Repositório RCAAP

Na disciplina de Geografia A (11.º ano), está previsto um Estudo de Caso que permita, aos alunos, explorarem problemas territoriais. Apesar de obrigatório, este não é plenamente implementado. Quais as perceções dos principais envolvidos na implementação desta prática - os professores de Geografia? Num questionário à escala nacional, 75% dos 397 docentes classificaram o Estudo de Caso como muito pertinente. Porém, apenas 43% o implementam frequentemente. A falta de tempo é apontada como um dos principais motivos para tal. Para implementar mais efetivamente do Estudo de Caso, há que apostar numa maior sensibilização dos professores de Geografia para esta prática.

Em 2011, foi criado, no IGOT/ULisboa, o Projeto Nós Propomos! Cidadania e Inovação na Educação Geográfica. Os alunos identificam problemas socioambientais significativos, realizam trabalho de campo, apresentam propostas de resolução, que partilham com a comunidade, numa perspetiva de cidadania territorial. O Projeto está presente em oito países iberoamericanos. Os alunos dizem passar a conhecer melhor a sua comunidade, estarem mais atentos aos seus problemas, embora tendam a desvalorizar algumas das competências que desenvolvem. Fora do quadro institucional do Projeto, vai-se desenvolvendo uma cultura escolar em Geografia de resolução de problemas socioambientais pelos alunos – a “cultura Nós Propomos!”.

O gene humano tbccd1 sofre splicing alternativo e origina as proteínas TBCCD1v1 e TBCCD1v2. Enquanto a TBCCD1v1 é uma proteína centrossomal com um interatoma de proximidade vasto e enriquecido noutras proteínas relacionadas com o centrossoma, a TBCCD1v2 tem uma localização citoplasmática e tem um interatoma de proximidade com apenas 19 proteínas. Estudos sobre a função da TBCCD1v1 realizados no grupo mostraram que é uma proteína importante na estabilização da ligação dos microtúbulos ao centrossoma. Contudo, a função da TBCCD1v2 continuava desconhecida. Este trabalho teve como objetivo distinguir funcionalmente as duas variantes da TBCCD1 através do estudo quer da sua depleção individual quer do interatoma de proximidade da TBCCD1v2. Através da tecnologia CRISPR/Cas9 geraram-se três linhas celulares mutantes, sendo que duas delas tinham como alvo a depleção de TBCCD1v1 e na terceira o alvo foi a TBCCD1v2. Com esta nova ferramenta, obtiveram-se evidências de que os fenótipos centrossomais e no Aparelho de Golgi previamente descritos se devem, provavelmente, à depleção de TBCCD1v1. A observação de micronúcleos e núcleos morfologicamente alterados nas linhas criadas sugerem o papel da TBCCD1 na progressão do ciclo celular e na precisão da divisão celular. O interatoma de proximidade da TBCCD1v2 está enriquecido em proteínas associadas com o citoesqueleto de microtúbulos e com a divisão celular. De acordo com este facto, observou-se que a depleção de TBCCD1v2 causa o aumento do tamanho da célula e afeta a densidade e acetilação do seu citoesqueleto de microtúbulos. Além disso, observou-se que a sobreexpressão de TBCCD1v2 diminui os níveis de CENP-M, uma proteína do cinetocoro, cuja sobreexpressão tem sido associada com a tumorigénese. Este trabalho sugere que a TBCCD1v1 e a TBCCD1v2 possam ter funções semelhantes nas células, mas em diferentes locais, sendo importantes na divisão celular e na estabilização de microtúbulos no centrossoma ou no cinetocoro, respetivamente.

