindo mulheres com prolapso uterino de grau 2 ou superior, submetidas a HV com suspensão tipo McCall e avaliadas em três momentos distintos de seguimento (12, 24 e 48 meses). Foram excluídas as HV com presença de correções concomitantes dos compartimentos anterior e/ou posterior e antecedentes cirúrgicos de correções de prolapso. Foi estudada a taxa de recidiva de prolapso apical, taxa de reoperação de prolapso apical e as complicações relacionadas com a HV: intraoperatórias (hemorragia com necessidade de transfusão sanguínea, lesão nervosa, vesical ou ureteral, complicação tromboembólica e mortalidade), a curto prazo (anemia com necessidade de transfusão sanguínea, hemorragia vaginal, deiscência da cúpula vaginal e infeção) e a longo prazo (prolapso de novo ou agravamento de outros compartimentos, reoperação de prolapso de outros compartimentos, sensação de massa a aflorar à vulva, incontinência urinária de esforço de novo ou agravamento, dispareunia e deiscência da cúpula vaginal). Resultados: Foram incluídas 65 mulheres (n=60 aos 12 meses de seguimento, n=45 aos 24 meses e n=23 aos 48 meses). O desfecho primário medido foi a recorrência com 43,5% de prolapso de cúpula vaginal, sendo 3,1% reoperadas. Adicionalmente, 65,2% tinham prolapso agravado ou de novo de outros compartimentos com uma taxa de 16,9% submetidos a cirurgia de correção. Observou-se que 39,1% reportaram massa a aflorar à vulva, 17,4% incontinência urinária de esforço agravada ou de novo, 4,3% dispareunia e nenhuma apresentou deiscência da cúpula vaginal. Das complicações a curto prazo houve evidência de 6,2% de infeções (infeção urinária baixa e celulite da cúpula) e apenas um caso de paragem cardíaca associada à anestesia. Conclusão: A maioria das mulheres com prolapso uterino grau 2 ou superior (isolado) submetidas a HV teve recidiva anatómica, mas poucas foram reoperadas (a maioria melhora os seus sintomas, fica com prolapso de menor grau comparando com o estadio inicial, não sentindo impacto na qualidade de vida que justifique nova intervenção cirúrgica). A HV é um procedimento eficaz e com baixa taxa de complicações a curto e longo prazo.

Introdução: A Síndrome de takotsubo (TTS) constitui uma condição aguda reversível caracterizada por uma disfunção sistólica ventricular esquerda (LV) e achados eletrocardiográficos que mimetizam o enfarte agudo do miocárdio (AMI). A principal característica da TTS é a sua associação com um evento físico ou emocional precipitante. Objetivo: Caracterizar o perfil clínico de uma amostra populacional portuguesa de doentes diagnosticados com TTS, com especial ênfase nos dados sociodemográficos e em eventuais eventos psicológicos e/ou físicos precedentes anotados na história clínica. Métodos: Estudo retrospetivo com componente descritiva que incluiu 54 doentes diagnosticados com TTS entre dezembro de 2005 e dezembro de 2018 num hospital terciário. Foram colhidos dados demográficos, socioeconómicos, psicológicos, clínicos, laboratoriais, eletrocardiográficos e ecocardiográficos. O processamento estatístico foi feito com os programas SPSS 26.0 (IBM SPSS; United States) e Office 2016 (Microsoft; United States). Resultados: Os doentes foram predominantemente mulheres (87,0%), com uma idade média de 67 anos e alta prevalência de fatores de risco cardiovasculares (CV). Um subconjunto importante de doentes apresentava distúrbios psiquiátricos agudos (5,6%) e crónicos (37,7%). Na maioria dos doentes foram identificados eventos precipitantes emocionais (35,2%), físicos (16,7%) ou ambos (22,2%). As mulheres relataram mais adversidades a nível interpessoal, enquanto os homens relataram mais problemas a nível profissional. Conclusão: Este estudo de uma população hospitalar portuguesa demonstra a heterogeneidade do espectro clínico da TTS, identificando-se na maioria dos casos estímulos emocionais e/ou físicos como fatores precipitantes. Reforça-se, assim, a necessidade de compreender a TTS como uma síndrome clínica complexa, e a vantagem de um acompanhamento interdisciplinar.

Recent developments in single-cell and single-molecule techniques have revealed surprising levels of heterogeneity among isogenic cells. These advances have transformed the study of cell-to-cell heterogeneity into a major area of biomedical research, revealing that it can confer essential advantages, such as priming populations of unicellular organisms for future environmental stresses. Protozoan parasites, such as trypanosomes, face multiple and often hostile environments, and to survive, they undergo multiple changes, including changes in morphology, gene expression, and metabolism. But why does only a subset of proliferative cells differentiate to the next life cycle stage? Why do only some bloodstream parasites undergo antigenic switching while others stably express one variant surface glycoprotein? And why do some parasites invade an organ while others remain in the bloodstream? Building on extensive research performed in bacteria, here we suggest that biological noise can contribute to the fitness of eukaryotic pathogens and discuss the importance of cell-to-cell heterogeneity in trypanosome infections.

