Repositório RCAAP

The interpretation of lichen bioaccumulation data is of paramount importance in environmental forensics and decision-making processes. By implementing basic ideas underlying previous interpretative scales, new dimensionless, species-independent “bioaccumulation scales” for native and transplanted lichens are proposed. Methodologically consistent element concentration datasets were populated with data from biomonitoring studies relying on native and transplanted lichens. The scale for native lichens was built up by analyzing the distribution of ratios between element concentration data and species-specific background concentration references (B ratios), herein provided for Flavoparmelia caperata and Xanthoria parietina (foliose lichens). The scale for transplants was built up by analyzing the distribution of ratios between element concentration in exposed and unexposed samples (EU ratio) of Evernia prunastri and Pseudevernia furfuracea (fruticose lichens). Both scales consist of five percentile-based classes; namely, “Absence of”, “Low”, “Moderate”, “High”, and “Severe” bioaccumulation. A comparative analysis of extant interpretative tools showed that previous ones for native lichens suffered from the obsolescence of source data, whereas the previous expert-assessed scale for transplants failed in describing noticeable element concentration variations. The new scales, based on the concept that pollution can be quantified by dimensionless ratios between experimental and benchmark values, overcome most critical points affecting the previous scales.

Ammonium is an important nitrogen (N) source for living organisms, a key metabolite for pH control, and a potent cytotoxic compound. Ammonium is transported by the widespread AMT-Mep-Rh membrane proteins, and despite their significance in physiological processes, the nature of substrate translocation (NH3/NH4+) by the distinct members of this family is still a matter of controversy. Using Saccharomyces cerevisiae cells expressing representative AMT-Mep-Rh ammonium carriers and taking advantage of the natural chemical-physical property of the N isotopic signature linked to NH4+/NH3 conversion, this study shows that only cells expressing AMT-Mep-Rh proteins were depleted in 15N relative to 14N when compared to the external ammonium source. We observed 15N depletion over a wide range of external pH, indicating its independence of NH3 formation in solution. On the basis of inhibitor studies, ammonium transport by nonspecific cation channels did not show isotope fractionation but competition with K+. We propose that kinetic N isotope fractionation is a common feature of AMT-Mep-Rh–type proteins, which favor 14N over 15N, owing to the dissociation of NH4+ into NH3 + H+ in the protein, leading to 15N depletion in the cell and allowing NH3 passage or NH3/H+ cotransport. This deprotonation mechanism explains these proteins’ essential functions in environments under a low NH4+/K+ ratio, allowing organisms to specifically scavenge NH4+. We show that 15N isotope fractionation may be used in vivo not only to determine the molecular species being transported by ammonium transport proteins, but also to track ammonium toxicity and associated amino acids excretion.

Wild Edible Plants are common in the diet of rural communities of sub-Saharan Africa. In Guinea-Bissau, West Africa, wild plant resources are widely used in human diet, but very few studies have addressed them. The aim of this study is to reveal: (1) the wild and semi-cultivated leafy vegetables consumed in Guinea-Bissau; and (2) the nutritional composition of those plants traded at the largest country market in Bissau. Our results revealed that 24 native or naturalized species with edible leaves are currently consumed by Guinea-Bissau population. Five of them were found at the market: dried leaves of Adansonia digitata, Bombax costatum and Sesamum radiatum, and fresh leaves and shoots of Amaranthus hybridus and Hibiscus sabdariffa. The analysis of the nutritional properties revealed that leaves contain a significant amount of protein (10.1–21.0 g/100 g, dry basis), high values of macronutrients and micronutrients, as well as of phenolic compounds (13.1–40.3 mg GAE/g) and a considerable antioxidant capacity (DPPH 111.5–681.9 mg Eq Trolox). Although price and availability vary among the leafy vegetables analyzed, these traditional foods appear to be a good dietary component that can contribute to food security in Guinea-Bissau and in other West African countries, as these species are widely distributed in this region.