A espetrometria de massa nativa tem vindo a ganhar relevância na biologia estrutural devido à sua grande variedade de aplicações, entre as quais se destacam a identificação da composição de um complexo proteico, a determinação da cinética de formação e dissociação destes mesmos complexos, passando pelo estudo de interações proteína–proteína ou proteína–ligando. Graças à sua elevada sensibilidade permite obter informações de natureza estrutural a partir de pequenas quantidades de amostra, em contraste com as abordagens estruturais clássicas, como o NMR (Nuclear Magnetic Resonance) ou cristalografia de raio X. Uma componente importante desta técnica está no modo de preparação de amostra, que vai desde a concentração e composição do tampão usado, à forma de eliminação de compostos não voláteis e ao tipo de nebulizador utilizado. Estes fatores podem ter um maior impacto quando aditivos são necessário, como por exemplo agentes de manipulação de carga. Ao contrário do estudo de proteínas desnaturadas, o estudo de proteínas no seu estado nativo alberga também desafios do ponto de vista instrumental, já que a maioria da instrumentação comercial não tem capacidade de transmitir iões de elevada massa molecular nem de preservar ligações não covalentes. Este problema pode, no entanto, ser contornado com modificações instrumentais que permitam a análise de proteínas em modo nativo. Devido à complexidade da análise de proteínas em estado nativo, foram usados modelos estruturalmente bem caracterizados, que vão desde proteínas monoméricas, como a mioglobina, até complexos não covalentes, por exemplo, o álcool desidrogenase, e até proteínas com modificações pós traducionais, como imunoglobulinas. Com estes modelos é possível investigar o impacto de parâmetros instrumentais, bem como experimentais, nomeadamente a preparação das amostras na qualidade da análise por espetrometria de massa nativa. Esta dissertação tem como objetivo principal a análise da dissociação re-associação de complexos não covalentes e a análise dos efeitos das mutações na estrutura e nas interações do domínio de ligação do recetor (Receptor Binding Domain, RBD) da proteína spike de SARS-CoV 2 com o domínio solúvel do recetor humano ACE2 (Angiotensin-Converting Enzyme 2). De modo a atingir este objetivo é, primeiramente, é necessário otimizar da preparação da amostra. Existem vários fatores cruciais para a qualidade do espetro que podem ser otimizados, incluindo a concentração do tampão aquoso utilizado, o diâmetro da abertura dos nebulizadores e a lavagem das proteínas, para remoção de sais não voláteis. Esta otimização passou por utilizar proteínas modelo (álcool desidrogenase, ADH1 e enolase, ENO1) e otimizar concentrações de tampão, bem como diferentes nebulizadores, cuja principal variação consistiu no diâmetro na sua abertura, e avaliar os seus efeitos na resolução, exatidão de massas e razão sinal ruído (S/N), bem como na conformação das proteínas. As proteínas foram analisadas num espectrómetro de massa Q-ToF modificado para transmitir iões de elevada massa molecular. Do ponto de vista instrumental e experimental a energia de colisão usada, bem como o uso de aditivos que afetam o número de cargas adquiridas pelas proteínas em fase gasosa. Há dois tipos de efeitos quando se utilizam tais aditivos, sendo eles a redução do número de carga (conseguido com a adição de, por exemplo, imidazole) ou o aumento do número de cargas (usando, por exemplo, m-nitrobenzyl alcohol, m-NBA). Ambos os reagentes usados produziram o efeito esperado, no entanto a sua concentração deve ser sempre otimizada tendo em vista o objetivo do estudo, uma vez que podem induzir dissociação de complexos, alterações conformacionais e, por vezes, podem aumentar significantemente o ruído. Em todas as condições testadas, os melhores resultados foram obtidos para concentrações de tampão mais elevadas (500 mM acetato de amónio) e com nebulizadores que apresentaram menores diâmetros (~ 1 µm). A segunda parte esteve focada no melhoramento da transmissão de iões e dessolvatação para proteínas no seu estado nativo utilizando um instrumento de resolução extrema, um FT-ICR Solarix XR de 7T. Vários parâmetros foram otimizados para este efeito, bem como o método de ionização, tendo sido utilizado o ADH como proteína modelo para esta análise. A utilização de voltagens de colisão elevadas na zona da fonte revelou ser de elevada importância na remoção de adutos ligados à proteína. O uso de pequenas voltagens de colisão na célula revelaram ter mais impacto na transmissão dos iões. Este processo de otimização foi inicialmente efetuado com uma fonte de electrospray, que produz gotículas iniciais com um elevado diâmetro. Uma forma de diminuir o diâmetro desta gotícula e, consequentemente, facilitar o processo de dessolvatação é usar nano-electrospray como método de ionização. Deste modo, uma segunda fonte de ionização foi testada tendo sido obtidos resultados superiores para o método anteriormente otimizado. Atendendo a que todos os processos realizados nas células são feitos por complexos proteicos, perceber a sua estrutura e mecanismos de ação destas entidades é de maior importância. Na terceira parte deste trabalho, foi estudada a associação e dissociação de 3 complexos proteicos após serem postos em contacto com um composto indutor da sua dissociação. Para o ADH1 e imunoglobulina G (IgG), foi escolhido um agente redutor (o tris (2-carboxietil) fosfina, TCEP) porque ambas as proteínas contêm várias ligações persulfureto que contribuem para a formação e estabilização da sua estrutura quaternária. Para o ENO1 foi usado um agente de glicação, o metilglioxal, uma vez que irá quebrar a ponte salina que estabiliza o complexo dimérico. As proteínas foram analisadas num espectrómetro de massa Q-ToF modificado para transmitir iões de elevada massa molecular. Partindo dos dados adquiridos por espetrometria de massa nativa foi possível seguir a associação, dissociação e re-associação do ADH. Com base nestes dados foram criados e testados modelos para os mecanismos referidos, os quais permitiram determinar os seus parâmetros cinéticos por time-course analysis. O início da pandemia global originou um novo conjunto de temas e questões a ser exploradas em todas as áreas, incluindo no domínio da biologia estrutural. A quarta, e última, parte deste trabalho focou-se na caracterização estrutural das variantes da proteína spike do vírus SARS-CoV-2 por espectrometria de massa nativa, especialmente tendo em conta as mutações presentes no domínio de ligação do recetor (Receptor Binding Domain, RBD). Esta distinção que tem por base a diferença de massa causada pelas várias mutações não se revelou trivial devido à elevada heterogeneidade do sinal, que pode ser atribuída à presença de várias proteoformas que causam heterogeneidade nos estados de carga, e à complexidade das distribuições isotópicas. A interação desta proteína com o recetor humano também foi estudada e detetada por espetrometria de massa indicando uma estequiometria de ligação uma subunidade de ACE2 por RBD. A espetrometria de massa nativa é uma técnica que permite analisar e estudar uma vasta coleção de problemas de biologia estrutural, sendo essencial a otimização da preparação da amostra, dos parâmetros de análise, dos métodos de ionização e do próprio espectrómetro de massa. Com este trabalho foi possível demonstrar o efeito da concentração de tampão e do diâmetro da abertura dos nebulizadores, tendo uma maior concentração e menor diâmetro gerado os melhores resultados para todas as proteínas testadas. Após a otimização das condições experimentais foi feito um estudo da associação e dissociação de complexos não covalentes, tendo-se concluído que espetrometria de massa nativa é uma técnica adequada para estudos cinéticos destes mesmos mecanismos. Finalmente, a interação entre o RBD da proteína spike com o domínio solúvel do ACE2 foi estudada, tendo sido possível observar esta interação e confirmar a estequiometria do complexo formado por estas proteínas.