A 22-year-old woman with type Ia glycogen storage disease was referred to the endocrinology department with new-onset diabetes mellitus-glycated haemoglobin (HbA1c) of 8.2%. She had suffered from repeated bouts of hypoglycaemia since the first days of her life. The diagnosis was made at 5 months old, after clinical investigations revealed mixed dyslipidaemia, lactic acidosis and hepatomegaly. Compound heterozygosity was documented at the age of 4. The basis of her initial treatment was starch and reinforced soy milk, ingested multiple times a day and night. The patient suffered from obesity since childhood. This case shows a rare association between glycogen storage disease type Ia and diabetes mellitus. A multidisciplinary approach was implemented. Through diet and use of flash continuous glucose monitoring, we were able to improve patient's adherence and metabolic profile. Hypoglycaemia and hyperglycaemia risk significantly decreased; 86% time in range (70-180 mg/dL), 6% hypoglycaemia and 6.3% HbA1c in recent evaluations.

A esclerose sistémica (ES) é uma doença imunomediada de causa desconhecida, que afeta maioritariamente pessoas entre os 20-50 anos, sendo quatro vezes mais frequente nas mulheres. É classificada em três subtipos principais consoante o grau de envolvimento cutâneo: limitada, difusa e sine scleroderma (sem comprometimento cutâneo). O envolvimento do tecido muscular liso (e.g., trato gastrointestinal) na ES foi inicialmente descrito como um componente minor desta patologia, embora esteja atualmente estabelecido que é a principal causa de morbilidade e a terceira causa mais frequente de mortalidade nestes doentes. Tem vindo a ser cada vez mais estudado, uma vez que alguns trabalhos chegaram à conclusão de que afeta em muito a qualidade de vida dos doentes, estando por isso mais associada a um aumento dos episódios depressivos. Com este trabalho procurámos caraterizar os sintomas gastrointestinais da população de doentes com ES seguidos na consulta de Esclerose Sistémica do CHULN através do preenchimento do UCLA SCTC GIT 2.0. Pretendemos comparar os resultados obtidos com a evidência disponível na literatura, e procurar associações do envolvimento gastrointestinal com características da doença. Toda a análise estatística dos dados foi efetuada com recurso ao SPSS Statistics 25 e GraphPad Prism 9.3.1. Incluímos 52 doentes com ES, 82,1% do sexo feminino, com idade média 59 ± 14,9 anos e predomínio de envolvimento cutâneo limitado (57,7%). Os sintomas gastrointestinais mais frequentes foram os relacionados com refluxo gastroesofágico, presentes em 82% dos doentes. A distensão abdominal foi a segunda queixa mais frequente entre os doentes, e a que obteve pontuação mais alta. Tal como nos trabalhos realizados noutros países com o UCLA SCTC GIT 2.0, a duração da doença e a idade não mostraram ter associação significativa com o score total UCLA, bem como com as respetivas subclasses (p>0,05). Por outro lado, não se verificaram alterações significativas entre os fenótipos da doença e o score total UCLA, nem com os scores das subclasses, em linha com outros resultados da literatura. Estes resultados sugerem que, de facto, nos doentes com ES, os sintomas gastrointestinais influenciam significativamente qualidade de vida dos doentes, não só pela sua frequência, como também pela severidade.

Estimations based on the available equations for predicting oxygen uptake (V̇o2) from treadmill speed of locomotion are not appropriate for individuals with Down syndrome (DS). We aimed at developing prediction models for peak absolute oxygen uptake (V̇o2peak) and peak heart rate (HRpeak) based on retrospective data from a healthy population with and without Down syndrome (DS). A cross-sectional analysis of V̇o2peak and HRpeak was conducted in 196 and 187 persons with and without DS, respectively, aged from 16 to 45 yr. Nonexercise data alone versus combined with HRpeak were used to develop equations predictive of absolute V̇o2peak. Prediction equations for HRpeak were also developed. Two additional samples of participants (30 with, 29 without DS) enabled model cross-validation. Relative V̇o2peak and HRpeak were lowest for persons with DS across all ages (∼40% and 20 beats·min-1, respectively). For persons with DS, V̇o2peak predictions provided no differences compared with actual values. Predicted HRpeak was similar to actual values in both groups of participants. Large limits of agreement were obtained for V̇o2peak (DS: 735, non-DS: 558.2 mL·min-1) and HRpeak (DS: 24.8, non-DS: 16.6 beats·min-1). Persons with DS exhibit low levels of V̇o2peak and HRpeak in all age groups included in this study. It is possible to estimate absolute V̇o2peak in persons with DS using nonexercise variables. HRpeak can be accurately estimated in groups of people with and without DS. Yet, because of large limits of agreement, caution is advised if using these equations for individual estimations of V̇o2peak or HRpeak in either population.NEW & NOTEWORTHY Our data show that it is possible to estimate absolute peak oxygen uptake in persons with Down syndrome using nonexercise variables. Peak heart rate can also be accurately estimated in groups of people with and without Down syndrome. However, because of large limits of agreement, caution is advised if using these equations for individual estimations of peak oxygen uptake or peak heart rate in either population.