Pollinators are experiencing declines globally, negatively affecting the reproduction of wild plants and crop production. Well-known drivers of these declines include climatic and nutritional stresses, such as a change of dietary resources due to the degradation of habitat quality. Understanding potential synergies between these two important drivers is needed to improve predictive models of the future effects of climate change on pollinator declines. Here, bumblebee colony bioassays were used to evaluate the interactive effects of heat stress, a reduction of dietary resource quality, and colony size. Using a total of 117 colonies, we applied a fully crossed experiment to test the effect of three dietary quality levels under three levels of heat stress with two colony sizes. Both nutritional and heat stress reduced colony development resulting in a lower investment in offspring production. Small colonies were much more sensitive to heat and nutritional stresses than large ones, possibly because a higher percentage of workers helps maintain social homeostasis. Strikingly, the effects of heat stress were far less pronounced for small colonies fed with suitable diets. Overall, our study suggests that landscape management actions that ensure access to high-quality resources could reduce the impacts of heat stress on bee decline.

Sugar beet (Beta vulgaris L. ssp. vulgaris) is one of the most important European crops for both food and sugar production. Crop improvement has been developed to enhance productivity, sugar content or other breeder’s desirable traits. The introgression of traits from Crop Wild Relatives (CWR) has been done essentially for lessening biotic stresses constraints, namely using Beta and Patellifolia species which exhibit disease resistance characteristics. Several studies have addressed crop-to-wild gene flow, yet, for breeding programs genetic variability associated with agronomically important traits remains unexplored regarding abiotic factors. To accomplish such association from phenotype to-genotype, screening for wild relatives occurring in habitats where selective pressures are in play (i.e., populations in salt marshes for salinity tolerance; populations subjected to pathogen attacks and likely evolved resistance to pathogens) are the most appropriate streamline to identify causal genetic information. By selecting sugar beet CWR species based on genomic tools, rather than random variations, is a promising but still seldom explored route toward the development of improved crops. In this perspective, a viable streamline for sugar beet improvement is proposed through the use of different genomic tools by recurring to sugar beet CWRs and focusing on agronomic traits associated with abiotic stress tolerance. Overall, identification of genomic and epigenomic landscapes associated to adaptive ecotypes, along with the cytogenetic and habitat characterization of sugar beet CWR, will enable to identify potential hotspots for agrobiodiversity of sugar beet crop improvement toward abiotic stress tolerance.

Plants and their pathogens are engaged in continuous evolutionary battles, with pathogens evolving to circumvent plant defense mechanisms and plants responding through enhanced protection to prevent or mitigate damage induced by pathogen attack. Managed ecosystems are composed of genetically identical populations of crop plants with few changes from year to year. These environments are highly conducive to the emergence and dissemination of pathogens and they exert selective pressure for both qualitative virulence factors responsible for fungal pathogenicity, and quantitative traits linked to pathogen fitness, such as aggressiveness. In this study, we used a comparative genome-wide approach to investigate the genomic basis underlying the pathogenicity and aggressiveness of the fungal coffee pathogen Colletotrichum kahawae infecting green coffee berries. The pathogenicity was investigated by comparing genomic variation between C. kahawae and its non-pathogenic sibling species, while the aggressiveness was studied by a genome-wide association approach with groups of isolates with different phenotypic profiles. High genetic differentiation was observed between C. kahawae and the most closely related species with 5,560 diagnostic SNPs identified, in which a significant enrichment of non-synonymous mutations was detected. Functional annotation of these non-synonymous mutations revealed a significant enrichment mainly in two gene ontology categories, “oxidation–reduction process” and “integral component of membrane.” Finally, the annotation of several genes potentially under-selection revealed that C. kahawae’s pathogenicity may be a complex biological process, in which important biological functions, such as, detoxification and transport, regulation of host and pathogen gene expression, and signaling are involved. On the other hand, the genome-wide association analyses for aggressiveness were able to identify 10 SNPs and 15 SNPs of small effect in single and multi-association analysis, respectively, from which 7 were common, giving in total 18 SNPs potentially associated. The annotation of these genomic regions allowed the identification of four candidate genes encoding F-box domain-containing, nitrosoguanidine resistance, Fungal specific transcription factor domain-containing and C6 transcription factor that could be associated with aggressiveness. This study shed light, for the first time, on the genetic mechanisms of C. kahawae host specialization.