The identification and precise characterization of nuclear reaction products is crucial for the study and understanding of the interactions that govern physics at the subatomic level. One of the options developed to discriminate different particles with similar energy is the composition of several stage detectors, usually called Telescope Detection Systems. In this work four Single Sided Silicon Stripped detectors with thicknesses of ≈20 µm have been characterized to improve their response as ∆E in Telescope detection systems. The characterization resulted in the precise determination of the detector thickness throughout its surface. Two different methods were applied to achieve this goal. Maximum deviations of up to 35 % were observed. This charactererization will allow for a better resolution of the system and a clearer discrimination of the reaction products. Several steps were undertaken during the analysis. The angular calibration of the setup was performed using the scattering reaction 10Be + 197Au at energies below the Coulomb barrier. The energy calibration of the E stage was performed using radioactive sources and corrected for high energies by applying a gain match procedure that allowed a tighter constrain in the event selection. The energy calibration of the thin detectors, done with low energy nuclear reactions and radioactive sources, had to consider the struggling of particles in the dead layers of the material to correctly determine the energy deposited by incident particles in the active detector layer. The results of this work will allow a more precise analysis of the reaction data on the exotic nucleus 10Be on the magic nucleus 120Sn, measured for the first time at energies around the Coulomb Barrier, at the LNS laboratory in Catania (Italy).

Os sistemas de localização exterior baseados em sinais de rádio frequência têm merecido grande atenção da comunidade científica e industrial, tendo adquirido uma maturidade muito grande. Já os sistemas de localização em interiores, usando sinais de rádio frequência, apesar dos inúmeros trabalhos científicos que têm vindo a ser desenvolvidos, ainda não atingiram o mesmo nível de maturidade, sendo necessária a realização de mais estudos. Nos últimos anos, a comunidade científica tem explorado o problema da localização em espaços interiores recorrendo ao uso de aprendizagem de máquina. Os modelos de aprendizagem de máquina têm recebido bastante atenção no que diz respeito à previsão de variáveis espaciais. Contudo, uma das desvantagens destes métodos é o custo associado a obter a melhor configuração de pré-processamento de dados, seleção do modelo e a sua parametrização. Neste projeto será apresentada uma solução de localização interior baseada em sinais de radio frequência e modelos de aprendizagem de máquina. A área de interesse é um armazém da DHL Express, localizado no aeroporto de Lisboa. A metodologia desenvolvida foi constituída, numa primeira fase, pela definição das variáveis de ambiente, posteriormente pela recolha das mesmas e numa fase final pela construção de uma rede neuronal (Percetrão Multicamada). A partir dos resultados obtidos, a rede foi sujeita a um ajuste dos hiperparâmetros e avaliação de alternativas que pudessem maximizar a sua capacidade de previsão espacial, nomeadamente técnicas de clustering. Utilizou-se um servidor na nuvem para a recolha dos dados e implementação de um cluster Kafka que serve como um registo de eventos distribuído. Kafka é um sistema que segue o modelo produtor consumidor, onde produtores usam tópicos para enviar mensagens para o Kafka e os consumidores consomem dados desses tópicos. Para efeitos de cálculo da eficácia do funcionamento do algoritmo, usou-se como métrica o erro médio absoluto entre os valores reais medidos e os valores estimados para cada localização real de acordo com os resultados que serão apresentados.

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This work is based on the proposal of integrating Business Rules in a software product called SIIP, intended to serve the Public Illumination Division of Lisbon’s city council, which is a public organization. This application helps manage all types of requests related to the city’s public illumination, such as maintenance or damage, storage management of public illumination components, and alert system integration. The current methods the Public Illumination Division uses are considered inefficient and outdated, and this work tries to contribute to that. The business rules integration will try to improve the features mentioned above by providing an automated alternative to some processes that are very costly with current outdated mechanisms. This implementation is a particular challenge in this project because of the current deprecated status of most public applications, as technological usage is not yet very well integrated within public divisions. This fact is also part of this work, creating a case study to compare the technological knowledge between private and public organizations. This study served as a knowledge base for getting a better context of the SIIP application. This work explains all the phases that a project of this kind should consider, including research about related applications and why Business Rules are essential, context gathering of the environment, client and application, and the development process of developing the application and creating an integration proposal of the Business Rules within the ap plication in order to promote better technological optimization within organizations. To further sustain the thesis of why Business Rules is an essential subject to this work, a case study was created and conducted, inquiring voluntary people about how public and private organizations differ in technological advances, difficulties, and access provision. At a final stage, the Business Rules integration proposal is then applied, which includes prototyping and development of the whole structure needed to integrate the Business Rules within the SIIP system, trying to promote its use to improve efficiency and better workflows.