Introduction: Primary biliary cholangitis (PBC) is an infrequent, immune-mediated cholestatic liver disease, which can lead to liver fibrosis, cirrhosis and complications of end-stage liver disease. The established goals of treatment of PBC are prevention of end-stage liver disease and amelioration of associated symptoms. The European Association for the Study of the Liver (EASL) management guidelines provide extensive recommendations on the diagnosis and management of PBC. Areas covered: This article describes the development by expert consensus of a 'PBC Integrated Patient Care Pathway' to simplify and standardize the management of PBC for clinicians based on current practice. Expert opinion: Guideline adoption is potentially poor in practice since most patients with PBC in the community are seen by general gastroenterologists or hepatologists without a special interest in autoimmune liver disease. The PBC Integrated Patient Care Pathway is a best practice tool for clinicians designed to complement the EASL Clinical Practice Guidelines for the diagnosis and management of PBC patients. It gives clinicians a practical decision tree of the key steps in PBC management, thereby providing a simplified framework and an opportunity for more uniform practice that supports the safe and timely adoption of varied models of care provision to patients with PBC.

Suberin is a complex hydrophobic biopolymer found deposited in the bark of trees, which protects the tree by reducing water loss, regulating gas exchanges and from pathogens attacks. An extreme example of suberin deposition can be found in the bark (cork) of Quercus suber trees. In the root tissues, suberization also occurs, protecting the root from biotic/abiotic stresses. There are mainly two suberized tissues in the Arabidopsis roots: the endodermis, which differentiates inwards to the cortex, close to the root apical meristem, and progresses along the root axis giving rise to another tissue, the periderm, a protective outer tissue more prominent at the root-hypocotyl border. Recently, a transcriptomic study revealed several promising candidate genes to be exclusively involved in cork differentiation in cork oak. However, the role of the candidates in the suberization process of tissues is yet to be explored. By making use of the Arabidopsis simpler model system, the loss of function mutants for the for the homolog candidate genes was analyzed as o their endoderm and periderm development phenotypes. To investigate if the changes observed in the mutants were caused by alterations in suberin deposition patterns during primary growth at initial stages of endodermis development, the root patterns of suberization were analyzed by fluorescence microscopy using the fluorescent Fluorol Yellow 088 stain to seven-day old wild-type and mutant seedlings. Mutations in three of the candidate genes (WOX9/STIMPY, ANT and MYB36) led to alterations in suberin formation during developmental progression of the primary root endodermis. We found that especially WOX9/STIMPY, a homeobox gene required for shoot apical meristem growth, could be implicated in the differentiation of suberin in the endodermis. By examining the suberization patterns of the root endodermis of gain and loss of WOX9 function mutants’ results showed that while stip-1 and stip-2, the WOX9 loss-of-function alleles show delayed suberization of the endodermal cells, the gain-of-function mutant, stip-D, shows the opposite effect, when compared to the wild-type genetic background. Additionally, we performed expression analysis to genes encoding proteins of the suberin biosynthesis and deposition pathway in the WOX9 gain- and loss-of-function mutants, by quantitative real time-PCR to root-hypocotyl tissues. The gene expression data revealed that the anatomical defects observed in stip-1 are accompanied by the decrease in the steady-state mRNA transcript levels of FAR1, ASFT, CYP86A1, CYP86B1, KCS2, GPAT5, ABCG6 and GELP38 genes, hence, of all suberin-related genes that are representative of the suberin pathway, tested in this work. These results indicate that WOX9 might be operating in the suberin regulatory pathway well upstream of the biosynthetic pathway. Furthermore, to understand whether defects on endodermal suberization of the mutants were downstream of ABA we tested whether the exogenous application of ABA could rescue the stip-1 mutant phenotype. Indeed, 24h after ABA treatment, defects in stip-1 were partially overcome by ABA-induced suberization in the endodermal cells, suggesting WOX9 might operate upstream of ABA biosynthesis/signalling or bypass the pathway. These results., together with preliminary phylogenetic analysis to WOX9, point towards a possible regulatory role for WOX9 gene during the suberization process, and we hypothesize on its positioning in existing regulatory pathways.

