Repositório RCAAP

Animals have the ability of finding their way in their environments, being able to reliably visit known sources of food or water and return to their burrow or nest. Olfaction plays a major role in the spatial navigation behaviors of animals across phyla, however little is known about how olfactory and spatial information are actually combined in the brain in order to generate those behaviors. When studying spatial navigation in laboratory conditions, scientists typically design mazes where freely-moving rodents are provided with a rule for quickly navigating to rewards distributed in the environment, but investigating how olfactory information is processed in the brain is extraordinarily challenging if one cannot account for the olfactory properties of the environment a freely-moving animal is navigating in. In order to more precisely control the spatio-temporal dynamics of olfactory stimuli in experiments involving freely-moving animals, these typically consist of odorized air flow pulses that are delivered at sparse locations in behavioral arenas, which require expensive instrumentation and increase the complexity in the physical construction of the mazes while also being inherently limited in the locations the stimuli can be provided. Here, we have developed a virtual reality system that allows for the precise control of olfactory stimulus delivery properties in head-fixed navigating mice in both open an closed-loop conditions. By nature, it allows the parameterization of both the visual and olfactory dimensions of the environment, which potentiates the comparison of behavior and neural activity of mice navigating in environments containing different visual and olfactory scenes. In addition, the system is constructed mostly from standard laboratory equipment and draws from open source solutions, promoting its adoptability in different domains of research, and contributing to improve the replicability of experiments across institutions. We validate this olfactory virtual reality system by designing a spatial navigation task where olfactory stimuli are predictive of reward location. Our results confirm the system is able to produce olfactory and visual virtual environments that are controlled by the movement of head-fixed mice in a closed-loop. Finally, to complement the behavioral data, we also present data demonstrating the compatibility of our system with cutting edge neural population recording techniques.

Although healthism appears to be at the heart of the decision-making process of vaccine hesitancy, this matter has been understudied. We believe that the concept of healthism may be key to lessen the polarization of discourses around vaccination, offering a broad understanding of parents’ decision to not vaccinate their children. This article aims to deepen the knowledge on the relation between healthism and vaccine hesitancy, using Portugal as a case study. A qualitative research approach was adopted, and therefore, in-depth interviews were conducted with 31 vaccine-hesitant parents. The findings showed that vaccine-hesitant parents usually adopt several strategies based on natural living to prevent and tackle their children’s potential health issues. There appears to be a common approach towards health and life (i.e., healthism) among vaccine-hesitant parents. Drawing upon the healthism ideology, vaccine-hesitant parents make choices to ensure the good health of their child. These choices nevertheless represent a privileged position as the pursuit of healthfulness is constrained by sociodemographic aspects. Using vaccine hesitancy as the starting point, our findings show that healthism and its focus on personal accountability under the umbrella of neoliberalism may jeopardize global public health. Healthcare professionals should pay particular attention to healthism when addressing vaccine hesitancy in Portugal and elsewhere. Research evidence advocates the need to be sensitive to the broad spectrum of vaccine hesitancy as this encompasses multiple views on the subject.

Se a problemática da habitação sempre foi central ao planeamento do território, os anos que se seguiram à última crise económica global têm aprofundado esta perceção, em parte por causa do proliferar de processos de mudança urbana descritos como de gentrificação. Portugal não é exceção. Neste capítulo, questionamos o conceito de gentrificação pela sua capacidade de explicar as trajetórias urbanas e as várias crises da habitação nas cidades portuguesas. Começamos por confrontar as reflexões sobre a natureza global da gentrificação com as necessidades de enquadrar as especificidades dos regimes de habitação do sul da Europa. A seguir, utilizamos a lente da gentrificação para enquadrar as questões históricas e presentes da habitação portuguesa, ao mesmo tempo que caraterizamos o campo das políticas públicas. Finalmente, passamos a mapear os desafios para o futuro, refletindo na necessidade de contruir caminhos de políticas capazes de trabalhar seja no curto que no longo prazo.

