RCAAP Repository
Epidemiologia molecular de vírus da raiva isolados de herbívoros e suínos procedentes da Amazônia Brasileira
A raiva é uma antropozoonose com alta letalidade, acomete todos os animais de sangue quente, essa doença causa enormes prejuízos econômicos ao rebanho pecuário nacional, é impossível estimar os custos reais com controle dessa doença, em decorrência do grande número de subnotificações. O uso de ferramentas moleculares permite identificar as linhagens virais circulantes, facilitando desse modo à compreensão da epidemiologia da raiva. A técnica de RT-PCR para amplificação parcial dos genes N e G, foi aplicada em 60 amostras positivas para o vírus da raiva pelas provas de imunofluorescência direta e prova biológica, procedentes dos Estados do Pará, Tocantins, Rondônia e Acre das espécies bovina, equídea, bubalina e suína. As sequências nucleotídicas obtidas para os genes N (41 amostras) e G (17 amostras) foram analisadas pelo algoritmo Neighbor-Joining e modelo evolutivo Kimura 2-parâmetros. Essa análise permitiu identificar distintas linhagens circulantes nas regiões estudadas, foi evidenciado ainda, um padrão de distribuição geográfico dessas linhagens. Além disso, este estudo possibilitou identificar marcadores moleculares para diferentes regiões geográficas, promovendo um melhor entendimento da epidemiologia molecular da raiva das linhagens circulantes da região em estudo.
Um enfoque multigênico para a genealogia comparada de Betacoronavirus em bovinos e equinos
Gastroenterites são uma das causas mais comuns e importantes de morbidade e mortalidade entre animais neonatos e juvenis, em muitos casos, ocasionadas por uma infecção intestinal múltipla, sendo os principais agentes virais entéricos em bovinos o rotavírus e o coronavírus bovino (BCoV). O BCoV tem distribuição mundial e causa gastroenterites em bezerros, disenteria de inverno em bovinos adultos e processos patológicos respiratórios, enquanto que nos equinos os coronavírus causam enterocolite neonatal em potros. Considerando-se que o coronavírus bovino é mais estudado do que os coronavírus equinos, havendo possibilidade de transmissão interespécies, o presente trabalho teve por objetivo a comparação multigênica do coronavírus em bovinos adultos com disenteria de inverno e bezerros com diarréia neonatal e em equinos do Brasil, com base em sequências parciais dos genes codificadores das proteínas hemagluninina-esterase (HE), espícula (S) e nucleoproteína (N). Foram utilizadas amostras fecais de 11 vacas leiteiras de um surto de disenteria de inverno e de 27 equinos testadas quanto a presença de Betacoronavirus com uma RT-PCR dirigida ao gene RdRp; em seguida, as amostras positivas foram submetidas as reações parciais de PCR para os genes N, HE e S, e posterior sequenciamento e análise genealógica. Além destas amostras, foram utilizadas 15 amostras fecais de bezerros, já estudadas parcialmente quanto ao gene S, submetidas as reações de RT-PCR para N e HE, e posterior sequenciamento e análise genealógica. Sequências representativas da população em estudo foram obtidas para todos os genes. Pode-se concluir que a genealogia de amostras entéricas de BCoV detectadas em bovinos jovens e adultos é diretamente associada a padrões geográficos quando se consideram os genes S e HE, sendo a genealogia de menor resolução para os genes HE e nucleoproteína N, para a qual há uma tendência a segregação por faixa etária do hospedeiro e que equinos podem apresentar Betacoronavirus indistinguíveis daqueles encontrados em bovinos.
2011
Iracema Nunes de Barros
Situação epidemiológica da tuberculose bovina no Estado de Mato Grosso
Realizou-se um estudo para caracterizar a situação epidemiológica da tuberculose bovina no Estado de Mato Grosso. O Estado foi estratificado em quatro circuitos produtores. Em cada circuito as propriedades foram sorteadas aleatoriamente e, dentro dessas, escolheu-se de forma aleatória um número pré-estabelecido de animais, os quais foram submetidos ao teste tuberculínico Cervical Comparativo. No total foram amostrados 28.878 animais, provenientes de 1.133 propriedades. Os animais que resultaram inconclusivos foram retestados com o mesmo procedimento diagnóstico em intervalo mínimo de 60 dias. Foram classificadas como foco de tuberculose as propriedades com até 20 bovinos amostrados e pelo menos um resultado positivo, assim como, aquelas com 40 animais amostrados e dois ou mais resultados positivos. Em cada propriedade amostrada aplicou-se um questionário para verificar o tipo de exploração e as práticas de criação e sanitárias que poderiam constituir fatores de risco para a doença. As prevalências de focos e de animais infectados no Estado foram de 1,3% [0,7; 2,4%] e 0,123% [0,034; 0,440%], respectivamente. Para os circuitos as prevalências de focos e de animais infectados foram, respectivamente, de: circuito pantanal, 0,0 [0,0; 2,0] e 0,000 [0,000; 0,076]; circuito leite, 1,3 [0,5; 3,1] e 0,037 [0,008; 0,168]; circuito engorda, 0,7 [0,2; 2,7] e 0,010 [0,003; 0,043]; circuito cria, 1,7 [0,7; 4,1] e 0,240 [0,064; 0,904]. O pequeno número de casos detectados (12) inviabilizou um estudo completo para individualização dos fatores de risco envolvidos. Resultaram associados à condição de foco os tipos de exploração leite e misto (Χ2 = 11,8; p = 0,003), entrega de leite (Χ2 = 7,8; p = 0,006) e ordenha mecanizada (Χ2 = 9,1; p = 0,006). No Estado a prevalência de tuberculose bovina, tanto de focos quanto de animais, é baixa e a infecção está mais concentrada em propriedades de leite com maior grau de tecnificação no modo de produção. Em vista disso, a implementação de um sistema de vigilância para detecção e saneamento dos focos residuais constitui a melhor alternativa para o controle da doença no Estado.