Background: Nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) is the most common chronic liver disease where liver biopsy remains the gold standard for diagnosis. Here we aimed to evaluate the role of circulating adiponectin, leptin, and insulin-like growth factor 1 (IGF-1) levels as non-invasive NAFLD biomarkers and assess their correlation with the metabolome. Materials and Methods: Leptin, adiponectin, and IGF-1 serum levels were measured by ELISA in two independent cohorts of biopsy-proven obese NAFLD patients and healthy-liver controls (discovery: 38 NAFLD, 13 controls; validation: 194 NAFLD, 31 controls) and correlated with clinical data, histology, genetic parameters, and serum metabolomics. Results: In both cohorts, leptin increased in NAFLD vs. controls (discovery: AUROC 0.88; validation: AUROC 0.83; p < 0.0001). The leptin levels were similar between obese and non-obese healthy controls, suggesting that obesity is not a confounding factor. In the discovery cohort, adiponectin was lower in non-alcoholic steatohepatitis (NASH) vs. non-alcoholic fatty liver (AUROC 0.87; p < 0.0001). For the validation cohort, significance was attained for homozygous for PNPLA3 allele c.444C (AUROC 0.63; p < 0.05). Combining adiponectin with specific serum lipids improved the assay performance (AUROC 0.80; p < 0.0001). For the validation cohort, IGF-1 was lower with advanced fibrosis (AUROC 0.67, p < 0.05), but combination with international normalized ratio (INR) and ferritin increased the assay performance (AUROC 0.81; p < 0.01). Conclusion: Serum leptin discriminates NAFLD, and adiponectin combined with specific lipids stratifies NASH. IGF-1, INR, and ferritin distinguish advanced fibrosis.

O presente relatório descreve as atividades realizadas em ambiente de estágio, no contexto de trabalho de empresa/profissional, inserido no plano curricular do Mestrado em Geologia do Ambiente, Recursos Geológicos e Ordenamento do Território, lecionado na Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, cujo tema é a Metodologia dos Estudos GeológicoGeotécnicos para Edifícios Correntes – Casos de Estudo, envolvendo a empresa Geoalgar – Consultoria em Geotecnia, Hidrogeologia e Ambiente, Lda. Uma campanha de prospeção geotécnica inclui um conjunto de intervenções realizadas no local onde será a futura obra e tem como objetivo o reconhecimento e a interpretação das características geológicas e geotécnicas dos terrenos interessados. Para tal é necessário recorrer a diversos métodos de prospeção e ensaios in situ e em laboratório que visam determinar os parâmetros físicos e mecânicos dos materiais e proceder à sua classificação geotécnica. A ação do geólogo visa o estudo das principais propriedades das rochas e dos solos e a sua aplicabilidade como materiais de construção e como fundação, a identificação dos solos e das rochas e a caracterização das estruturas dos maciços rochosos condicionantes em obras de engenharia, interpretando e comparando as diversas soluções que garantem a estabilidade dos terrenos com base nos trabalhos de prospeção efetuados. O estágio teve a duração de aproximadamente oito meses. Foram abordados diversos conceitos relativos à prospeção geológico-geotécnica, tendo acompanhado campanhas e executado alguns dos métodos mais comuns e, assim, constatado a sua importância no estudo geotécnico. No período de estágio realizaram-se diversas tarefas de que se destacam: a análise e caracterização de testemunhos de sondagens, a execução de trabalhos de prospeção mecânica (sondagens e poços), de prospeção geofísica (métodos da resistividade elétrica e da sísmica de refração), de ensaios in situ (ensaios SPT e DPSH) e de ensaios de laboratório (teor em água, limites de consistência, granulometria por peneiração húmida, ensaio Proctor, ensaio CBR, equivalente de areia, determinação do azul de metileno, em amostras de solo, e ensaio de carga pontual, em amostras de rocha). Um fator importante em especial nas fases de construção e pós-construção é a monitorização e instrumentação geotécnica, que consistem na observação de estruturas geotécnicas e geológicas de modo a verificar o seu comportamento. Deste modo, revela-se de extrema importância em especial em obras de elevado risco, como por exemplo, projetos de obras lineares (ferrovias, rodovias, entre outras), em que, por vezes, durante todas as fases do projeto se recorre à monitorização dos terrenos e taludes de modo a detetar atempadamente possíveis indícios de instabilização. Foram acompanhados e realizados diversos casos de estudo, dos quais são descritos três. Referemse as distintas metodologias de prospeção e os ensaios in situ realizados, quer em solos quer em rochas, bem como um conjunto de ensaios laboratoriais em solos. Discute-se a aplicabilidade de cada método e os meios indispensáveis à sua execução para um adequado estudo geológico e geotécnico dos terrenos. São referidas as metodologias e técnicas especificas do reconhecimento geológico e geotécnico desenvolvidas ao longo deste estágio. Incluem-se os métodos de monitorização aplicados e seus objetivos em cada caso.

