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Phylogenetic relatedness is a key diversity measure for the analysis and understanding of how species and communities evolve across time and space. Understanding the nonrandom loss of species with respect to phylogeny is also essential for better-informed conservation decisions. However, several factors are known to influence phylogenetic reconstruction and, ultimately, phylogenetic diversity metrics. In this study, we empirically tested how some of these factors (topological constraint, taxon sampling, genetic markers and calibration) affect phylogenetic resolution and uncertainty. We built a densely sampled, species-level phylogenetic tree for spiders, combining Sanger sequencing of species from local communities of two biogeographical regions (Iberian Peninsula and Macaronesia) with a taxon-rich backbone matrix of Genbank sequences and a topological constraint derived from recent phylogenomic studies. The resulting tree constitutes the most complete spider phylogeny to date, both in terms of terminals and background information, and may serve as a standard reference for the analysis of phylogenetic diversity patterns at the community level. We then used this tree to investigate how partial data affect phylogenetic reconstruction, phylogenetic diversity estimates and their rankings, and, ultimately, the ecological processes inferred for each community. We found that the incorporation of a single slowly evolving marker (28S) to the DNA barcode sequences from local communities, had the highest impact on tree topology, closely followed by the use of a backbone matrix. The increase in missing data resulting from combining partial sequences from local communities only had a moderate impact on the resulting trees, similar to the difference observed when using topological constraints. Our study further revealed substantial differences in both the phylogenetic structure and diversity rankings of the analyzed communities estimated from the different phylogenetic treatments, especially when using non-ultrametric trees (phylograms) instead of time-stamped trees (chronograms). Finally, we provide some recommendations on reconstructing phylogenetic trees to infer phylogenetic diversity within ecological studies.

As atmospheric [CO2] continues to rise to unprecedented levels, understanding its impact on plants is imperative to improve crop performance and sustainability under future climate conditions. In this context, transcriptional changes promoted by elevated CO2 (eCO2) were studied in genotypes from the two major traded coffee species: the allopolyploid Coffea arabica (Icatu) and its diploid parent, C. canephora (CL153). While Icatu expressed more genes than CL153, a higher number of differentially expressed genes were found in CL153 as a response to eCO2. Although many genes were found to be commonly expressed by the two genotypes under eCO2, unique genes and pathways differed between them, with CL153 showing more enriched GO terms and metabolic pathways than Icatu. Divergent functional categories and significantly enriched pathways were found in these genotypes, which altogether supports contrasting responses to eCO2. A considerable number of genes linked to coffee physiological and biochemical responses were found to be affected by eCO2 with the significant upregulation of photosynthetic, antioxidant, and lipidic genes. This supports the absence of photosynthesis down-regulation and, therefore, the maintenance of increased photosynthetic potential promoted by eCO2 in these coffee genotypes.

Resolution of population structure represents an effective way to define biological stocks and inform efficient fisheries management. In the present study, the phylogeography of the protogynous sparid Spondyliosoma cantharus, in the East Atlantic and Mediterranean Sea, was investigated with nuclear (S7) and mitochondrial (cytochrome b) DNA markers. Significant divergence of four regional genetic groups was observed: North Eastern Atlantic, Mediterranean Sea, Western African Transition (Cape Verde) and Gulf of Guinea (Angola). The two southern populations (Cape Verde and Angola) each comprised reciprocally monophyletic mtDNA lineages, revealed low levels of diversity in Cape Verde and high diversity for Angola despite being represented by only 14 individuals. A complete divergence between North Atlantic and Mediterranean populations was depicted by the mitochondrial marker, but a highly shared nuclear haplotype revealed an incomplete lineage sorting between these regions. Bayesian skyline plots and associated statistics revealed different dynamics among the four regions. Cape Verde showed no expansion and the expansion time estimated for Angola was much older than for the other regions. Mediterranean region seems to have experienced an early population growth but has remained with a stable population size for the last 30000 years while the North Atlantic population has been steadily growing. The lack of genetic structuring within these regions should not be taken as evidence of demographic panmixia in light of potential resolution thresholds and previous evidence of intra-regional phenotypic heterogeneity.