2012
João Marcelo Brandini Nespoli
Infecção experimental do carrapato Amblyomma cajennense pela bactéria Rickesttsia rickettsii, agente etiológico da febre maculosa brasileira: avaliação das transmissões transovariana e transestadial , efeito na infecção nos parâmetros biológicos do carrapato e capacidade de larvas, ninfas e adultos transmitirem a bactéria para vertebrados
Amblyomma cajennense é a principal espécie de carrapato incriminada na transmissão de Rickettsia rickettsii, agente etiológico da febre maculosa brasileira (FMB), no Brasil e outros países da América do Sul. O presente trabalho foi realizado com a finalidade de avaliar e quantificar a ocorrência das transmissões transovariana e transestadial de R. rickettsii em A. cajennense, verificando o efeito da infecção nos parâmetros biológicos do carrapato, e finalmente, a capacidade de larvas, ninfas e adultos transmitirem a bactéria para vertebrados. Para tal, cobaias (Cavia porcellus) infectadas experimentalmente com R. rickettsii foram infestadas com larvas e ninfas, para alimentação dos adultos de A. cajennense foram utilizados coelhos infectados. A biologia desses carrapatos expostos à R. rickettsii foi acompanhada até a geração seguinte de ninfa. Amostras de cada estágio evolutivo (larva, ninfa, adulto, ovo, larva, ninfa) foram testadas por PCR em tempo real para determinar a freqüência de carrapatos infectados por Rickettsia. Também foram quantificadas as transmissões transovariana e transestadial de R. rickettsii no carrapato A. cajennense. Cobaias e coelhos não infectados, utilizadas para infestação de cada um dos estágios parasitários do carrapato, foram avaliadas clinicamente e por sorologia, a fim de verificar a ocorrência da transmissão de R. rickettsii para esses animais. Em todas as infestações com carrapatos expostos previamente a R. rickettsii dentro de uma mesma geração, os animais adoeceram com febre alta (temperatura retal >40oC), lesão escrotal e alta letalidade, indicando a transmissão transestadial de R. rickettsii nos carrapatos, sendo esta confirmada por PCR e sorologia dos animais. Quanto à transmissão transovariana, esta ocorre em baixa quantidade nos grupos GL (infectado na fase de larva) e GN (infectado na fase de ninfa), pois das 12 cobaias (seis do grupo GL e seis do grupo GN), apenas três apresentaram sinais clínicos, e somente uma veio a óbito. Um total de oito animais foram positivos à RIFI (reação de imunofluorescência indireta), porém destes, seis apresentaram títulos baixos, entre 128 e 512, provavelmente devido a um pequeno desafio imunológico. As cobaias infestadas com larvas oriundas de fêmeas pertencentes ao grupo GA (infectado na fase adulta) não se apresentaram clinicamente alteradas nem sorologicamente reativas. Sugerindo que transmissão transovariana no grupo GA seja algo raro, pois apesar da progênie de uma das fêmeas ter sido positiva à PCR, nenhuma das cobaias infestadas com larvas ou ninfas de segunda geração manifestou quaisquer evidências do contato com R. rickettsii. Paralelamente, carrapatos não expostos a R. rickettsii (grupo controle GC) foram mantidos nas mesmas condições dos carrapatos infectados, para avaliar a existência de um possível efeito deletério da infecção por R. rickettsii na biologia do carrapato, os quais foram evidenciados com a maior mortalidade de larvas infectadas do grupo GL na primeira e na segunda gerações, além de alterações nos parâmetros biológicos das fêmeas ingurgitadas dos grupos expostos a R. rickettsii. Os resultados encontrados comprovam que a R. rickettsii é maléfica ao A. cajennense, bem como a existência de transmissão transestadial e transmissão transovariana, porém esta ultima em baixa quantidade. Isto ressalta a importância de hospedeiros amplificadores e de outros carrapatos na epidemiologia da Febre Maculosa Brasileira.
Caracterização molecular de vírus da influenza equina brasileiros, 2012 e 2015
A influenza equina (EI) é uma enfermidade respiratória viral aguda que acomete equídeos de todas as idades. A doença é causada pelo vírus da influenza equina (EIV do inglês Equine Influenza Virus), que podem ser do subtipo viral H3N8 (antigo Equi-2), mundialmente distribuído, e o H7N7 (antigo Equi-1), considerado extinto desde 1980. Os EIVs pertencem à família Orthomyxoviridae, gênero Influenza A, possuem genoma RNA fita simples segmentado de senso negativo e são envelopados. A EI tem alta morbidade e baixa mortalidade leva a grandes perdas econômicas no ramo equestre. Os animais acometidos ficam impedidos de serem transportados ou de participarem de eventos equestres no Brasil. A rápida e fácil disseminação do EIV é bastante característico em surtos de EI. Surtos de EI foram descritos em 2012 em diversos países, incluindo o Brasil. Em 2015, um surto de EIV ocorreu em um Hospital Veterinário na cidade de São Paulo-SP. Os objetivos do presente trabalho foram: a) obter isolados do vírus da influenza equina de surtos recentes do estado de São Paulo, Brasil; b) realizar o sequenciamento dos EIVs isolados; c) promover a análise filogenética e evolutiva desses EIVs. Foram isolados 12 EIVs de um surto de EI em um hospital veterinário na cidade de São Paulo em 2015. Promoveu-se o sequenciamento dos oito genes virais dos isolados de 2015 e de uma estirpe de EIV de um surto brasileiro de 2012, e da hemaglutinina de outras duas estirpes do mesmo surto de 2012. Os vírus do surto de 2012 foram cedidos pelo Laboratório de Raiva e Encefalites Virais do Instituto Biológico de São Paulo para as análises. O sequenciamento dos genes HA e NA indicaram que os EIVs de 2012 e 2015 brasileiros são do subtipo H3N8 e pertencem à sublinhagem Flórida 1 e tiveram maiores identidades com os vírus de 2012 da América do Sul, Estados Unidos e Dubai de 2012. Os vírus de 2015 formaram um clado separado dos demais EIV Flórida 1, tanto na análise filogenética quanto na análise de relógio molecular. As análises de mutações de nucleotídeos e aminoácidos, associados à análise de perfil de hidrofobicidade sugerem mudanças em estruturas antigênicas que poderiam acarretar no maior distanciamento em relação à estirpe vacinal A/equine/South Africa/4/03.
