RCAAP Repository

UXUC - User experience & urban creativity scientific journal, vol.2, nº1 (Dez. 2020)

The issue opens with Philipp Shadner’s discussion of the 1970s punk movement, which not only questioned and provoked aesthetic values but also has had a major influence on the multitude of styles of urban art until the present. Shadner gives us insights into the history of the punk movement, the symbols and slogans punks used and still use not only for tagging urban spaces, but also put temporarily or permanently on their skins and/or their clothes to create a visual struggle against the conformist mainstream society. Arthur Crucq’s article analyses the social and political role of collaboratory art in an urban community in The Hague, Netherlands. Using examples of textile installations, Crucq’s discussion centers on recognizing community art projects as autonomous platforms for the development of political agency in the urban space. Jeni Peake looks at street art activism from the perspective of linguistics. Peake explores English graffiti found in urban spaces in the city of Bordeaux, France. With a large number of the graffiti examples adhering to many themes of social struggle, Peake’s article seeks to establish to what extent the use of English could be understood as a political or at least rebellious and creative act. Angelos Evangelidis examines the political posters on the walls of the streets in Athens that worked as both a visual and political platform for the anti-austerity movement in Greece (2010-2015). Furthermore, Evangelinidis’ literature review shows that the dialectical relationship between urban space and visual practice is the key to map the process of art’s role in social struggles.

Year

2020

Creators

Neves, Pedro Soares Tunali, Tijen Schadner, Philipp Crucq, Arthur Peake, Jeni Evangelinidis, Angelos Altomonte, Jenna Ann Vignau, Mathilde Lawrence, Todd Lorah, Paul Shirey, Heather Daniels, Tiaryn Shogren-Smith, Hannah Uwagwu, Chioma Masiyev, Alla

Trends in overweight and obesity in Portugal : the National Health Surveys 1995 to 1996 and 1998 to 1999

Objective: To assess overweight and obesity trends in the Portuguese population. Research methods and procedures: National Health Surveys, conducted in 1995-6 (17,989 men; 20,249 women) and 1998-9 (17,923 men; 20,302 women), were used. Results: In men, the prevalence of overweight and obesity increased from 39.9% (95% CI: 39.2 to 40.6) and 10.3% (95% CI: 9.9 to 10.7), respectively, in 1995-6, to 42.5% (95% CI: 41.8 to 43.2) and 11.5% (95% CI: 11.0 to 12.0), respectively, in 1998-9. In women, prevalence of obesity increased from 12.7% (95% CI: 12.2 to 13.2) in 1995-6 to 14.2% (95% CI: 13.7 to 14.6) in 1998-9, whereas the prevalence of overweight remained stable: 32.2% (95% CI: 31.6 to 32.9) in 1995-6 and 32.3% (95% CI: 31.6 to 32.9) in 1998-9. In men, prevalence of overweight and obesity were higher among former smokers and educational group of 6 to 12 years, and prevalence of obesity was higher in the Lisbon region. In women, prevalence of overweight and obesity were higher among never smokers, and prevalence of obesity was higher among educational group of -6 years. Prevalence of obesity was higher in the Alentejo region, and overweight was higher in the Center region. Finally, prevalence of obesity increased in both sexes for all strata studied (age, smoking status, educational level, and geographic region), whereas prevalence of overweight increased only in men. Discussion: In Portugal, overweight and obesity levels are related to sociodemographic factors; the increase in obesity levels stresses the need for preventive measures.

Year

2005

Creators

Marques-Vidal, Pedro Matias Dias, Carlos

UXUC - User experience & urban creativity scientific journal, vol.2, nº2 (Dez. 2020)

On the 2020 conference was in fact proven that the consistency of knowledge and structure of thought in the several disciplinary areas regarding the urban creativity topics, are giving way to multiple approaches to classes integrated in master courses, informing the teaching of art historians, the work of designers, and research of cognitive scientists and educators. It was evident that this trend will continue in multiple forms including experimental ones bridging theory and practice, sometimes inverting the role of researchers and authors, but always enlarging audiences, practitioners and studious. On this issue you can observe how the relation evolved between UX (User Experience) and Urban Creativity topics.

Year

2020

Creators

Neves, Pedro Soares Bazargan, Nasim Valizadeh Caymaz, Gökçen Firdevs Yücel Mousavi, Mirnajaf Ghalehteimouri, Kamran Jafarpour Hekmatnia, Hassan Kashkouli, Ali Bagheri Rosa, Aura Fernandes Taipa, Sofia Barata, Susana Anacleto, Rafael Rafael, Sónia Ferreira, João Stimberg, Simon Julião, Rodrigo Santos, Tomás Montellano, Madalena Nascimento, Gonçalo Quitério, Catarina Flores, Isabel Marques, Catarina Hentsch, Luísa Domingues, Sofia Mota, Bárbara Rua, Eva Verdi, Roberta Lopes, Beatriz Nassar, Ema Marques, Gonçalo Mateus, Inês Dâmaso, Laura Godinho, Margarida

ISBE & Cochrane Portugal Newsletter nº 111: Comparação das principais vacinas da COVID-19: análise de benefício global, em subgrupos de risco e nas variantes mais importantes

Esta Newsletter (NL) resulta de uma parceria entre o Instituto de Saúde Baseada na Evidência e a Cochrane Portugal, e tem como objectivo disponibilizar informação sobre áreas interessantes para a prática clínica, com base na melhor evidência científica. São incluídos estudos relevantes, criticamente avaliados pela sua validade, importância dos resultados e aplicabilidade prática, resumidos numa óptica de suporte à decisão. É dada prioridade a estudos de causalidade incluindo-se ainda, quando justificado, estudos qualitativos e metodológicos, assim como revisões científicas. O conteúdo da NL é da exclusiva responsabilidade do(s) seu(s) autor(es).