In the second half of the 20th century, the western Antarctic Peninsula recorded the highest mean annual air temperature rise in the Antarctic. The South Shetland Islands are located about 100 km northwest of the Antarctic Peninsula. The mean annual air temperature at sea level in this Maritime Antarctic region is close to −2 °C and, therefore, very sensitive to permafrost degradation following atmospheric warming. Among geomorphological indicators of permafrost are rock glaciers found below steep slopes as a consequence of permafrost creep, but with surficial movement also generated by solifluction and shallow landslides of rock debris and finer sediments. Rock glacier surface velocity is a new essential climate variable parameter by the Global Climate Observing System, and its historical analysis allows insight into past permafrost behavior. Recovery of 1950s aerial image stereo-pairs and structure-from-motion processing, together with the analysis of QuickBird 2007 and Pleiades 2019 high-resolution satellite imagery, allowed inferring displacements of the Hurd rock glacier using compression ridge-and-furrow morphology analysis over 60 years. Displacements measured on the rock glacier surface from 1956 until 2019 were from 7.5 m to 22.5 m and surface velocity of 12 cm/year to 36 cm/year, measured on orthographic images, with combined deviation root-mean-square of 2.5 m and 2.4 m in easting and northing. The inferred surface velocity also provides a baseline reference to assess today’s displacements. The results show patterns of the Hurd rock glacier displacement velocity, which are analogous to those reported within the last decade, without being possible to assess any displacement acceleration.

O alargamento da escolaridade obrigatória levou Portugal a deparar-se com uma Escola cada vez mais diversificada, transformando-se num espaço multicultural onde coexistem diferentes culturas e etnias. Para acompanhar esta profunda transformação no sistema de ensino, as instituições escolares vêem-se obrigadas a responder aos novos desafios que lhes são colocados, passando os ideais expressos nos documentos de política educativa para a prática, mostrando como se implementa uma Escola para Todos (Ainscow, 1999; César, 2003; César & Ainscow, 2006). Cabe-lhes, agora, a responsabilidade de incluir, da melhor forma possível, todos os alunos que apresentam características muito diferentes no que respeita às motivações, projectos de vida, competências, meios-culturais de origem, desenvolvimento cognitivo e sócio-afectivo, evitando a sua marginalização e adoptando formas de actuação apropriadas às características, interesses, conhecimentos e competências destes novos alunos (César, 2000a; César & Santos, 2006, Favilli, 2000). Já há longa data que a Matemática surge como uma das disciplinas onde se registam das mais elevadas taxas de insucesso académico, sobretudo no ensino básico, tornando-se uma fonte de preocupação do sistema educativo português. Devido a um passado de insucessos repetidos a esta disciplina, muitos dos alunos convenceram-se de que não têm aptidão para estudar Matemática, conotando-a como uma disciplina que apenas se destina a alunos com elevadas capacidades académicas (César, 2000c; Rijo, Loureiro, & César, 2002). A sociedade, de uma maneira geral, reforça este sentimento manifestado pelos alunos, assim como pelos media, aceitando-se que o insucesso nesta disciplina é algo esperado, tornando-se até, na maioria dos casos, desculpabilizado pelos encarregados de educação e, até, socialmente (César, 1994; Vieira, 2001). Desta forma, são muitos os alunos que terminam o ensino básico sem terem apropriado os conhecimentos e desenvolvido as competências essenciais, ou seja, aquilo que actualmente se designa por literacia Matemática. Esta investigação baseou-se nestas duas grandes preocupações: a inclusão de alunos culturalmente distintos e a necessidade de modificar fortes sentimentos de rejeição relativamente à Matemática, ao nível do ensino básico. Neste sentido, a investigação centrou-se no estudo do alcance e das potencialidades de diferentes tipos de tarefas, tendo por base o trabalho colaborativo, na aula de Matemática, num contexto multicultural. O trabalho foi realizado com alunos do 7º ano de escolaridade, de uma escola secundária da zona de Sintra. No âmbito desta problemática foram identificadas quatro grandes questões, que foram investigadas a partir da evolução dos alunos da turma, em geral e, dentro desta, de quatro alunos, em particular: (1) Como adaptar o currículo à diversidade dos alunos da turma numa perspectiva de educação intercultural? (2) Como incluir os alunos, culturalmente distintos, na escola e, em particular, na sala de aula? (3) Como evoluiu a representação social da Matemática e da sua aprendizagem num contexto de práticas interculturais e colaborativas? (4) Qual o papel do trabalho colaborativo e do trabalho em díade na inclusão escolar de alunos culturalmente distintos? Esta investigação faz parte do projecto Interacção e Conhecimento, cujo principal objectivo é o estudo e a implementação do trabalho colaborativo em contexto de sala de aula. Dentro deste projecto inseriu-se no Nível 2, ou seja, num nível de investigação-acção. Tendo em conta os objectivos desta investigação, optou-se por uma abordagem interpretativa- /qualitativa, que se revelou mais adequada face ao problema em estudo e ao quadro de referência teórico em que se situa. Todos os alunos do estudo (n = 27) realizaram várias tarefas de índole intercultural, responderam por escrito a vários questionários e a uma tarefa de inspiração projectiva, bem como a uma tarefa de avaliação de competências. Foi também realizada uma recolha documental na escola. Após a análise dos dados recolhidos através destes instrumentos, seleccionaram-se 4 alunos como informadores privilegiados (2 do sexo feminino e 2 do sexo masculino), estando todos eles a viver de diferentes formas o processo de inclusão escolar. Os principais resultados desta investigação foram os seguintes: (1) o trabalho colaborativo desempenhou um papel fundamental na promoção do sucesso académico dos alunos, alterando a sua representação social da Matemática, passando estes alunos a revelar prazer em trabalhar nesta disciplina; (2) a implementação de tarefas não habituais (César, 1994) e de âmbito intercultural fomentou um aumento do interesse dos alunos pela disciplina, promovendo a sua socialização, sobretudo dos que inicialmente se encontravam mais excluídos; (3) a representação social que os alunos tinham da disciplina de Matemática, do seu papel como alunos e do papel do professor, evoluíram ao longo do ano, passando-se de uma visão tradicional para uma visão inovadora; (4) o papel do professor e das práticas de sala de aula foram extremamente importantes na construção da representação social que os alunos tinham da Matemática, assim como no processo de inclusão académica dos alunos, nomeadamente dos que eram culturalmente distintos. A promoção de atitudes mais positivas face à Matemática, preparando os alunos para o exercício de uma cidadania plena e participativa (Abrantes, Serrazina, & Oliveira, 1999) foram metas alcançadas nesta investigação e que deixaram um ponto de partida para a reflexão sobre as relações que se estabelecem entre os diversos agentes da cena educativa (César, 2003).