O autor apresenta uma proposta de organização de uma Consulta de Tabagismo - indicações e prioridades de atendimento, setting, equipa e metodologia, ficha clínica, testes e questionários, programa de consultas, terapêutica farmacológica e não farmacológica, terminando com a avaliação. Em anexo é publicada a ficha clínica usada na consulta de tabagismo do Centro de Saúde de Alvalade.

There is an urgent need for the discovery of new drugs that are effective against both drug-susceptive and drug-resistant TB. A promising new target for such compounds is DprE1, an essential epimerase for M. tuberculosis that is involved in the synthesis of DPA. This is a vital precursor of arabinogalactan, one of the components of the mycobacterial cell wall, Numerous inhibitors of this target have been described in the literature, among them nitrobenzamides (DNB). Previous work in the group has led to derivatives that showed promising activities against Mtb. Those results could be indicative of the importance of flexibility on the inhibitor’s structure. As such, we synthesised a library containing two families of compounds. The first family contains longer flexible alkyl linkers separating 2 aromatic ring moieties. The second family presented more rigid structures. Almost every first family compound displayed activities that were on par with the best in the literature. This shows that the increase of the flexibility in the DNB scaffold is well tolerated and can be used in future compounds. In particular, two of our compounds (those with 5 and 9 carbon linkers) showed especially promising activities, comparable to the more active DNBs described previously. Some of the compounds of the second family also showed some activity against M. tuberculosis, however, much lower than the compounds of the first family. This indicates that the use of cyclic linkers is less favorable, which may be related to spatial impediments near the amide zone and to a greater rigidity of the structure. Docking studies were also performed. The in-silico approach results led to a possible explanation for the variation of the activity, suggesting a new possible route for the improvement of the activity of future compounds.

Esse artigo traça alguns ativos que desejamos aprofundar no desenvolvimento de uma investigação doutoral em Belas-Artes sobre artistas viajantes. Por agora, pretendemos através de levantamento bibliográfico desenvolver uma reflexão teórica crítica sobre os contributos do desenho para o cultivo do olhar do viajante contemporâneo. Propomos explicar a partir da visão democrática do desenho de Jonh Ruskin (1819-1900), na qual todos podem aprender a desenhar, os possíveis benefícios da atividade do desenho no contexto da viagem contemporânea associada com as ideias sobre a sociedade móvel dos filósofos Paul Virílio (1932-2018) e Byung-Chul Han.

Landscape patterns and composition were identified as key drivers of fire risk and fire regimes. However, few studies have focused on effective policymaking aimed at encouraging landowners to diversify the landscape and make it more fire-resilient. We propose a new framework to support the design of wildfire mitigation policies aimed at promoting low-risk fire regimes based on land use/land cover choices by landowners. Using the parishes of a fire-prone region in central Portugal as analysis units, a two-step modelling approach is proposed, coupling an agent-based model that simulates land use/land cover choice and a logistic model that predicts fire regimes from a set of biophysical variables reported as important fire regime drivers in the literature. The cost-effectiveness of different policy options aimed at promoting low-risk fire regimes at the parish level is assessed. Our results are in line with those of previous studies defending the importance of promoting landscape heterogeneity by reducing forest concentration and increasing agricultural or shrubland areas as a measure to reduce the risk of wildfire. Results also suggest the usefulness of the framework as a policy simulation tool, allowing policymakers to investigate how annual payments supporting agricultural or shrubland areas, depending on the policy mix, can be very cost-effective in removing a substantial number of parishes from high-risk fire regimes.

Despite all the remarkable advances in healthcare, healthcare-associated infections (HCAI) are still a critical public health problem, with 30 to 40% of infections related to the urinary tract system. These urinary tract infections (UTIs) are considered one of the most common bacterial infections in hospital settings and everyday community context, where about 80% are highly correlated with urinary catheter insertion - Catheter-associated urinary tract infection (CAUTI). Considering that 15 to 25% of hospitalised patients need to be catheterised during their treatments and most CAUTIs are asymptomatic, it results in a tremendous challenge to early diagnosis CAUTI, therefore, to initiate its treatment. The present work aimed at exploring the potential of absorption and fluorescence spectroscopic methodologies to detect UTIs. The urine samples were used without any previous treatment to target the most straightforward testing protocol possible. The emission spectrum with excitation fixed at 280 nm, when combined with the transmittance value at 600 nm, was found to be a valid and powerful methodology to distinguish healthy from unhealthy (with UTI) samples. In addition, it was developed an interactive application based on machine learning algorithms capable of evaluating the data to identify, autonomously, if the sample is healthy or not. Multiple classifiers were optimised and trained with a previously selected ideal subset of features to achieve this goal. The best classifier performance was the K-Nearest Neighbour (KNN) with a confusion matrix accuracy and area under curve (AUC) value of 0.902 and 0.750, respectively, indicating a good capability of discriminating the two defined groups of samples. In conclusion, the results presented in this work indicate the potential of urine’s fluorescence and transmittance spectra to be developed as a simple and rapid diagnostic tool. However, further exploration must be given to improve the studied methodology and the ML classifier accuracy from the input data.