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Human‐mediated introductions of species may have profound impacts on native eco ‐systems. One potential impact with largely unforeseen consequences is the potential admixture of introduced with autochthonous species through hybridization. Throughout the world, bumblebees have been deliberately introduced for crop pol ‐lination with known negative impacts on native pollinators. Given the likely alloch ‐thonous origin of commercial bumblebees used in Portugal (subspecies Bombus terrestris terrestris and B. t. dalmatinus), our aim was to assess their putative introgres‐sion with the native Iberian subspecies B. terrestris lusitanicus. We analysed one mito ‐chondrial gene, cytochrome c oxidase subunit I (COX1) and genomic data involving thousands of genome‐wide restriction‐site‐associated DNA markers (RAD‐seq). In the mitochondrial COX1 analyses, we detected one relatively common haplotype in commercial bumblebees, also present in wild samples collected nearby the green ‐houses where the commercial hives are used. In the RAD‐seq analysis, we found a clear genetic differentiation between native and commercial lineages. Furthermore,we detected candidate hybrids in the wild, as well as putatively escaped commercialbumblebees, some of which being potentially fertile males. Although we cannot as ‐sess directly the fitness effects of introgressed alleles, there is a risk of maladaptive allele introgression to the local bumblebee subspecies, which can negatively impact autochthon populations. One immediate recommendation to farmers is for the proper disposal of hive boxes, after their use in greenhouses, so as to minimize the risk of escapees contaminating native populations. On the other hand, the feasibilityof using local subspecies B. t. lusitanicus, preferably with local production, should be evaluated.

Esta tese propõe-se estudar o modo como os romances históricos escritos desde o início do século XXI representam a relação entre histórias individuais e destinos coletivos. O trabalho divide-se em três partes, sendo que as duas primeiras expõem questões teóricas e a terceira apresenta a análise de três romances. A primeira parte é dedicada ao campo dos Estudos de Memória e identifica as etapas que conduziram à definição desta área de estudo. A escolha deste tópico resulta da constatação de que a memória constitui um elemento fundamental na construção de identidades, tanto individuais como coletivas. A obra de Maurice Halbwachs sobre memória coletiva, L’Histoire Collective (1925), assinala o início do desenvolvimento deste campo de pesquisa, que culminou no chamado “boom” da memória na década de 1980. Nesta tese, investiga-se a relação entre memória individual e memória coletiva considerando a perspetiva sistematizada por Jan e Aleida Assmann. Em particular, a obra Erinnerungsräume: Formen und Wandlungen des kulturellen Gedächtnisses (1999), de Aleida Assmann, forneceu a base teórica para observar o modo como a literatura se articula com outros fenómenos culturais no contexto da memória cultural, sublinhando o papel fundamental da literatura na transmissão para o grande público de questões identitárias de grupos marginalizados, que permaneceram silenciados pela chamada história oficial. A segunda parte da tese centra-se no universo literário e analisa alguns dos principais aspetos que caracterizam o romance histórico contemporâneo enquanto género narrativo. A primeira metade desta secção sublinha a forma como os autores de romances históricos tendem a focar a sua atenção na interação entre indivíduos e grupos sociais. Significativamente, os romances históricos contemporâneos apresentam, na generalidade, narrativas que se enquadram nos conceitos de micro-história (Carlo Ginzburg, 1976) e contra-história. Neste contexto, o termo contra-história designa as narrativas que procuram revelar histórias que haviam sido ignoradas pelo poder instituído. Para os escritores atuais, o questionamento do modo como o passado é lembrado no quadro das políticas governamentais permite a discussão sobe a relação entre o passado e o presente; ao mesmo tempo, a escolha destes temas pressupõe a assunção de uma dimensão política, que se encontra inscrita no género do romance histórico desde a sua origem. Para esclarecer os