Year

2021

Creators

Carneiro, António Vaz Henriques, Susana Oliveira

Video tolling integrated solution

A indústria de cobrança de portagens foi instituída no século VII com o intuito de financiar e auxiliar na manutenção de vias públicas através do pagamento de taxas correspondentes ao seu uso. Contudo, o advento do uso massificado de veículos automóveis, e consequente aumento do tráfego, obrigou à adaptação desta indústria aos tempos modernos, tendo sido introduzida uma filosofia de livre trânsito complementar à tradicional paragem para pagamento. A adoção deste tipo de medida foi possível graças ao desenvolvimento de tecnologias de reconhecimento ótico de caracteres, que permitem a identificação da matrícula, aliados ao uso de identificadores registados para cada veículo. Porém, a ausência de paragem implica também a existência de infrações de condutores que circulem com matrículas obscurecidas ou de difícil leitura. Deste modo, é desejável o uso de métodos complementares de auxílio à identificação dos veículos, caso do reconhecimento da marca e modelo dos mesmos (MMR). Os sistemas de reconhecimento ótico de caracteres com o objetivo de identificar matrículas são já implementados nas soluções concebidas pela Accenture para os seus diversos clientes na área, tornando estes novos métodos complementares numa adição interessante à robustez dos mesmos, de modo a reduzir custos adicionais relacionados com a identificação manual de matrículas através das imagens captadas. O presente trabalho visou então, em primeira instância, o estabelecimento de uma prova de conceito com um modelo arquitetural que permitisse a integração de um sistema de reconhecimento de marca e modelo de veículos com os sistemas informáticos previamente desenvolvidos e que se encontram atualmente em uso por parte dos clientes. Para este modelo foi também estabelecido um conjunto de requisitos, tanto funcionais como não funcionais, com o intuito de minorar, tanto quanto possível, perdas no desempenho e fiabilidade dos atuais sistemas por consequência da introdução deste novo componente de MMR. Os requisitos foram definidos fazendo uso de uma versão modificada do modelo de qualidade FURPS, segundo as boas práticas definidas pela equipa de desenvolvimento do Centro de Excelência de Tolling (TCoE) da Accenture Portugal. Adicionalmente, os requisitos definidos foram sujeitos ao estabelecimento de prioridades segundo as regras MoSCoW. A captura de imagens de veículos em movimento e consequente classificação oferece desafios inerentes à sua complexidade, pelo que foram também efetuadas considerações sobre os fatores de variabilidade que devem ser tidos em conta aquando da conceção de um sistema MMR. Estes fatores foram classificados segundo três áreas principais: propriedades inerentes ao sistema de captura de imagens (RSE), propriedades do evento de captura da imagem, e propriedades do veículo. A arquitetura proposta para um eventual sistema que possa ser passível de integração com os existentes faz uso da arquitetura dos mesmos, organizando-se em quatro camadas, a saber: acesso a dados (camada inferior), gestão e regras de negócio, avaliação de resultados e aumento da base de conhecimento disponível, e correspondência (camada superior). Para a elaboração da presente prova de conceito, foram deste modo escolhidas tecnologias que permitem a integração com os sistemas Java previamente existentes sem despender demasiado esforço adicional nessa integração. Deste modo, foram utilizadas bibliotecas Python para o uso de OpenCV, que permite o processamento de imagens, e Tensorflow para as atividades relacionadas com machine learning. O desenvolvimento da prova de conceito para estes sistemas envolveu também o teste de hipóteses quanto ao modo mais vantajoso de reconhecimento da marca e modelo dos veículos propriamente dita. Para este efeito, foram equacionadas três hipóteses, que se basearam no uso de dois datasets distintos. O primeiro conceito abordado consistiu em fingerprinting de imagens associadas a um dataset desenvolvido na Universidade de Stanford, contendo 16185 imagens de veículos automóveis ligeiros em variadas poses, que podem ser divididas segundo 49 marcas e 196 modelos distintos, se for considerada a distinção dos anos de comercialização dos mesmos. Para o efeito, foi usado o modelo de características AKAZE e testados três métodos distintos para efetuar as correspondências: força bruta com teste de rácio descrito na literatura (para dois rácios distintos, 0,4 e 0,7), força bruta com recurso a função de cross-check nativa das bibliotecas usadas, e FLANN. A pertença de uma imagem a determinada categoria foi então ditada pelo estabelecimento de correspondências entre os seus pontos-chave e os pontos-chave das imagens do dataset, testando vários algoritmos de ordenação para aumentar as probabilidades de correspondência com uma imagem pertencente à mesma classe. Os resultados obtidos demonstraram, no geral, precisões relativamente baixas, sendo que nenhuma ultrapassou os 20% para o reconhecimento da marca ou modelo dos veículos. Contudo, dos ensaios efetuados, dois destacaram-se ao conseguir atingir 16,8% de precisão para a marca e 11,2% para o modelo. Estes ensaios tiveram, de resto, características em comum, sendo que, em ambos os casos, foi utilizado o método de força bruta com rácio de 0,4. Os métodos de ordenação de resultados foram, todavia, diferentes, sendo que num dos casos foi usado o valor máximo de pontos-chave em comum (MV) e no segundo um rácio entre este número de pontos em comum e o número de pontos-chave existentes (MR). De entre ambos, o ensaio que recorreu ao método MR foi considerado estatisticamente mais significativo, dado possuir um valor do coeficiente de correlação k de Cohen mais elevado em relação a MV. Os parcos resultados obtidos através deste método levaram à tentativa de adoção de uma abordagem diferente, nomeadamente no que tocava à seleção das imagens que deviam ser comparadas, uma vez que os fatores de variabilidade identificados na análise se encontravam demasiado presentes nas imagens do dataset de Stanford. Deste modo, a grelha do veículo foi identificada como região de interesse (ROI), dados os padrões distintivos inerentes à mesma e a presença do logotipo identificador da marca à qual pertence o veículo. O objetivo desta nova abordagem residia na identificação desta ROI de modo a proceder à sua extração a partir da imagem original, aplicando-sedepois os algoritmos de fingerprinting anteriormente abordados. A deteção da ROI foi efetuada com recurso a classificadores em cascata, os quais foram testados com dois tipos de características diferentes: LBP, mais rápidas, mas menos precisas, e Haar, mais complexas, mas também mais fiáveis. As imagens obtidas através da identificação e subsequente recorte foram depois analisadas segundo a presença de grelha, deteção da mesma ou de outros objetos, bem como o grau de perfeição da deteção efetuada. A determinação da ROI a recortar foi também avaliada segundo dois algoritmos: número total de interseções entre ROIs candidatas, e estabelecimento de um limiar de candidatos para uma ROI candidata ser considerada ou rejeitada (apelidado de min-neighbours). As cascatas foram treinadas com recurso a imagens não pertencentes ao dataset de Stanford, de modo a evitar classificações tendenciosas face a imagens previamente apresentadas ao modelo, e para cada tipo de característica foram apresentados dois conjuntos de imagens não correspondentes a grelhas (amostras negativas), que diferiam na sua dimensão e foram consequentemente apelidadas de Nsmall e Nbig. Os melhores resultados foram obtidos com o dataset Nsmall, estabelecimento de limiar, e com recurso a características Haar, sendo a grelha detetada em 81,1% dos casos em que se encontrava efetivamente presente na imagem. Contudo, esta deteção não era completamente a que seria desejável, uma vez que, considerando deteção perfeita e sem elementos externos, a precisão baixava para 32,3%. Deste modo, apesar das variadas vertentes em que esta deteção e extração de ROI foi estudada, foi decidido não avançar para o uso de fingerprinting, devido a constrangimentos de tempo e à baixa precisão que o sistema como um todo conseguiria alcançar. A última técnica a ser testada neste trabalho foi o uso de redes neuronais de convolução (CNN). Para o efeito, e de modo a obter resultados mais fiáveis para o tipo de imagem comumente capturado pelos RSE em contexto de open road tolling, foi usado um novo dataset, consistindo de imagens captadas em contexto real e cedidas por um dos clientes do TCoE. Dentro deste novo conjunto de imagens, foi feita a opção de testar apenas a marca do veículo, com essa classificação a ser feita de forma binária (pertence ou não pertence a determinada marca), ao invés de classificação multi-classe. Para o efeito, foram consideradas as marcas mais prevalentes no conjunto fornecido, Opel e Peugeot. Os primeiros resultados para o uso de CNN revelaram-se promissores, com precisão de 88,9% para a marca Opel e 95,3% para a Peugeot. Todavia, ao serem efetuados testes de validação cruzada para aferir o poder de generalização dos modelos, verificou-se um decréscimo significativo, tanto para Opel (79,3%) como para Peugeot (84,9%), deixando antever a possibilidade de ter ocorrido overfitting na computação dos modelos. Por este motivo, foram efetuados novos ensaios com imagens completamente novas para cada modelo, sendo obtidos resultados de 55,7% para a marca Opel e 57,4% para a marca Peugeot. Assim, embora longe de serem resultados ideais, as CNN aparentam ser a melhor via para um sistema integrado de reconhecimento de veículos, tornando o seu refinamento e estudo numa solução viável para a continuação de um possível trabalho nesta área.