Nesta tese propomos modelos compactos em Programação Linear Inteira envolvendo variáveis com dependências temporais para o Problema da Determinação de Rotas Óptimas de Veículos com Restrições de Capacidade na variante de Procura Unitária. O trabalho apresentado compreende duas vertentes: 1. uma vertente de natureza teórica, em que comparamos os novos modelos entre si e com outros conhecidos da literatura, apresentamos desigualdades obtidas por projecção do conjunto das soluções admissíveis das respectivas relaxações em Programação Linear quer no espaço definido pelas variáveis naturais quer no espaço definido pelas variáveis estendidas; 2. uma vertente de natureza computacional, em que avaliamos a qualidade dos limites inferiores produzidos pelas respectivas relaxações em Programação Linear e onde analisamos o efeito da adição de algumas desigualdades válidas aos mesmos. Os resultados discutidos permitem concluir que o melhor dos modelos propostos não é dominado por nenhum dos restantes modelos compactos publicados para o problema.

Here we present the data obtained from the samples collected as part of a large research project (MACDIV) which aims at understanding the drivers of spider (Araneae) community assembly in Macaronesian islands. To obtain the data, we applied the sampling protocol COBRA (Conservation Oriented Biodiversity Rapid Assessment), in twelve 50 m x 50 m native forest plots and five dry habitat plots on the island of Madeiraand in 5 dry habitat plots on the island of Porto Santo. Through this publication, we contribute to the knowledge of the arachnofauna of the Madeiran archipelago.

Através da presente recensão, procura-se uma abordagem da Nouvelle Géographie Universelle, da autoria do geógrafo francês Élisée Reclus, a partir da análise de uma tradução dos capítulos referentes a Portugal e à Galiza, recém-publicada por Iago Bragado e Joseph Ghanime López. Trata-se de uma oportunidade para conhecer a visão deste conhecido geógrafo francês do século XIX relativamente a estes dois territórios da Península Ibérica, assim como uma ocasião renovada para analisar estes capítulos à luz de algumas das mais importantes características comuns a toda a obra de Reclus.

This communication is based on an investigation developed in the scope of the Master's degree in Geography Teaching of the Institute of Geography and Spatial Planning of the University of Lisbon. Some previous ideas. A sequence of eleven Geography lessons was taught to Secondary Education students in the 11th year (16/17 years), in which were adopted learning experiences that promoted different research skills, looking to explore the possible contribute of geographic education for the development of students’ research skills [...]

A presente comunicação centra-se no contributo da educação geográfica para a mobilização de competências de pesquisa, partindo de uma sequência letiva na disciplina de Geografia A, lecionada numa turma do 11º ano que participou no Projeto “Nós Propomos!” – o que permitiu explorar as relações entre cidadania e a mesma educação geográfica. Em momentos de aprendizagem diversificados e, especialmente, na realização de pesquisas, os alunos recorrem, mais frequentemente, a motores de busca na Internet. Podem, ainda, aperfeiçoar procedimentos neste âmbito, para além de se revelar fundamental um maior cuidado quanto à credibilidade e rigor da informação utilizada. Os alunos envolvidos contactaram com informações e fontes de informação diversificadas, para além da aposta nas suas competências ao nível da cidadania territorial, dimensão incontornável quando pensamos em educação geográfica. Esta experiência pretende ser um pequeno contributo, no âmbito de um processo mais amplo e contínuo, cuja continuação constitui um desafio futuro: avaliar o papel de diferentes experiências de aprendizagem no desenvolvimento das competências dos alunos em Geografia.

