Repositório RCAAP
Hemodynamic monitoring devices to predict fluid responsiveness in septic shock : a systematic review
A monitorização hemodinâmica é um dos pilares da Medicina Intensiva que fornece informação útil sobre o estado do sistema cardiovascular do doente. A medição do débito cardíaco de um doente em choque permite a avaliação de outras variáveis importantes como a entrega de oxigénio e a perfusão tecidular. A abordagem inicial do doente em choque séptico consiste, entre outras atitudes, na ressuscitação hemodinâmica com bólus de fluídos. No entanto, nas fases seguintes do tratamento é necessário avaliar a necessidade de expansão de volume. O objetivo principal desta revisão narrativa é descrever os métodos de monitorização hemodinâmica utilizados atualmente e destacar as principais indicações e limitações de cada aparelho. A base de dados utilizada durante a pesquisa bibliográfica foi o Pubmed, tendo sido selecionados 73 artigos. Nesta revisão são mencionados vários métodos, incluindo o cateter arterial pulmonar, técnica de termodiluição transpulmonar, ecocardiograma, análise de contorno do pulso arterial, bioimpedância e bioreactância. A capacidade destes aparelhos determinarem a condição fluidorespondedora em doentes com choque séptico é discutida durante todo o trabalho. Os parâmetros dinâmicos, incluindo a variação da pressão de pulso e a variação do volume sistólico obtidos através da análise de contorno de pulso, são considerados bons preditores da condição fluidorespondedora. Pelo contrário, variáveis estáticas como a pressão venosa central podem ser utilizadas como indicadores da pré-carga, mas não preveem se o débito cardíaco vai aumentar em resposta a um bólus de fluídos. Os médicos devem conhecer os mecanismos básicos por detrás destes aparelhos, de modo a utilizá-los de forma correta, prevenindo assim possíveis consequências decorrentes da administração excessiva de fluidos. A criação de protocolos sobre métodos de monitorização pode contribuir para uniformizar a abordagem inicial.
Caracterização do tema da aquacultura na imprensa regional insular portuguesa entre 2015 e 2019
A forma como os media relatam os eventos relacionados com a aquacultura pode influenciar o modo como esta é percecionada pelo público e afetar o seu sucesso no mercado económico. Neste estudo, foi realizada uma caracterização de artigos publicados online por dois jornais regionais da Madeira e dois dos Açores, num intervalo de 5 anos (2015 a 2019). Para cada notícia, foi feita uma avaliação ao nível 1) do âmbito geográfico; 2) dos principais tópicos identificados; 3) dos atores com acesso ao debate; e, por fim, 4) do tom geral do artigo (enquadramento risco/benefício). No total, foram analisados 213 artigos provenientes dos jornais madeirenses (n=188) e açorianos (n=25). Nos Açores, a aquacultura encontra-se ainda numa fase de desenvolvimento inicial, sendo maioritariamente enquadrada como uma atividade geradora de benefícios para a Região. Já na Madeira, a ocorrência de um evento trigger, no ano de 2018, contribuiu para uma mudança no volume de artigos publicados e na forma como a aquacultura foi enquadrada pelos media. As notícias passaram a relatar eventos principalmente de âmbito local, a conferir uma maior participação mediática às comunidades locais e a descrever a aquacultura num tom mais negativo. Os temas Política e Economia mantiveram-se como temas principais, tendo também sido registado um grande incremento na relevância dos assuntos relativos a impactes sociais, ambientais e paisagísticos. Estes resultados divergem dos resultados obtidos em estudos de media de outras regiões do mundo, onde se verifica uma maior preocupação mediática em expor assuntos não só políticos e económicos, mas também relativos a ambiente e segurança alimentar. Contudo, a perceção pública sobre a aquacultura não depende exclusivamente do modo como esta é enquadrada pelos media, tornando-se também relevante a realização de questionários e entrevistas à população e a melhoria das vias de comunicação entre as diferentes partes interessadas.
2025-10-28T12:28:59Z
Machado, Patrícia Helena Carneiro Batista
Psychological and behavioral adjustment in female youths with high or low psychopathic traits
The aim of the present study was to analyze the role of psychopathic traits in female juvenile delinquency. Using a sample of 236 young females from the Juvenile Detention Centers of the Portuguese Ministry of Justice and schools in the Lisbon area, a group of female youths with high psychopathic traits (n=118; M=15.84 years of age; range=14-18 years of age) and a group of female youths with low psychopathic traits (n=118; M=15.77 years of age; range=14-18 years of age) were formed based on the Portuguese version of the Antisocial Process Screening Device-Self-report (APSD-SR). The results showed that young females with high psychopathic traits start engaging in criminal activities and come into contact with the justice system earlier in life; exhibit higher levels of behavioral problems, conduct disorder, delinquent behaviors and serious criminality; and demonstrate lower levels of self-esteem and pro-social behavior. The importance of some variables in predicting group membership (high versus low psychopathic traits) was established through a binary logistic regression. Our findings reinforce the importance of the psychopathy construct for the early identification of potentially high-risk female youths and for the assessment of female youths who have already come into contact with the judicial system.
2025-10-28T12:14:55Z
Pechorro, Pedro Santos Poiares, Carlos Alberto Vieira, Rui Xavier Marôco, João Nunes, Cristina de Jesus, Saul Neves
Surgical management of cavernous malformation of the optic nerve with canalicular extension
Background: Cavernous malformations arising in a single optic nerves paring the chiasm (intracranial prechiasmatic optic nerve) and expanding into the optic canal are extremely rare lesions. Published series or case reports regarding the surgical removal of these vascular malformations within this specific location are scarce. Case description: We present the first case to be published, of an intracranial optic nerve cavernous malformation with a contiguous canalicular component that was totally and successfully removed through a microsurgical pterional approach with excellent clinical outcome. Conclusion: This pathology should always be considered in the differential diagnosis of optic neuropathy and visual loss. Early detection and surgical proposal are mandatory, warranting the prevention of permanent damage to visual pathways. Radical resection is challenging, but usually curative and associated with favorable visual outcomes.