O relatório aqui apresentado foi desenvolvido no contexto do Mestrado em Ensino de Geografia da Universidade de Lisboa e da unidade curricular de Iniciação à Prática Profissional. A sequência didática implementada no âmbito da disciplina de Geografia do 11º ano do Ensino Secundário Profissional, no módulo B7- “A Mobilidade de Bens e Pessoas”. Foram desenvolvidas várias atividades, designadamente a resposta a uma ficha diagnóstica e a realização de uma análise SWOT para levantamento de ideias prévias, exploração de algumas apresentações em PowerPoint, resolução de uma ficha de recapitulação, elaboração e apresentação de um trabalho de grupo, exploração de vídeos, resposta a Quizz’s, realização de uma atividade intitulada de “Quem Sou eu?”, uma visita virtual ao Museu da Carris e ao Porto de Lisboa e a realização de um teste de avaliação. Os objetivos das atividades desenvolvidas estão subdivididos em objetivos gerais, como compreender a competitividade dos diferentes modos de transportes, analisar a distribuição das redes de transporte e compreender papel das TIC na atualidade; e objetivos específicos, como identificar as vantagens e desvantagens de cada modo de transporte, discutir os melhores transportes a utilizar em diversas situações, problematizar papel das TIC na dinamização dos diferentes espaços e analisar o estudo de caso do Porto de Sines. Os alunos, ao longo deste módulo, compreenderam a competitividade dos diferentes modos de transporte, identificando vantagens e desvantagens, discutiram a distribuição espacial das redes de transporte e o impacto das TIC na atualidade. Os alunos aprenderam ainda a realizar uma análise SWOT e a utilizar as TIC para desenvolverem os seus trabalhos.

Brown dwarfs are substellar objects with masses ranging from 0.08 Solar masses at the high end, down to those overlapping with masses of giant exoplanets. The study of young brown dwarfs is key to understanding both planet- and star-formation processes. It helps constrain the low-mass regime of the Initial Mass Function which, for nearby star-forming regions, is well characterized down to ∼ 10 − 20 Jupiter masses but becomes loosely defined for lower mass values. Having in mind that young brown dwarfs are very faint sources, a complete census of brown dwarfs in nearby star-forming clouds, where they can be more easily detected, is imperative to improve our knowledge on both planetary and stellar formation models, as well as the shape of the substellar Initial Mass Function. The Corona Australis cloud is one of the closest star-forming regions to the Solar system, at a distance of ∼ 150 parsecs. In 2017, it was observed using the Suprime-Cam instrument at the Subaru telescope. These observations have a field-of-view of ∼ 0.255 deg2 , and result in the deepest optical photometric catalog of the region with magnitudes ranging down to 23 mags in the I-band, which is equivalent to ∼ 3 Jupiter masses at a distance of 150 pc (with no extinction) using the AMES-COND model. The work of this thesis consists of the data reduction of this dataset and of the selection of a list of candidate sources for future spectroscopic observations in Corona Australis. The PSF photometry has been performed using the Source-Extractor and PSFEx software and calibrated with the help of the DENIS I-band photometry, and colours were obtained by cross-matching the dataset with the VISTA Hemisphere Survey catalog. This resulted in an IJKs catalog of 21 133 sources. After photometry, we selected sources from our catalog which presented colours consistent with those of young objects. From the resulting list of sources, we made two further selections. One for the sources present in the Gaia EDR3 catalog, selecting those with proper motions and parallaxes similar to spectroscopically confirmed members of Corona Australis. This selection produced a list of 15 objects. For the other selection, below the Gaia limit, we use only colours. Most of the sources we are interested in are substellar objects and are, hence, very faint. Because of this, they were not detected by Gaia. As such, we selected sources which are below the Gaia limit (I ∼ 19 mag) and above 22 mag. This method resulted in a list of 313 sources, where 145 objects present colours for masses below 5 Jupiter masses, and with most of our candidates residing in the planetary-mass regime (if indeed confirmed as members of Corona Australis) according to the AMES-COND models. It should be stressed, however, that this selection method is expected to produce a large number of contaminants and therefore requires further confirmation through spectroscopy observations. The total list of candidates for follow up spectroscopy observations is then composed of 328 sources. During the Subaru observations, an Hα catalog was also produced. Hα information from this catalog was used to flag possible active accretors in our list of candidates, although only 3 sources from our list of 328 candidates present bright Hα emission. Using empirical models from Pecaut and Mamajek (2013), we built an extinction map of the observed field. This extinction map was used alongside the Besançon galaxy model to estimate the number of contaminants in our list of candidates for follow-up spectroscopy observations. We found a contamination rate of ∼ 90%, meaning we expect to confirm ∼ 30 new planetary mass brown dwarfs. Having only ∼ 100 of these objects been identified so far, our spectroscopy efforts may increase the current budget of known free-floating planetary mass objects by ∼ 30%. The preparatory work for the follow-up spectroscopy observations is also developed here. These observations will be done using the K-band Multi Object Spectrograph at the Very Large Telescope. Seven different fields are proposed encompassing 219 sources from our selection list. Using the Exposure Time Calculator, KMOS-dedicated software and the observation preparation tool p2, we estimate a full exposure time of six hours and twenty-five minutes.