Quando cresce o apelo ao compromisso de cada um nas causas comunitárias e globais, a escola e as ciências sociais, em particular, são cada vez mais desafiadas a darem um contributo efetivo para a educação para a cidadania. A disciplina de Geografia, que aborda as sociedades no território, tem uma responsabilidade particularmente grande no desafio de contribuir para que os mais jovens construam comunidades harmoniosas e sustentáves. Em 2011/12, surgiu em Portugal o Projeto nós Propomos! Cidadania e inovação na educação geográfica, hoje divulgado por todo o país e que se difundiu pelo Brasil e por vários outros países – é o projeto de educação geográfica mais internacionalizado. Ao longo dos anos, em Portugal foram apresentadas quase 2000 propostas de alunos que identificaram problemas locais, realizaram trabalho de campo sobre os mesmos e apresentaram propostas de intervenção. Mais do que o conteúdo destas propostas, a mais valia do projeto consiste na educação para a cidadania territorial que promove. Com a pandemia, mesmo com as aulas suspensas nas escolas portuguesas, os mais jovens concluíram os seus projetos, candidataram-se aos vários concursos, numa demonstração de como o projeto Nós propomos!, porque desafio de uma cidadania vivida, lhes é significativo.

Esta dissertação, que tem como objecto de estudo o periódico de teatro De Teatro – Revista de Teatro e Música, publicado em Lisboa entre Setembro de 1922 e Agosto de 1927, procura a análise exaustiva do seu conteúdo com o propósito de, simultaneamente, traçar os contornos das principais tendências do teatro em Portugal nos anos vinte e das visões criticas que este suscitou nas paginas da revista. A publicação disponibiliza informação vasta sobre as peças publicadas e os espectáculos levados à cena nesse período em Portugal, bem como uma visão abrangente das mais importantes abordagens teóricas e críticas de teatro que, de alguma forma, construíram o seu sentido nesta influente publicação. Assim sendo, através do estudo comparado das diferentes ideias de teatro expressas por críticos, dramaturgos e diversos intelectuais ligados à produção teatral que colaboraram com este periódico mensal é possível evocar alguns dos mais acesos debates que se travaram em Portugal durante os cinco anos em que a revista foi publicada. De entre as diversas peças publicadas pela revista, foram seleccionadas duas para uma análise mais crítica, pelo facto de ambas – ainda que de forma divertida – questionarem o teatro enquanto arte, abrindo à discussão sobre o seu interesse dramatúrgico e estético, compreendido no contexto da avaliação crítica do teatro feita nas páginas da revista. Os apêndices documentais oferecem um tratamento mais sistemático da informação através da listagem (i) dos nomes de todos aqueles que escreveram para a revista, bem como dos títulos dos seus artigos; (ii) das peças publicadas pela revista; (iii) de todos os espectáculos apreciados pela crítica (cerca de 450). A esses três índices da revista, foi acrescentado um outro onde se apresentam os títulos das revistas e jornais publicados em Portugal entre 1900 e 1927.

Figura multifacetada, Manuel António Ferreira-Deusdado viveu entre o final do século XIX e o início do século XX, tendo-se debruçado, nos vários trabalhos que desenvolveu, sobre temas diversificados, com destaque para a Filosofia, as questões ligadas à educação e ao ensino, a Geografia. O percurso do autor valeu-lhe, inclusivamente, o reconhecimento do seu trabalho, em diferentes ocasiões. Não sendo geógrafo de formação, Ferreira-Deusdado não deixou de se interessar pela Geografia e pelo seu ensino, já que a docência foi um dos traços principais do seu percurso. Tendo vivido num período de afirmação da ciência geográfica, aliado a um protagonismo de ideais nacionalistas e colonialistas, o autor não foi indiferente ao contexto que o rodeava. Nos seus trabalhos, encontramos uma Geografia comprometida com este tipo de ideais, particularmente através do seu ensino, por possibilitar maior entendimento do território, aspeto fundamental para o desenvolvimento de sentimento de pertença por parte dos indivíduos. É esta a conceção que encontramos, por exemplo, nos trabalhos de natureza corográfica desenvolvidos por Ferreira-Deusdado, bem como naqueles onde o autor se debruça sobre orientações metodológicas para o próprio ensino da Geografia.