2025-10-28T12:19:23Z
Gonçalves, Vitor M. Gonçalves, Victor
Dendritic cells control fibroblastic reticular network tension and lymph node expansion
After immunogenic challenge, infiltrating and dividing lymphocytes markedly increase lymph node cellularity, leading to organ expansion. Here we report that the physical elasticity of lymph nodes is maintained in part by podoplanin (PDPN) signalling in stromal fibroblastic reticular cells (FRCs) and its modulation by CLEC-2 expressed on dendritic cells. We show in mouse cells that PDPN induces actomyosin contractility in FRCs via activation of RhoA/C and downstream Rho-associated protein kinase (ROCK). Engagement by CLEC-2 causes PDPN clustering and rapidly uncouples PDPN from RhoA/C activation, relaxing the actomyosin cytoskeleton and permitting FRC stretching. Notably, administration of CLEC-2 protein to immunized mice augments lymph node expansion. In contrast, lymph node expansion is significantly constrained in mice selectively lacking CLEC-2 expression in dendritic cells. Thus, the same dendritic cells that initiate immunity by presenting antigens to T lymphocytes also initiate remodelling of lymph nodes by delivering CLEC-2 to FRCs. CLEC-2 modulation of PDPN signalling permits FRC network stretching and allows for the rapid lymph node expansion--driven by lymphocyte influx and proliferation--that is the critical hallmark of adaptive immunity.
2025-10-28T12:12:12Z
Acton, Sophie E. Farrugia, Aaron J. Astarita, Jillian L. Mourão-Sá, Diego Jenkins, Robert P. Nye, Emma Hooper, Steven van Blijswijk, Janneke Rogers, Neil C. Snelgrove, Kathryn J. Rosewell, Ian Moita, Luis Stamp, Gordon Turley, Shannon J. Sahai, Erik Reis e Sousa, Caetano
Left ventricular outflow tract obstruction as a primary phenotypic expression of hypertrophic cardiomyopathy in mutation carriers without hypertrophy
The late and incomplete penetrance that characterizes hypertrophic cardiomyopathy (HCM), combined with the relatively low – 40–50% – yield of genetic testing, has stimulated the search for markers of early disease in “pre-hypertrophic” relatives of index patients. The main suggested aims of those markers are to identify relatives at risk of developing HCM in families where a causal mutation is not identified, or to predict the risk of developing disease in carriers of a causal mutation in a non-hypertrophic stage. The clinical value of identifying these markers remains to be validated. We describe a possible novel and clinical relevant marker of this subclinical/pre-hypertrophic stage, as we report two pathogenic mutation carriers without hypertrophy, where a significant latent left ventricular outflow tract (LVOT) gradient was identified by treadmill stress echocardiography.
2025-10-28T12:16:07Z
Lopes, Luis Cotrim, Carlos Cruz, Inês Picano, Eugenio Pinto, Fátima Pereira, Hélder
TypOn: the microbial typing ontology
Bacterial identification and characterization at subspecies level is commonly known as Microbial Typing. Currently, these methodologies are fundamental tools in Clinical Microbiology and bacterial population genetics studies to track outbreaks and to study the dissemination and evolution of virulence or pathogenicity factors and antimicrobial resistance. Due to advances in DNA sequencing technology, these methods have evolved to become focused on sequence-based methodologies. The need to have a common understanding of the concepts described and the ability to share results within the community at a global level are increasingly important requisites for the continued development of portable and accurate sequence-based typing methods, especially with the recent introduction of Next Generation Sequencing (NGS) technologies. In this paper, we present an ontology designed for the sequence-based microbial typing field, capable of describing any of the sequence-based typing methodologies currently in use and being developed, including novel NGS based methods. This is a fundamental step to accurately describe, analyze, curate, and manage information for microbial typing based on sequence based typing methods.
2025-10-28T12:11:16Z
Vaz, Cátia Francisco, Alexandre P. Silva, Mickael Jolley, Keith A. Bray, James E. Pouseele, Hannes Rothganger, Joerg Ramirez, Mário Carrico, Joao Andre
Computer simulations reveal complex distribution of haemodynamic forces in a mouse retina model of angiogenesis
There is currently limited understanding of the role played by haemodynamic forces on the processes governing vascular development. One of many obstacles to be overcome is being able to measure those forces, at the required resolution level, on vessels only a few micrometres thick. In this paper, we present an in silico method for the computation of the haemodynamic forces experienced by murine retinal vasculature (a widely used vascular development animal model) beyond what is measurable experimentally. Our results show that it is possible to reconstruct high-resolution three-dimensional geometrical models directly from samples of retinal vasculature and that the lattice-Boltzmann algorithm can be used to obtain accurate estimates of the haemodynamics in these domains. We generate flow models from samples obtained at postnatal days (P) 5 and 6. Our simulations show important differences between the flow patterns recovered in both cases, including observations of regression occurring in areas where wall shear stress (WSS) gradients exist. We propose two possible mechanisms to account for the observed increase in velocity and WSS between P5 and P6: (i) the measured reduction in typical vessel diameter between both time points and (ii) the reduction in network density triggered by the pruning process. The methodology developed herein is applicable to other biomedical domains where microvasculature can be imaged but experimental flow measurements are unavailable or difficult to obtain.
2025-10-28T12:11:30Z
Bernabeu, Miguel O. Jones, Martin Nielsen, Jens H. Krüger, Timm Nash, Rupert W. Groen, Derek Schmieschek, Sebastian Hetherington, James Gerhardt, Holger Franco, Claudio Coveney, Peter V.