Year

2020

Creators

Martins, Ana Cláudia Bernardes

Estudo de técnicas de preparação de contactos seletivos para células solares de muito alta eficiência usando filmes de SiO2/TiO2

As principais fontes de produção de energia estão, nos dias de hoje, associadas a problemas de impacto ambiental, devido à queima de combustíveis fósseis como o petróleo e o carvão. Como forma de mitigar esses problemas, a exploração de fontes alternativas de energia, como a renovável, aumentou. Entre as várias fontes de energia renovável destaca-se a energia solar devido ao seu fácil acesso, tornando-se assim um meio energético com grande interesse. E, por isso, de modo a obter um aproveitamento máximo da energia solar, têm surgido vários métodos de conversão desta em energia elétrica, através de dispositivos fotovoltaicos. A passivação das superfícies das células de silício é importante para se obter elevada conversão de energia, permitindo reduzir a recombinação dos portadores de carga minoritários. A técnica mais utilizada para passivação de células solares é o crescimento de dióxido de silício (2) através de vários tipos de oxidação: térmica e química. Passivaram-se amostras através destes dois tipos de oxidação variando-se a temperatura () e o tempo () de oxidação de crescimento das camadas de 2 de forma a determinar o impacto nos tempos de vida, e por sua vez na recombinação. Variou-se a , para o processo térmico de 800ºC a 900ºC e o de 60min a 120min. Para o processo de oxidação química variou-se a entre 25ºC (temperatura ambiente) e 80ºC e o de 30min a 180min. Estas variações permitem traçar um perfil aperfeiçoado da qualidade de passivação, através das medidas resultantes dos tempos de vida. Para ambos os processos de oxidação, observa-se que com o aumento da temperatura e do tempo de oxidação atingem-se melhores qualidades de passivação. De modo a acrescer o desempenho da célula, utilizam-se contactos seletivos, optando-se pelo dióxido de titânio (2), com base em estudos anteriores, devido aos desvios otimizados das suas bandas de condução e valência. Os melhores resultados antes e após a deposição da camada seletiva em ambas as faces da amostra foram os da passivação por oxidação térmica, obtendo-se valores de tempo de vida de 101,75μs.

Year

2020

Creators

Santos, Ana Margarida Figueiredo Tavares dos

Quanto vai custar este sinistro?

Com uma instabilidade dos mercados mundiais cada vez maior, e uma incerteza financeira cada vez mais presente, as empresas têm de se adaptar aos novos tempos e criar a sua própria estabilidade para que não existam surpresas. Assim, em Portugal, já existe um tratado de solvência II que exige às seguradoras um maior enfoque no controlo interno e governação assim como os sistemas de gestão de riscos, sendo a política de reservas das companhias muito mais exigente do que era no passado. Isto faz com que as companhias de seguro tenham uma menor margem de manobra nos valores incorridos de sinistros, mas por outro lado protege muito mais os segurados e tomadores de seguros. Todavia, esta situação leva a que as seguradoras tenham como objetivo estimar o custo final de cada sinistro ocorrido no menor espaço de tempo para que não hajam surpresas no futuro. Estimar custos em sinistros com danos corporais é sempre mais desafiante do que nos sinistros automóvel, por exemplo, onde na sua maioria se trata apenas de danos matérias e de acessível estimativa à partida. Neste trabalho irei encontrar a melhor forma de calcular o custo de um sinistro de acidentes de trabalho com determinadas características à partida, permitindo assim um menor fluxo de reajustamento no processo de sinistro no futuro, evitando assim as surpresas.

Year

2020

Creators

Beato, Ana Margarida Manuel

Detecting Web Vulnerabilities in an Intermediate Language by Resorting to Machine Learning Techniques

The number of vulnerabilities has grown exponentially over the last years, with SQL Injection being especially troublesome for web applications. In parallel, novel research has shown the potential of Machine Learning to find vulnerabilities, which can aid experts to reduce the search space or even classify programs on its own. Previous work, however, rarely includes SQL Injection or considers popular serverside languages for web application development like PHP. In our work, we construct a Deep Learning model capable of classifying PHP excerpts as vulnerable (or not) to SQL Injection. We use an intermediate language to represent the excerpts and interpret them as text, resorting to well-studied Natural Language Processing techniques. This work can help back-end programmers discover SQL Injection in an early stage of the project, avoiding attacks that would eventually cost a lot to repair their damage. We also investigate which information should be fed to the model. Hence, we built four datasets (the Opcode Dataset, the Opcode+Operand Dataset, the Slice Dataset, and the Simplified Slice Dataset) from the bytecode dataset that represent each PHP excerpt differently. This approach is a simpler alternative to complex data structures previously used to represent code’s control flow. For each of those datasets, we performed several experiments to evaluate alternative configurations for the model. For all datasets, we managed to find a setting that leads to a score, on average, above 60% for the accuracy, precision, and recall.