2018
Patricia Filippsen Favaro
Avaliação da qualidade microbiológica de refeições de bordo destinadas a tripulantes de aeronaves civis brasileiras
O presente estudo teve como objetivo avaliar a qualidade microbiológica de refeições frias e quentes, em condições reais de vôo, destinadas aos tripulantes de vôos domésticos. Um total de 133 amostras foi analisada, sendo que nenhuma delas apresentou Salmonella sp.. A presença de S. aureus coagulase-positiva ocorreu em apenas 0,75% (1) das amostras, numa porção de frutas em pedaços, com contagem acima de 103 UFC/g. No entanto, obtiveram-se contagens de outras espécies de estafilococos (que não o S. aureus), que ocorreram em 54,14% (72) das amostras frias e em 5,26% (7) das amostras quentes. Foram observadas contagens dessas bactérias acima de 103 UFC/g em 40,60% (54) das amostras frias e em 1,5% (2) das amostras quentes. Contagens de bactérias heterotróficas mesófilas ocorreram em 61,65% (82) das amostras frias e 13,53% (18) das amostras quentes. A contagem de bactérias heterotróficas psicrotróficas ocorreu em 56,39% (75) das amostras frias e em 5,26% (7) das amostras quentes. A determinação do número mais provável (NMP) de coliformes totais ocorreu em 49,62% (66) das amostras frias e em 3,76% (5) das amostras quentes, enquanto que o NMP de coliformes fecais foi observado em 36,10% (48) das amostras frias e em 1,5% (2) das amostras quentes. Verificou-se a presença de E. coli em 9,77% (13) das amostras. Mostraram-se de baixa qualidade microbiológica 42,10% (56) das amostras, sendo 39,85% (53) itens frios e 2,25% (3), quentes. Tendo em vista os resultados obtidos, parece lícito concluir que os alimentos servidos a bordo, destinados aos aeronautas, podem ser considerados seguros, em relação a inocuidade evidenciada através dos microrganismos patogênicos estudados. A qualidade microbiológica dos alimentos reaquecidos mostrou-se superior àquela dos alimentos servidos frios.
A influência da presença de ações educativas e de saúde animal sobre a guarda responsável de animais em área da cidade de São Paulo
A guarda responsável dos animais domésticos é relevante por duas questões principais: a Ética e a Saúde Pública. Os cuidados adequados com os animais são uma questão ética cada vez mais discutida em nossa sociedade, devido às interações homem-animal cada vez mais estreitas. Apesar disso, a guarda responsável é um tema interessante não apenas para aqueles que se importam com uma vida digna aos animais, mas também essencial para evitar problemas de saúde pública como agressões e zoonoses. Esse trabalho visou verificar se a disponibilidade de cuidados veterinários e castrações gratuitas, bem como ações educativas durante dois anos em uma comunidade do município de São Paulo tornaram ou não a guarda de animais mais responsável. Como principais resultados, houve mudança significativa na quantidade de destinos positivos que foram dados aos cães após a presença de serviços de saúde no bairro, concomitantemente houve aumento do número cães com guardiões, o que requer um programa contínuo de manejo populacional de animais domésticos.
2013
Carolina Ballarini Zetun
Competência vetorial de carrapatos do grupo Rhipicephalus sanguineus do Brasil, Argentina e Uruguai para transmissão da bactéria Ehrlichia canis, agente etiológico da erliquiose monocítica canina
Estudos filogenéticos recentes mostram que na América Latina há dois grupos distintos de carrapatos identificados como R. sanguineus. Carrapatos R. sanguineus da chamada América Latina temperada (Chile, Argentina, Uruguai e estado do Rio Grande do Sul) formam um grupo monofilético, claramente distinto de um segundo grupo monofilético, formado por R. sanguineus da denominada América Latina tropical (desde México ao estado Brasileiro de Santa Catarina), com claras possibilidades desses dois grupos estarem representados por duas espécies distintas dentro do complexo sanguineus. Estudos sobre erliquiose canina (causada por Ehrlichia canis) na América Latina indicam que E. canis é altamente prevalente em países da América Latina tropical, porém rara ou escassa na América Latina temperada. Desta forma, a hipótese primária do presente projeto foi que a ausência ou escassez de casos de erliquiose canina na América Latina temperada se deve à baixa competência vetorial dos carrapatos sob o táxon R. sanguineus presentes nessa região, ao contrário da América tropical, em que os carrapatos presentes sob o táxon R. sanguineus possuem alta competência vetorial para E. canis. Baseado no exposto acima, o objetivo geral do presente projeto foi avaliar de forma comparativa a competência vetorial de quatro populações de R. sanguineus da região Neotropical, uma representando a América Latina tropical e três representando a América Latina temperada. Carrapatos nas fases de larvas e ninfas, derivados de quatro populações de R. sanguineus, provenientes da Argentina (América Latina temperada), Estado do Rio Grande do Sul (América Latina temperada), Uruguai (América Latina temperada) e da cidade de São Paulo, Brasil (América Latina tropical) foram expostos a E. canis, ao se alimentarem em cães infectados com E. canis, na fase aguda da doença. Em paralelo, larvas e ninfas não infectadas de cada uma das quatro populações foram levadas a infestar cães não infectados (grupo controle). As larvas e ninfas ingurgitadas, recuperadas nessa primeira fase, foram deixadas em estufa para realizarem ecdise para ninfas e adultos, respectivamente. Parte destas ninfas e adultos foi separada para análises moleculares. Outra parte dessas ninfas e adultos foi levada a infestar cães susceptíveis, a fim de se verificar a competência vetorial desses carrapatos das quatro populações. Nas infestações realizadas, amostras de sangue dos cães infestados foram colhidas semanalmente durante sessenta dias. Parte desse sangue foi processado imediatamente para hemograma, mostrando que somente