Estimation of kinetic parameters related to biochemical interactions between hydrogen peroxide and signal transduction proteins
The lack of kinetic data concerning the biological effects of reactive oxygen species is slowing down the development of the field of redox signaling. Herein, we deduced and applied equations to estimate kinetic parameters from typical redox signaling experiments. H2O2-sensing mediated by the oxidation of a protein target and the switch-off of this sensor, by being converted back to its reduced form, are the two processes for which kinetic parameters are determined. The experimental data required to apply the equations deduced is the fraction of the H2O2 sensor protein in the reduced or in the oxidized state measured in intact cells or living tissues after exposure to either endogenous or added H2O2. Either non-linear fittings that do not need transformation of the experimental data or linearized plots in which deviations from the equations are easily observed can be used. The equations were shown to be valid by fitting to them virtual time courses simulated with a kinetic model. The good agreement between the kinetic parameters estimated in these fittings and those used to simulate the virtual time courses supported the accuracy of the kinetic equations deduced. Finally, equations were successfully tested with real data taken from published experiments that describe redox signaling mediated by the oxidation of two protein tyrosine phosphatases, PTP1B and SHP-2, which are two of the few H2O2-sensing proteins with known kinetic parameters. Whereas for PTP1B estimated kinetic parameters fitted in general the present knowledge, for SHP-2 results obtained suggest that reactivity toward H2O2 as well as the rate of SHP-2 regeneration back to its reduced form are higher than previously thought. In conclusion, valuable quantitative kinetic data can be estimated from typical redox signaling experiments, thus improving our understanding about the complex processes that underlie the interplay between oxidative stress and redox signaling responses.
2025-10-28T12:18:41Z
Brito, Paula Antunes, Fernando
Vinculação conjugal e estilos parentais em pais de filhos com e sem deficiência visual
A presente investigação pretende analisar e comparar a vinculação conjugal e os estilos parentais em pais de filhos com e sem deficiência visual. Para isso foram aplicados o questionário Experiências em Relações Próximas (Brennan, Clark & Shaver, 1998; adaptação de Campos, 1998) e o Questionário de Dimensões e Estilos Parentais (Robinson, Mandleco, Olsen & Hart, 2001; adaptação Carapito, Pedro & Ribeiro, 2007) a uma amostra de 44 pais de filhos sem deficiência visual e a 30 pais de filhos com deficiência visual, residentes em Portugal. Os resultados demonstram que existem diferenças estatisticamente significativas em relação à vinculação conjugal e aos estilos parentais entre as mães que têm filhos com deficiência visual e as mães que não têm filhos com deficiência visual. Não se encontraram diferenças estatisticamente significativas em relação aos pais. Verificou-se também, que o estilo de vinculação está positiva e moderadamente relacionado com o estilo parental.
The neurotrophic factor receptor RET drives haematopoietic stem cell survival and function
Haematopoiesis is a developmental cascade that generates all blood cell lineages in health and disease. This process relies on quiescent haematopoietic stem cells capable of differentiating, self renewing and expanding upon physiological demand. However, the mechanisms that regulate haematopoietic stem cell homeostasis and function remain largely unknown. Here we show that the neurotrophic factor receptor RET (rearranged during transfection) drives haematopoietic stem cell survival, expansion and function. We find that haematopoietic stem cells express RET and that its neurotrophic factor partners are produced in the haematopoietic stem cell environment. Ablation of Ret leads to impaired survival and reduced numbers of haematopoietic stem cells with normal differentiation potential, but loss of cell-autonomous stress response and reconstitution potential. Strikingly, RET signals provide haematopoietic stem cells with critical Bcl2 and Bcl2l1 surviving cues, downstream of p38 mitogen-activated protein (MAP) kinase and cyclic-AMP-response element binding protein (CREB) activation. Accordingly, enforced expression of RET downstream targets, Bcl2 or Bcl2l1, is sufficient to restore the activity of Ret null progenitors in vivo. Activation of RET results in improved haematopoietic stem cell survival, expansion and in vivo transplantation efficiency. Remarkably, human cord-blood progenitor expansion and transplantation is also improved by neurotrophic factors, opening the way for exploration of RET agonists in human haematopoietic stem cell transplantation. Our work shows that neurotrophic factors are novel components of the haematopoietic stem cell microenvironment, revealing that haematopoietic stem cells and neurons are regulated by similar signals.
2025-10-28T12:09:22Z
Fonseca-Pereira, Diogo Arroz-Madeira, Sílvia Rodrigues-Campos, Mariana Barbosa, Ines A. M. Domingues, Rita G. Bento, Teresa Almeida, Afonso Ribeiro, Hélder Potocnik, Alexandre J. Enomoto, Hideki Veiga-Fernandes, Henrique
Ambient / Non-places
Art finds itself infinitely connected to technology, or on an even deeper level, humanity itself is dependent on technology. Limitation engenders creativity, our abilities raised to new levels thanks to development born of necessity. Technology provides an ever-faster advancement of our lives, or lifecycle, transitional spaces in our suddenly changing everyday lives, brought about by the most advanced weapons of mass destruction and the accelerating speed of information. The attention market in which we live makes all information eternal, filed and sung by the “bards of the internet”, but also ephemeral. Among thousands of data produced and exposed in a continuous timeline that gives them explosive live for mere seconds, until the inevitable drag caused by the continuous production of the posts cycle. A constant input of stimuli puts us in virtual reality, a digital world that covers our reality. With this work, I seek to investigate the relationship between technology and the human, the image and the physical space, as this affected my personal development and my artistic work. From my first contact with technology during my formative years, my thinking and methods influenced until the culmination in the artistic project that I also present and explore here. A video installation project based on the appropriation and modification of existing images through processes digital that make them unrecognizable, and that translates into a fusion between physical and technological, between the real and the virtual world. How genuine are these experiences? Is there a separation between a virtual simulation and the reality that is experienced? What is the nature of image in a digital world? In the present work, we study and reflect on these issues.