Year

2020

Creators

Fidalgo, Ana Maria Dias

Covariant Effective Actions in f(R) gravity for Modified Loop Quantum Cosmologies via Order Reduction

The ɅCDM model relies upon the fact that General Relativity is the correct theory for gravity, concerning the large scales of the Universe. In fact, General Relativity is an extremely successful theory, as it was able to perfectly explain the precession of Mercury’s orbit or the gravitational deflection of light by the Sun, for example. The ɅCDM model itself is a very successful model for the Universe. Among other astrophysical and cosmological observations, it is able to explain the Cosmic Microwave Background and the large scale structure of the Universe. Despite this, just as Newton’s theory of gravity has its limitations, and is only valid in a certain regime, the same is true for General Relativity. Extrapolating the expansion of the Universe backwards in time, using General Relativity, yields an infinite energy density, since all the mass is concentrated in a single point. This is the initial singularity problem, a point in time in which General Relativity is no longer valid. From this point on, the theory breaks down and the equations cannot be used to determine what happened before the Big Bang. Quantum Gravity, a different description of gravity, is expected to provide more physical insight concerning this open question, since the problem lies on the dynamics of the Universe at very small scales, at the order of the Planck length. In fact, one alternative scenario to the Big Bang, that manages to completely avoid the singularity, is offered by Loop Quantum Cosmology, a reduced model of Loop Quantum Gravity, which predicts that the Universe evolves in a cyclic manner, going from collapse to expansion through a bounce. In this thesis, we use metric f(R) gravity, a modification of General Relativity, to reproduce the modified Friedmann equations, which are obtained in different models of Loop Quantum Cosmology. To achieve this, we applied an order reduction method to the f(R) field equations, having obtained covariant effective actions that lead to a bounce, for mLQC-I and mLQC-II, considering matter as scalar field, as well as for a more general scenario.

Year

2021

Creators

Ribeiro, Ana Rita Lopes

Caracterização de Nanopartículas Magnéticas para Hipertermia Magnética

A hipertermia magnética é uma terapia que pode ser aplicada para o tratamento de cancro, recorrendo a nanopartículas magnéticas (NPs) que libertam energia sob a forma de calor por indução magnética, promovendo o aumento da temperatura junto de tecidos cancerígenos. Para que esta técnica possa ser utilizada a nível clínico como um tratamento eficaz, são necessárias nanopartículas magnéticas que libertem a energia necessária e não sejam tóxicas para os pacientes. As nanopartículas magnéticas consideradas mais biocompatíveis são as dos óxidos de ferro (magnetite e maguemite), mas ainda não se conseguiram valores de eficiência térmica que permitam à hipertermia magnética poder ser utilizada por si só como terapia alternativa à radio e quimioterapia. Este trabalho pretende contribuir para a otimização de eficiência térmica das nanopartículas, um problema que ainda está em aberto. Neste trabalho são estudadas nanopartículas de magnetite. As nanopartículas foram produzidas pelo método de co-precipitação, distinguindo-se dois grupos diferentes: o primeiro corresponde a amostras sintetizadas em atmosfera inerte, com adição de um material gelificante (agar, gelatina e pectina) como meio dispersivo para controlar o crescimento das NPs; o segundo grupo corresponde a amostras sintetizadas com adição de chá verde que tem propriedades redutoras e evita a necessidade de uma atmosfera inerte durante o processo de co-precipitação. Para além da função dispersante, os aditivos são elementos que se ligam às nanopartículas, dando origem a diferentes revestimentos. Todas as amostras foram caracterizadas quanto à sua estrutura e morfologia, utilizando técnicas de difração de raios-X de pós e microscopia eletrónica de transmissão. No que diz respeito às suas propriedades magnéticas usaram-se medidas de magnetização e espetroscopia Mössbauer de 57Fe. Todas as amostras apresentam oxidação da magnetite (podendo ser descritas como Fe3xO4) e todas têm um comportamento superparamagnético à temperatura ambiente, o que é fundamental para evitar a sua agregação dentro do corpo humano. Com estas NPs foram preparados ferrofluidos, suspendendo as NPs em água e, no caso das amostras do primeiro grupo, adicionando ácido cítrico para estabilizar a suspensão. No segundo grupo, as suspensões produzidas eram, inicialmente, estáveis. Os ferrofluidos foram caracterizados, tal como os pós originais, e a concentração de ferro nos ferrofluidos foi determinada recorrendo à sua resposta magnética. A concentração de magnetite/maguemite presente nos ferrofluidos em estudo foi também calculada, sendo que o ferrofluido de NPs de magnetite preparadas com chá e sujeitas a um tratamento hidrotermal teve a maior concentração de NPs magnéticas e o ferrofluido produzido com gelatina teve a menor concentração de NPs magnéticas. Foram ainda realizadas medidas de hipertermia magnética para obter o valor de potência específica dissipada (SLP). Este parâmetro caracteriza a eficiência das NPs sujeitas a um campo magnético alterno, permitindo avaliar a sua aplicabilidade para a hipertermia magnética. Do ponto de vista da eficiência térmica, o ferrofluido produzido com NPs sintetizadas com pectina é o melhor, com um SLP de 118 W/g, seguido do ferrofluido produzido com NPs produzidas com agar (SLP = 81 W/g). Assim, a utilização destes aditivos pode melhorar a qualidade das nanopartículas para hipertermia, permitindo diminuir as interações entre as partículas sem degradar e, mesmo melhorando, a eficiência térmica.

Year

2020

Creators

Fonseca, Ana Sofia Fernandes da

New insights into the sociomicrobiology of Streptococcus pneumoniae : exploring biofilm formation