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Durante o Estado Novo, o ensino liceal foi objecto de grande discussão e sofreu inúmeras transformações. A reforma introduzida pelo decreto-lei n.º 36 507 de 1947 marcou de forma substancial a organização pedagógica dos Liceus. Todavia, consequência da massificação do ensino, sentida sobretudo a partir da década de cinquenta, o ensino liceal viu-se a braços com uma nova realidade. A falta de professores e a necessidade de recorrer a profissionais não habilitados; a formação docente considerada longa, selectiva e dispendiosa; os vencimentos, as diuturnidades e a inexistência de uma associação de professores, constituíam algumas das questões e preocupações que caracterizavam este nível de ensino e a classe docente que o integrava, tornando desadequada a legislação em vigor. Com efeito, pretendemos com o presente trabalho de investigação conhecer o contexto em que surgiu e vigorou a nova reforma do ensino liceal de 1947; analisar as representações do professorado do ensino liceal, numa fase final do Estado Novo, à luz dos estatutos que os regulam, e compreender as condições inerentes a esta classe profissional. De forma a fazer este estudo foram analisados vários documentos legislativos, obras de referência sobre o tema e a época em estudo e, sobretudo, artigos de opinião, considerados como um local privilegiado para as representações dos professores.

Upon a threat, animals need to quickly choose between fighting, fleeing or freezing in order to avoid injuries or death. While much is known about escape, freezing has not been deeply studied, thus information about how an animal can enter and sustain that state of complete immobility is lacking. Unpublished work from the Behavioural Neuroscience Lab identified, in Drosophila melanogaster (fruit flies), an unexpected pulsatile muscle activity, synchronized across all legs, while they were freezing. This pulsatile signal is hypothesized to be a “preparedness” state for movement resumption and to be related to hypothetical pulsatile accessory structures responsible for tissues nourishment and oxygenation in fly legs. Since the neuronal control of such pulsatile activity is unknown, we aimed to identify the motor neurons carrying it to innervate the pulsing muscle. To do so, we leveraged the unrivalled suite of Drosophila genetic tools, which allowed us to target subsets of cells: one fly line labelling the pulsing muscle; and five other lines labelling motor neurons. Then, we optogenetically activated the selected muscle or neurons, while analysing flies’ output behaviour and muscle activity. Firstly, we found that the muscle spontaneously switches between prolonged high calcium states and lower calcium pulsing states, respectively characterized by muscle contraction and muscle pulses, that influence its response to the optogenetic stimulation. Furthermore, our results showed that the activation of only two motor neuron lines led to muscle activity changes, with one causing a transient muscle activation (which we believe may be essential for movement initiation) and the other causing muscle inhibition (hypothesized to guarantee normal pulsatile activity important for walking). These lines constitute useful tools to understand the neural mechanisms underlying immobility states, such as freezing, as well as the function of this pulsating muscle in locomotion initiation and maintenance.