2025-10-28T12:28:20Z
Valverde, Ricardo António Sargento
Quantifying joint behavioral states in zebrafish (Danio rerio) dyadic contests through interpretable variables
O comportamento animal é uma área fascinante do ponto de vista físico, no entanto ainda existem vários desafios associados à construção de modelos ou ao desenvolvimento de teorias do comportamento em física. Um dos desafios é desenvolver modelos diretamente dos dados, eliminando o viés antropocêntrico que existe na definição de estados comportamentais. Um bom exemplo da complexidade associada ao comportamento pode ser encontrado em interações sociais, nomeadamente interações agonistas entre peixes-zebra (Danio rerio). Estas interações são bem compreendidas e estereotípicas, e existem catálogos a descrever os estados comportamentais associados a cada fase da interação. Isto e a versatilidade genética a que o peixe zebra se encontra associado, tornam esta interação ideal para o nosso estudo. O nosso objetivo principal consiste na tentativa de derivar um conjunto de estados comportamentais diretamente a partir dos dados experimentais obtidos, sendo estes estados definidos para o conjunto, e não individualmente. Fazemos isso sob a assunção de em interações sociais, estados comportamentais dependem dos elementos envolvidos nessa interação (neste caso, são peixes-zebra) e que esta não é completamente descrita, exceto se levar ambos em conta simultaneamente. Os dados são esqueletos tridimensionais dos 2 peixes-zebra num volume. O processo de aquisição desses dados consiste na aquisição de imagens em 3 planos bidimensionais com câmaras de alta definição, e um pipeline de processamento, que combina várias redes neuronais para a identificação de pontos corporais, a atribuição de identidade temporal aos peixes envolvidos, e a interpolação das imagens nos diferentes planos. Este processo permite a conversão de vários vídeos em sinais temporais que podem ser manipulados e processados de forma adequada. Usamos variáveis interpretáveis, no caso, a distância, os alinhamentos de direcção e aceleração, e os ritmos de batimento de cauda. Essas variáveis embora sejam simples, podem dizer bastante informação sobre a natureza do comportamento, sendo úteis numa exploração inicial. Definimos estados comportamentais compostos (colecção de vários comportamentos efectuados pelos peixes ao longo de um determinado período de tempo) e exploramos a dinâmica de uma luta nesta descrição simplificada. O sistema que resulta das variáveis definidas possui 6 dimensões, projectamos esse sistema para um plano bidimensional para melhor análise. Efectua-se um histograma das novas variáveis, e ter uma estimativa da densidade de probabilidade através da convolução do mesmo com uma gaussiana bidimensional. Detecta-se os picos de densidade, que neste sistema podem ser interpretados como estados comportamentais. Com essa descrição é possível gerar uma sequência simbólica que representa a dinâmica da interacção como sendo a transição entre vários estados comportamentais discretos. Constrói-se uma matriz que representa a transição entre os vários estados, e por decomposição espectral pode-se observar o comportamento dos valores próprios em função do número de transições e é possível decompor os estados em vários conjuntos através dos vectores próprios, cuja dinâmica entre eles é representada pelo valor próprio associado. Através da sequência simbólica é possível uma descrição da interacção entre os elementos, tendo inclusive informação sobre a escala temporal associada à dinâmica entre esses estados. Ao associar os clusters aos diferentes estados comportamentais compostos definidos previamente, é possível ver que certos clusters se encontram associados, e apresenta uma certa estrutura, que pode ser representativa da dinâmica real. Também é possível determinar a escala temporal de interações entre diferentes conjuntos de clusters. Foi possível determinar que os comportamentos ocorrem em escalas temporais maiores do que a escala típica para processo de Markov, e a escala temporal mais elevada se encontra associada a transição entre estados associados à agressão entre o par, e estados associados aos períodos entre lutas. Mostramos que é possível obter uma estrutura comportamental da luta entre dois peixes-zebra utilizando as variáveis simples que definimos. Isto é um framework que permite explorar a dinâmica da sua interação em maior detalhe, a utilizar variáveis ou representações mais precisas, que podem não ser interpretáveis.
2025-10-28T12:17:32Z
Almada, Rafael Franco Freire Rocha
Aplicação móvel "Roteiro Entre-Marés"
Este relatório descreve o desenvolvimento da aplicação móvel em Android com o nome de “Roteiro Entre-Marés”, que será utilizada pelos visitantes da Área Marinha Protegida das Avencas e do Sapal da Ria Formosa, apresentando-lhes vários tipos de conteúdos multimédia e desafios interactivos que devem ser cumpridos muitas vezes nos próprios locais, de forma a promover de maneira interactiva o conhecimento acerca dos oceanos e a riqueza biológica presentes nestes locais. Apesar desta aplicação poder ser utilizada por qualquer faixa etária, existe um maior foco na sua utilização por parte de alunos e professores em contexto de aprendizagem, durante as suas visitas de estudo “ao terreno”. Os conteúdos e os desafios apresentados na aplicação foram construídos de forma a estabelecer e fortificar a conexão entre os conceitos aprendidos em sala de aula e a realidade. Dos desafios propostos na aplicação, fazem parte algumas actividades que testam o conhecimento dos utilizadores em relação aos conteúdos aprendidos, e algumas que os obrigam a olhar à sua volta e a interagir directamente com o que o meio que os rodeia. Para além dos conteúdos teóricos e desafios apresentados, é também possível a captura, por parte do utilizador, de “artefactos virtuais”, tenham estes a forma de texto, imagem, vídeo ou áudio. A aplicação também suporta a partilha destes artefactos entre os membros de uma turma, sem qualquer acesso a bases de dados remotas. Depois da publicação da aplicação, foram organizadas sessões de testagem para avaliar a usabilidade da solução. Nestas sessões, os participantes realizaram algumas tarefas através da aplicação e responderam posteriormente a um questionário constituído por algumas perguntas de resposta à escala de Likert e por algumas de resposta aberta. Os resultados destas sessões e destes questionários foram bastante positivos.