os cães infestados com adultos de R. sanguineusde São Paulo, expostos a E. canis na fase de ninfa, apresentaram alterações marcantes de números de eritrócitos, volume globular, hemoglobina e plaquetas abaixo do valor mínimo de referência para cães sadios. Todos os demais cães infestados apresentaram valores de hemograma sem grandes alterações significativas. Nenhum cão apresentou febre. A outra parte do sangue colhido semanalmente foi separada para processamento por PCR em tempo real para pesquisa de DNA de E. canis e sorologia para pesquisa de anticorpos anti-E. canis. As análises moleculares (PCR em tempo real para pesquisa de DNA de E. canis) e sorológicas (imunofluorescência indireta) de todos esses cães foram realizadas, assim como as análises moleculares dos carrapatos, a fim de se verificar a freqüência de carrapatos de cada população que se infectou, após se alimentarem em cães infectados. Os resultados indicam que somente os carrapatos da colônia de São Paulo (América Latina tropical) foram competentes para transmitir a doençaa três cães sadios, que se mostraram positivos na PCR em tempo real e na soroconversão para E. canis. Todos os cães infestados com carrapatos das colônias da América Latina temperada (Chile, Argentina, Uruguai e estado do Rio Grande do Sul) não se infectaram por E. canis, mesmo que esses carrapatos haviam se alimentado, num estágio anterior, em um cão sabidamente infectado. Os testes moleculares dos carrapatos corroboram esses resultados, uma vez que nenhum carrapato adulto (exposto E. canis na fase de ninfa) das colônias da Argentina e Uruguai se mostrou positivo na PCR em tempo real, ao passo que pelo menos 1% das ninfas e 28% dos adultos de R. sanguineus da colônia São Paulo se mostraram positivos, após se alimentarem como larvas e ninfas, respectivamente, no mesmo cão infectado que serviu de alimento para os carrapatos da América Latina temperada (Uruguai, Argentina e Rio Grande do Sul). Em relação aos carrapatos provenientes do estado do Rio Grande do Sul, 4% dos adultos analisados logo após a ecdise se apresentaram positivos na PCR em tempo real, mas nenhum adulto foi positivo 30 dias após a ecdise. Como os carrapatos dessa população não foram competentes para transmitir a bactéria para cães susceptíveis, presume-se que os resultados positivos na PCR logo após a ecdise se deva a DNA residual da bactéria ingerida na alimentação da ninfa no cão infectado. Carrapatos adultos das quatro populações estudadas foram inoculados pela via intracelomática com emulsão de células DH82 infectadas com E. canis. Após ficarem incubados por 10 dias numa incubadora BOD a 25oC, se alimentaram por cinco dias em coelhos, quando então foram manualmente retirados e tiveram suas glândulas salivares dissecadas e submetidas a extração de DNA. Pela PCR em tempo real, somente 1 (10%) de 10 carrapatos da população de São Paulo foi positivo para E. canis, ao passo que nenhum carrapato das demais populações (10 carrapatos por população) foi positivo.Amostras de carrapatos adultos do grupo R .sanguineus coletados a campo em diferentes regiões do Brasil foram analisadas através da técnica de PCR em tempo real para verificar a presença da bactéria E. canis. Foram coletados R.sanguineus dos seguintes locais (30 a 374 carrapatos por localidade): São Paulo/SP, Cuiabá/MT, Campo Grande/MS, Paulo Afonso/BA, Cachoeira do Sul/RS, São Luís/MA, Uberlândia/MG, Bandeirantes/PR, Petrolina/PE, Ji-Paraná/RO; e amostras de Montevidéu (Uruguai) e Rafaela (Argentina). Apenas os carrapatos de Cachoeria do Sul/RS, Campo Grande/MS, Montevidéu (Uruguai) e Rafaela (Argentina) foram todos negativos na PCR. Nas demais localidades, o percentual de carrapatos positivos para E. canis variou de 2,0 a 7.9%. Os resultados deste trabalho servem para uma melhor compreensão da ausência de casos de infecção canina por E. canis na América Latina temperada (cone sul) e reforçam a hipótese de que tal fato se deve à baixa competência vetorial dos carrapatos sob o táxon R. sanguineus presentes nessa região, ao contrário da América tropical, onde os carrapatos presentes sob o táxon R. sanguineus possuem alta competência vetorial.
Análise filogenética de amostras de vírus da raiva procedentes de herbívoros da região fronteiriça entre o nordeste do Estado de São Paulo e o Sul de Minas Gerais, Brasil no período de 2000-2009
No Brasil a raiva dissemina-se de maneira insidiosa nos herbívoros domésticos, produzindo perdas à indústria pecuária. No estado de São Paulo, a última epizootia registrada ocorreu entre os anos 1997-2002, acometendo bovinos e equinos. Este estudo examinou a possível relação de alguns casos detectados no sul de Minas Gerais no período 2000 a 2009 com o foco paulista citado, mediante análise filogenética de segmentos do gene da glicoproteína (540 nucleotídeos) e nucleoproteína (416 nt) viral, usando o algoritmo de Neighbor-joining, modelo evolutivo Kimura 2- parâmetros com 1000 replicações, considerando sequências de isolados procedentes de diferentes regiões do interior paulista e do Brasil, tomadas do GenBank. Foi proposta uma análise geográfica mediante o programa ArcGis, localizando as coordenadas geográficas dos municípios de origem dos casos sobre mapas de relevo, bacias hidrográficas e distribuição de biomas. A análise filogenética dos dois genes estudados sugeriu que os focos mineiros podem ter a mesma origem genética da última epizootia paulista de raiva em herbívoros ocorrida entre 1997 e 2002. A análise filogenética baseada na nucleoproteína mostrou um maior nível de detalhamento sugerindo a ocorrência de diferentes eventos e/ou centros de dispersão de raiva em herbívoros na área de estudo. A análise geográfica insinuou que os casos aconteceram nas porções menos elevadas da Serra da Mantiqueira, na área de Mata Atlântica e em proximidades das bacias dos rios Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo e Mogi-Guaçu.