Este estudo analisa o modo como os alunos do 2º ciclo do ensino básico desenvolvem a sua competência geométrica num contexto de actividades de carácter exploratório e investigativo. Debruça-se sobre três questões: (a) De que modo os alunos reconhecem e analisam propriedades de formas geométricas? (b) De que modo usam a visualização e o raciocínio espacial? e (c) Como compreendem as características mensuráveis dos objectos? O quadro de referência teórico é constituído por duas grandes áreas: a Geometria no currículo de Matemática e as actividades de cunho exploratório e investigativo. Na primeira, a partir de uma breve perspectiva histórica sobre a Geometria no currículo de Matemática, aprofundam-se o conceito de competência geométrica e discutem-se as principais finalidades de cada aspecto dessa competência, considerados neste estudo: (a) propriedades de formas geométricas; (b) visualização e raciocínio espacial e (c) características mensuráveis dos objectos. Na segunda clarifica-se o modo de entender uma actividade de carácter exploratório e investigativo e discutem-se estudos empíricos desenvolvidos em Portugal que incidiram nesta temática. O estudo segue uma metodologia qualitativa baseada num design de estudo de caso de quatro alunos que trabalharam durante três meses, de forma ininterrupta, num ambiente de verdadeira actividade Matemática. A proposta pedagógica implementada na exploração de onze tarefas de carácter exploratório e investigativo. Os registos áudio do trabalho realizado na aula, a observação participante e as entrevistas realizadas aos alunos estudados individualmente constituíram as principais fontes de recolha de dados. No entanto, foram usadas outras fontes de informação que incluíram documentos de diversos tipos e um questionário inicial. Os resultados do estudo confirmam as potencialidades das actividades de carácter exploratório e investigativo no desenvolvimento de aspectos da competência geométrica como os considerados nesta investigação.

Este estudo enquadra-se no 1º Ciclo do Ensino Básico no domínio da matemática e tem como objectivo descrever e analisar de que forma é que um aluno com Necessidades Educativas Especiais (NEE) aprende matemática com recurso a meios computacionais. Para tal, foram definidas quatro questões que visam enquadrar a problemática (I) Como se processa a integração de crianças com NEE em turmas regulares? (II) Como é que os professores adequam as suas práticas aos alunos com NEE, na área da matemática? (III) De que forma é que os professores especializados (professor de apoio educativo) promovem um trabalho colaborativo com o professor regular, no sentido de fazer surgir novas condições que possam facilitar a aprendizagem da matemática em alunos com NEE? (IV) Como é que a família (pais) participa e se envolve na Educação de crianças com NEE?. E três questões relacionadas com a aprendizagem da matemática em crianças com NEE com recurso a meios computacionais (I) Como é que os alunos com NEE desenvolvem capacidades e compreendem os conceitos matemáticos através da utilização do computador? (II) Perante estímulos matemáticos proporcionados pelo computador, como reage a criança com NEE? (III) Será importante a utilização de meios computacionais para desenvolver na criança com NEE uma Educação Matemática Crítica? Esta investigação insere-se numa abordagem de investigação qualitativa de carácter descritivo e interpretativo, utilizando como design de investigação o estudo de caso, no qual o investigador assume o duplo papel de investigador e professor, o que implica a adopção de uma postura participante. O estudo de caso qualitativo foi alicerçado em vários instrumentos de recolha de dados, nomeadamente, um diário de bordo constituído pelas notas das observações no campo e notas de algumas reuniões formais e informais realizadas com a família, os agentes educativos e de saúde envolvidos neste caso, em quatro entrevistas semi-estruturadas, duas à professora do apoio educativo e duas à encarregada de educação do aluno (uma no inicio da investigação e outra no final do trabalho de campo), e ainda na análise de documentos relativos a registos e documentos pessoais, que permitiram a obtenção de informações relevantes para a compreensão do fenómeno em estudo. Os dados evidenciaram que os recursos educacionais proporcionados pelos meios computacionais, aliados ao equilíbrio emocional proporcionado pelos mecanismos de integração/inclusão, aumentaram o interesse, a motivação, a confiança, a capacidade de persistência e o nível de participação deste aluno com NEE nas actividades escolares no âmbito da matemática.