During the last decade it has become more evident that Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) holds a high genetic diversity throughout its population. Two important biological resources for achieving pneumococcalgenetic plasticity are competence/natural transformation and phage transduction. Both factors strongly contribute to genome modification and have a real impact in the capacity of survival and adaptation of this bacterium. Another important survival skill of the pneumococcus is its ability to form matrix‐enclosed biofilms. These microbial communities guarantee protection from environmental threats such as host immune defenses and antibiotics. Moreover, due to the fact that bacteria are believed to spend most of their lifetime in biofilms and that there is a higher physical proximity of bacteria within these structures, biofilms are probably the prefered stage for the occurrence of genetic exchange between pneumococci. This thesis contributes to a better understanding of the mechanisms that generate pneumococcal genetic diversity and the important bacterial ability to form biofilms. In the pursuit of this goal, two biological conditions were selected: a) prophage carriage and b) pherotype characterization, resulting in three independent studies: i) the study of the impact of prophage spontaneous activation on pneumococcal biofilm formation, ii) a molecular epidemiology study of the distribution of pherotypes and its contribution to pneumococcal genetic differentiation and iii) the study of the influence of pherotypes on pneumococcal biofilm growth and recombination efficiency. The study of the effect of prophage carriage and its spontaneously induced host lysis on pneumococcal biofilms reveal that, although limited phage induction results in the death of their bacterial hosts, the bacterial population as a whole benefits from prophage carriage and an enhancement in biofilm formation is observed. Moreover, this study shows a link between the external DNA (eDNA) that is released to the medium due to bacterial lysis and the growth of pneumococcal biofilms. The molecular epidemiology study performed showed that of the two dominants pherotypes (CSP1 and CSP2) the majority of the invasive isolates screened presented the CSP1 pherotype. Several associations with the pherotypes and other biological markers were observed indicating that pherotypes are not randomly distributed within the pneumococcal population. Associations with serotype, antimicrobial resistance and genetic lineage were unveiled; it was also detected that phage transduction may be indirectly arbitrated by pherotypes, implicating an uneven distribution of large genetic elements such as some genetic determinants of antibiotic resistance. The study also showed that strains that are phylogenetically closer have a higher likelihood of sharing the same pherotype. Severe limitations to inter‐pherotype communication may be leading towards an ongoing genetic drift, explaining the two genetically distinct subpopulations that were detected. Moving forward, we decided to explore the impact of the two major pherotypes on both the capacity to form biofilms and on recombination efficiency. Biofilms of strains presenting CSP1 had increased biofilm mass and were more densely packed. Also, the addition of synthetic cognate CSP amplifies the observed differences in biofilm growth between the pherotypes. The study also revealed that CSP1 strains transform more efficient both in the liquid medium and within the biofilm structure. Taken together this thesis work has shown that genetic exchanges between pneumococcal strains are occurring preferentially between strains sharing the same pherotypes and that the enhancement of biofilm formation detected both by prophage carriage and by CSP signaling have in common the positive impact of DNA release to the extracellular medium resulting from the lysis of a fraction of the bacteria inside the biofilm.A última década assistiu a um aumento das evidências reunidas sobre a elevada diversidade genética existente na população de Streptococcus pneumoniae.

Year

2011

Creators

Carrolo, Margarida, 1978-

The effects of different features on machine learning algorithms for physical activity prediction

A falta de atividade física pode levar ao desenvolvimento de diversas doenças como cancro, diabetes e doenças cardiovasculares. Os acelerómetros são os dispositivos mais comumente usados para a medição do nível de atividade física em estudos observacionais de larga escala, devido à sua viabilidade, aplicabilidade, confiabilidade e relação custo-benefício. Historicamente, as abordagens estatísticas tradicionais, como análises de regressão e curvas receiver operating characteristic (ROC), foram utilizadas para relacionar os sinais medidos pelo acelerómetro (e.g. contagens) com diferentes métricas associadas à atividade física (e.g. energia despendida). No entanto, tem sido repetidamente demonstrado que as equações e cut-points estabelecidos com base nessas abordagens têm uma precisão limitada perante um leque de atividades físicas de diversas intensidades (de sedentárias a vigorosas). Isso resultou no desenvolvimento de abordagens baseadas em algoritmos de machine learning (ML) para a classificação de atividades físicas a partir de sinais de aceleração. Embora não haja consenso quanto à abordagem de ML ideal para o reconhecimento de classes de atividade física, estudos anteriores recorreram a diversos algoritmos, nomeadamente o artificial neural network (ANN), o support vector machine (SVM) e o random forest (RF). As principais etapas que antecedem o treino dos modelos de ML (classificadores) são a extração e a seleção de variáveis. Há um extenso conjunto de variáveis do domínio temporal e do domínio da frequência que podem ser extraídos dos sinais de aceleração. Contudo, apenas alguns são importantes e necessários para a predição da atividade física, mediante o classificador escolhido e a localização do acelerómetro durante a medição (e.g. anca, tornozelo, entre outros). Na verdade, a inclusão de variáveis redundantes e correlacionadas pode afetar adversamente o desempenho dos classificadores. Desta forma, a seleção de variáveis foi repetidamente considerada uma das etapas mais importantes no desenvolvimento de um classificador. Grande parte dos estudos já realizados selecionou subjetivamente as variáveis com base no que modelos preditivos anteriores utilizaram, sendo que foram poucos os que recorreram a algoritmos de seleção de variáveis , antes de treinar o modelo. Além disso, a maioria desses estudos geralmente considerou um número limitado de variáveis (<30 variáveis), deixando de fora outras tantas com potencial para melhorar a precisão dos classificadores de atividade física. Por exemplo, minimum-redundancy-maximum-relevance (MRMR), ReliefF e sequential forward selection (SFS) foram alguns dos métodos de seleção de variáveis já aplicados. Embora algumas variáveis tenham sido frequentemente selecionadas entre esses estudos (e.g., entropia espectral, energia espectral, variância, média), ainda não é claro quais devem ser selecionadas para desenvolver modelos de predição de atividade física. Posto isto, é necessária uma investigação mais aprofundada acerca dos métodos de seleção de variáveis que melhores desempenhos têm com cada classificador, e assim encontrar o conjunto de variáveis ideal para cada um dos classificadores considerados. O presente estudo investigou o efeito de diferentes conjuntos de variáveis no desempenho preditivo de vários métodos de ML popularmente usados, tendo também como objetivo encontrar uma combinação ideal entre eles. O conjunto de dados usado foi adquirido num estudo previamente realizado na Universidade de Oulu, cujo objetivo foi desenvolver e validar um classificador de tipos de atividade física e comportamento sedentário, a partir de sinais brutos tridimensionais medidos por um acelerómetro localizado na anca. Nesse estudo, participaram 27 voluntários (15 mulheres) com idades entre os 17 e 58 anos. O acelerómetro (Hookie AM20) foi colocado na anca direita e dez atividades físicas foram realizadas num ambiente semi-controlado. O acelerómetro foi configurado para coletar dados de aceleração a uma frequência de 100 Hz num intervalo de ± 16 g. Com base nos valores de equivalentes metabólicos do Compêndio de Atividades Físicas, as dez atividades foram agrupadas em seis classes de atividade física. Para a geração de variáveis, várias foram identificadas na literatura existente, do domínio temporal e do domínio das frequências. Essas variáveis foram depois extraídas de todos os eixos do acelerómetro (i.e., x, y e z) e do vetor magnitude (VM, √x 2+y 2+z 2). Para a extração de variáveis, os sinais foram segmentados em janelas de 6 segundos sem sobreposição. A seleção das variáveis foi feita algoritmicamente, usando sete filtros (correlação, information gain, gain ratio, symmetrical uncertainty, One-R, ReliefF e MRMR), dois wrappers (SFS e best first) e um algoritmo embutido (RF), escolhidos com base na sua popularidade e eficácia em vários problemas de ML. O conjunto de dados foi dividido em grupo de treino e outro de validação, compreendendo 70% (n = 19) e 30% (n = 8) dos participantes, respetivamente. O grupo de treino foi usado com 10-fold cross-validation para a seleção de variáveis. Para os filtros, o número de atributos usados para o treino do classificador foi também variado entre 10 e 90, de forma a otimizar o número ideal para cada método de seleção e de predição. Para cada combinação entre os métodos de seleção e de classificação (ANN, SVM e RF), os conjuntos de variáveis com melhor e pior desempenho foram usados para treinar dois modelos com todo o grupo de treino e aplicando o leave-one-subject-out cross-validation (LOSO CV). Esses dois modelos foram depois validados no grupo de validação. O desempenho dos modelosfoi medido recorrendo à precisão macro-ponderada e ao Cohen’s kappa linear (K). Para além disso, foi também calculada a diferença de K (∆K) entre o melhor e o pior modelo (resultantes da variação do número de variáveis usadas). Os resultados mostraram que, em geral, os modelos treinados com conjuntos de variáveis selecionados por filtros superaram os modelos treinados com conjuntos selecionados por wrappers. Isso reflete a capacidade de métodos mais simples e rápidos obterem bons resultados, embora os wrappers sejam conhecidos pela produção de resultados superiores. O desempenho preditivo dos três classificadores foi comparável quando treinados e validados com conjuntos de variáveis gerados por filtros. Todavia, este foi substancialmente diferente quando treinados e validados com conjuntos de variáveis selecionados por wrappers. As variáveis mais frequentemente selecionadas entre todos os métodos de seleção de variáveis foram as de domínio temporal. Além disso, parece haver uma preferência por determinados tipos de variáveis temporais e por intervalos de frequências para variáveis do domínio das frequências. As variáveis temporais que refletem a variação dos sinais (i) em torno da média (e.g., desvio padrão, variância, coeficiente de variância), (ii) entre si (e.g., covariância), e (iii) quanto e com que frequência o sinal muda (e.g., zero crossing rate, amplitude pico-a-pico), podem todos juntos ser úteis para a classificação da atividade física. As variáveis mais relevantes do domínio das frequências parecem ser as específicas a um certo intervalo de frequências (e.g., 0.25-5.0 Hz, 0.3- 3,0 Hz, 0.3-15 Hz), em detrimento das que consideram todo o espectro. Esta preferência pode ser explicada pelo facto de a maioria das frequências resultantes do movimento humano ser inferior a 20 Hz, o que torna o restante espectro menos útil para a classificação da atividade física. Os modelos com melhor desempenho foram treinados com 20 a 45 variáveis, sendo que muitas delas (maioria do domínio temporal) foram extraídas do VM (i.e., eixo de orientação independente). Isto sugere que, para o desenvolvimento de modelos de ML para predição de classes de atividades físicas, futuros estudos devem ponderar a extração de variáveis de todos os eixos, especialmente quando apenas variáveis temporais são consideradas. Para além disso, a importância da seleção de variáveis revelou depender do algoritmo de classificação. O ANN e o SVM precisam de uma prévia seleção de variáveis , enquanto o RF não precisa tanto ou não necessita de todo. É também de referir que quando o RF é escolhido como o método de classificação, um conjunto de variáveis mais abrangente pode ser necessário, devido ao seu embutido método de seleção de variáveis . Existem algumas limitações no estudo. Primeiro, o tamanho dos grupos de treino, teste e validação foi limitado. Em segundo lugar, uma das atividades não foi realizada por todos os participantes (por ser opcional), gerando um desequilíbrio entre classes. Depois, apenas abordagens heurísticas foram consideradas para os métodos wrapper da fase da seleção de variáveis, na medida em que os métodos exaustivos são praticamente inviáveis devido à sua complexidade. Além disso, a fase de seleção de variáveis através de wrappers e a fase de treino/teste do classificador não foram realizadas no mesmo software. Consequentemente, algumas discrepâncias podem ter sido introduzidas entre os classificadores usados em cada uma das fases. Este projeto conseguiu atingir os objetivos a que se propôs, visto que os resultados obtidos corresponderam à expectativas, podendo desta forma contribuir para o desenvolvimento de algoritmos preditivos com melhores desempenhos na classificação de atividades físicas.