2013
Andrea Isabel Estevez Garcia
Develop a pipeline to call SNPs from whole genome sequences of Toxoplasma gondii and integrate with conventional genotyping methods
Toxoplasmosis is a parasitic disease caused by Toxoplasma gondii. Toxoplasma gondii is an intracellular parasite that is related to Plasmodium falciparum, the agent that causes malaria in human. Toxoplasma gondii infects all warm-blooded vertebrates, including mammals and birds. Recent advances in DNA sequencing technologies have made it possible to obtain and use whole genome sequences to genotype any organism, including T. gondii. In the past, PCR-RFLP and MLST are the most common methods to genotype and identify T. gondii and invaluable database is generated over the last decades using these methods. However, the conventional PCR-RFLP and MLST data cannot be easily integrated with the whole genome sequence typing. The objective of this work is to develop a pipeline to map reads coming from a whole genome sequencing to identify SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), and to integrate the data with PCR-RFLP and MLST data. In this work, we used sequencing data from a total of 62 T. gondii isolates from various locations around the world. From these sequences, improved data for phylogenetic analysis were generated using the SplitsTree4 software and population genetics data through the FastStructure tool. In addition, other tools that work in conjunction with the pipeline were developed, making it possible to extract genomic sequences for the 10 PCR-RFLP markers and eight introns for MLST, which were used for genetic analysis of T. gondii in the literature. To make these tools available to the research community; we integrate all software and instruction set used in Perl scripts into a virtual machine, making it possible to perform Bioinformatics tasks from any personal computer, regardless of the operating system running. For this, we use multiplatform virtualization software, VirtualBox. Implement of these tools will facility molecular genetics and population genetics of T. gondii. These tools can be easily modified to work with other organisms as needed.
2019
Bruno Bello Pede Castro
Controle de zoonoses transmitidas por cães e gatos: uma revisão de políticas públicas e legislação no Município de São Paulo
As questões de saúde são complexas e, portanto, envolvem uma série de variáveis inter-relacionadas entre si, como por exemplo a etiologia e aspectos epidemiológicos que, para o poder público, traduzem-se em políticas e legislações voltadas à consolidação da prevenção e tratamento de enfermidades e/ou agravos de impacto social. O munícipio de São Paulo conseguiu com sucesso controlar uma série de doenças através do tempo, entre elas a raiva. Nesta dissertação, utilizando esta enfermidade como referencial, o objetivo foi o de revisar as políticas e legislação pertinentes ao controle de zoonoses transmitidas por cães e gatos ao longo do tempo. Concluímos que a legislação e a estrutura político-administrativa atuais permitem uma regulamentação cada vez mais detalhada quanto à posse/guarda de cães e gatos e abordagem de populações humanas particularmente vulneráveis a zoonoses transmitidas por estas espécies, como pessoas com transtorno de acumulação e em situação de rua. Entretanto, o serviço oficial deve estar atento e ágil na intervenção diante de mudanças que vem ocorrendo, sejam elas referentes ao aumento da população animal ou à possibilidade de emergência ou reemergência de zoonoses como a raiva e a leishmaniose.
2019
Bruna Arnizant Dezorzi
Sobre a ocorrência e a genealogia de amostras brasileiras de Coronavirus canino (CCoV) e o papel de cães como reservatórios para Rotavirus
Gastrenterites virais em cães são doenças transmissíveis infecciosas com importância para a saúde animal, como as causadas por Parvovírus canino e Coronavírus canino (CCoV) e saúde pública, como no caso dos rotavírus. Rotavírus em cães são encontrados com baixa freqüência, tanto em cães com diarréia quanto sadios, mas sua importância como reservatório para a rotavirose humana já é conhecido. O CCoV, pertencente ao grupo 1 do gênero Coronavirus, ocorre sob a forma dos genótipos I e II, amplamente distribuídos mundialmente e implicados em diarréia moderada, mas podendo levar a elevada letalidade no caso de patótipos altamente patogênicos. No Brasil, a ocorrência de rotavírus do sorogrupo A em cães é um fato conhecido, mas, no caso do CCoV, existe, até o momento, apenas uma investigação relatando sua ocorrência, sem dados de diversidade molecular. A presente investigação teve por objetivos avaliar o papel de cães jovens com enterite sintomática, bem como sadios, como reservatórios de rotavírus, estudar a freqüência de ocorrência de Coronavírus canino (CCoV) em amostras fecais destes animais e estudar a diversidade molecular das amostras de CCoV encontradas. Para tato foram colhidas 100 amostras fecais de cães não vacinados, entre 1 e 180 dias de idade entre 2007 e 2008, sendo 50 com diarréia e 50 sem diarréia no momento da colheita, nos Municípios de São Paulo, São Bernardo do Campo, Santo André, São Caetano do Sul, Taboão da Serra, Itapecerica da Serra e uma aldeia indígena em Parelheiros. Às amostras foi aplicada a técnica de eletroforese em gel de poliacrilamida (PAGE) para a detecção de rotavírus e uma RT-PCR dirigida ao gene da proteína de membrana M do CCoV (nucleotídeos 337 a 746) para a detecção deste vírus, sendo os fragmentos detectados submetidos a seqüenciamento de DNA. As seqüencias obtidas, traduzidas em aminoácidos, foram utilizadas para a construção de uma árvore genealógica enraizada de distância com o algoritmo Neighbor-Joning e modelo de Poisson com 100 repetições de bootstrap. Nenhuma das amostras resultou positiva para rotavirus, enquanto que 47 foram positivas para CCoV, com freqüência significativamente superior nos animais com diarréia. Vinte e dois dos 47 fragmentos de DNA obtidos resultaram em seqüências viáveis de DNA, sendo 12 classificadas como CCoV Tipo I e 10 como Tipo II, tendo sido encontrada uma sublinhagem exclusivamente brasileira para o Tipo II. Em relação à amostra vacinal de CCoV submetida ao seqüenciamento de DNA, a maior identidade ocorreu com o grupo Tipo II sublinhagem 01, com um valor de 100%, seguido de 97,2% para o Tipo II sublinhagem 02 (a linhagem brasileira) e 93,2% para o Tipo I. Sugere-se que a diversidade de CCoV encontrada seja derivada da elevada freqüência de ocorrência deste vírus, o que pode aumentar a probabilidade de divergências e de possíveis falhas vacinais por diferenças entre a amostra vacinal (Tipo II) e as amostras de campo (Tipos I e II), e, dessa forma, a vacina não diminuiria a transmissão e novas linhagens de CCoV emergiriam. Conclui-se que cães jovens com enterite sintomática, bem como sadios, não tiveram papel como reservatório para rotavírus, considerando-se a região geográfica e o período de colheita de amostras. O CCoV ocorreu com uma freqüência de 47% na população canina estudada, com freqüência estatisticamente significativamente superior naqueles com diarréia do que naqueles sem diarréia. Finalmente, amostras brasileiras de CCoV, com base em seqüenciamento parcial do gene codificador da proteína de membrana M, ocorrem tanto como tipo I quanto II, sendo que, para o tipo II, há uma lihangem tipicamente brasileira.