O principal objetivo desta dissertação consiste em apresentar uma solução prática, atual e tecnológica para a divulgação de empreendimentos de imigrantes africanos e/ou portugueses com ascendência africana que contribuem com a economia da região metropolitana de Lisboa. Para alcançar a finalidade, o presente estudo tem início com uma revisão literária, focando nos temas relacionados aos Estudos de Cultura dos últimos três séculos, cruzando conceitos trabalhados na Europa, na África e na América Latina. A seguir, são analisados dados acerca da presença de imigrantes em Portugal, principalmente dos que vêm de países do continente africano como Angola e Cabo Verde, por exemplo. Por meio de uma análise hipotética-dedutiva, foram realizadas entrevistas com empreendedores da Cova da Moura, na Amadora e na região central de Lisboa. Depois de estudar, refletir e entender as informações recolhidas fazendo associação à teoria pesquisada perpassando pelos conteúdos que envolvem o empreendedorismo, a internet móvel e a estruturação de um negócio, é possível apresentar como trabalho final uma proposta de aplicativo de smartphone que reúne afroempreendimentos para divulgar os seus serviços de maneira organizada e atrativa.

A educação é um fator crucial no processo de construção de uma sociedade mais sustentável, em permanente aprendizagem. As diretrizes da educação ambiental trazem parâmetros teóricos para a ação nesse campo. O objetivo do artigo é verificar em que medida as orientações de educação ambiental são postas em prática no Brasil e em Portugal, através do estudo comparativo de dois projetos de educação ambiental não-formal, apoiados por instituições e desenvolvidos a partir da participação social: o Cultivando Água Boa e o Projeto Rios. A metodologia é a bibliográfica (base conceitual); documental (análise dos sites das organizações e da legislação dos países); e de campo (entrevistas com gestoras dos projetos). Os resultados apontam que os projetos colocam em prática as seguintes diretrizes da educação ambiental: gerar participação, possibilitar o exercício da cidadania e valorizar saberes locais.

Mutations in the granulin gene (GRN) cause familial frontotemporal dementia. Understanding the structural brain changes in presymptomatic GRN carriers would enforce the use of neuroimaging biomarkers for early diagnosis and monitoring. We studied 100 presymptomatic GRN mutation carriers and 94 noncarriers from the Genetic Frontotemporal dementia initiative (GENFI), with MRI structural images. We analyzed 3T MRI structural images using the FreeSurfer pipeline to calculate the whole brain cortical thickness (CTh) for each subject. We also perform a vertex-wise general linear model to assess differences between groups in the relationship between CTh and diverse covariables as gender, age, the estimated years to onset and education. We also explored differences according to TMEM106B genotype, a possible disease modifier. Whole brain CTh did not differ between carriers and noncarriers. Both groups showed age-related cortical thinning. The group-by-age interaction analysis showed that this age-related cortical thinning was significantly greater in GRN carriers in the left superior frontal cortex. TMEM106B did not significantly influence the age-related cortical thinning. Our results validate and expand previous findings suggesting an increased CTh loss associated with age and estimated proximity to symptoms onset in GRN carriers, even before the disease onset.

O ácido hipocloroso (HOCl) faz parte do conjunto de espécies reactivas de oxigénio e de azoto produzidas pelas células fagocíticas, durante o processo de fagocitose, levado a cabo para matar microorganismos invasores, exercendo uma acção fundamental na defesa do organismo. No entanto, estas espécies reactivas também participam como moléculas sinalizadoras, pois modulam factores de transcrição, como o NF-κB. Este factor de transcrição regula a transcrição de imensos genes, nomeadamente os que estão envolvidos na inflamação e imunidade, anti-apoptose e proliferação celular. Contudo, apesar das espécies reactivas e o NF-κB terem um papel fundamental no bom funcionamento do sistema imunitário, uma regulação inapropriada de ambos tem sido implicada em diversas doenças inflamatórias podendo levar mesmo ao desenvolvimento de cancro. O objectivo deste trabalho foi estudar as propriedades anti-inflamatórias do flavonóide quercetina e do seu metabolito isorramnetina, avaliando a sua capacidade para reagirem com o HOCl e os seus efeitos na activação celular do factor de transcrição NF-κB. Avaliou-se a sua capacidade para reagirem com o HOCl, produzido por neutrófilos humanos activados ex-vivo, através da oxidação da sonda 3-aminofenilfluoresceína (APF) por espectrofluorimetria e citometria de fluxo. Avaliou-se, também, a sua acção na activação do NF-κB (análise por Western Blot) numa linha celular de monócitos humanos (células monocíticas THP-1) estimulada por LPS. Tendo em conta o comportamento da quercetina e do seu metabolito isorramnetina, em relação à captação de HOCl, produzido por neutrófilos activados, a análise das suas estruturas sugere a importância do grupo metilo da isorramnetina na captação de HOCl no interior das células. Os resultados da análise por Western Blot do factor de transcrição NF-κB, nas células THP-1 estimuladas por LPS, permitiram concluir que as células apresentavam uma maior activação, isto é, uma maior translocação da proteína p65 para o núcleo, após 1h de incubação com LPS. Na presença dos dois flavonóides estudados a activação das células diminuiu, apresentando uma redução na translocação do p65 NF-κB para o núcleo, e evidenciando, deste modo, o potencial papel daqueles flavonóides como anti-inflamatórios.