Museus e exposições de Van Gogh nos Países Baixos : análise aos programas museológicos e projetos museográficos
This dissertation, designed to obtain a Master's degree in Museology, conducts a theoretical survey about museology in the Netherlands, with the goal of understanding the strategies that this country has developed in relation to the various successful museums linked to Van Gogh. The museum language and its main museographic communication techniques in an exhibition room was thoroughly understood. A simple diagram was drawn up with the necessary elements to read these museums. For the analysis, the Dutch painter Van Gogh (1853-1890) was selected. A deep biographical survey of his life was made, referring to the period in which he lived in Holland (1853-1885). In this way, his journey in his homeland was mapped. Due to the high popularity of the painter, several museums, which were established in places where he resided, were created throughout the Netherlands. For this dissertation, eight museums in the Netherlands and a traveling exhibition dedicated to the life and work of Van Gogh were selected.Four of these museums have authentic works by Van Gogh in their collection. Thus, an analysis of the museological program and museographic project of the following institutions was made: Van Gogh Huis Museum in Zundert, Van Gogh Kerk Museum in Etten-Leur, Vincentre Museum in Nuenen, Salon Nune Ville Museum in Nuenen, Het Noordbrabants Museum in Den Bocsh, Museum Rijksmuseum Kröller-Müller in Otterlo, Museum Rijksmuseum in Amsterdam and Van Gogh Museum in Amsterdam. The museographic project of the Experience Meet Vincent van Gogh Traveling Exhibition was also analyzed. This extensive analysis seeks to answer the question: what kind of museology is currently practiced in the Netherlands? and also the question: Which museological and museographic techniques are most effective in the practice and presentation of the work and life of this post-impressionist painter?
Transfer and persistence of DNA on drug wrappings
A área da genética é responsável pelo estudo da transmissão e expressão dos genes. Na população humana, existe uma imensa diversidade genética. Esta variabilidade genética permite o uso da técnica de análise de perfis de DNA por geneticistas forenses. Um perfil de DNA consiste no conjunto de genótipos de múltiplos loci. A análise de perfis de DNA é utilizada na identificação de indivíduos. O perfil de DNA pode ligar um individuo específico a uma amostra recuperada numa cena de crime. Dos diversos marcadores de DNA existentes, o mais indicado para se utilizar na análise de perfis de DNA são os STR, Short Tandem Repeat. Estes correspondem às características necessárias para este tipo de análise: são extremamente polimórficos, são de fácil caraterização e permitem uma leitura simples dos perfis de DNA. A análise de amostras forenses é conhecida pelos seus desafios. Este tipo de amostras é suscetível a alterações analíticas devido a diversos fatores, desde a sua natureza biológica, substrato e contaminação. Estes fatores poderão afetar a qualidade do DNA e o resultado final da análise. Quando se realiza as análises a perfis de DNA existe uma elevada probabilidade de deteção de misturas de DNA. Estes perfis de DNA possuem mais de um contribuidor de DNA, possuindo múltiplos genótipos. Estas misturas de DNA acarretam uma dificuldade maior na análise deste tipo de perfil de DNA. EuroForMix é um programa de interpretação de misturas de DNA que facilita a análise de perfis de DNA, e fornece informação como o valor de Likelihood Ratio (LR) – medida que compara dois cenários e indica qual o mais provável. O DNA recolhido numa cena de crime deve ser analisado em diferentes níveis. Nesta dissertação estamos a estudar o nível de atividade, que diz respeito às questões de como e quando o vestígio foi depositado na cena de crime. Os mecanismos de DNA, transferência, persistência, prevalência e recuperação (DNA-TPPR) possuem um grande impacto na qualidade e quantidade de DNA. O DNA pode ser transferido, principalmente, por dois modos, transferência direta (primária) e por transferência indireta (secundária). O modo como o DNA foi transferido para a cena de crime possui consequências na interpretação do perfil de DNA. É importante ter em consideração a existência de ‘Background DNA’ e ‘Shedder Status’. ‘Background DNA’ corresponde a DNA que não está relacionado com o ato criminal, mas que está presente antes de o crime ocorrer. Este é inevitável e afeta a transferência de DNA. ‘Shedder Status’ corresponde à quantidade de DNA que nós depositamos quando tocamos num objeto, este fator é influenciado pelo género, idade, suor, doenças de pele e hábitos de cada pessoa. Determinados fatores possuem impacto na transferência DNA: o tipo de substrato do objeto, a origem do material biológico e o tipo de contacto entre as superfícies. A persistência do material biológico é afetada por fatores ambientais que podem acelerar o processo de degradação, pelo tipo de substrato do objeto e se o objeto é um objeto pessoal ou partilhado por diversas pessoas. A prevalência do DNA pode ser perturbada por diversas questões anteriormente mencionadas, como o ‘Background DNA’ e se o objeto é um objeto pessoal ou partilhado. A recuperação do DNA pode influenciar a qualidade dos resultados das análises futuras. A escolha do método mais adequado de recuperação é um fator importante. Os métodos mais utilizados são os esfregaços e a fita. Atualmente, em Portugal temos vindo a assistir um aumento dos números de casos relacionados com narcóticos, com apreensões cada vez maiores de estupefacientes. Este aumento também é uma realidade na Noruega, onde as taxas de casos de narcóticos têm vindo a aumentar nos últimos anos. Uma grande parte das amostras que vêm para os laboratórios forenses são embalagens de drogas para analisar e conectar a um potencial suspeito. O DNA tem sido contestado mais frequentemente em tribunal. Especificamente a atividade ou a altura dos acontecimentos que resultaram na transferência do DNA. Em muitos casos, a defesa dos suspeitos tenta dar uma explicação alternativa sobre como o DNA do suspeito foi transferido. Pois