Detecção simultânea de Coronavírus bovino e Rotavírus do grupo A em amostras fecais de bovinos utilizando uma multiplex hemi-nested RT-PCR
O coronavírus bovino (BCoV) e rotavírus (RV) são importantes agentes da diarréia neonatal bovina, causando grandes perdas econômicas. O BCoV é também responsável pela disenteria de inverno em vacas adultas e por desordens respiratórias e o RV possui um aspecto zoonótico de importância na saúde pública. Este estudo teve o objetivo de desenvolver uma multiplex hemi-nested RT-PCR para detecção simultânea de BCoV e RV do grupo A com a utilização de um controle interno. Para tanto, foram desenhados três primers dirigidos ao gene N de BCoV (306pb) e três primers dirigidos ao gene VP1 do RV do grupo A (228pb); para o controle interno, foram utilizados dois primers dirigidos ao mRNA do gene mitocondrial bovino ND5 (191pb). Foram utilizados como controles positivos a amostra Kakegawa de BCoV (título HA de 256), a amostra 8209 de rotavírus do grupo A (título viral de 101.66TCID50%/200µL) e suspensão de células MDBK para o controle interno. A extração de RNA foi realizada com o reagente comercial TRIzol, de acordo com as recomendações do fabricante. Foram realizados gradientes de temperatura para a determinação da temperatura ótima de hibridação para cada par de primers, resultando em 50ºC para PCR e 55ºC para a hemi-nested. Doze protocolos com diferentes concentrações de Taq DNA polymerase, MgCl2, primers e DNA-alvo foram testados. Para determinação do limiar de detecção, o protocolo final foi utilizado em diluições dos dois vírus em suspensão de amostras fecais negativas para BCoV e RV adicionadas de 10% de suspensão de células MDBK, obtendo o limiar de detecção de 10-8 para os dois vírus e aplicado em amostras fecais de bezerros (53) e vacas adultas (22). Todas as amostras foram previamente testadas para BCoV por uma nested RT-PCR dirigida ao gene RdPd, sendo 15 positivas, e para rotavírus pela PAGE, sendo 3 positivas. Para a multiplex, 15 amostras foram positivas para BCoV e 6 para rotavírus. O seqüenciamento de DNA das amostras positivas para multiplex demonstrou a especificidade do teste. Uma concordância ótima foi encontrada para BCoV (0,833) e substancial para rotavírus (0,648) calculada pela estatística kappa, comparando-se com os testes de referência. Estes resultados demonstram que a padronização da multiplex foi eficiente para a detecção de BCoV e RV, com elevadas sensibilidade e especificidade. Além disso, o diagnóstico simultâneo dos dois agentes permite um diagnóstico rápido e a um menor custo devido à utilização de reduzidas quantidades de reagentes e mão de obra, fornecendo uma importante ferramenta para o diagnóstico e estudo da etiologia da diarréia em bovinos.
O capital humano e a segurança dos alimentos: um olhar humanista na prática da alimentação coletiva
O presente estudo teve por objetivos: 1) caracterizar o Perfil Socioeconômico dos colaboradores; 2) caracterizar o Clima Organizacional; 3) caracterizar Comprometimento Organizacional; e 4) caracterizar e mapear o comportamento organizacional e verificar suas influencias no cumprimento da Boas Práticas de Higiene e Manipulação dos Alimentos. Refere-se a um estudo de caso com enfoque participativo utilizando-se de entrevistas, por se tratar de uma pesquisa essencialmente qualitativa. Concluiram-se que: 1) a valorização profissional, as relações interpessoais, os benefícios e políticas de incentivos oferecidos pela organização, bem como as condições físicas do ambiente promovem em seus colaboradores o desejo de permanência, comprometimento, engajamento, entusiasmo, envolvimento e bem-estar; 2) a compatibilidade dos objetivos individuais e organizacionais, associada à comunicação efetiva entre os diferentes níveis hierárquicos estimulam a motivação e o comprometimento resultando em produtividade, engajamento, bem-estar e envolvimento com as Boas Práticas de Higiene e Manipulação de Alimentos; 3) as falhas de procedimentos técnicos associam-se à falta de competências de alguns colaboradores, à comunicação não efetiva e à presença do sentimento de desvalorização profissional e pessoal; 4) competência, satisfação, idade, escolaridade, tempo de trabalho, e remuneração foram indicadores comuns para caracterização do comprometimento instrumental, normativo, afetivo e afiliativo
2015
Rafael Almeida Ferreira de Abreu
Study of the role of quail as reservoirs for avian infectious bronchitis virus
This study aimed to investigate the occurrence and molecular diversity of coronavirus in quail and laying hens raised on the same farms and quail only farms, to determine the role of quail as reservoir for avian infectious bronchitis virus (IBV). To this end, two investigations were carried out, one in the São Paulo state, Southeastern Brazil, in 2013, when some farmers started quail vaccination with Massachusetts IBV serotype after surveillance carried out in 2009-2010 and the other in two regions of Northern Italy, in 2015. In the Brazilian study, samples were collected as pools of tracheas, lungs, reproductive tract, kidneys and enteric contents from quail (Coturnix coturnix Japonica) and laying hens showing IB-like symptoms, while, in the Italian study, samples were collected as pools of tracheal and cloacal swabs and intestine/enteric content from European quail (Coturnix coturnix), showing enteric disorders. All samples were tested by a nested RT-PCR targeted to the 3\'UTR of the Gammacoronavirus genus. Positive samples were submitted to RT-PCR to the RNA-dependent RNA-polymerase gene (RdRp) and two different RT-PCRs to the spike gene, including a typing-multiplex one. Two other RT-PCRs were used to detect the avian metapneumovirus (aMPV) and Newcastle disease virus (NDV). Avian coronavirus was found in all types of samples analyzed in quail and chickens from both type of creations, aMPV subtype B was found in chickens (Brasil) and the NDV was not observed in any samples. Based on the DNA sequences for the RdRp gene, Brazilian and Italian quail strains clustered within either Gammacoronavirus or Deltacoronavirus genus, while, for one Brazilian sample, it was detected co-infection with the two genuses. Phylogeny based on partial S1 subunit sequences showed that the gammacoronaviruses detected in the Brazilian and Italian quail belong to the Brazil type and 793/B, respectively. These results suggest that quail are susceptible to Gamma and Deltacoronavirus and that quail avian coronavirus share spike genes identical to chicken infectious bronchitis virus (IBV); thus, quail might act as reservoirs for avian coronaviruses. Also, Massachusetts vaccination was not efficient to control IBV in Brazilian quail.