Eukaryotic cells regulate 50-triphosphorylated RNAs (ppp-RNAs) to promote cellular functions and prevent recognition by antiviral RNA sensors. For example, RNA capping enzymes possess triphosphatase domains that remove the g phosphates of ppp-RNAs during RNA capping. Members of the closely related PIR-1 (phosphatase that interacts with RNA and ribonucleoprotein particle 1) family of RNA polyphosphatases remove both the b and g phosphates from ppp-RNAs. Here, we show that C. elegans PIR-1 dephosphorylates ppp-RNAs made by cellular RNA-dependent RNA polymerases (RdRPs) and is required for the maturation of 26G-RNAs, Dicer-dependent small RNAs that regulate thousands of genes during spermatogenesis and embryogenesis. PIR-1 also regulates the CSR-1 22G-RNA pathway and has critical functions in both somatic and germline development. Our findings suggest that PIR-1 modulates both Dicer-dependent and Dicer-independent Argonaute pathways and provide insight into how cells and viruses use a conserved RNA phosphatase to regulate and respond to ppp-RNA species.

Rabbit haemorrhagic disease (RHD) is a highly contagious infectious disease of European wild and domestic rabbits. Rabbit haemorrhagic disease virus (RHDV, GI.1) emerged in 1986 in Europe, rapidly spreading all over the world. Several genotypes of RHDV have been recognised over time, but in 2010, a new virus (RHDV2/RHDVb, GI.2) emerged and progressively replaced the previous RHDV strains, due to the lack of cross-immunity conferred between RHDV and RHDV2. RHDV2 has a high mutation rate, similarly to the other calivirus and recombines with strains of RHDV and non-pathogenic calicivirus (GI.4), ensuring the continuous emergence of new field strains. Although this poses a threat to the already endangered European rabbit species, the available vaccines against RHDV2 and the compliance of biosafety measures seem to be controlling the infection in the rabbit industry Pet rabbits, especially when kept indoor, are considered at lower risk of infections, although RHDV2 and myxoma virus (MYXV) constitute a permanent threat due to transmission via insects. Vaccination against these viruses is therefore recommended every 6 months (myxomatosis) or annually (rabbit haemorrhagic disease). The combined immunization for myxomatosis and RHDV through a commercially available bivalent vaccine with RHDV antigen has been extensively used (Nobivac® Myxo-RHD, MSD, Kenilworth, NJ, USA). This vaccine however does not confer proper protection against the RHDV2, thus the need for a rabbit clinical vaccination protocol update. Here we report a clinical case of hepatitis and alteration of coagulation in a pet rabbit that had been vaccinated with the commercially available bivalent vaccine against RHDV and tested positive to RHDV2 after death. The animal developed a prolonged and atypical disease, compatible with RHD. The virus was identified to be an RHDV2 recombinant strain, with the structural backbone of RHDV2 (GI.2) and the non-structural genes of non-pathogenic-A1 strains (RCV-A1, GI.4). Although confirmation of the etiological agent was only made after death, the clinical signs and analytic data were very suggestive of RHD.