um perfil de DNA pode apenas fornecer informações sobre a identidade do dador, não diz como e quando ocorreu a deposição deste. O principal objetivo desta dissertação é obter um maior conhecimento sobre os mecanismos de transferência, persistência e recuperação de DNA, de modo que no futuro seja mais fácil para os cientistas forenses interpretar questões relacionadas com a atividade em casos relacionados com drogas. Foram realizados dois tipos de experiência: simulação de manuseamento de embalagens de droga e ‘Shedder status’. A simulação de manuseamento de embalagens de droga englobou três experiências diferentes: simulação de transferência direta (em que os participantes manusearam múltiplas vezes uma embalagem de droga); simulação de transferência indireta (participantes colocaram uma embalagem de droga numa mala previamente usada) e por último simulação do empacotamento de uma embalagem de droga (esta experiência realizou-se aos pares, em que o primeiro participantes manuseou o rolo de fita cola, e o segundo participante embalou um pedaço de cartão com o rolo de fita cola). Na experiência de determinação do ‘Shedder status’, os participantes manusearam três tubos de plástico em diferentes alturas. Os métodos utilizados para análise são os métodos padrão usados em laboratórios forenses. Após a recolhas das amostras através de esfregaços, foi utilizada a extração de DNA Chelex® 100 (Laboratórios Bio-Rad), seguido por quantificação através de PowerQuant® (Promega) e amplificação com Promega Fusion®6C Kit. Por último, a análise de fragmentos foi realizada no sistema de eletroforese capilar (CE). Na experiência de determinação do ‘Shedder status’ optou-se por realizar uma amplificação direta com Promega Fusion®6C Kit, em vez de se realizar a extração de DNA. A amplificação foi seguida pela realização de eletroforese capilar. Na primeira experiência em que os participantes manusearam diretamente as embalagens de droga, foi obtida a maioria dos perfis de DNA dos participantes. Na experiência de transferência secundária através da mala, foram obtidos perfis de DNA parciais e perfis nulos. Na experiência de simulação do empacotamento de uma embalagem de droga obteve-se misturas de perfis de DNA. Com base nos resultados da experiência de ‘Shedder status’, foi possível classificar os participantes em baixo, médio e alto ‘shedders’. Tendo em conta a classificação atribuída aos participantes, os resultados das experiências anteriores foram analisados. Na primeira experiência foi observada uma correlação entre os valores de LR e RFU (Relative Fluorescence Unit) obtidos e a classificação dos participantes, tal como na terceira experiência, empacotamento de uma embalagem de droga. Na segunda experiência, transferência secundária através da mala, não foi observada uma correlação entre os valores de LR e RFU e a classificação atribuída aos participantes. Em suma, observou-se uma maior deteção de DNA após transferência direta do que por transferência indireta. Foi mais frequentemente detetado o DNA do participante que realizou o empacotamento da droga do que o DNA do participante que manuseou o rolo de fita cola. Com base nos resultados obtidos foi possível classificar os participantes em baixo, médio e alto ‘shedders’, tendo sido, a maioria dos participantes, classificados como médio ‘shedders’. Os dados que foram obtidos nesta dissertação fornecem informação que pode ajudar os cientistas forenses na avaliação de questões relativas ao nível de atividade. Tendo em conta a base de dados, criada com os resultados obtidos, foi formulado um caso fictício, de forma a comprovar se a base de dados criada pode ajudar na análise de questões ao nível de atividade do vestígio depositado na cena de crime. Com este caso demonstramos que o valor de LR referente ao nível de atividade de um caso, pode ser calculado através da nossa base de dados.
2025-10-28T12:15:39Z
Faria, Sara Isabel Pereira de
Turismo Acessível Digital: Implementação de uma solução para Idosos
O turismo tem múltiplos benefícios para a saúde física e mental, em particular nos idosos, esta atividade revela-se promotora do envelhecimento ativo. Uma vez que existe uma crescente preocupação com a saúde no avançar da idade nas novas gerações de idosos, o turismo sénior é um setor que se encontra em crescimento. O crescimento do setor turístico encontra-se relacionado com a divulgação da oferta turística nas novas tecnologias. Atualmente em Portugal, tem-se assistido a um crescente interesse por parte dos idosos na utilização da internet. No entanto, olhando para a última década, o crescimento da utilização da internet no quotidiano por parte dos idosos não esta a acompanhar o crescimento do turismo, pelo que o potencial da divulgação turística na internet não esta a ser aproveitado na sua totalidade. Identificou-se uma carência de plataformas turísticas com informações de acessibilidade física disponíveis de um modo digitalmente acessível. Para colmatar este problema, desenvolveu-se o conceito ‘Passeatas’ com o objetivo de facilitar a pesquisa de locais com as características que o utilizador necessita permitindo agilizar o processo de planeamento de uma viagem. Para tal, reuniu-se numa só plataforma vários pontos de interesse turístico em diferentes locais do país, e através de um modelo pergunta resposta procurou-se criar uma ferramenta útil para quem pretende descobrir novos locais com características que vão ao encontro das suas necessidades. A plataforma foi pensada com grande foco no seu publico alvo, os idosos. Seguindo as recomendações de acessibilidade e usabilidade, procurou-se que cada detalhe fosse o mais intuitivo possível. Decidiu-se criar uma página web responsiva, para que se fosse acedida facilmente e se adaptasse aos ecrãs onde esta a ser visualizada. Foram feitos testes de avaliação automática da acessibilidade a plataforma e foi também feita a avaliação da usabilidade da mesma recorrendo a testes e entrevistas com potenciais utilizadores. Ambas as avaliações obtiveram parecer positivo. As entrevistas permitiram identificar pontos que permitem tornar a plataforma mais útil, complementando com informações relevantes para os idosos.