A metabolómica é a identificação e quantificação do conjunto completo de metabolitos (metaboloma) numa amostra biológica – organismos inteiros, tecidos, culturas de células, etc. Metabolitos são moléculas de baixo peso molecular e apresentam-se como intermediários ou produto final de múltiplas reações enzimáticas, fazendo, portanto, parte do metabolismo das células e dando informação sobre o seu estado. Uma das principais técnicas para adquirir dados de metabolómica é a Espetrometria de Massa (MS), que se destaca pela sua elevada sensibilidade para uma grande diversidade de compostos químicos, permitindo uma maior cobertura do metaboloma. Particularmente, os Espetrómetros de Massa de Ressonância Ciclotrónica de Ião com Transformada de Fourier (FT-ICRMS) têm elevada exatidão de massa e conseguem atingir altíssimas resoluções, que resultam na reduzida necessidade de separação das amostras e permitem a identificação de padrões isotópicos de compostos de baixo peso molecular, como os metabolitos, tornando possível a atribuição desambigua da sua fórmula molecular. Antes de surgir a MS, era impossível obter as razões elementares de compostos individuais, pelo que esta caracterização era feita para amostras inteiras (ou frações destas). Em 1959, Dirk Willem van Krevlen propôs que a natureza química das amostras podia ser inferida a partir das razões elementares da amostra, o que levou ao que agora é conhecido como diagramas de van Krevlen (O/C vs H/C), que foram pela primeira vez usados para estudar amostras de petróleo e querosene. Desde então, este tipo de representação tem sido usado para a caracterização de amostras orgânicas noutro tipo de aplicações, como a caracterização das principais categorias de compostos de matéria orgânica natural. Em 2003, os diagramas de van Krevlen foram usados pela primeira vez para a representação de dados de MS em metabolómica, e desde então, têm sido bastante utilizados para o efeito. Baseado neste método de utilizar os diagramas de van Krevlen para classificar compostos, um novo método de classificação foi proposto (MSCC), que se baseia na imposição de restrições em 10 features das fórmulas químicas (O/C, H/C, N/C, P/C, N/P, O, N, P, S, e Massa) para classificar compostos em 6 categorias diferentes: Lípidos, Péptidos, Açúcares aminados, Glícidos, Nucleótidos e Compostos Fitoquímicos. Apesar deste método apresentar um aumento significativo de desempenho relativamente aos que eram baseados nos diagramas clássicos de van Krevlen, estas categorias são inespecíficas para descrever a complexidade do metaboloma de um organismo. A ChemOnt é uma taxonomia com uma hierarquia bem definida, um dicionário com anotações completas sobre cada uma das categorias, e um conjunto de regras de classificação que permitem que novas entidades (compostos) sejam também descritos. Isto permite uma classificação estrutural automática, baseada em regras bem definidas para todas as entidades químicas. A ChemOnt tem 11 níveis de classificação, sendo que os 4 primeiros níveis são, por ordem: Kingdom, Superclass, Class e Subclass. Tendo uma hierarquia bem definida, categorias bem descritas, e uma ferramenta automática de classificação de novos compostos, a ChemOnt é a taxonomia ideal para tarefas de classificação rápidas e de larga escala. A inteligência artificial tem como objetivo simular o comportamento humano em máquinas para resolver problemas complexos. O ML é uma sub-área da inteligência artificial, e faz com que as máquinas aprendam automaticamente pelos dados, sem serem explicitamente programadas para o fazer, e de forma a prever o resultado de novos dados. Algoritmos de aprendizagem supervisionada têm como objetivo fazer a correspondência entre um determinado input e o output correto, o que é feito por inferência de uma função através de dados de treino labelled. Os tipos mais comuns são tarefas de classificação, que separam os dados quando os labels representam uma variável discreta, e as tarefas de regressão quando os dados representam uma variável contínua. Este trabalho teve como principal objetivo criar um modelo de classificação de metabolitos mais robusto que o MSCC, usando métodos de inteligência artificial, que conseguem lidar com um grande número de features das fórmulas químicas, que poderão providenciar mais informação para a classificação, bem como uma taxonomia hierárquica mais descritiva. Para isso, irá aplicar-se uma estratégia hierárquica onde se usa um classificador local por cada parent node, usando algoritmos populares de ML para classificação: Random Forests (RF), K-nearest-neighbours (KNN), Logistic Regression (LR), Support Vector Machines (SVM), e Naive Bayes (NB). O dataset foi criado com compostos de 4 bases de dados diferentes: Human Metabolome Database, Kyoto Enciclopedia of Genes and Genomes Compounds, Lipid Maps Structural Database, e Chemical Entities of Biological Interest. As features usadas foram a contagem atómica de todos os elementos químicos, a sua carga, massa monoisotópica, a contagem total de alguns grupos de elementos, e as razões O/C, H/C, N/C, P/C, e N/P. Após a construção do dataset, foi feita uma divisão aleatória treino/teste de 33/67, de forma estratificada, portanto mantendo as proporções de cada classe. Para realizar o treino e tuning dos classificadores, utilizou-se o método de grid search, em que um classificador é treinado com diferentes combinações de parâmetros, com o objetivo de determinar qual o que tem a melhor generalização para dados que não foram vistos. Esta avaliação foi feita recorrendo ao método de stratified 3-fold cross-validation com o tuning baseado no F-score com média macro, que atribui o mesmo peso a cada uma das classes. A seleção das features foi realizada com base no mean decrease in Gini impurity (MDI) das RF, removendo features que estivessem correlacionadas de entre as selecionadas anteriormente A MDI revelou que de um total de 133 features, apenas 25 têm pelo menos 0.1 de importância em pelo menos um dos classificadores. Todos os classificadores necessários para a abordagem hierárquica foram treinados e otimizados com grid search usando os 5 algoritmos, e usando todas as features ou só as selecionadas para o classificador. O classificador dos compostos orgânicos ao nível da Superclass apresentava overfitting significativo. Foi testado um algoritmo de pruning (cost complexity pruning), que revelou ser ineficaz em diminuir o overfitting. Adicionalmente foram testadas duas estratégias binárias multiclass com as RF para treinar este classificador: output-code e one-vs-rest. A primeira foi aplicada diretamente com a implementação do scikit-learn. A segunda abordagem foi implementada recorrendo a um classificador binário por cada uma das classes a classificar, utilizando adicionalmente duas estratégias de amostragem aleatória do conjunto negativo de dados, de forma a combater o acentuado desequilíbrio no tamanho das classes existente no dataset. Estas abordagens revelaram também não ser eficazes para aumentar a performance do classificador. Fazendo uma média entre todos os classificadores treinados, foi possível observar que os algoritmos com melhor performance são, por ordem decrescente: RF, KNN, LR, SVM, e NB. Para o modelo de classificação, foi escolhido o melhor conjunto algoritmo/parâmetros de cada classificador, tendo sido excluído o algoritmo NB por nunca ser o único algoritmo com melhor resultado num classificador, e o SVM, uma vez que não retorna estimativas de probabilidade de previsão. Calculando a média ponderada do F1-score macro e micro no conjunto de validação dos classificadores em cada nível de classificação, foi possível concluir que a performance local dos classificadores não diminui ao longo de cada nível, permanecendo entre os 87-89% de exatidão nos 3 níveis de classificação para além do primeiro, que tem uma performance naturalmente melhor. O facto do F1-score macro ser melhor no último nível também indica que, mesmo com categorias mais específicas, a abordagem hierárquica é capaz de as distinguir e também que a composição química tem informação suficiente para o fazer. Relativamente à performance da abordagem hierárquica utilizada, também foi possível concluir que foi melhor que uma abordagem que não considerasse a hierarquia entre categorias do mesmo nível, particularmente para a classificação de classes mais pequenas e para diminuir a quantidade de recursos computacionais necessários para treinar um único classificador por nível. Para avaliar a performance do modelo de classificação, foram realizados dois tipos de validação: com o conjunto de teste do dataset inicial, e com dados de metabolómica de FT-ICR-MS. Para a previsão, foi utilizada uma abordagem top-down, assim como uma estratégia de blocking, onde a probabilidade de previsão multiplicativa em cada nível de previsão é sujeita a diferentes thresholds. Usando esta estratégia, a maioria dos compostos conseguem manter os 4 níveis de classificação com uma probabilidade maior ou igual a 0.95. O F1-score micro (exatidão), expectavelmente desce ao longo dos níveis da hierarquia. O nível Kingdom tem uma classificação praticamente perfeita (exatidão = 99,98%), no nível Superclass a exatidão é de 88,4% com 3 categorias (de 26) que não são previstas, no nível Class a exatidão é de 79,7% com 74 categorias (de 311) não previstas, e no nível Subclass a exatidão é de 74,6% com 192 categorias (de 724) não previstas. Comparando os resultados da estratégia de blocking, conclui-se também que se deve ter em atenção ao balanço entre a exatidão e a cobertura de compostos com previsão. Para a validação experimental foram usados dados obtidos por FT-ICR-MS de amostras de levedura, bem como de impressões digitais humanas. Apenas foram previstos “Compostos Orgânicos” em ambos os conjuntos de dados, com 100% de exatidão, sendo que no nível Superclass a exatidão é >92%, no nível Class >87% e no nível Subclass >78%.