The Iberian Pyrite Belt is a world-class metallogenic district developed at the Devonian-Carboniferous boundary in the Iberian Variscides that currently has seven active mines: Neves Corvo (Cu-Zn-Sn) and Aljustrel (Cu-Zn) in Portugal, and Riotinto (Cu), Las Cruces (Cu), Aguas Teñidas (Cu-Zn-Pb), Sotiel-Coronada (Cu-Zn-Pb), and La Magdalena (Cu-Zn-Pb) in Spain. The Iberian Pyrite Belt massive sulfide ores are usually hosted in the lower sections of the volcano-sedimentary complex (late Famennian to late Visean), but they also occur in the uppermost levels of the phyllite-quartzite group at the Neves Corvo deposit, stratigraphically below the volcano-sedimentary complex. A Pb-Nd-Sr isotope dataset was obtained for 98 Iberian Pyrite Belt metapelite samples (from Givetian to upper Visean), representing several phyllite-quartzite group and volcano-sedimentary complex sections that include the footwall and hanging-wall domains of ore horizons at the Neves Corvo, Aljustrel, and Lousal mines. The combination of whole-rock Nd and Sr isotopes with Th/Sc ratios shows that the siliciclastic components of Iberian Pyrite Belt metapelites are derived from older quartz-feldspathic basement rocks (–11 ≤ εNdinitial ≤ –8 and (87Sr/86Sr)i up to 0.727). The younger volcano-sedimentary complex metapelites (upper Tournaisian) often comprise volcanic-derived constituents with a juvenile isotopic signature, shifting the εNdi up to +0.2. The Pb isotope data confirm that the phyllite-quartzite group and volcano-sedimentary complex successions are crustal reservoirs for metals found in the deposits. In Neves Corvo, where there is more significant Sn- and Cu-rich mineralization, the higher (206Pb/204Pb)i and (207Pb/204Pb)i values displayed by phyllite-quartzite group and lower volcano-sedimentary complex metapelites (up to 15.66 and 18.33, respectively) suggest additional contributions to the metal budget from a deeper and more radiogenic source. The proximity to Iberian Pyrite Belt massive sulfide ore systems hosted in metapelite successions is observed when (207Pb/204Pb)i >15.60 and Fe2O3/TiO2 or (Cu+Zn+Pb)/Sc >10. These are important criteria that should be considered in geochemical exploration surveys designed for the Iberian Pyrite Belt.

A presente dissertação enquadrará e descreverá diacronicamente a noção de mediação, considerando as descrições e os descritores expressos no CEFR-CV para esta mesma noção. A partir de a noção de mediação será também discutida a abordagem orientada para a ação e os vários aspetos relativos a esta abordagem didática ao ensino e aprendizagem de línguas estrangeiras/línguas segundas. Serão analisadas diferentes propostas e modelos de seleção e avaliação de manuais didáticos e será também reconsiderada a noção de contexto pedagógico. Por fim, será descrito e proposto, através de critérios adequados, um modelo avaliativo de manuais didáticos baseado na noção de mediação, que em seguida se aplicará a um manual didático autêntico destinado ao ensino e aprendizagem do português como língua estrangeira/língua segunda.

In this article we describe EPOS Seismology, the Thematic Core Service consortium for the seismology domain within the European Plate Observing System infrastructure. EPOS Seismology was developed alongside the build-up of EPOS during the last decade, in close collaboration between the existing pan-European seismological initiatives ORFEUS (Observatories and Research Facilities for European Seismology), EMSC (Euro-Mediterranean Seismological Center) and EFEHR (European Facilities for Earthquake Hazard and Risk) and their respective communities. It provides on one hand a governance framework that allows a well-coordinated interaction of the seismological community services with EPOS and its bodies, and on the other hand it strengthens the coordination among the already existing seismological initiatives with regard to data, products and service provisioning and further development. Within the EPOS Delivery Framework, ORFEUS, EMSC and EFEHR provide a wide range of services that allow open access to a vast amount of seismological data and products, following and implementing the FAIR principles and supporting open science. Services include access to raw seismic waveforms of thousands of stations together with relevant station and data quality information, parametric earthquake information of recent and historical earthquakes together with advanced event-specific products like moment tensors or source models and further ancillary services, and comprehensive seismic hazard and risk information, covering latest European scale models and their underlying data. The services continue to be available on the well-established domain-specific platforms and websites, and are also consecutively integrated with the interoperable central EPOS data infrastructure. EPOS Seismology and its participating organizations provide a consistent framework for the future development of these services and their operation as EPOS services, closely coordinated also with other international seismological initiatives, and is well set to represent the European seismological research infrastructures and their stakeholders within EPOS.