principais contornos da relação entre histórias individuais e destinos coletivos será comentado o ensaio I Destini Generali (2015), de Guido Mazzoni. Na segunda metade esta secção é traçada uma breve genealogia do género romance histórico nas últimas décadas. São brevemente discutidos os estudos de Linda Hucheon, Historiographic Metafiction (1988), e de Amy Elias, Metahistorical Romance (2001), ao mesmo tempo que se comenta o “New Historicism”, de Stephen Greenblatt (S. Greenblatt, C. Gallagher, Practicing New Historicism, 2000), enquanto proposta crítica herdeira da teorização de Hayden White (Metahistory, 1973). A partir da leitura elaborada por Greenblatt da teorização de Clifford Geertz (The Interpretation of Culture, 1973), muitos autores construíram uma visão da ficção histórica como forma de “comunicação com os mortos”, uma espécie de necromancia que parece imbuir muitas das narrativas históricas das últimas décadas, preocupadas em refazer uma ligação entre o presente e as vozes do passado. Os autores destas obras usam documentos de arquivo e fotografias de família para complementar as suas narrativas, e assim surge a questão quanto à distinção entre factos e ficção, ou entre o acontecido e o ficcionado. O romance histórico contemporâneo parece estar a marcar uma importante inflexão no sentido das narrativas factuais ou não-ficcionais, criando espaço para formas híbridas como o “docu-drama”, a metaficção ou a “facto-ficção”, em que as duas dimensões interagem de modo frutífero. Uma das principais características deste género literário é a modulação da voz narrativa. Para apreciar esta questão, serão comentados dois romances representativos de diferentes maneiras de jogar com as vozes dos narradores: Les Bienveillantes (2006), de Jonathan Littell, e Le Variazioni Reinach (2005/2015), de Filippo Tuena. Outro aspeto aqui analisado é a relação entre o romance familiar e o romance histórico. Ambos os géneros parecem estar atualmente numa fase de renascimento, ganhando o interesse tanto do público leitor e como da crítica especializada. Adicionalmente, ambos os géneros se caracterizam por explorar o problema da relação com o passado, e implicam o uso de processos estilísticos semelhantes, como a auto-ficção ou a definição de personagens em busca de familiares desaparecidos com recurso a informação de arquivo. Ao identificar as relações entre romances históricos e romances familiares, verifica-se em que medida os Estudos de Memória podem ajudar a melhor compreender a presença deste tipo de narrativas, especialmente no panorama literário europeu. A terceira e última parte da tese contempla a análise de três romances: El Monarca de las Sombras, de Javier Cercas (2017), Le rondini di Montecassino, de Helena Janeczek (2010), e 4321, de Paul Auster (2017). A análise sublinha o modo como os autores desenvolveram estratégias narrativas destinadas a criar uma ligação entre o passado histórico e o momento presente, e também entre as histórias individuais e os destinos coletivos. O primeiro romance analisado é El Monarca de las Sombras, de Javier Cercas. A narrativa acompanha as tentativas do narrador, que se apresenta como uma versão ficcional do próprio Cercas, para descortinar a história de vida de um seu antepassado; trata-se de um tio da sua mãe, chamado Manuel Mena, que faleceu com apenas dezanove anos como combatente nacionalista durante a Guerra Civil de Espanha. O romance é interpretado segundo a perspetiva da pós-memória, no quadro da teorização proposta por Marianne Hirsch no início da década de 1990. Esta teoria procura abordar o modo como o trauma de outras pessoas tem o poder de influenciar as vidas dos indivíduos, mesmo muito tempo depois da ocorrência dos eventos traumáticos. O conceito de pósmemória poderá ser usado para descrever as formas mediadas, muitas vezes artísticas, como o conhecimento do trauma pode ser transmitido, inclusivamente por aqueles que não viveram na pele esse trauma. No caso do romance de Cercas, a pós-memória permite esclarecer a relação do autor com a sua história de família. O segundo romance estudado é Le rondini di Montecassino, de Helena Janeczek. A narrativa parte da descoberta, pela autora, da mentira que lhe havia sido contada pelo pai durante toda a vida. Após a morte deste, Janeczek descobre que o seu apelido é