In an evermore connected world, communication is key. Communication is found at a very large scale in distributed systems and global networks, but also on a smaller scale in parallel execution on our computers’ processors. As technology progresses, communication becomes more complex, more structured. We now have complex protocols that guide communication with a strict set of rules. Common knowledge tells us that for each line of code we write we possibly introduce a new bug, and the more complex the logic is, the more probable it is to happen. Thus, it is only logical that nowadays, software is more prone to communication-related bugs than ever. Session types gave programmers the missing tools to ensure the correctness of communication. With session types, programmers can express protocols as types and attach them to communication channels to guarantee the protocol is fulfilled. There have been many implementations of session types, but programming languages have shown to be the best due to their seamless integration of session types and primitives that empower the programmer in a relatively simple syntax. FreeST is one of these languages and the subject of this thesis. However, FreeST’s use cases are held down by its limiting channels. FreeST’s channels only allow for one-to-one communication and therefore, patterns such as producerconsumer, client-server and thread pools are either impossible to implement or too restrictive to use. There is a world of use cases that depend on these patterns, and FreeST can’t achieve its full potential until it supports them, or in other words, until it supports one-to-many, many-to-one and many-to-many communication through its channels. Furthermore, FreeST’s connection with the real world is only done through simple prints, so interaction with the user or with the file system is completely out of its scope. In this thesis we extend FreeST with shared session types and channels so that we can support all kinds of parallel and concurrent programming. We quickly make use of these novel channels to create abstractions made available in FreeST’s standard library, and more importantly, implement a more extensive suite of IO primitives. Standard IO can be expressed through session types, and shared channels allow these to be shared among many threads while still behaving the same way as traditional IO primitives. The cherry on top of this thesis is file IO. Finally, FreeST is able to interact with its surroundings.

A investigação aqui apresentada pretende determinar se os manuais escolares de matemática do 11º ano, facultados aos alunos, facilitam o acesso à dimensão gráfica proporcionada pelas calculadoras gráficas. Este estudo realizou-se, analisando os nove manuais de matemática A para o 11º ano no capítulo da trigonometria passíveis de serem adoptados no ano lectivo de 2004/2005, tendo os seguintes objectivos: caracterizar de que modo os manuais escolares do 11º ano integram a calculadora gráfica no estudo da trigonometria, procurar a existência de convergência entre a utilização da calculadora feita nos manuais escolares com a que é sugerida no programa, identificar como são trabalhadas as actividades de investigação e a resolução de problemas com recurso à calculadora gráfica nos manuais escolares, e caracterizar as alterações que se verificaram entre os manuais escolares adoptados no ano de 2004/2005 e versões anteriores dos mesmos autores. Com a leitura dos trabalhos de Doerr e Zangor, Graham, Gómez e Carulla, Kissane, Ruthven e de Waits e Demana, procurou-se caracterizar abordagens significativas ao uso da calculadora inseridas em contextos curriculares que servissem de referência para a análise dos manuais e a forma como estes integram as calculadoras. A metodologia de investigação adoptada é de natureza qualitativa. Esta opção prendeu-se com o facto de todos os dados a recolher, serem observados directamente dos manuais escolares. De forma a poder responder às questões do estudo foi construída uma grelha de análise que resultou quer de sucessivas observações feitas aos manuais quer da literatura estudada, seguindo uma linha muito próxima da análise de conteúdo de Laurence Bardin (Bardin, 2004). A metodologia qualitativa adoptada nesta investigação enquadra-se de igual forma na perspectiva da geração de teoria de Glaser e Strauss, (Glaser & Strauss, 1967). Foi possível observar que de uma forma geral os manuais abordam os conteúdos propostos no programa, havendo alguns que não o fazem na sua totalidade. Relativamente à utilização da calculadora foi possível distinguir os manuais que usam e os que usam pouco ou muito pouco. Dos que usam, existe uma lógica de utilização, encontrando-se esta distribuída de forma equilibrada pelos tipos de tarefa.