Pesquisa de cinomose, parvovirose e brucelose em carnívoros selvagens de vida livre e cães domésticos da região do Parque Nacional das Emas, Goiás
A conservação dos animais selvagens de vida livre é ameaçada pela fragmentação de habitat, caça, diminuição de presas e, em menor escala pela ocorrência de doenças infecciosas. Reconhecendo a importância das doenças para a conservação, e considerando que o crescimento da população humana no entorno de áreas protegidas propicia o aumento do contato de animais domésticos e selvagens, o presente estudo teve como objetivo pesquisar a exposição de carnívoros selvagens de vida livre e cães domésticos da região do Parque Nacional das Emas (PNE), Goiás à cinomose, parvovirose, brucelose e brucelose canina. Entre as espécies de carnívoros selvagens amostradas estão o lobo-guará, cachorro-do-mato, raposinha-do-campo, onça-parda, jaguatirica, gato-palheiro, gatomourisco, jaratataca e quati. Foram realizados os testes de soroneutralização, inibição de hemaglutinação, imunodifusão em gel ágar e PCR, para cinomose, parvovirose, brucelose canina e brucelose, respectivamente. Lobos-guará (12,7%, n=9), cachorros-do-mato (11,6%, n=7), jaguatiricas (18,2%, n=2) e cães domésticos (71,4%, n=25) foram expostos à cinomose. Todas as espécies de carnívoros selvagens amostradas, com exceção do quati, sendo 40,4% (n=65) dos indivíduos, e 37,1% (n=13) dos cães domésticos foram expostos à parvovirose. Apenas o lobo-guará (1,67%, n=2) foi exposto à brucelose canina e a raposinha-do-campo à Brucella spp. (1,47%, n=1). Este é o primeiro relato da exposição de gato-palheiro, gatomourisco e jaratataca ao parvovírus, e de lobo-guará à Brucella canis. A cinomose e a parvovirose merecem atenção no PNE pela possibilidade de envolvimento de cães domésticos na sua transmissão, embora não possa ser comprovada no presente estudo. A brucelose, no momento, parece não ser uma ameaça sanitária para as populações de carnívoros do PNE.
2013
Erika Midori Kida Hayashi
Caracterização genotípica de cepas de Pasteurella multocida proveniente de suínos
Um total de 123 isolados de Pasteurella multocida provenientes de suínos foi avaliado através da PCR para pesquisa de genes codificadores de capsula, toxina dermonecrótica e outros fatores de virulência. As amostras foram caracterizadas como tipo capsular A (78,8 %) e tipo capsular D (21%). Nenhum dos isolados foi positivo para presença de toxina dermonecrótica. Os genes codificadores dos fatores de virulência pesquisados foram observados nas freqüências de 93,5 % para nanB, 92,7% para psl, 91,9% para oma87 e nanH, 87,8% para sodA,87% para hghA,83,7% para ompH, 82,9% para sodC, 79,7% para ptfA e exbBD tonB,73,2% para hgbB, 14,6% para pfhA e 4,9% para tbpA. Estes achados são compatíveis com o descrito na literatura internacional.
2010
Sergio de Mello Novita Teixeira
Sistemas de vigilância em saúde animal
Nas últimas décadas, a epidemiologia veterinária evoluiu muito, trazendo novas abordagens para prevenção, detecção e controle de doenças infecciosas em rebanhos animais. Os sistemas de vigilância em saúde animal são considerados ferramentas primordiais para essa tarefa. Apesar das grandes conquistas no mercado internacional e do reconhecimento de áreas livres de doenças economicamente importantes, em suma epidêmicas, o Serviço Veterinário Oficial brasileiro ainda está em processo de construção para estabelecer sistemas mais bem estruturados que possam oferecer técnicas mais consistentes e sistematizadas desde a coleta e análise de dados, até o desencadeamento de medidas mitigatórias de risco na tomada de decisões. É importante ressaltar que para o funcionamento adequado dos processos envolvidos em cada etapa do sistema de vigilância, é preciso que estes sejam submetidos a uma avaliação sistemática, garantindo a qualidade das informações geradas e a otimização de recursos técnicos e monetários, desde que deficiências ou irregularidades sejam detectadas em sua operação. A avaliação permite visualizar se as diretrizes propostas inicialmente condizem com o trabalho em execução, garantindo credibilidade e manutenção de relações comerciais entre países. O presente estudo tem como objetivo revisar os aspectos fundamentais para a implementação e avaliação de sistemas de vigilância.