falso, e resulta de uma mentira contado pelo seu pai a um oficial alemão durante a fuga da Polónia, para ocultar a sua origem judaica. Por outro lado, a autora descobre também que o seu pai lhe havia mentido sobre a participação na Batalha de Montecassino, durante a Segunda Guerra Mundial. No romance, Janeczek usa múltiplas vozes, incluindo a sua própria, para criar uma contra-narrativa da Batalha de Montecassino, de maneira a integrar as histórias daqueles que foram silenciados pelos relatos oficiais. Janeczek mistura a sua voz com as vozes ficcionais de personagens construídas a partir de informação recolhida nos arquivos. Essas personagens pertencem a minorias no âmbito do Exército Aliado, como sejam os Maori da Nova Zelândia, ou os soldados polacos do general Anders. Ao adotar esta perspetiva, a autora segue a proposta teórica apresentada por Michael Rothberg no seu ensaio Multidirectional Memory (2009). Rothberg refere que a esfera pública tende a ver as diferentes memórias coletivas como sendo opostas entre si, e estando numa luta por reconhecimento que necessariamente deixa algum grupo na sombra. Ao propor a consideração da memória como um fenómeno multidirecional, Rothberg procura alterar o quadro conceptual de forma a admitir a coexistência de diferentes memórias coletivas: através da mistura e do encadeamento de memórias será possível chegar a um melhor entendimento dos conflitos políticos e perceber como cada história está implicada em todas as outras. No romance de Janeczeck, este objetivo concretiza-se através da construção de uma voz metaficcional que vai refletindo, por um lado, sobre o modo como as histórias individuais ecoam o grande panorama histórico e, por outro lado, sobre o papel da ficção na elaboração narrativa da História. O terceiro e último romance analisado é 4321, de Paul Auster (2017). Embora consideravelmente diferente dos outros dois casos de estudo, este romance oferece um ponto de vista distinto e relevante sobre o tópico em análise, a saber, a luta dos indivíduos para se afirmarem perante o devir histórico. O romance de Auster constrói-se a partir de quatro versões diferentes da vida do mesmo protagonista, Archie Ferguson, cuja evolução é apresentada da infância à idade adulta. A história de Archie Ferguson começa de facto muito antes do seu nascimento: o romance abre com a chegada do seu avô à América, no dia 1 de Janeiro de 1900, e embora a história de Ferguson termine formalmente em 1971, a narrativa continua até 1974, e o romance fecha com a tomada de posse de Ned Rockefeller como vice-presidente dos EUA. A principal questão abordada neste romance prende-se com a representação do modo como as circunstâncias e os eventos inesperados influenciam a construção de identidades individuais. Na categoria do inesperado estão os acontecimentos históricos que ocorrem à revelia de qualquer controlo por parte dos indivíduos. No romance de Auster, todas as quatro vidas de Archie Ferguson decorrem paralelamente à História e estão marcadas pela sua presença próxima. Embora Ferguson compreenda perfeitamente o que está a acontecer à sua volta, escolhe não participar ativamente nos acontecimentos históricos do seu tempo. Ao contrário das personagens dos romances de Cercas e de Janeczek, o protagonista de Auster escolhe virar as costas aos grandes eventos que o rodeiam e ser apenas um observador da história em curso. A decisão de estudar o romance histórico contemporâneo decorre da convicção de que este género suscita algumas das mais interessantes questões recentemente formuladas tanto no campo literário como na esfera pública. Ao analisar romances históricos, discutem-se problemáticas tão diversas quanto a dialética entre facto e ficção, o ressurgimento da narrativa épica, o papel da memória do passado na perspetivação do futuro, ou o modo como a sociedade em geral pode lidar com as legítimas preocupações das minorias. Em conclusão, argumenta-se que o romance histórico como género está em evolução no sentido de estabelecer uma relação cada vez mais empenhada com a esfera pública, contribuindo para suscitar questões morais que obrigam o leitor a ponderar sobre a sua possibilidade de agir no mundo real. Esta é inegavelmente uma perspetiva de particular relevância no contexto geopolítico do mundo ocidental neste início do século XXI.