O presente trabalho de dissertação tem como objetivo verificar a importância de vários parâmetros acústicos da fala na discriminação de familiares próximos. Para isso, foram analisados a partir do programa Praat parâmetros como a frequência fundamental (F0), os primeiros dois formantes das vogais (F1 e F2), o jitter, o shimmer e o HNR (Harmonics-to-noise ratio), bem como o VOT (Voice onset time), a oclusão e a explosão das consoantes oclusivas. Para atingir este objetivo, foram analisadas gravações de vinte e dois indivíduos, que leram um texto foneticamente equilibrado em condições de voz normais através de uma chamada telefónica. A análise dos parâmetros referidos acima serve, assim, como ponto de partida para um estudo acerca do fator genético que poderá estar associado às vozes de familiares próximos. Pretende-se, assim: (i) aprofundar os conhecimentos acerca da importância dos parâmetros utilizados na identificação de falantes; (ii) contribuir para o desenvolvimento da Fonética Forense. A conclusão que se pôde retirar a partir dos resultados obtidos foi a de que existem parâmetros acústicos que apresentam semelhanças entre familiares próximos e, por essa razão, existem padrões acústicos com influência genética. Dos parâmetros analisados, os primeiros dois formantes, que constituem o triângulo acústico, e o HNR foram os que apresentaram uma semelhança considerável entre os pares em estudo.