Após identificarem os segmentos de mercado mais propensos a adquirir/utilizar um produto, os especialistas de marketing têm normalmente dificuldade em delimitar espacialmente os lugares onde predominam esses segmentos. Para o fazer, necessitam de indicadores que tornem o processo cada vez mais célere e eficaz, condições essenciais para decidir onde se deve apostar na oferta ou promoção de um determinado produto. Assim, este relatório tem como principal objetivo desenvolver um modelo que permita identificar novos indicadores mais adequados para caracterizar uma determinada área de mercado. Como etapas intercalares pretende-se: i) Sintetizar as variáveis/indicadores mais pertinentes para a área de mercado em análise; ii) Transformar as variáveis/indicadores em indicadores de valor acrescentado; iii) Identificar os lugares com maior potencial de negócio; iv) Desenvolver um sistema espacial de apoio à promoção e seleção do conjunto de produtos que mais se adequam a cada lugar, com base em indicadores de valor acrescentado; e v) Explorar o sistema espacial de apoio à decisão para fomentar uma forma de marketing inteligente, i.e., que tenha por base as características específicas de cada área de mercado. O modelo foi desenvolvido para a área de mercado da Austrália devido à grande disponibilidade de dados recentes para os diferentes níveis geográficos e à constatação de características que fazem com que se verifique uma maior diversidade de preferências dos consumidores, como a existência de uma população étnica ou racial diversa, a distribuição assimétrica da população e o elevado rendimento dos habitantes. Para o desenvolver, sintetizaram-se as variáveis/indicadores sociodemográficos(as) e económicos(as) mais pertinentes para a área de mercado da Austrália, para que, através da aplicação de procedimentos estatísticos como a regressão e a análise fatorial, se pudesse transformar essas variáveis/indicadores em indicadores de valor acrescentado para o contexto de mercado da Austrália. Desta forma, foi possível obter oito indicadores de valor acrescentado que foram posteriormente representados em mapas, com base na utilização dos Sistemas de Informação Geográfica. Por fim, para a cidade de Melbourne, identificaram-se os lugares com maior potencial de negócio, tendo em conta os oito indicadores de valor acrescentado obtidos. Este procedimento, por assumir uma estrutura flexível, poderá vir a ser aplicado pelos especialistas de marketing nos mais diversos contextos de negócio.

Este ensaio procura uma compreensão teórica do homem neoliberal e os caminhos que levam à sua superação. Como ponto de partida utilizámos Byung-Chul Han e Gilles Lipovetsky para melhor compreender qual o contexto do homem contemporâneo e quais as suas dificuldades existenciais. Byung-Chul Han ao exercer um diagnóstico e análise das doenças contemporâneas, apercebe-se que estas pertencem a uma categoria nova. Tratam-se de doenças da positividade, resultantes da intensificação e reprodução do igual e fruto da saciedade e enfartamento. Doenças como a síndrome de burnout e a hiperatividade distinguem-se das doenças da negatividade que resultam da invasão por corpos hostis e infeçõees. O filósofo germano-coreano revela a origem do excesso de positividade: ele resulta de uma sociedade que se auto-reproduz e se intensifica incessantemente através da produção.

Substrate-dependent gliding motility is key to malaria transmission. It mediates host cell traversal, invasion and infection by Plasmodium and related apicomplexan parasites. The 110 amino acid-long cell surface protein LIMP is essential for P. berghei sporozoites where it is required for the invasion of the mosquito’s salivary glands and the liver cells of the rodent host. Here we define an additional role for LIMP during mosquito invasion by the ookinete. limp mRNA is provided as a translationally repressed mRNP (messenger ribonucleoprotein) by the female gametocyte and the protein translated in the ookinete. Parasites depleted of limp (Δlimp) develop ookinetes with apparent normal morphology and no defect during in vitro gliding motility, and yet display a pronounced reduction in oocyst numbers; compared to wildtype 82 % more Δlimp ookinetes remain within the mosquito blood meal explaining the decrease in oocysts. As in the sporozoite, LIMP exerts a profound role on ookinete infection of the mosquito.