Durante o desenvolvimento embrionário, as células do embrião dão origem a diferentes tecidos, dependendo da potência que tiverem. Em estados iniciais do desenvolvimento embrionário, as células pluripotentes surgem no epiblasto (EPI), pré-implantação. Estas células têm a capacidade de formar qualquer tipo de linha celular das três camadas germinativas, e ainda as células germinais primitivas. As células pluripotentes de ratinho podem ser isoladas da massa celular interna do blastocisto (estágio 3.5) e mantidas in vitro, com a capacidade de se dividirem e renovarem-se a si próprias, em um meio condicionado chamado 2i/LIF. Estas células são chamadas de células estaminais embrionárias de rato, com a sigla mESCs (vinda do inglês “mouse embryonic stem cells”). Ainda durante o início do desenvolvimento, os embriões de várias espécies de mamíferos podem entrar num estado de dormência, conhecido como diapausa. Diapausa é caracterizado pelo atraso da implantação do embrião às paredes uterinas. Estudos mostram que este estado é induzível in vitro tanto em blastocistos (pela inibição da hormona estrogénio e injeção diária de progesterona), como em mESCs (pela inibição da molécula mTOR ou da c-Myc). In vivo, após cinco dias da indução da diapausa, foi sugerido que as células da massa celular interna do blastocisto têm um metabolismo semelhante ao dos estados de quiescência. Quiescência é um tipo de paragem do ciclo celular, reversível, que em muitas espécies é semelhante com diapausa. Um exemplo de quiescência foi demonstrado ser provocado após acumulação da proteína p21, em resposta a danificação intrínseca do ADN. Em blastocistos nos quais a diapausa foi induzida, foi sugerido que p21 medeia a retenção das células do blastocisto na fase G0/G1 do ciclo celular e que reduz a replicação do ADN. Apesar disto, ainda não é conhecido se o ciclo celular das mESCs em diapausa é suspenso ou se o seu progresso é desacelerado. Por tanto, ainda não se sabe se este processo é dependente da proteína p21 e/ou se tem outro mecanismo envolvido. O objetivo do meu projeto é caracterizar a regulação do ciclo celular em mESCs, in vitro, e como é iniciado, mantido e terminado o estado de diapausa. Para tal, técnicas de quantificação de imagens de células tanto fixadas como vivas foram usadas para avaliar a expressão de reguladores do ciclo celular. Foi ainda desenvolvido uma linha celular que reporta a atividade de p21 com fluorescência, por CRISPR/Cas9. O avanço do nosso conhecimento nesta área poderá permitir a confirmação de se diapausa ocorre em humanos, em estudos futuros, possivelmente permitindo uma melhor previsão das datas de nascimento. Por outro lado, este avanço poderá ainda informar o nosso conhecimento para descoberta de novas terapias oncológicas, visto que alguns cancros parecem resistir a quimioterapia através da entrada num estado semelhante a diapausa. Aqui, foi reproduzido o modelo de dormência, antes publicado, pela inibição de mTOR (mTORi). Este modelo foi usado para explorar o fenótipo do seu ciclo celular. Através dele, observou se que o mTORi também causa suspensão do progresso do ciclo celular, com a redução da fração de células que estão na fase S do ciclo, aumento das células em G1, e ainda redução dos valores de expressão da proteína ciclina D e da fosforilação da proteína Rb (P-Rb). Resultados semelhantes foram obtidos quando Nutlin foi usada como tratamento, um ativador da proteína p53. Este tratamento também reduziu o crescimento das mESCs, e a fração de células na fase S. No entanto, os valores de fluorescência de P-Rb quando Nutlin é usado sugerem duas populações de células. Quando o ciclo celular destas células tratadas foi analisado, observou-se um aumento da percentagem de células tanto na fase G1 como na G2, sugerindo que a divisão em subpopulações indicadas pelos níveis de P-Rb poderá ser devido a estarem suspensas em fases diferentes do ciclo celular. Adicionalmente, demonstrou-se ainda que mESCs são menos sensíveis a tratamento que inibem CDK4/6, como Palbociclib, em relação a células somáticas. Palbociclib reduziu os níveis de P-Rb e a fração de células da fase S, com o aumento de células em G1. Contrariamente aos outros inibidores usados, com Palbociclib não se observou alterações nas intensidades detetadas da proteína ciclina D. Adicionalmente, com o intuito de acompanhar a dinâmica dos níveis de expressão da proteína p21, em tempo real, enquanto as células entravam e saiam do estado de diapausa, as mESCs foram transfetadas para incorporar o ADN da proteína de fluorescência mRuby, dentro do gene que codifica a proteína p21, usando CRISPR/Cas9. Posto isto, o relatório final do projeto está aqui representado, apontando novos conhecimentos fascinantes e pontos importantes para próximos estudos, na investigação de como as mESCs entram e saem do estado de diapausa.

Os custos e as consequências causadas pela corrosão de ligas metálicas são de grande importância e justificam, por si só, um estudo abrangente em relação às suas causas, mecanismos de identificação, deteção e desenvolvimento de métodos de prevenção e proteção. Na indústria aeronáutica e aeroespacial utilizam-se as ligas de alumínio devido à sua excelente razão entre propriedades mecânicas e peso, no entanto estas são suscetíveis de sofrer corrosão. Para prevenir a sua corrosão utilizam-se normalmente tratamentos químicos com compostos à base de crómio (VI). A utilização destes compostos foi, no entanto, proibida desde 2007 devido à sua carcinogenicidade e impacto ambiental negativo. Este trabalho, que resulta de uma parceria entre a Força Aérea Portuguesa (FAP) e a Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (FCUL), contando com a colaboração do Instituto de Soldadura e Qualidade (ISQ) e da Agência Espacial Europeia (ESA), pretende dar um contributo importante para as indústrias aeronáutica e aeroespacial Os resultados obtidos nesta tese poderão ser utilizados na produção industrial durante o processo de substituição dos produtos de conversão química que contêm crómio hexavalente. Para além dos produtos de conversão química também foram estudados novos aditivos para a conversão eletroquímica com capacidade inibitória da corrosão. Os provetes tratados com os novos aditivos com capacidade inibitória, obtidos de fontes sustentáveis, foram comparados com provetes anodizados num banho de anodização, que consistiu numa solução (TSA) de ácido tartárico e ácido sulfúrico (0,46M), o qual é utilizado pela AIRBUS e EMBRAER. Os processos utilizados no presente trabalho foram otimizados, de forma a contemplar uma rápida implementação na indústria aeronáutica e aeroespacial, e que esta seja economicamente viável, de rápida certificação e qualificação quer dos processos de conversão de superfícies, bem como das instalações e dos operadores que realizam estes processos industrialmente. A resistência à corrosão dos produtos de conversão química e de conversão eletroquímica foi monitorizada por ensaios de polarização potenciodinâmica e análise de espectroscopia de impedância eletroquímica. No caso dos aditivos com capacidade inibitória, obtidos de fontes renováveis determinou-se ainda o mecanismo de inibição através da voltametria cíclica. A molhabilidade das superfícies modificadas, factor de extrema importância para a definição do esquema de pintura posterior, foi avaliada por goniometria de ângulo de contacto. Empregou-se a elipsometria para estimar a espessura dos filmes de conversão formados. Para aprofundar o conhecimento do comportamento dos revestimentos comerciais, foram realizados ensaios de forma a simular condições e/ou ambientes mais severos de corrosão. Para tal foram realizados ensaios de resistência ao nevoeiro salino, ensaios de humidade e temperatura, ensaios de exposição a ciclos térmicos e ensaios de corrosão atmosférica. A sua morfologia foi avaliada por microscopia metalográfica e microscopia eletrónica de varrimento acoplada com Espectroscopia de Energia Dispersiva de Raios-X. Para determinar as possíveis interações químicas entre os aditivos com capacidade inibitória em estudo obtidos de fontes renováveis e o metal, recorreu-se à técnica de Espectroscopia no Infravermelho por Transformada de Fourier (FTIR). Para avaliar o comportamento do revestimento em contexto real, foi aplicado o revestimento que melhor resultado obteve nos ensaios laboratoriais, o PreCoat A32, em componentes da aeronave EPSILON TB30 da Força Aérea Portuguesa ficando estes componentes expostos a condições ambientais com o fim de contemplar factores que não são possíveis de realizar em contexto laboratorial. Dos ensaios realizados foi possível constatar que o PreCoat A32 apresenta uma boa resistência à corrosão, podendo ser uma alternativa promissora na conversão química de superfícies. Igualmente as camadas obtidas nos banhos contendo os aditivos orgânicos com capacidade inibitória apresentam-se como uma alternativa viável e sustentável na prevenção contra a corrosão face ao ácido sulfúrico (SA) e com um comportamento praticamente similar ao TSA.