The modernist visual arts, from their most varied experiences and aspects, opened the way to the poetic reflection of increasingly human and personal issues. According to this perspective, this work aims to understand the elaboration of a pictorial poetics, which has as its central focus reflections on childhood memories.The research intends to make visible and record what childhood memories will become, through education through art, a movement of art education that favors free expression.To support the analysis the work is based on a bibliographical research, approaching theoretical and artistic references that discuss the relationship between art and memory, highlighting works by authors such as: Herbert Read, Viktor Lowenfeld, Gaston Bachelard, Gilles Deleuze, Ivan Izquierdo , Ecléa Bosi, Wassily Kandinsky, among others. Such concepts converged with practice through the application of the “Sabiá” experience art project, carried out during the Covid-19 pandemic, with children from Portugal, Brazil and the Dominican Republic. In this way the research proposes to reveal aspects of the artistic vision that occur during the creation process, establishing a relationship between theoretical-based thoughts and analyzes and artistic practice, highlighting childhood memory and free expression as the main raw materials of art. investigated poetics

The main goal of this dissertation is to analyse the travel books Pérégrinations d’une Paria 1833-1834 (1838) and Promenades dans Londres ou L’aristocratie et Les Prolétaires Anglais (1842) by French-Peruvian writer Flora Tristán (1803-1844) through the translated and edited versions of Jean Hawkes: Peregrinations of a Pariah (1986) and The London Journal of Flora Tristan (1982). Both travel accounts reveal Tristán’s gradual sociopolitical transformation into a feminist first, and a socialist feminist later. Throughout this dissertation, I will bring to light the importance of Tristán’s international travel experiences in her awakening and emancipation, and the construction of her own feminism. Tristán is considered one of the most eminent socialist feminists of the first half of the nineteenth century in Europe and South America. Her contribution to women’s emancipation and the key ideas she had on gender equality are still significantly influential nowadays. I intend to show how her journey to Peru allowed her to distance herself from her own plight as a separate French woman, giving her personal experience a level of generalisation and abstraction; this was key to becoming a feminist. This work will also bring into view how her last trip to London shaped Tristán’s feminism into a socialist one and encouraged her to enter the public space as a political activist in France. Finally, the different moments in the construction of Tristán’s feminism and who influenced her to become a socialist feminist will also be analysed. Using the methodological perspectives of feminist literary theory, I will reveal the economic, social, political and psychological operations of patriarchy in France, Peru and England in the first half of the nineteenth century; also demonstrating how race, class and other cultural factors combined with gender so as to produce women’s experience, especially when travelling alone, and how Tristán portrayed herself and other women of the period with these gender issues.