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Nas últimas décadas os Sistemas de Informação Geográfica (SIG) têm emergido como ferramentas e metodologias indispensáveis em diversas áreas como o planeamento e ordenamento do território, urbanismo, demografia, economia, sociologia, saúde pública, ambiente, entre outros. No entanto existe um número limitado de casos de estudo relevantes da utilização deste tipo de metodologia em áreas e instituições relacionadas com o apoio e solidariedade social. É Neste contexto, e na necessidade de conferir uma maior inteligibilidade ao fenómeno do envelhecimento populacional na cidade de Lisboa, que surge o Projecto de Implementação de um Sistema de Informação Geográfica (SIG) no Observatório do Envelhecimento (OE) da Direcção de Acção Social (DIAS) da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa (SCML). O presente Relatório de Estágio, enquadrado no Mestrado em Gestão de Território e Urbanismo do Instituto de Geografia e Ordenamento do Território (IGOT), pretende reportar e efectuar uma análise crítica às actividades desenvolvidas no âmbito do Projecto e do Estágio, entre Abril de 2008 a Dezembro do mesmo ano. Pretende-se ainda contribuir para o fortalecimento dos SIG na SCML através de sugestões e recomendações para aplicações futuras deste tipo de metodologia na Instituição, desenvolvidas exclusivamente para o presente Relatório de Estágio, como: a realização de um estudo de aptidão territorial para a construção de um novo equipamento da SCML; e o desenvolvimento de uma aplicação WebSIG, o Atlas Digital do Envelhecimento na Cidade de Lisboa. Este Projecto teve como objectivo dotar a SCML de funcionalidades das bases de dados geográficas, como por exemplo, associar a localização de pessoas, serviços ou equipamentos, às suas características. A adopção de uma metodologia de trabalho apoiada num SIG na SCML contribuiu não só para um melhor conhecimento da distribuição geográfica da realidade social do envelhecimento, dos estabelecimentos e serviços, mas também para uma visão prospectiva territorializada sobre a evolução das dinâmicas sociais, nomeadamente o fenómeno do envelhecimento e do esforço necessário da intervenção da SCML para acompanhar a satisfação das necessidades das pessoas idosas na cidade. O conhecimento da localização actual e futura dos utentes e das acessibilidades a recursos e serviços da SCML, representa uma mais-valia para a instituição no quadro da sua missão. No âmbito do Projecto foram ainda elaborados três estudos/produtos, com direito de publicação pela SCML: o Estudo de Caracterização sobre o Envelhecimento; o Atlas do Envelhecimento da Cidade de Lisboa; e o Guião Metodológico. No presente Relatório de Estágio pretende-se debater as questões relacionadas com o fenómeno do envelhecimento no geral, e em particular, a sua expressão na cidade de Lisboa, no contexto das actividades desenvolvidas durante o estágio realizado no âmbito do Projecto de Implementação do SIG na SCML.

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