2025-10-28T12:13:33Z
Costa, Rita Manuela dos Santos da
A Study of Commonsense Reasoning with Language Models
Artificial Intelligence (AI) has gone through an increasing growth in the past decades, which in the present day translates to its usage in almost every sector of society. From its inception, AI pursues the reproduction of human intelligence. Currently, AI¬equipped devices are capable of solving particular problems within specific domains with varying degrees of success. The goal and hope is that the combination of these systems will eventually approximate human intelligence. This dissertation addresses a problem in Natural Language Processing (NLP), a central subfield of AI that aims to produce devices capable of handling human language for problems such as translation, parsing, commonsense reasoning, and others. Deep learning has fueled state¬of¬the¬art NLP research. The current most prominent methodology leverages large scale neural networks and large amounts of data to achieve outstanding performances. Recent research has started to uncover how these neural networks obtain state¬of¬the¬art results. In some cases the models appear to latch on to so called data artifacts, whether they sustain valid generalizations or not, which happen to minimize loss w.r.t. the training dataset distribution. Although this is generally the rationale behind a machine learning approach, it can be error inducing, as models can fail miserably when the distribution of the input data differs from the training data. Our work reported in this dissertation investigates whether models learn to perform commonsense reasoning, a cognitively demanding task inherent to the human experience, by resorting to such shortcuts. Five state¬of¬the¬art models of different major types are trained to perform four most prominent commonsense reasoning tasks. Models undergo stress testing with five additional tasks devised to provide hints of possible shortcut learning and of memorization. The results indicate that the models seem to be resorting to shortcut learning in three of the four commonsense reasoning tasks; they seem to be learning a different task from the one the data is meant to convey by relying on spurious patterns present in the dataset. For example, the trained models can pick the answer from a set of options without even being supplied with the question they are meant to answer. Further experimentation confirmed that this behavior could not be attributed to memorization. This behavior is worrisome, as the field measures progress by the capabilities of these models to perform these tasks, and show that their cognitive abilities are disappointingly still low, susceptible to simple deceptions in spite of the overwhelming good scores obtained under mainstream performance metrics. Parts of this work have passed peer review and were accepted for publication (Branco et al., 2021a,b).
Applying network theory to bat roosts to assess the impact of human-induced environmental stressors
Apesar dos custos energéticos associados a longas deslocações, várias espécies animais dependem de áreas espacialmente distantes para completar os seus ciclos de vida. Estes movimentos podem englobar grandes áreas, porém o espaço útil e intensamente utilizado é, em geral, muito mais reduzido. O conjunto das áreas intensamente utilizadas, a hierarquia de importância e as deslocações entre elas são importantes para o estudo da ecologia, comportamento e conservação destas espécies animais. Dado o seu meio de locomoção, as espécies voadoras em geral conseguem percorrer maiores distâncias que as espécies terrestres. Várias espécies de morcegos efetuam múltiplas deslocações anuais para completar o seu ciclo de vida. O seu uso de abrigos, apesar de filopátrico, permite-lhes visitar outros abrigos em diferentes fases de vida. Este comportamento e a sobreposição de áreas vitais das colónias contribuem para a manutenção da estrutura genética das espécies. As espécies de morcegos cavernícolas enfrentam limitações associadas à reduzida disponibilidade de abrigos (minas e grutas) e à qualidade do habitat circundante aos mesmos, que tem de satisfazer as suas necessidades de dieta e de disponibilidade de água. Consequentemente, as ameaças à conservação dos morcegos cavernícolas, como a intensificação de uso de solo, poluição e fogos, vão ter um maior impacto quando ocorrerem próximo dos seus abrigos. Para analisar áreas de uso espacial com padrões de movimento complexos é benéfico ter ferramentas que simplifiquem as análises. A aplicação de técnicas de análise de redes nestes sistemas complexos possibilita a sua compreensão integrada permitindo ainda criar modelos-padrão. Os objetivos principais deste trabalho são (i) a criação de uma rede espacial de abrigos de morcegos; (ii) caracterização do tipo de rede e identificação da importância de cada vértice (abrigo); e (iii) análise do potencial impacto de dois fatores ambientais (fogos florestais e alteração do uso do solo) nos (iii.a) abrigos mais importantes (HRR), e (iii.b) na conectividade da rede. Com recurso à base de dados do Programa de Anilhagem de Morcegos que apresenta 70 090 registos obtidos ao longo de 33 anos, criámos um modelo da rede de movimentos de morcegos. Foram digitalizados os registos dos últimos 14 anos e detetados e eliminados erros em toda a base de dados. Como modelo utilizou-se a espécie Miniopterus schreibersii (Kuhl 1817) dado a elevada percentagem de entradas na base de dados (>85%) e as suas características ecológicas. Para a criação do modelo da rede espacial (“MiniS”) utilizaram-se os abrigos como vértices e os movimentos de morcegos entre abrigos como as arestas que os conectam, bem como as respetivas coordenadas. Para avaliar a estrutura da rede foram calculadas métricas de centralidade - grau e “betweenness” - de conectividade - “bridgeness” - e de aglomeração - estrutura de modularidade otimizada, coeficiente de agrupamento e modularidade. A classificação da estrutura da rede foi feita com recurso ao enquadramento da distribuição do grau. Adicionalmente, calculamos métricas de centralidade e conectividade para criar uma lista ordenada dos abrigos mais importantes (HRR - “high ranking roosts”). Testámos a sensibilidade da rede MiniS ao impacto de fatores naturais usando simulações de remoção de abrigos. A ordem de remoção foi baseada nos registos históricos de cada abrigo em relação a dois fatores, fogos florestais e de usos do solo (artificial, agricultura e floresta). Os resultados das simulações foram comparados com valores máximos de impacto, simulados com a remoção de abrigos por ordem das métricas de grau e “betweenness” e valores mínimos de impacto, simulados com a remoção de abrigos por ordem aleatória. Calculámos também as perdas de conectividade