Year

2020

Creators

Chong, Joana Leong

Long Distance Bus - Yield Management

No âmbito da cadeira de Dissertação do 2º ano de Mestrado em Engenharia Informática, especialização em Interação e Conhecimento, na Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, foi realizado o presente documento com o objetivo de relatar o trabalho realizado no projeto Long-Distance Bus – Yield Management (YM) na empresa Card4B - Systems, S.A. Este projeto, tal como o nome sugere, está diretamente relacionado com transportes de longo curso, mais especificamente com os autocarros, YM e tarifas dinâmicas nos transportes rodoviários de longo curso. Ao longo deste documento cada conceito será detalhadamente estudado e descrito. YM tem sofrido grandes mudanças ao longo dos últimos anos, sendo que a maioria dos mercados passou a desenvolver e a aplicar técnicas e estratégias cada vez mais sofisticadas. A indústria de autocarros de longo curso apenas recentemente passou a aplicar estratégias de YM mais inteligentes e dinâmicas, existindo por isso poucos estudos e trabalhos disponíveis nesta indústria, daí o objetivo desta dissertação ser estudar bem o meio e soluções, a fim de perceber como aplicar a estratégia e qual a melhor forma de o fazer. O presente documento faz a análise de todas as etapas do processo de aplicação de YM, desde o estudo do sistema e criação de novas ferramentas de gestão, até à sugestão de novos módulos e de uma nova arquitetura. De uma forma sucinta o trabalho pode ser dividido em quatro etapas principais. A primeira etapa consiste em estudar o sistema, que atualmente se encontra em funcionamento em empresas de autocarros de longo curso, com o intuito de perceber e identificar quais as suas limitações e quais as alterações que este precisa de enfrentar. A segunda etapa é a de estudo de ferramentas e soluções existentes, com o objetivo de poder criar uma ferramenta (aplicação Web) que ajude na modernização e gestão do sistema YM já existente, a fim de poder geri-lo e integra-lo, com maior facilidade, com as novas alterações que se pretendem introduzir. São também realizados o estudo e o levantamento de novos fatores a introduzir no YM, mais especificamente no cálculo de preços, com a finalidade de ter as ofertas mais inteligentes e atualizadas. Por fim, com base no estudo realizado e nas ferramentas criadas, é feita a sugestão de uma nova arquitetura a aplicar no sistema. Com este trabalho pretende-se, no futuro próximo, integrar todo o conhecimento desenvolvido e adquirido e ferramentas criadas no sistema real de uma empresa de autocarros de longo curso, tornando a gestão mais simples e os preços mais dinâmicos.