2020
João Luís Revolta Callefe
Monitoramento da população de cães errantes na Cidade Universitária Armando de Salles Oliveira
O ProMAC surgiu dentro da USP como resposta à demanda da comunidade, de abordar alguns problemas ambientais, inclusive a presença de cães errantes no campus. O presente trabalho teve como objetivo atender este programa no tocante à avaliação da dinâmica e da saúde da população de cães mantidos soltos na CUASO e dos cães recolhidos ao ATA. Utilizando a técnica de captura e recaptura fotográfica, a população de cães foi estimada em nove oportunidades ao longo de dois anos. No segundo ano, os cães dóceis foram individualmente identificados e, em quatro oportunidades, tiveram amostras biológicas coletadas (sangue, fezes e ectoparasitos). Os cães alojados no ATA foram identificados e as amostras coletadas em um único esforço contínuo ao longo de três meses. A estimativa da população errante variou entre 14 e 55 cães, com tendencia de queda não significativa ao longo do tempo. A população foi, em sua maioria composta de indivíduos machos (58,4%), adultos (77,8%) e dóceis (55,7%). A população errante apresentou alterações nos parâmetros hematológicos ao longo do ano, compatíveis com infecção subclínica, possivelmente causada por Hepatozoon canis, que teve aumento significativo de sua prevalência. Todos os cães foram negativos para Leishmania sp., Ricketsia sp., Erlichia sp. Não houve diferença significativa tanto para a SAM (Leptospira sp.,entre 14 e 50% - CUASO e 52,4% - ATA) quanto para a eliminação de ovos de Ancylostoma sp. nas fezes (entre 21 e 55% - CUASO e 27% - ATA) entre os cães da CUASO e do ATA, sendo o risco de infecção na comunidade universitária considerado baixo. A análise ambiental permitiu estabelecer que a fonte principal de alimento dos cães é a mesma dos humanos, fornecida próximo aos pontos de venda de alimentos, o que se torna preocupante ao sabermos que mais da metade destes cães são positivos para Toxoplasma sp. (entre 54 e 60%), sendo indicadores do risco ao ser humano. Os cães da população aversiva apresentam sinais reprodutivos (8,7% das fêmeas ao ano), mas os filhotes não foram encontrados possivelmente devido à baixa sobrevivência. Os adultos, tanto da população dócil como da população aversiva possuiam boa condição corporal, baixa mortalidade, sendo que os dóceis deixaram o campus mais frequentemente devido à adoção. O conjunto dos dados indicaram que o status sanitário dos cães alojados no abrigo foi semelhante àquela dos cães soltos, sendo que o bem-estar destes últimos foi maior, devido à condição precária em que o ATA era mantido, com a capacidade de alojamento de cães acima do limite máximo do abrigo. Como os cães da CUASO se distribuiam modulados pelo fornecimento de alimento e abrigo pelos usuários do campus, o manejo adequado destes cães deveria incluir o envolvimento da comunidade, além de sua responsabilização. A reprodução dos cães aversivos precisa ser eliminada, buscando métodos alternativos, devido à dificuldade de captura destes cães. O uso da área de mata destinada a pesquisa por estes cães representa um risco sanitário à comunidade universitária.
2016
Aline Gil Alves Guilloux
Avaliação da dinâmica do efetivo bovino no Estado do Mato Grosso e seu impacto no controle da brucelose bovina
A brucelose bovina, causada principalmente pela Brucella abortus (B. abortus), é uma enfermidade infectocontagiosa responsável por perdas reprodutivas e que possui implicações com a saúde pública. O estado de Mato Grosso é um dos estados brasileiros mais importantes da pecuária nacional, sendo também o estado que apresenta a mais alta prevalência de brucelose bovina em nível nacional. Este estudo teve por objetivo propor um método para cálculo de cobertura vacinal contra brucelose bovina, de modo que fosse possível avaliar o impacto da vacinação sobre a dinâmica da enfermidade na população bovina existente no estado de Mato Grosso a partir da análise de informações registradas junto ao Instituto de Defesa Agropecuária do Mato Grosso INDEA/MT referentes aos exercícios de 2006-2010. Observou-se que em torno de 30% do total de fêmeas pertencem aos grupos etários em idade vacinal e que 47,18% do rebanho estadual foi vacinado durante os meses em que ocorreu a vacinação contra febre aftosa, demonstrando uma possível associação entre os procedimentos, que pode ser justificada pela economia e a maior praticidade de se manejar o rebanho uma única vez para se realizar as duas imunizações. O cálculo das vacináveis foi realizado com base na aproximação proporcional do efetivo de fêmeas considerando para cada grupo etário o intervalo da janela vacinal de seis meses. A taxa de cobertura vacinal foi estimada com base em método que considera a evolução de coortes de fêmeas nascidas ao longo de um ano. A obtenção das taxas reais de mortalidade e natalidade possibilitou a realização de novas simulações de modo a avaliar o real impacto dessa estratégia na redução da prevalência de brucelose bovina. Os resultados obtidos com base neste cálculo fornecem a melhor estimativa possível com base nos dados atualmente disponíveis na maioria dos estados. Conclui-se que é necessária uma padronização nacional na forma de cálculo de cobertura vacinal, que o estado do Mato Grosso manteve-se com níveis acima de 80% de cobertura vacinal entre os anos de 2006 a 2010 e considerando-se as taxas de natalidade e mortalidade reais e a perspectiva de manutenção deste nível de cobertura vacinal, estima-se demoraria um pouco mais de dez anos para reduzir em 50% a proporção de fêmeas positivas da população inicial e em torno de duas décadas para reduzir a prevalência ao nível de 2%. Vale ressaltar que este modelo considerou apenas o efeito da estratégia de vacinação, desconsiderando outros pontos de ação do programa como, por exemplo, a certificação de propriedades livres e o controle da movimentação animal no Estado, fatores estes que poderiam auxiliar na aceleração do processo de redução da prevalência no estado.
2012
Rosely Bianca dos Santos Kuroda