Good recreational water quality at a beach means that it is possible to bathe with a negligible probability of becoming ill, from exposure to waterborne pathogens. However, this does not tell the whole story since most of the time spent at the beach is not in the water. Sand became a subject of study a few decades ago, but for some reason, the implementation of quality standards never took place until recently. In 2017 Argentina took the first step and added sand inspection to the national bathing water regulation. In 2018, Lithuania added helminths in sand to its own regulation. Yet, the validation of the need to monitor sand happened in 2003, with the publication of the Guidelines for safe recreational water environments by the World Health Organisation. Since then, publications continued to emerge at a slowly on-growing pace but without clear recommendations of monitoring parameters and levels, water continued to be the focus of national regulations everywhere for almost fifteen years. In 2012, a paper was published with the first report of health effects of unmonitored sand, during an epidemiological study performed in the United States of America. In 2015, a broad white paper was published recommending methods and stating reasons for monitoring sand. It was the result of an international meeting and covers direct exposure by being at the beach, regardless of the level of contact, and water quality parameters levels rise due to run off. Bird droppings on sand are a known contribution to faecal indicator bacteria levels in sand and consequently in adjacent waters. Beaches can get closed due to their excessive presence, according to regulation. Sand needs therefore to be regulated too. This thesis was designed to fill gaps in the knowledge and produce a sustained recommendation on methods, parameters and needs-to-do in the future.

Mutations in the Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator (CFTR) protein cause Cystic Fibrosis (CF), the most common life-shortening monogenic condition in Caucasians. Recent evidence indicates that in addition to being an anion channel CFTR plays a role in other cellular processes, including development, differentiation, and regeneration. Accordingly, reduced/dysfunctional CFTR leads to increased cancer risk. CF was recently suggested to be associated with epithelial-mesenchymal transition (EMT), a latent developmental process, which can be re-activated in fibrosis and cancer. However, it is unknown whether EMT is indeed active in CF, if it is triggered directly by dysfunctional CFTR or by other factors, which pathways bridge CFTR and EMT and how to best study epithelial differentiation in CF. This work was undertaken to clarify these questions. In the first chapter CF native tissues and cells were found to display several signs of active EMT including destructured epithelial proteins/junctions, increased mesenchymal protein levels, and a high proliferation rate. Altogether, the results identified that EMT is intrinsically triggered by absence of functional CFTR through a TWIST1-dependent mechanism. In the second chapter a systems biology approach identified potentially dysregulated EMT signalling in CF (including the Hippo, Wnt, TGF-β, p53 and MYC pathways), integrated by YAP1 and TEAD4. Thus, putative proteins and pathways mediating EMT and fibrosis in CF were identified with potential therapeutic outcomes to both CF and cancer. In the third chapter immortalized basal cell models BCi-NS1.1 and BCi-CF1.1 (models of epithelial cell differentiation expressing wt- and F508del-CFTR) were characterized regarding their cellular junctions and differentiation status. Preliminary data pointed to F508del-CFTR impairing formation of several cell junctions and resulting in loss of stemness. Altogether these findings suggest that CFTR plays a direct role in EMT protection and proper epithelial cell differentiation and that its dysfunction promotes activation of detrimental signalling pathways and phenotypes.

Aim of the study.—We aim to describe the clinical and neurophysiological characteristics of a group of patients with a clinical diagnosis of deep palmar branch lesion of the ulnar nerve. We report the clinical and neurophysiological outcome. Population and method.—Eleven patients (six males, mean age: 52 years) were included prospectively. Neurophysiological studies were performed in all patients at diagnosis and longitudinally in five. Results.—Occupational trauma was the cause of the nerve lesion in seven patients, neuritis was diagnosed in one and an idiopathic lesion was the final diagnosis in two. In 10 patients, conservative management with interruption of repetitive trauma led to a progressive full recovery. Hand weakness was progressive in one patient who underwent surgical intervention with a diagnosis of ganglion compression, whose removal caused gradual improvement. Neurophysiological studies confirmed severe deep branch lesion, but in four a mild proximal lesion of the ulnar nerve at the wrist was identified. Follow-up neurophysiological studies confirmed the rapid resolution of the lesion. Conclusion.—Conservative management should be the first option in patients with deep palmar branch lesion of the ulnar nerve, in particular in patients with a work-related lesion. Electromyography has a central role in diagnosis.