Year

2020

Creators

Zyenina, Anastasiya

Contribuição para a implementação de um sistema de incentivo ao retorno de embalagens não reutilizáveis

Um dos grandes desafios que enfrentamos atualmente é a poluição causada pelo plástico. A produção e utilização deste material têm aumentado exponencialmente nas últimas décadas, sendo o setor das embalagens para alimentos e bebidas o que mais utiliza plástico. Um dos produtos deste setor é a garrafa de plástico para bebidas. Esta é um dos itens mais encontrados nas praias, de acordo com a Diretiva SUP. Para tentar resolver o problema da eliminação incorreta das garrafas de plástico, vários países aderiram a sistemas de depósito. Em 2018, Portugal aprovou, a Lei n.º 69/2018, de 26 de dezembro, que altera o Decreto-Lei n.º 152-D/2017, de 11 de dezembro, que veio instituir um sistema de incentivo à devolução de embalagens de bebidas em plástico não reutilizáveis e um sistema de depósito de embalagens de bebidas em plástico, vidro, metais ferrosos e alumínio. Este trabalho teve como objetivos i) a análise comparada de melhores práticas de quatro países europeus relativamente a sistemas de depósito de embalagens de bebidas de utilização única, ii) a caracterização, de acordo com o respetivo CAE, das empresas aderentes ao sistema de incentivo, bem como a caracterização das embalagens registadas e a iii) análise dos efeitos ambientais e financeiros da redução do peso das embalagens. Para realizar o objetivo i) foram comparados os sistemas de depósito da Noruega, Lituânia, Países Baixos e Alemanha em 10 parâmetros. Para se efetuar a caracterização das empresas aderentes (objetivo ii), foi realizada uma ficha-tipo. Esta foi preenchida com recurso aos dados presentes no sistema de registo estabelecido pelo artigo 5º da Portaria n.º 202/2019, aos websites das empresas e a plataformas de informação direcionadas a empresas. A caracterização das embalagens foi realizada utilizando os dados obtidos através do sistema de registo referido anteriormente. Por fim, para o objetivo iii) dividiram-se as garrafas em 4 grupos, consoante a sua capacidade e tipo de bebida e utilizou-se o menor peso de cada grupo como referência. Calculou-se, de seguida, quantas gramas cada embalagem tinha de perder para atingir o peso de referência do seu grupo. Finalmente, calculou-se a quantidade de CO2 emitido, água utilizada e o custo financeiro correspondentes à redução do peso. Concluiu-se que as melhores práticas para um sistema de depósito (objetivo i) consistem num sistema centralizado, regulamentado por lei, de caráter voluntário e supervisionado pelo Governo. O operador central deve ser uma organização sem fins lucrativos, constituída por membros da indústria e do retalho. Esta deve ser responsável por cobrir os custos do funcionamento do sistema, recorrendo aos depósitos não reembolsados, à venda do material devolvido e a taxas impostas aos embaladores e importadores. A categoria de bebidas incluída neste sistema deve ser definida de acordo com o que existe no mercado de cada país e tendo em conta a logística do sistema. Tanto plástico como metal devem ser incluídos no sistema, excluindo-se o vidro, e o volume das embalagens a ser aceite deve ser decidido tendo em conta os requisitos da reciclagem. Os pontos de retoma devem estar localizados em tantos revendedores quanto possível, quer a retoma seja automática ou manual. Estes sistemas devem ser nacionais, desde que existam centros de contagem e recicladores por todo o país. O valor do depósito deve ser variável, consoante o volume da embalagem, e equilibrado, de acordo com a realidade económica do país. Os resultados obtidos demonstraram, assim, quais as melhores práticas a seguir relativamente à implementação de um sistema de depósito. Permitiram, também, caracterizar as empresas aderentes e as embalagens registadas como previsto na Portaria n.º 202/2019 e ainda analisar os efeitos ambientais da redução do peso das embalagens.

Year

2020

Creators

Carvalho, Joana Firmino de Carvalho Nunes de

Modelação da dinâmica do Comércio de Rua numa perspetiva imobiliária nos principais eixos de Lisboa e Porto

O comércio de retalho é considerado por muitos como um dos mais importantes do mundo e provavelmente dos mais dinâmicos e com maior competitividade numa economia. Nos últimos tempos, derivado às evoluções da população, as dinâmicas no comércio de retalho têm-se alterado, levando-o a adaptar-se aos novos hábitos de consumo e necessidades. Assim, uma empresa que tenha o objetivo de maximizar os rendimentos tem de se atualizar e usar novas técnicas empresariais, senão torna-se pouco competitiva. As empresas pretendem antecipar cenários futuros e planear da melhor maneira o mercado, de modo a ganhar vantagens em comparação com a concorrência. A competitividade neste tipo de comércio de retalho encontra-se normalmente associado à procura pela localização ideal, com objetivo de maximizar lucro, levou que os sistemas de informação geográfica começassem a auxiliar no processo de tomada de decisão. O GeoMarketing é uma ferramenta fundamental, permitindo às empresas reforçar e potenciar os seus recursos, estudando localizações potenciais para implementar os seus serviços, aumentando desta forma a probabilidade de um negócio obter sucesso. O objetivo principal deste estágio realizado na empresa CBRE é a caraterização da dinâmica do comércio de rua numa perspetiva imobiliária nos principais eixos de Lisboa e Porto. Para isso, foi fundamental efetuar um levantamento de dados acerca dos estabelecimentos de comércio de rua, através da aplicação (App) Colletor for ArcGIS, que permitiu desde logo ter os dados recolhidos no ArcGIS online. A utilização de tarefas (Tasks) possibilitou realizar um processo automatizado, que permite validar e unir os temas, a passagem dos dados para o trimestre anterior e a atualização de dados. Assim, foi possível realizar um conjunto de análises para entender as dinâmicas e padrões no comércio de rua para as diversas zonas de Lisboa e Porto, nomeadamente sobre os setores de atividade, segmentos, status e Clusters.