Esta investigação insere-se no domínio da formação de professores e teve como ponto de partida o propósito de investigar, descrever e analisar o modo como a articulação e a continuidade das práticas didácticas da Matemática são encaradas e levadas a efeito por docentes, no percurso de transição dos alunos do 4º para o 5º ano de escolaridade. Foram enunciadas três questões de investigação: (i) Quais as concepções docentes sobre implicações da continuidade das práticas matemáticas no sucesso dos alunos?; (ii) Qual o conhecimento recíproco dos docentes do 1º e 2º ciclos sobre currículo e práticas docentes na Matemática?; (iii) Que evidências de continuidade se observam, nomeadamente ao nível dos processos de aprendizagem e das práticas de avaliação dos alunos? Para esta investigação optei por uma abordagem qualitativa em ambiente natural e por um estudo de natureza exploratória. Foram realizados dois estudos de caso sobre as concepções e as práticas de dois professores do mesmo agrupamento de escolas: Francisco do 1º e Ana do 2º ciclo do ensino básico. Em cada caso foram realizadas seis sessões de observação das práticas, tendo sido integralmente registadas em vídeo, no caso de Francisco, e audio-gravadas no de Ana. Foram efectuadas duas entrevistas semi-estruturadas a cada um dos participantes, uma antes e outra após as sessões de observação. Cada entrevista estruturou-se em torno da caracterização pessoal de cada participante, da sua formação e percurso profissional, da relação vivida com a Matemática e das concepções relativas às três questões da investigação. A todos os professores da escola do 1º ciclo de Francisco e aos professores de Matemática do 2º ciclo da escola de Ana foi realizado um inquérito organizado em quatro temas agregadores: a caracterização do percurso profissional e da relação com a Matemática dos inquiridos, e as concepções sobre as questões em estudo. A investigação encerra com a apresentação de dois níveis de conclusões da análise efectuada aos elementos recolhidos. Num primeiro capítulo expõem-se as evidências de continuidade verificadas nas concepções e nas práticas dos participantes e, num segundo e derradeiro momento, exprimem-se as conclusões finais e as sugestões/recomendações consideradas pertinentes. Destas conclusões destaca-se a convicção do imperativo da conjugação de esforços na implementação de um dispositivo dedicado à construção da continuidade e da articulação que contemple os recursos internos das escolas e um suporte externo, que garantam a necessária formação aos professores e a supervisão das suas práticas.

The rapid test VIKIA HIV1/2 was evaluated in 210 Angolan subjects infected with multiple HIV-1 subtypes and complex recombinant forms and 225 seronegative individuals. All infected subjects tested positive (100% sensitivity); all seronegative subjects tested negative (100% specificity). VIKIA HIV1/2 is highly specific and sensitive even in highly complex epidemics.

Can governments make courts politically compliant without undermining public confidence in the judicial system? Many studies show a positive relationship between judicial independence and citizens’ trust in courts. However, most of them have shown static cross-sectional correlations rather than actual effects of court curbing on trust. Factors such as citizens’ level of education and political preferences may also play a role in moderating reactions to court curbing. We analyse how assaults on judicial independence by populist governments in Turkey, Hungary, and Poland affected judicial trust, using a difference-in-differences approach to Eurobarometer data. While we find evidence that court curbing has an adverse effect on judicial trust, this effect is much clearer among citizens who are ideologically distant from their governments. These findings coincide with experimental evidence indicating how citizens tolerate democratic backsliding, suggesting that, for many, trust in the judicial system can subsist even when courts are made politically subservient.

Our aim was to characterize for the first time the genetic diversity of HIV in Cape Verde Islands as well as the drug resistance profiles in treated and untreated patients. Blood specimens were collected from 41 HIV-1 and 14 HIV-2 patients living in Santiago Island. Half of the patients were on antiretroviral treatment (ART). Pol and env gene sequences were obtained using in-house methods. Phylogenetic analysis was used for viral subtyping and the Stanford Algorithm was used for resistance genotyping. For HIV-1, the amplification of pol and env was possible in 27 patients (66%). HIV-1 patients were infected with subtypes G (13, 48%), B (2, 7%), F1 (2, 7%), and CRF02_AG (2, 7%), and complex recombinant forms including a new C/G variant (n=8, 30%). Drug resistance mutations were detected in the PR and RT of three (10%) treated patients. M41L and K103N transmitted drug resistance mutations were found in 2 of 17 (12%) untreated patients. All 14 HIV-2 isolates belonged to group A. The origin of 12 strains was impossible to determine whereas two strains were closely related to the historic ROD strain. In conclusion, in Cape Verde there is a long-standing HIV-2 epidemic rooted in ROD-like strains and a more recent epidemic of unknown origin. The HIV-1 epidemic is caused by multiple subtypes and complex recombinant forms. Drug resistance HIV-1 strains are present at moderate levels in both treated and untreated patients. Close surveillance in these two populations is crucial to prevent further transmission of drug-resistant strains.