The spatiotemporal organisation of cells is essential for the correct performance of organisms, which implies a complex and highly regulated system. In eukaryotic cells, this aspect is of particular importance, with the cytoskeleton playing a key role as a determinant of cell architecture and function. Regarding plant cells, the actin cytoskeleton is involved in most developmental processes, regulating membrane trafficking, organelle movement, morphogenesis and the establishment and maintenance of cell polarity. The dynamics of the actin cytoskeleton are regulated by numerous actin-binding proteins (ABPs), that modulate the polymerisation/depolymerisation of filaments, mediate the transport of cellular components, contribute to the formation of higher-order actin structures, and serve as a bridge between the actin cytoskeleton and membrane structures in the cell. The NETWORKED (NET) proteins are a recently characterised, plant-specific superfamily of actin-binding proteins that serve as interfaces between the actin cytoskeleton and various cell membranes. Some members (NET3A, NET3C; NET4A, NET4B) share a conserved domain in the C-terminal region that has at its centre three conserved amino acids – isoleucine (I), arginine (R) and glutamine (Q) – and was thus termed the IRQ domain. A bioinformatics search resulted in a list of six additional proteins, with a high level of conservation in the central and flanking regions of the domain, designated IRQ1-6. The newly identified IRQs along with the aforementioned NETs were named the IRQ family. Rab proteins are part of the Ras superfamily of small guanosine triphosphatases (GTPases), which function as GDP/GTP regulated molecular switches and are widely known for their involvement in membrane trafficking; their role is to recruit effectors (e.g., motor proteins and tethering factors) that facilitate downstream membrane trafficking events. It has been shown in Arabidopsis thaliana that NET4A and NET4B interact with members of the RabG3 subfamily of Rab GTPases, RABG3A and RABG3F, and that the IRQ domain is responsible for this interaction. Further work determined that these NETs are true Rab effector proteins through the IRQ domain, which raised the hypothesis that the IRQ domain is a novel plant Rab interaction motif and that other IRQ domain-containing proteins may also be Rab effectors. Rab GTPases of the RabG subfamily, also referred to as Rab7 GTPases, are involved in a vesicular trafficking pathway to the vacuole, which starts from the trans-Golgi network (TGN) to the pre-vacuolar compartments/multivesicular bodies (PVCs/MVBs) and ends at the vacuole, with the sequential activation of GTPases Rab5 (corresponding to RabF subfamily) and Rab7. This thesis focussed on the functional characterisation of two members of the IRQ protein family in Arabidopsis, IRQ2 and IRQ3, as potential actin-binding proteins recruited by RabG3 GTPases to mediate vacuole-related membrane trafficking events. The experiments performed in this thesis demonstrated that IRQ2 and IRQ3 interact with RabG3 GTPases, RABG3A and RABG3F, similarly to what was observed for the NET4A and NET4B proteins, and it was possible to prove, at least in part, that this interaction is dependent on the IRQ domain. However, the interaction domain of these IRQs with Rab GTPases appears to include other elements along the proteins, as studies involving the N-terminal region seemed to demonstrate. In addition to these results, it was also observed that the IRQ2 and IRQ3 proteins are distributed in distinct patterns in the plant cell, which may be related to these proteins binding different forms of actin; however, this aspect requires additional experimental confirmation.

Relaxation time T2 is very useful for early detection of osteoarthritis in the knee articular cartilage using magnetic resonance imaging, as this condition is characterized by the loss of collagen integrity and increase of water content that leads to an increase of the T2 value. In clinical settings, T2 mapping is usually performed with a multi-spin-echo sequence followed by a mono-exponential fitting. However, the dictionary-based method has enabled more accurate T2 estimates by matching the multi-spin-echo data to a dictionary of pre-computed echo modulation curve. The focus of this dissertation is to compare different multi-spin-echo protocols for T2 mapping, in a phantom, by varying the flip angle of the refocusing radiofrequency pulse, as this affects the total acquisition time in order to meet the restrictions on the specific absorption rate, to find the most suitable protocol for in vivo acquisitions in the knee articular cartilage. A series of acquisitions were performed with the different multi-spin-echo sequence protocols on the ISMRM/ NIST phantom with a 3.0 T scanner, varying only the refocusing pulse flip-angle from [90, 120:5:145, 180]º, creating T2 maps through a mono-exponential fitting and echo modulation curve match for each protocol. The results obtained for both methods confirm a higher accuracy of T2 estimates with echo modula tion curve match compared to mono-exponential fitting. The comparison of the estimates obtained for the different protocols with the dictionary-based method showed reasonable values, however the 125º was considered the most suitable flip angle protocol for the in vivo acquisitions. The intra-scanner repro ducibility of the method for the selected protocol showed reliable results, exhibiting similar estimates for the three repetitions. This protocol was subsequently used in preliminary in vivo tests, with application of the dictionary method in three asymptomatic healthy subjects, obtaining promising values, of 32.3±8.8 ms; 36.9±10.5 ms; 36.7±9.5 ms, compared to the literature, which presents T2 values for a healthy knee cartilage at around 33.0 ms. The impact that physical stress has on the estimates of T2 in cartilage was also studied, revealing a decrease in the relaxation time after direct impact on the articular cartilage (T2 at rest vs stress, 36.7±9.5 ms vs 34.6±10.1 ms and 36.0±9.1 ms vs 34.9±10.1 ms, for the right and left knees, respectively). The overall results of this work presented a practical multi-spin-echo protocol for clinical use of knee cartilage imaging to create T2 maps estimated with the dictionary-based method.