associadas às métricas de centralidade “hub” e "authority". Para compreender a influência da distância ao abrigo repetimos as análises para os fatores ambientais - incêndios e uso do solo - nos raios de 1, 2, 5 e 10 km ao redor do abrigo. Analisámos também o impacto de cada fator a nível dos HRR. A rede de abrigos MiniS apresenta 99 vértices conectados por 275 arestas (inclui 1 vértice isolado). A distribuição de abrigos subterrâneos em Portugal é heterogénea e mostra (i) elevada concentração de vértices na área cárstica da bacia Lusitânica; (ii) arestas mais fortes localizadas nesta bacia e (iii) menor número de abrigos a norte, com um a servir como ponte de contacto e um isolado na zona costeira. O cálculo da estrutura de aglomeração otimizada resultou em 5 grupos com forte ligação às áreas geográficas do país e modularidade de 0.54. A comparação da estrutura de rede e ajuste de distribuição evidenciam que a rede MiniS apresenta distribuição normal e métricas semelhantes ao modelo sem escala e “small-world”. A lista de 11 abrigos (HRR) mostra vários abrigos com forte influência em múltiplas métricas e alguns apenas em métricas de conectividade, ou seja, a agir como pontes de ligação entre outros abrigos. A análise de robustez mostra que na simulação aleatória a remoção de 23% dos vértices resulta em 50% de perda de conectividade. No entanto, nas simulações de remoção de nós pela ordem de grau e de “betweenness” e grau é apenas necessário remover 3.48 e 4.4% (4 abrigos) respetivamente, e para as de “hub” e autoridades é apenas necessário remover 11 e 9%, respetivamente, para obter valores de perda semelhantes. As simulações de perda de conectividade associadas a fogos florestais revelaram vulnerabilidade próxima dos valores obtidos com a simulação aleatória para qualquer das distâncias usadas. Apesar disso, a análise dos HRR mostra que ocorrem entre eles fogos simultâneos entre 12.2% (4) a 100% (33) dos anos, dependendo do raio de distância analisado. A análise de uso do solo revelou que apenas a simulação da categoria florestas resulta em perdas de conectividade maiores que a simulação aleatória, onde a remoção de 5% dos vértices (5 abrigos) resulta em perdas de conectividade de 25%. Paralelamente, a análise comparativa mostrou que os HRR têm valores superiores de floresta, e menor percentagem de espaços artificiais. Com recurso a uma base de dados de 33 anos, este trabalho analisa a maior rede espacial de morcegos publicada até o momento. As características da rede MiniS mostram que as propriedades sem escala também estão presentes nas redes de abrigos de morcegos, embora a nossa rede também apresente características “small-world”. Estes resultados aumentam a evidência da presença de redes com propriedades sem escala na natureza, contribuindo para este tópico. Os nós identificados como “hubs” e autoridades presentes na MiniS tomam a forma de abrigos de maternidade ou hibernação provavelmente resultante do modo de recolha de dados e importância destas fases no ciclo de vida da espécie. Por sua vez a modularidade e número de grupos na rede foi inferior ao esperado derivado dos diferentes padrões de migração individuais, maturidade sexual, sucesso reprodutivo e sexo. Apesar destes fatores há uma clara relação geográfica no padrão de aglomeração que poderá estar a evidenciar o equilíbrio de custo-benefício de voos de longa distância. Apesar da vulnerabilidade a ataques direcionados a “hubs”, observou-se que o grau e “betweenness” apresentam maiores e mais rápidas perdas de conectividade da rede, demonstrando que apesar da importância dos “hubs” existem outras métricas que podem indicar maiores perdas de conectividade na rede. A MiniS não apresentou interações significantes entre conectividade e fogos florestais, no entanto e como documentado previamente, a interpretação deste resultado é dependente da espécie, tempo e proximidade ao fogo. A análise dos HRR revelou ainda que estes eventos podem simular um padrão de ataque direcionado. Apesar dos resultados não apontarem perdas de conectividade perante fogos florestais, cenários futuros onde estes eventos sejam mais frequentes e severos podem resultar em impactos na conectividade da rede. Os resultados da análise do uso de solo realçam o papel que as florestas têm na manutenção da conectividade da rede. Esta ameaça é amplificada pela tendência decrescente de florestas em Portugal especialmente na região centro onde se encontram a maioria dos abrigos. Estes fatores podem levar a diminuição da fitness populacional e fragmentação da rede. No entanto, é importante realçar que ambas as análises (fogos florestais e alterações do uso do solo) foram feitas com o objetivo de ilustrar o potencial desta metodologia para avaliar impactos de fatores ambientais na conectividade. Para além disso, e por não haver estudos que quantifiquem o impacto real destes fatores na utilização dos abrigos de morcegos cavernícolas utilizaram-se simulações extremas onde os abrigos afetados deixariam totalmente de ser utilizados. O presente trabalho aplica técnicas de análise de redes para criar a primeira rede abrangente de movimentos de morcegos de Portugal. A rede apresenta características sem escala, presença de “hubs” e permitiu realizar simulações de conectividade e testes de robustez. Estas análises sugerem que a conectividade da rede não é impactada por fogos florestais, mas que podem afetar abrigos importantes simultânea e sistematicamente. Os resultados enfatizam também a importância das florestas para a manutenção da conectividade da MiniS. Esta rede permite também avaliar o impacto de outros fatores ambientais como a remoção de abrigos por abatimento ou perturbação antropogénica direta. A utilização desta rede para suporte à gestão permitirá a avaliação das presentes medidas impostas em áreas Natura 2000, bem como na modelação de comportamento da rede em cenários futuros.
París, California y la búsqueda por una teoría del cambio cultural
The debate on the possibility of an evolutionary theory of cultural change has heated up, over the last years, due to the supposed incompatibilities between the two main theoretical proposals in the field: dual inheritance theory and cultural epidemiology. The former, first formulated in the 1980’s by a group of biologists and anthropologists mostly hosted at Californian universities, supports an analogy between genetic inheritance and cultural transmission. Cultural epidemiology, more recently formulated by Dan Sperber and his collaborator (mostly hosted at Parisian universities), denies the defensibility of such an analogy and put forward a partially alternative model. But how much do these proposals actually differ with each other? In this article, I shall argue that less than what cultural epidemiologists use to think.