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Background Unlike in HIV-1 infection, the majority of HIV-2 patients produce broadly reactive neutralizing antibodies, control viral replication and survive as elite controllers. The identification of the molecular, structural and evolutionary footprints underlying these very distinct immunological and clinical outcomes may lead to the development of new strategies for the prevention and treatment of HIV infection. Methodology/Principal Findings We performed a side-by-side molecular, evolutionary and structural comparison of the C2, V3 and C3 envelope regions from HIV-1 and HIV-2. These regions contain major antigenic targets and are important for receptor binding. In HIV-2, these regions also have immune modulatory properties. We found that these regions are significantly more variable in HIV-1 than in HIV-2. Within each virus, C3 is the most entropic region followed by either C2 (HIV-2) or V3 (HIV-1). The C3 region is well exposed in the HIV-2 envelope and is under strong diversifying selection suggesting that, like in HIV-1, it may harbour neutralizing epitopes. Notably, however, extreme diversification of C2 and C3 seems to be deleterious for HIV-2 and prevent its transmission. Computer modelling simulations showed that in HIV-2 the V3 loop is much less exposed than C2 and C3 and has a retractile conformation due to a physical interaction with both C2 and C3. The concealed and conserved nature of V3 in the HIV-2 is consistent with its lack of immunodominancy in vivo and with its role in preventing immune activation. In contrast, HIV-1 had an extended and accessible V3 loop that is consistent with its immunodominant and neutralizing nature. Conclusions/Significance We identify significant structural and functional constrains to the diversification and evolution of C2, V3 and C3 in the HIV-2 envelope but not in HIV-1. These studies highlight fundamental differences in the biology and infection of HIV-1 and HIV-2 and in their mode of interaction with the human immune system and may inform new vaccine and therapeutic interventions against these viruses.

Background CRF14_BG isolates, originally found in Spain, are characterized by CXCR4 tropism and rapid disease progression. This study aimed to identify the origin of CRF14_BG and reconstruct its epidemiological history based on new isolates from Portugal. Methodology/Principal Findings C2V3C3 env gene sequences were obtained from 62 samples collected in 1993–1998 from Portuguese HIV-1 patients. Full-length genomic sequences were obtained from three patients. Viral subtypes, diversity, divergence rate and positive selection were investigated by phylogenetic analysis. The molecular structure of the genomes was determined by bootscanning. A relaxed molecular clock model was used to date the origin of CRF14_BG. Geno2pheno was used to predict viral tropism. Subtype B was the most prevalent subtype (45 sequences; 73%) followed by CRF14_BG (8; 13%), G (4; 6%), F1 (2; 3%), C (2; 3%) and CRF02_AG (1; 2%). Three CRF14_BG sequences were derived from 1993 samples. Near full-length genomic sequences were strongly related to the CRF14_BG isolates from Spain. Genetic diversity of the Portuguese isolates was significantly higher than the Spanish isolates (0.044 vs 0.014, P<0.0001). The mean date of origin of the CRF14_BG cluster was estimated to be 1992 (range, 1989 and 1996) based on the subtype G genomic region and 1989 (range, 1984–1993) based on the subtype B genomic region. Most CRF14_BG strains (78.9%) were predicted to be CXCR4. Finally, up to five amino acids were under selective pressure in subtype B V3 loop whereas only one was found in the CRF14_BG cluster. Conclusions CRF14_BG emerged in Portugal in the early 1990 s soon after the beginning of the HIV-1 epidemics, spread to Spain in late 1990 s as a consequence of IVDUs migration and then to the rest of Europe. CXCR4 tropism is a general characteristic of this CRF that may have been selected for by escape from neutralizing antibody response.