Year

2021

Creators

Lopes, Luís Miguel Pereira da Silva

Drivers of compositional dissimilarity for native and alien birds: the relative roles of human activity and environmental suitability

We assessed the relative importance of human activity and environmental suitability as drivers of compositional dissimilarity of alien birds for 65 of the most populous cities of the Iberian Peninsula. We examined how these drivers relate to Zeta diversity (ζ) for alien Passeriformes and Psittaciformes. We performed the analysis using multiple orders of ζ, which provides insight on the role played by rare and common species in determining levels of dissimilarity. We also ran the analyses using the community of native Passeriformes as a phylogenetically close contrasting control. Our results showed that the proportion of urban area, a variable related to colonization and propagule pressure, had a strong influence on Psittaciformes but not on alien Passeriformes. This latter group showed to be primarily influenced by environmental factors, similarly to what was found for native Passeriformes. On other hand, human connectivity, as measured by distance through roads and railways seemed to play a significant role in shaping the compositional dissimilarity of alien Passeriformes, but not Psittaciformes. Regardless of the group analysed, the relative importance of the explanatory variables was similar for both rare and common species. Our findings highlight differences between the factors driving compositional dissimilarity for distinct groups of birds. While the emerging biogeography of Psittaciformes is mainly a reflection of distinctiveness in urban areas, alien Passeriformes are more strongly affected by the natural environment and thus their biogeography may increasingly resemble the one of their native counterparts.

Year

2020

Creators

Ascensão, Fernando Latombe, Guillaume Anadón, José D. Abellán, Pedro Cardador, Laura Carrete, Martina Tella, José L. Capinha, César

Integrating In Situ and Ocean Color Data to Evaluate Ecological Quality under the Water Framework Directive

The Water Framework Directive (WFD) aims at evaluating the ecological status of European coastal water bodies (CWBs). This is a rather complex task and first requires the use of long-term databases to assess the effect of anthropogenic pressure on biological communities. An in situ dataset was assembled using concomitant biological, i.e., chlorophyll a (Chl a) and environmental data, covering the years from 1995 to 2014, to enable a comprehensive assessment of eutrophication in the Western Iberia Coast (WIC). Given the temporal gaps in the dataset, especially in terms of Chl a, satellite observations were used to complement it. Positive relationships between Chl a 90th percentile and nitrogen concentrations were obtained. The Land-Uses Simplified Index (LUSI), as a pressure indicator, showed no relationship with Chl a, except in Galicia, but it highlighted a higher continental pressure in the Portuguese CWBs in comparison with Galician waters. In general terms, the trophic index (TRIX) showed that none of the CWBs were in degraded conditions. Nevertheless, the relatively high TRIX and LUSI values obtained for the water body in front of Tagus estuary suggest that this area should be subject to continued monitoring. Results highlighted the usefulness of satellite data in water quality assessments and set the background levels for the implementation of operational monitoring based on satellite Chl a. In the future, low uncertainty and harmonized satellite products across countries should be provided. Moreover, the assessment of satellite-based eutrophication indicators should also include metrics on phytoplankton phenology and community structure

Year

2020

Creators

Brito, Ana C. Garrido-Amador, Paloma Gameiro, Carla Nogueira, Marta Moita, Maria Teresa Cabrita, Maria Teresa

Tuberculosis, a re-emergent disease

Tuberculosis (TB) remains a major cause of morbidity and mortality worldwide. In Western Europe, regions with a high incidence of TB usually also have a high incidence of HIV infection; TB and HIV co-infection have increased over the past decade and among HIV infected patients, nearly half also develop TB. In settings where HIV is prevalent, TB drug resistance has also increased and several reports of TB and multi-drug resistant TB outbreaks, especially in health care settings, raise serious concerns about nosocomial transmission. Further research and new developments into more rapid diagnostic methods and sensitivity testing as well as the development of new anti-TB drugs are important to fight the disease. In addition, public health infrastructures have to be strengthened in order to increase adherence to TB treatment, where directly observed treatment strategy is the cornerstone for a successful outcome.

Year

2005

Creators

Valadas, Emília Antunes, Francisco

Impact of nutrition on outcome : a prospective randomized controlled trial in patients with head and neck cancer undergoing radiotherapy

Background: We aimed to determine the effect of dietary counseling or oral supplements on outcome for patients with cancer, specifically, nutritional outcome, morbidity, and quality of life (QOL), during and 3 months after radiotherapy. Methods: Seventy-five patients with head and neck cancer who were referred for radiotherapy (RT) were randomized to the following groups: group 1 (n = 25), patients who received dietary counseling with regular foods; group 2 (n = 25), patients who maintained usual diet plus supplements; and group 3 (n = 25), patients who maintained intake ad lib. Nutritional intake (determined by diet history) and status (determined by Ottery's Subjective Global Assessment), and QOL (determined by the European Organization for the Research and Treatment of Cancer Quality of Life Questionnaire version 3.0 [EORTC QLQ-C30]) were evaluated at baseline, at the end of RT, and at 3 months. Results: Energy intake after RT increased in both groups 1 and 2 (p < or = .05). Protein intake also increased in both groups 1 and 2 (p < or = .006). Both energy and protein intake decreased significantly in group 3 (p < .01). At 3 months, group 1 maintained intakes, whereas groups 2 and 3 returned to or below baseline levels. After RT, >90% of patients experienced RT toxicity; this was not significantly different between groups, with a trend for reduced symptomatology in group 1 versus group 2/group 3 (p < .07). At 3 months, the reduction of incidence/severity of grade 1+2 anorexia, nausea/vomiting, xerostomia, and dysgeusia was different: 90% of the patients improved in group 1 versus 67% in group 2 versus 51% in group 3 (p < .0001). After RT, QOL function scores improved (p < .003) proportionally with improved nutritional intake and status in group 1/group 2 (p < .05) and worsened in group 3 (p < .05); at 3 months, patients in group 1 maintained or improved overall QOL, whereas patients in groups 2 and 3 maintained or worsened overall QOL. Conclusions: During RT, nutritional interventions positively influenced outcomes, and counseling was of similar/higher benefit; in the medium term, only counseling exerted a significant impact on patient outcomes.

Year

2005

Creators

Ravasco, Paula Monteiro Grillo, Isabel Marques-Vidal, Pedro Camilo, Maria Ermelinda

SUMO-1 modification alters ADAR1 editing activity

We identify ADAR1, an RNA-editing enzyme with transient nucleolar localization, as a novel substrate for sumoylation. We show that ADAR1 colocalizes with SUMO-1 in a subnucleolar region that is distinct from the fibrillar center, the dense fibrillar component, and the granular component. Our results further show that human ADAR1 is modified by SUMO-1 on lysine residue 418. An arginine substitution of K418 abolishes SUMO-1 conjugation and although it does not interfere with ADAR1 proper localization, it stimulates the ability of the enzyme to edit RNA both in vivo and in vitro. Moreover, modification of wild-type recombinant ADAR1 by SUMO-1 reduces the editing activity of the enzyme in vitro. Taken together these data suggest a novel role for sumoylation in regulating RNA-editing activity.

Year

2005

Creators

Desterro, Joana Keegan, Liam P. Jaffray, Ellis Hay, Ron T. O'Connell, Mary A. Carmo-Fonseca, Maria